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A likely autotetraploidization event shaped the Chinese mahogany(Toona sinensis)genome

Horticultural Plant Journal 2023年第2期9卷 306-320页

作者： Jianyu Wang Ziyi yang Tianyu Lei yan Zhang Qimeng Xiao Zijian Yu Jiaqi Zhang Sangrong Sun Qiang Xu Shaoqi Shen zimo yan Mengnan Fang Yue Ding Zihan Liu Qianwen Zhu Ke Ren Yuxin Pan Haibin Liu Jinpeng Wang School of Life Sciences Center for Genomics and Computational BiologyNorth China University of Science and TechnologyTangshanHebei 063000China State Key Laboratory of Systematic and Evolutionary Botany Institute of BotanyChinese Academy of ScienceBeijing 100093China University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100049China

Chinese mahogany(Toona sinensis) is of considerable medical and economic importance, and its genome has been deciphered. However, the process underlying its polyploidy is unclear, and the chromosomal evolutionary trajectory is poorly understood. Here, by reanalysing the *** genome, we found evidence of a tetraploidization event(T. sinensis special tetraploidization, TST) that occurred approximately 15-17 million years ago(MYA) after the core eudicot-common hexaploidization(ECH or gamma) event. We characterized the synonymous nucleotide substitution rates(Ks values) of collinear genes and found that T. sinensis genes affected by the TST evolve at a slower rate than Acer yangbiense genes. Furthermore, we identified homologous genes related to polyploidization and speciation and constructed multiple alignments with different reference genomes. Notably, the significant balance of gene retention and loss characterized in the two TST-derived subgenomes suggests an autopolyploid nature of the TST. Moreover, we deduced the chromosomal karyotypes of the two subgenomes and identified 7chromosomal fusions that have shaped the T. sinensis genome;more information is available on a newly constructed karyotype platform(http://***/Toona_sinensis/***). The T. sinensis genome preserves the ancestral chromosome structure of dicotyledons well and could serve as a good reference for understanding genomic changes in other Meliaceae and Sapindales plants. In addition, we verified that tandem duplication and the ECH have promoted the expansion of terpene synthase(TPS) genes;conversely, the TST seems to have inhibited expansion of these genes. This present effort has clarified the polyploidy events of the T. sinensis genome, filled gaps in the history of karyotype evolution, and laid a solid foundation for further genomic studies in the Meliaceae research community and beyond.

关键词： Toona sinensis Alignment Autotetraploidization Karyotype evolution Terpene synthase genes

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A likely paleo-autotetraploidization event shaped the high conservation of Nyssaceae genome

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Horticultural Plant Journal 2024年第3期10卷 911-930页

作者： Yishan Feng Zhenyi Wang Qimeng Xiao Jia Teng Jianyu Wang Zijian Yu Jiaqi Wang Qiang Xu yan Zhang Shaoqi Shen Shoutong Bao Yu Li zimo yan Yue Ding Zihan Liu Yuxian Li Tianyu Lei Min Yuan Xiu-Qing Li Jinpeng Wang Department of Bioinformatics School of Life SciencesNorth China University of Science and TechnologyTangshanHebei 063000China Fredericton Research and Development Centre Agriculture and Agri-Food CanadaFrederictonNew Brunswick E3B 4Z7Canada State Key Laboratory of Systematic and Evolutionary Botany Institute of BotanyChinese Academy of ScienceBeijing 100093China University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100049China

Scientific knowledge about the ancestral genome of core eudicot plant kingdom can potentially have profound impacts on both basic and applied research,including evolution,genetics,genomics,ecology,agriculture,forestry,and global *** investigate which plant conserves best the core eudicots common ancestor genome,we compared Arcto-Tertiary relict Nyssaceae and 30 other eudicot plant *** genomes of Davidia involucrata(a known living fossil),Camptotheca acuminata and Nyssa sinensis,one per existent genus of Nyssaceae,were performed comparative genomic *** found that Nyssaceae originated from a single Nyssaceae common tetraploidization event(NCT)-autotetraploidization 28-31 Mya after the core eudicot common hexaploidization(ECH).We identified Nyssaceae orthologous and paralogous genes,determined its chromosomal evolutionary trajectory,and reconstructed the Nyssaceae most recent ancestor *** genome contained the entire seven paleochromosomes and 17 ECH-generated eudicot common ancestor chromosomes and was the slowest in mutation among the analyzed 42 species of 31 plant *** both its high retention of paleochromosomes and its low mutation rate,*** provides the best case in conservation of the core eudicot paleogenome.

