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Development of a droplet digital polymerase chain reaction assay for the sensitive detection of total and integrated HIV-1 DNA

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Chinese Medical Journal 2024年第6期137卷 729-736页

作者： Lin Yuan zhiying Liu Xin Zhang Feili Wei shan Guo Na Guo Lifeng Liu Zhenglai Ma Yunxia Ji Rui Wang Xiaofan Lu Zhen Li Wei Xia Hao Wu Tong Zhang Bin Su Beijing Key Laboratory for HIV/AIDS Research Clinical and Research Center for Infectious DiseasesBeijing Youan HospitalCapital Medical UniversityBeijing 100069China Beijing Institute of Hepatology Beijing Youan HospitalCapital Medical UniversityBeijing 100069China

Background:Total human immunodeficiency virus(HIV)DNA and integrated HIV DNA are widely used markers of HIV persistence.Droplet digital polymerase chain reaction(ddPCR)can be used for absolute quantification without needing a standard curve.Here,we developed duplex ddPCR assays to detect and quantify total HIV DNA and integrated HIV DNA.Methods:The limit of detection,dynamic ranges,sensitivity,and reproducibility were evaluated by plasmid constructs containing both the HIV long terminal repeat(LTR)and human CD3 gene(for total HIV DNA)and ACH-2 cells(for integrated HIV DNA).Forty-two cases on stable suppressive antiretroviral therapy(ART)were assayed in total HIV DNA and integrated HIV DNA.Correlation coefficient analysis was performed on the data related to DNA copies and cluster of differentiation 4 positive(CD4^(+))T-cell counts,CD8^(+)T-cell counts and CD4/CD8 T-cell ratio,respectively.The assay linear dynamic range and lower limit of detection(LLOD)were also assessed.Results:The assay could detect the presence of HIV-1 copies 100%at concentrations of 6.3 copies/reaction,and the estimated LLOD of the ddPCR assay was 4.4 HIV DNA copies/reaction(95%confidence intervals[CI]:3.6-6.5 copies/reaction)with linearity over a 5-log_(10)-unit range in total HIV DNA assay.For the integrated HIV DNA assay,the LLOD was 8.0 copies/reaction(95%CI:5.8-16.6 copies/reaction)with linearity over a 3-log 10-unit range.Total HIV DNA in CD4^(+)T cells was positively associated with integrated HIV DNA(r=0.76,P<0.0001).Meanwhile,both total HIV DNA and integrated HIV DNA in CD4^(+)T cells were inversely correlated with the ratio of CD4/CD8 but positively correlated with the CD8^(+)T-cell counts.Conclusions:This ddPCR assay can quantify total HIV DNA and integrated HIV DNA efficiently with robustness and sensitivity.It can be readily adapted for measuring HIV DNA with non-B clades,and it could be beneficial for testing in clinical trials.

关键词： Human immunodeficiency virus HIV Integrated HIV-1 DNA Total HIV DNA Droplet digital polymerase chain reaction HIV reservoir Antiretroviral therapy

PMMA微流控芯片注射成型多目标优化实验研究

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中南大学学报（自然科学版） 2023年第7期54卷 2630-2641页

作者：吴旺青雷益华单志颖蒋炳炎中南大学机电工程学院极端服役性能精准制造全国重点实验室湖南长沙410083

随着微流控技术的不断发展和聚合物材料的广泛应用,注射成型技术因其快速、低成本、大批量的生产等优势而成为聚合物微流控芯片成型制造的主要方式之一,但也存在微结构成型难、残余应力与宏观变形等问题。为表征聚合物微流控芯片成型能... 详细信息

