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Stress Knowledge Map:A knowledge graph resource for systems biology analysis of plant stress responses

Plant Communications 2024年第6期5卷 17-31页

作者： Carissa Bleker ziva ramsak Andras Bittner Vid Podpecan Maja Zagorscak Bernhard Wurzinger Spela Baebler Marko Petek Maja Kriznik Annelotte van Dieren Juliane Gruber Leila Afjehi-Sadat Wolfram Weckwerth Anze Zupanic Markus Teige Ute CVothknecht Kristina Gruden Department of Biotechnology and Systems Biology National Institute of BiologyVecna pot 1211000 LjubljanaSlovenia Plant Cell Biology Institute of Cellular and Molecular BotanyUniversity of BonnKirschallee 153115 BonnGermany Department of Knowledge Technologies Jozef Stefan InstituteJamova cesta 391000 LjubljanaSlovenia Department of Functional&Evolutionary Ecology University of ViennaDjerassiplatz 11030 ViennaAustria Mass Spectrometry Unit Core Facility Shared ServicesUniversity of ViennaDjerassiplatz 11030 ViennaAustria

Stress Knowledge Map(SKM;https://***)is a publicly available resource containing two complementary knowledge graphs that describe the current knowledge of biochemical,signaling,and regulatory molecular interactions in plants:a highly curated model of plant stress signaling(PSS;543 reactions)and a large comprehensive knowledge network(488390 interactions).Both were constructed by domain experts through systematic curation of diverse literature and database *** provides a single entry point for investigations of plant stress response and related growth trade-offs,as well as interactive explorations of current *** is also formulated as a qualitative and quantitative model for systems biology and thus represents a starting point for a plant digital ***,we describe the features of SKM and show,through two case studies,how it can be used for complex analyses,including systematic hypothesis generation and design of validation experiments,or to gain new insights into experimental observations in plant biology.

关键词： knowledge graph plant stress responses plant signaling systems biology plant digital twin

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