关键词： Nyssaceae Polyploidization Multigenome alignment Evolutionary rate Autotetraploidization Karyotype evolution

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基于CIE1931颜色匹配函数的LED显示设备颜色计算精度研究

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光学学报 2022年第22期42卷 209-215页

作者：高心愿黄敏王宇李钰李修闫子墨徐艳芳刘瑜北京印刷学院印刷与包装工程学院北京102600

为检验现有色度管理系统中基于CIE19312°颜色匹配函数(CMFs)的颜色计算和校正精度:以3通道(636 nm,524 nm,452 nm)LED发光面板为目标设备,显示CIE推荐的5个颜色(灰、红、黄、绿、蓝);以6通道(672 nm,636 nm,524 nm,508 nm,472 nm,452 n... 详细信息

为检验现有色度管理系统中基于CIE19312°颜色匹配函数(CMFs)的颜色计算和校正精度:以3通道(636 nm,524 nm,452 nm)LED发光面板为目标设备,显示CIE推荐的5个颜色(灰、红、黄、绿、蓝);以6通道(672 nm,636 nm,524 nm,508 nm,472 nm,452 nm)LED发光面板为比较设备,产生8种原色光谱组合。基于CIE19312°CMFs进行目标色和比较色的计算、调节,使其具有相近的XYZ色度值,共产生40对颜色。组织了40名色觉正常观察者开展不同观察视角(2.9°和8.6°)下的色差评价实验,共采集到6400组目视色差数据。结果表明:在比较色和目标色为L1同谱组合和L2(仅改变红色通道)组合时,CIE19312°CMFs可满足计算要求;在其他原色组合中,CIE19312°CMFs的计算校正并不适用;且随着观察视角的增加,目视色差差异不显著。

关键词：视觉光学视觉色彩原色光谱组合颜色匹配函数观察视角色差评价

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一般图与二部图中完美匹配关于距离无符号拉普拉斯谱半径的存在性

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数学理论与应用 2023年第1期43卷 74-84页

作者：严子墨刘畅李建平国防科技大学理学院长沙410073

令D(G)=(D_(i,j))为连通图G的距离矩阵,其中D_(i,j)等于顶点v_(i)和v_(j)之间的距离.令η1(G)为图G的距离无符号拉普拉斯谱半径,即距离无符号拉普拉斯矩阵Q(G)=Diag(Tr)+D(G)的最大特征值,其中Diag(Tr)为对角矩阵,Diag(Tr)_(ii)=Σ_(vivj∈E)(G)D_(i,j).在本文中,我们研究图中完美匹配的存在性与距离无符号拉普拉斯谱半径之间的关系,并分别给出关于距离无符号拉普拉斯谱半径的一般图和二部图存在完美匹配的充分条件.

关键词：距离无符号拉普拉斯谱半径完美匹配二部图

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新疆鸡冠花食用色素粗成分与有害微量元素含量的测定

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新疆师范大学学报（自然科学版） 2003年第4期22卷 39-42页

作者：彭子模高雁彭宇新疆师范大学生命与环境科学学院乌鲁木齐830054 重庆后勤工程学院重庆400061

本文以自制新疆鸡冠花(Celosia cristata L.)花食用色素为实验材料,分别对色素中的灰分、总糖、粗蛋白、粗脂肪、氨基酸总量和有害微量元素AS、Pb、Hg和Ca的含量进行了检测。结果表明:色素中各种成分的含量分别为:灰分18.6％,总糖1.06％... 详细信息