随着微流控技术的不断发展和聚合物材料的广泛应用,注射成型技术因其快速、低成本、大批量的生产等优势而成为聚合物微流控芯片成型制造的主要方式之一,但也存在微结构成型难、残余应力与宏观变形等问题。为表征聚合物微流控芯片成型能力、研究工艺参数对成型质量的影响,采用正交实验研究熔体温度、注射压力、注射速度、保压压力和保压时间对聚甲基丙烯酸酯(PMMA)微流控芯片微通道复制度、残余应力、宏观翘曲变形三种指标的影响规律,并利用灰色关联分析法对三种指标进行多目标优化得到最优工艺参数。研究结果表明:影响微通道复制度最主要的因素是注射速度和熔体温度,影响残余应力与翘曲变形最主要的因素是熔体温度;利用正交实验对三种指标优化得到的最优参数存在差异,而利用灰色关联分析方法进行多目标优化得到了微通道复制度高、残余应力小和翘曲变形小的高质量芯片。最优注射成型工艺参数如下:熔体温度为245℃、注射压力为160 MPa、注射速度为50 cm3/s、保压压力为70 MPa和保压时间为5 s。

关键词：微流控芯片注射成型多目标优化

考虑多工况刚度和模态灵敏度的全地形车车架轻量化设计

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重庆理工大学学报（自然科学） 2022年第7期36卷 109-118页

作者：龙江启周平郑金品单志颖温州大学机电工程学院浙江温州325035 浙江春风动力股份有限公司杭州310000

针对某全地形车质量偏大的缺陷,提出一种基于刚度和模态灵敏度的全地形车车架轻量化方法。构建全地形车车架有限元模型并验证仿真模型的精准性;分析车架的弯曲和扭转刚度以及3种典型工况下的强度;采用相对灵敏度方法筛选设计变量,基于... 详细信息

针对某全地形车质量偏大的缺陷,提出一种基于刚度和模态灵敏度的全地形车车架轻量化方法。构建全地形车车架有限元模型并验证仿真模型的精准性;分析车架的弯曲和扭转刚度以及3种典型工况下的强度;采用相对灵敏度方法筛选设计变量,基于弯曲和扭转刚度的仿真分析,以质量最小为目标,1阶模态频率、扭转刚度和弯曲刚度为约束条件,对全地形车车架结构进行轻量化优化;将优化模型与基准模型进行综合对比,采用3种典型工况进行验证。结果表明:在弯曲刚度和扭转刚度分别提高4.9%和9.5%的条件下,车架总质量减少17.39 kg,降幅为7.5%。优化后的车架在水平弯曲、极限扭转和紧急制动3种典型工况下的应力分别降低15.0%、2.6%和8.8%。

关键词：全地形车轻量化刚度相对灵敏度

铜绿假单胞菌PA1550基因对泳动及蹭动的影响

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微生物学报 2008年第7期48卷 959-962页

作者：姚宏明张璐单志英李迎丽徐海津乔明强南开大学分子生物学研究所天津300071

【目的】:研究与铜绿假单胞菌运动能力相关的基因。【方法】:以一株临床分离的铜绿假单胞菌PA68做受体菌,应用人工Mu转座技术建立了库容为2000的突变子文库,从中筛选出泳动能力和蹭动能力丧失或减弱的突变子,通过基因克隆、测序,GenBank... 详细信息

【目的】:研究与铜绿假单胞菌运动能力相关的基因。【方法】:以一株临床分离的铜绿假单胞菌PA68做受体菌,应用人工Mu转座技术建立了库容为2000的突变子文库,从中筛选出泳动能力和蹭动能力丧失或减弱的突变子,通过基因克隆、测序,GenBank BLAST比对测序结果,互补基因表达确定与铜绿假单胞菌运动能力相关的基因。【结果】:突变子Y46在丧失了泳动运动能力的同时,蹭动能力也发生了减弱。在Y46突变子中,Mu转座子插入到功能完全未知的基因PA1550中。对极性效应及PA1550所在操纵子的分析表明,Mu转座子对插入点下游的基因的转录并不造成影响。【结论】:PA1550与铜绿假单胞菌的泳动及蹭动能力有关。