本文以自制新疆鸡冠花(Celosia cristata L.)花食用色素为实验材料,分别对色素中的灰分、总糖、粗蛋白、粗脂肪、氨基酸总量和有害微量元素AS、Pb、Hg和Ca的含量进行了检测。结果表明:色素中各种成分的含量分别为:灰分18.6％,总糖1.06％,粗蛋白5.16％,粗肪脂0.13％,氨基酸总量5.08％;有害微量元素含量分别为:As0.033mg/kg,Pb0.038mg/kg,Hg0.18mg/kg,Cu0.061mg/kg。

关键词：新疆鸡冠花天然食用色素粗成分有害微量元素检测草本植物

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Developing selective PI3K degraders to modulate both kinase and non-kinase functions

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Chinese Chemical Letters 2024年第11期35卷 384-388页

作者： zimo yang yan Tong Yongbo Liu Qianlong Liu Zhihao Ni Yuna He Yu Rao State Key Laboratory of Molecular Oncology MOE Key Laboratory of Protein SciencesMOE Key Laboratory of Bioorganic Phosphorus Chemistry&Chemical BiologySchool of Pharmaceutical SciencesTsinghua UniversityBeijing 100084China

For the first time,proteolysis-targeting chimeras(PROTAC)technology was utilized to achieve the isoform-selective degradation of class I phosphoinositide 3-kinases(PI3Ks)in this *** screening and optimization,the PROTAC molecule ZM-PI05 was identified as a selective degrader of p110αin multiple breast cancer *** importantly,the degrader can down-regulate p85 regulatory subunit simultaneously,thereby inhibiting the non-enzymatic functions of PI3K that are independent on p110catalytic ***,compared with PI3K inhibitor copanlisib,ZM-PI05 displayed the stronger anti-proliferative activity on breast cancer *** brief,a selective and efficient PROTAC molecule was developed to induce the degradation of p110αand concurrent reduction of p85 proteins,providing a tool compound for the biological study of PI3K-αby blocking its enzymatic and non-enzymatic functions.

关键词： PI3K PROTAC p110 p85 Selectivity Degradation Non-kinase functions

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花木蓝种子生物学特性及不同处理对其种子萌发的影响

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种子 2022年第5期41卷 98-103,108,F0003页

作者：李琪杨子墨孙阎黑龙江大学现代农业与生态环境学院哈尔滨150080

花木蓝是一种优良的观赏植物,为了解花木蓝种子性状特征和萌发特性,研究种子形态特点及其不同的贮藏条件、温度、光照、盐度、干旱程度、酸碱度等因子对其种子萌发的影响。结果表明,不同采集地点的果实和种子性状存在一定差异,采于哈尔... 详细信息

花木蓝是一种优良的观赏植物,为了解花木蓝种子性状特征和萌发特性,研究种子形态特点及其不同的贮藏条件、温度、光照、盐度、干旱程度、酸碱度等因子对其种子萌发的影响。结果表明,不同采集地点的果实和种子性状存在一定差异,采于哈尔滨师范大学的种子性状较优良,其长度、宽度和千粒重分别为4.87 mm、3.63 mm、36.03 g。冷冻贮藏8年的种子各项发芽指标与当年采收种子差异不显著,常温贮藏5年的种子活力显著降低。光照对花木蓝种子发芽率影响不显著;其种子的萌发温幅较宽,最适萌发温度为25℃,发芽率为84%。低浓度的干旱胁迫和盐胁迫处理下花木蓝种子均可萌发,且对其幼苗生长有一定促进作用。花木蓝种子和幼苗酸碱耐受范围较广,与种子相比其幼苗耐碱性胁迫的能力更强。研究表明,花木蓝种子属于光不敏感种子,冷冻贮藏可明显延长种子寿命,种子和幼苗具有较宽的环境适生范围,并且具备一定的耐盐、耐酸碱和抗旱能力。

关键词：花木蓝种子萌发种子贮藏幼苗生长环境因子

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角蛋白酶DP-100和γ射线辐照对利用羽毛粉替代大黄鱼饲料鱼粉的影响

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中国水产科学 2023年第5期30卷 630-642页

作者：于安澜王力陈子末雷明滔陶青燕王岩浙江大学海洋学院诺伟司国际贸易(上海)有限公司

本研究评价了利用羽毛粉作为大黄鱼(Larimichthyscrocea)饲料鱼粉替代蛋白源的潜力,并探讨了角蛋白酶(DP-100)和γ射线辐照对替代效果的影响。采用双因素实验设计,基础饲料BD鱼粉含量为35%,饲料I0E0利用水解羽毛粉替代BD中30%的鱼粉。... 详细信息

本研究评价了利用羽毛粉作为大黄鱼(Larimichthyscrocea)饲料鱼粉替代蛋白源的潜力,并探讨了角蛋白酶(DP-100)和γ射线辐照对替代效果的影响。采用双因素实验设计,基础饲料BD鱼粉含量为35%,饲料I0E0利用水解羽毛粉替代BD中30%的鱼粉。在饲料I0E0中,添加1%DP-100 (饲料I0E1),或用γ射线辐照羽毛粉替代水解羽毛粉(饲料I1E0),或同时添加1%DP-100和用γ射线辐照羽毛粉替代水解羽毛粉(饲料I1E1)。在1 m×1 m×2 m的实验网箱中进行10周饲养实验。实验鱼初始体重为(19.7±0.2) g (x±SD, n=15),放养密度为每口网箱40尾鱼。实验结果表明,添加1%DP-100显著影响实验结束时鱼体重(FBW)、增重(WG)和摄食量(FI)(P0.05)。添加DP-100、用辐照羽毛粉替代水解羽毛粉以及二者交互作用对饲料系数(FCR)、饲料贮积效率(氮:NRE;磷:PRE;能量:ERE)、肥满度、肝体比(HSI)、脏体比(VSI)、全鱼组成、单位鱼产量鱼粉消耗量(RCP)以及养殖废物(氮和磷)排放量无显著影响(P>0.05)。添加DP-100的E1组(I0E1和I1E1)鱼的FI、FBW和WG高于未添加DP-100的E0组(I0E0和I1E0)(P0.05);摄食饲料I0E0、I1E0、I0E1和I1E1的鱼RCP低于摄食饲料BD的鱼(P0.05)。上述结果表明添加DP-100有利于改善大黄鱼对饲料中羽毛粉的利用,而γ射线辐照处理未明显改善水解羽毛粉作为鱼粉替代蛋白源的效果。在添加1%DP-100的前提下,通过添加8.5%的水解羽毛粉可将大黄鱼饲料鱼粉含量降低至24.5%。

关键词：鱼粉替代羽毛粉角蛋白酶DP-100 γ射线辐照生长食物利用养殖废物排放

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三维超声寰枢椎间隙法定位胎儿椎体的研究

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中华超声影像学杂志 2018年第1期27卷 73-76页

作者：易艳王子墨刘涛林琪熊奕深圳市人民医院暨南大学第二临床医学院超声科 518020

目的探讨应用三维超声显示寰枢椎间隙来定位胎儿椎体的可行性，并研究胎儿颈椎间距与孕周之间有无相关性。方法三维超声连续检测中孕期正常胎儿223例，对脊柱进行三维容积成像并获取脊柱三维图像，测量各颈椎横突间距离。结果本组中206... 详细信息