关键词：铜绿假单胞菌人工Mu转座技术泳动能力蹭动能力

基于HAZID的LNG双燃料动力船燃气供应系统风险分析

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机电设备 2024年第2期41卷 80-88页

作者：袁姗谢珉花海波谭凉陈祉颖广州文冲船舶修造有限公司广州511400 上海船舶研究设计院上海201203

基于15000箱集装箱双燃料动力船采用风险辨识方法HAZID对燃气供应系统进行定性风险研究。根据《使用气体或其他低闪点燃料船舶国际安全规则》(IGF规则)要求,HAZID分析的内容包括燃料加注站、燃料围护系统燃气供应系统及机舱内用气设备... 详细信息

基于15000箱集装箱双燃料动力船采用风险辨识方法HAZID对燃气供应系统进行定性风险研究。根据《使用气体或其他低闪点燃料船舶国际安全规则》(IGF规则)要求,HAZID分析的内容包括燃料加注站、燃料围护系统燃气供应系统及机舱内用气设备等。通过HAZID分析研讨会,共确定了281种情景,其中,92个风险按安全和环境(S&E)进行风险排序,119个按资产(A)进行风险排序。120个场景未进行风险定级,并在HAZID研讨会期间共提出了57项建议。

关键词：液化天然气(LNG) 双燃料动力船燃气供应系统 HAZID

测定肠球菌对高浓度氨基糖甙类耐药性的方法学评价

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天津医科大学学报 1997年第4期3卷 48-50页

作者：单志英毕玲王海意吴鸿范天津医科大学第二医院内二科

筛选一种快速、准确的测定肠球菌对高浓度的庆大霉素、链霉素的耐药性的方法。分别用单一浓度肉汤微量稀释法、ＶＩＴＥＫ－ＧＰＳ－ＴＡ药敏卡检测１６３株肠球菌对庆大霉素（５００ｍｇ／Ｌ，２０００ｍｇ／Ｌ）、链霉素（２０００ｍ... 详细信息

筛选一种快速、准确的测定肠球菌对高浓度的庆大霉素、链霉素的耐药性的方法。分别用单一浓度肉汤微量稀释法、ＶＩＴＥＫ－ＧＰＳ－ＴＡ药敏卡检测１６３株肠球菌对庆大霉素（５００ｍｇ／Ｌ，２０００ｍｇ／Ｌ）、链霉素（２０００ｍｇ／Ｌ）的耐药性，并以脑心浸液方法为标准，对上述两种方法的准确性进行评价。显示，单一浓度肉汤微量稀释法能准确地测定肠球菌对庆大霉素的高度耐药性，但在测定对高浓度的链霉素的耐药性时，类粪肠球菌，鸟肠球菌有个别假敏感株出现。ＶＩＴＥＫ－ＧＰＳ－ＴＡ药敏卡能准确测定粪肠球菌、鸟肠球菌对庆大霉素的高度耐药性，但在测定类粪肠球菌、鸟肠球菌对庆大霉素及全部肠球菌对链霉素的耐药性时均有假敏感株出现。单一浓度肉汤微量稀释法能较准确地测定肠球菌对高浓度氨基糖甙类抗生素的耐药性，而ＶＩＴＥＫ－ＧＰＳ－ＴＡ药敏卡则不适宜高度耐药株的筛选。

关键词：肠球菌氨基糖甙类抗生素耐药性

下呼吸道感染抗生素临床应用探讨(附654株革兰氏阴性杆菌耐药性分析)

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天津医科大学学报 2000年第1期6卷 60-62页

作者：葛庚芝单志英毕玲司进吴鸿范天津医科大学第二医院呼吸内科

目的 :了解下呼吸道感染革兰氏阴性杆菌的分布及临床常用抗生素的耐药情况。方法 :使用美国全自动微生物分析仪 VITEK- IMS60对所分离菌株进行鉴定和药敏试验。结果 :引起下呼吸道感染的革兰氏阴性病原菌以肠杆菌属细菌占主导地位 ,此... 详细信息