目的探讨应用三维超声显示寰枢椎间隙来定位胎儿椎体的可行性，并研究胎儿颈椎间距与孕周之间有无相关性。方法三维超声连续检测中孕期正常胎儿223例，对脊柱进行三维容积成像并获取脊柱三维图像，测量各颈椎横突间距离。结果本组中206例脊柱三维图像显示良好，显示成功率为92.4%。胎儿各颈椎间距离C1～C6的ICC值分别为0.985、0.984、0.971、0.956、0.978、0.923，两次测量数据一致性好。三维超声显示寰枢椎间隙明显大于其他颈椎间隙（P＝0.012），寰枢椎间隙与其他颈椎间隔均值比分别为1.41、1.39、1.37、1.40、1.39；第1颈椎（寰椎）与第2颈椎（枢椎）间隙（C1）与第2、3颈椎间隙至第6、7颈椎间隙（C2～C6）的均值比在中孕期与孕周之间无相关性（P＝0.877、0.915、0.838、0.859、0.908）。结论三维超声寰枢椎间隙法可以快速判断枢椎，因而是定位胎儿椎体的直接定位方法，无任何假设的前提条件存在，方法直观有效，可准确进行胎儿椎体及脊髓圆锥的定位。

关键词：超声检查产前胎儿椎体脊椎圆锥胎儿

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骨质疏松性椎体压缩骨折后凸矫形内固定术后并发症与椎旁肌退变的相关性

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中华骨科杂志 2024年第11期44卷 764-770页

作者：李君禹王子墨韩耕愚孙卓然王永强于淼李危石曾岩北京大学第三医院骨科北京100089 北京大学医学部北京100191

目的探讨陈旧性骨质疏松性椎体压缩骨折(osteoporotic vertebral compression fracture,OVCF)后凸矫形内固定术后的机械并发症与椎旁肌退变的相关性。方法回顾性分析2008年1月至2021年1月于北京大学第三医院接受后路单节段截骨后凸矫形... 详细信息

目的探讨陈旧性骨质疏松性椎体压缩骨折(osteoporotic vertebral compression fracture,OVCF)后凸矫形内固定术后的机械并发症与椎旁肌退变的相关性。方法回顾性分析2008年1月至2021年1月于北京大学第三医院接受后路单节段截骨后凸矫形内固定术治疗OVCF后凸畸形患者80例,男17例、女63例,年龄(63.21±8.07)岁(范围47~77岁)。术后机械并发症包括近端交界性后凸(proximal junctional kyphosis,PJK)、螺钉松动、邻近节段退变(adjacent segment degeneration,ASD)、远端交界性后凸及失败。比较发生和未发生机械并发症患者的多裂肌脂肪浸润率(fat infiltration,FI)、相对总横截面积(relative gross cross-sectional area,rGCSA)、相对功能性横截面积(relative functional cross-sectional area,rFCSA)。使用二分类变量logistic回归分析确定导致术后并发症的危险因素。结果80例患者中19例发生PJK、61例未发生,PJK组多裂肌FI(0.44±0.05)高于无PJK组(0.38±0.10),差异有统计学意义(P<0.05);7例发生螺钉松动、73例未发生,螺钉松动组多裂肌FI(0.47±0.05)高于无螺钉松动组(0.38±0.09),差异有统计学意义(P<0.05);30例发生ASD、50例未发生,ASD组多裂肌FI(0.45±0.07)高于无ASD组(0.36±0.10)、rFCSA(0.09±0.03)低于无ASD组(0.13±0.06),差异有统计学意义(P<0.05),logistic回归分析提示多裂肌FI、rFCSA不是发生ASD的独立危险因素;23例发生远端交界性后凸及失败、57例未发生,远端交界性后凸及失败组多裂肌FI(0.48±0.08)高于无远端交界性后凸及失败组(0.37±0.09),rGCSA(0.16±0.04)和rFCSA(0.09±0.03)低于无远端交界性后凸及失败组(0.20±0.09和0.13±0.06),差异有统计学意义(P<0.05),logistic回归分析提示多裂肌FI、rGCSA和rFCSA均不是发生远端交界性后凸及失败的独立危险因素。结论陈旧性OVCF后凸矫形内固定术后发生PJK、螺钉松动、ASD和远端交界性后凸及失败可能与较高的多裂肌FI相关,且发生ASD和远端交界性后凸及失败可能也与较小的多裂肌rFCSA相关。

关键词：骨质疏松性骨折脊柱后凸手术后并发症椎旁肌危险因素

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