目的 :了解下呼吸道感染革兰氏阴性杆菌的分布及临床常用抗生素的耐药情况。方法 :使用美国全自动微生物分析仪 VITEK- IMS60对所分离菌株进行鉴定和药敏试验。结果 :引起下呼吸道感染的革兰氏阴性病原菌以肠杆菌属细菌占主导地位 ,此外 ,假单胞菌属、克雷伯菌属、不动杆菌属亦占相当比例。 1 996～ 1 998年度分离的菌株对哌拉西林、头孢唑啉、头孢呋新、头孢氨噻肟、头孢三嗪、头孢噻甲羧肟的耐药率显著高于 1 992～ 1 994年度分离株 ,(经 χ2检验 P<0 .0 5或 P<0 .0 1 )。氨苄西林、头孢唑啉耐药率极高 ,环丙沙星、丁氨卡那霉素具有较强抗菌活性。结论 :抗生素(尤其是头孢菌素类 )耐药率逐年上升。

关键词：下呼吸道感染革兰氏阴性杆菌耐药性抗生素

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铜绿假单胞菌鞭毛运动相关基因的研究

南开大学学报（自然科学版） 2006年第6期39卷 20-25页

作者：单志英乔明强施兴启徐海津姚宏明白艳玲张秀明高才昌南开大学生命科学学院天津300071

建立优化的转化条件,将M u转座复合物电转化到临床分离的一株铜绿假单胞菌(P seud om onasaerug inosa)PA 68中,最高转化效率达3.66×104CFU/μg DNA.通过表型筛选,得到三株鞭毛运动能力缺陷的突变子,Sourn thern杂交证实转座子为单点插... 详细信息

建立优化的转化条件,将M u转座复合物电转化到临床分离的一株铜绿假单胞菌(P seud om onasaerug inosa)PA 68中,最高转化效率达3.66×104CFU/μg DNA.通过表型筛选,得到三株鞭毛运动能力缺陷的突变子,Sourn thern杂交证实转座子为单点插入.经基因克隆、核苷酸测序研究,证明转座子分别插入到uvrD、phzF 1、zw f三个基因中,这是首次在国际上将M u转座重组技术应用到鞭毛运动相关基因的研究中.由于人工M u转座技术具有随机单点插入的优点,克服了传统转座子能在染色体上迁移的缺点,为进一步研究P.aerug inosa的鞭毛运动机理及致病性奠定基础.

关键词： P.aeruginosa 鞭毛人工Mu转座重组技术

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基于多目标优化的乘用车后排座椅轻量化设计

汽车零部件 2021年第3期 28-36页

作者：黄胜超廖耀青单志颖李建阳李旭亮浙江天成自控股份有限公司技术研发中心浙江台州318000 温州大学机电工程学院浙江温州325035

提出第二代非劣排序遗传算法(NSGA-II)结合响应面法(RSM)-径向基神经网络方法(RBF)混合近似模型和逼近理想解排序(TOPSIS)方法对某乘用车后排座椅进行结构-材料一体化多目标轻量化设计研究。结合有限元理论建立仿真模型,并通过行李箱碰... 详细信息

提出第二代非劣排序遗传算法(NSGA-II)结合响应面法(RSM)-径向基神经网络方法(RBF)混合近似模型和逼近理想解排序(TOPSIS)方法对某乘用车后排座椅进行结构-材料一体化多目标轻量化设计研究。结合有限元理论建立仿真模型,并通过行李箱碰撞试验验证仿真模型的正确性,根据工程经验和座椅靠背骨架吸能分析确定了6个优化部件厚度、材料的设计变量及取值范围;采用RSM-RBF混合近似模型方法拟合设计变量与响应之间的关系;利用NSGA-Ⅱ算法对优化问题进行求解,得到Pareto最优解集。最后采用基于熵权TOPSIS方法对Pareto最优解集进行排序确定最佳折中解。结果表明:在满足各项安全性能法规的前提下,乘用车后排座椅减重3.57 kg。

关键词：乘用车后排座椅混合近似模型轻量化 TOPSIS