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Screening antimicrobial peptides and probiotics using multiple deep learning and directed evolution strategies

Acta Pharmaceutica Sinica B 2024年第8期14卷 3476-3492页

作者： Yu Zhang Li-Hua Liu Bo Xu Zhiqian Zhang Min Yang Yiyang He Jingjing Chen Yang Zhang Yucheng Hu Xipeng Chen Zitong Sun Qijun Ge Song Wu Wei lei Kaizheng Li Hua Cui Gangzhu Yang Xuemei Zhao Man Wang Jiaqi Xia zhen Cao Ao Jiang Yi-Rui Wu Tidetron Bioworks Technology(Guangzhou)Co. Ltd.Guangzhou Qianxiang Bioworks Co.Ltd.Guangzhou 510000China Biology Department and Institute of Marine sciences College of ScienceShantou UniversityShantou 515063China school of Basic Medical sciences Hubei University of Science and TechnologyXianning 437100China school of Education Jianghan UniversityWuhan 430056China Yeasen Biotechnology(shanghai)Co. Ltd.Shanghai 200000China school of Basic Medicine Jiamusi UniversityJiamusi 154000China

Owing to their limited accuracy and narrow applicability,current antimicrobial peptide(AMP)prediction models face obstacles in industrial *** address these limitations,we developed and improved an AMP prediction model using Comparing and Optimizing Multiple DEep Learning(COMDEL)algorithms,coupled with high-throughput AMP screening method,finally reaching an accuracy of 94.8%in test and 88%in experiment verification,surpassing other state-of-the-art *** conjunction with COMDEL,we employed the phage-assisted evolution method to screen Sortase in vivo and developed a cell-free AMP synthesis system in vitro,ultimately increasing AMPs yields to a range of 0.5-2.1 g/L within ***,by multi-omics analysis using COMDEL,we identified Lactobacillus plantarum as the most promising candidate for AMP generation among 35 edible *** this,we developed a microdroplet sorting approach and successfully screened three *** mutants,each showing a twofold increase in antimicrobial ability,underscoring their substantial industrial application values.

关键词： Antimicrobial peptide Deep learning Cell-free synthesis Probiotics L.plantarum

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深圳股市价格运动可预测性的研究

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系统工程学报 2001年第6期16卷 475-480页

作者：范龙振胡畏复旦大学管理学院上海200433

讨论了市场的可预测性及与有效性的关系 .以深圳股票市场为对象 ,研究了股票价格或各类指数的可预测性 ,发现深圳股市综合指数和各类分类指数的对数可以认为服从随机走动 ,而在被检验的 6个股票价格中发现两个股票价格的对数不服从随机... 详细信息

讨论了市场的可预测性及与有效性的关系 .以深圳股票市场为对象 ,研究了股票价格或各类指数的可预测性 ,发现深圳股市综合指数和各类分类指数的对数可以认为服从随机走动 ,而在被检验的 6个股票价格中发现两个股票价格的对数不服从随机走动 ,只服从单位根过程 ,随机扰动项具有序列相关性 .检验方法包括用Phillips- Perron检验法检验单位根过程 ,用方差比检验法检验随机走动等 .

关键词：市场效率随机走动股票价格可预测性股票市场深圳市

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管材超声检测中导波模式及频厚积的选择

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同济大学学报（自然科学版） 2004年第5期32卷 696-700页

作者：他得安刘镇清贺鹏飞复旦大学电子工程系上海200433 同济大学声学研究所上海200092 同济大学航空航天与力学学院上海200092

用轴向功率流分布来选择检测自由管状结构的最佳导波模式及其最佳频厚积 ,并将混合边界元法应用于管状结构 ,对其结果的有效性进行了验证 .结果表明 :对于自由管材 ,用超声纵向L(0 ,1)模式检测时 ,频厚积在 0 .15MHz·mm以下时较为灵敏 ... 详细信息

用轴向功率流分布来选择检测自由管状结构的最佳导波模式及其最佳频厚积 ,并将混合边界元法应用于管状结构 ,对其结果的有效性进行了验证 .结果表明 :对于自由管材 ,用超声纵向L(0 ,1)模式检测时 ,频厚积在 0 .15MHz·mm以下时较为灵敏 ;用L(0 ,2 )模式检测时 ,在 1.4～ 1.8MHz·mm之间对检测管壁中央的缺陷较灵敏 ;用L(0 ,3)模式检测时 ,在 2 .0MHz·mm以下对管内外表面上的缺陷都较灵敏 .轴向功率流分布能有效地选择检测的最佳导波模式及其频厚积 .

关键词：管材超声导波无损检测轴向功率流混合边界元法

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两因子CIR模型对上交所利率期限结构的实证研究

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系统工程学报 2005年第5期20卷 447-453页

作者：范龙振张国庆复旦大学管理学院上海200433

以上交所债券价格隐含的利率期限结构数据作为分析对象,利用推广的卡尔曼滤波法,实证分析了连续时间的两因子CIR模型,发现估计出的两因子CIR模型能够反映实际观测到的利率期限结构的形状,模型下的利率期限结构与实际观测到的利率期限结... 详细信息

以上交所债券价格隐含的利率期限结构数据作为分析对象,利用推广的卡尔曼滤波法,实证分析了连续时间的两因子CIR模型,发现估计出的两因子CIR模型能够反映实际观测到的利率期限结构的形状,模型下的利率期限结构与实际观测到的利率期限结构形状基本相同.但估计出的两因子CIR模型对利率期限结构的预测误差具有一定的序列相关性,说明估计出的两因子CIR模型没有充分反映债券回报率和利率期限结构的可预测性.实证表明估计出的CIR模型可以用于上交所债券的定价,但用于利率期限结构变化的预测会产生一定的系统偏差.

关键词：两因子CIR模型利率期限结构上海证券交易所卡尔曼滤波

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The Relationship among Propensity to Trust,Institution-based Trust,Perceived Control,and Trust in Platform

The Relationship among Propensity to Trust,Institution-based...

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2010 IEEE 2nd Symposium on Web Society

作者： Jieqian Wu, Department of Management Information System school of Management fudan university 670 Guoshun Road, shanghai,200433,china. zhen Wang school of Labor and Human Resources Renming university of china,Beijing,china Lihua Huang Department of Management Information System school of Management, fudan university

＜正＞Trust is important in online commerce because consumer do not have sufficient information to judge trustworthiness comparing to traditional face to face *** the nature and determinants of online trust has become an important goal both in academe and business *** studies on the antecedents of trust in online commerce abound. However,the results are far from *** study contributes to this field literature by incorporate propensity to trust,institution-based trust,perceived control and trust in *** was collected from 213 consumers through online *** demonstrated that propensity to trust has positive effect on trust in platform through institution-based trust and perceived control *** and future research direction are discussed.

关键词： Online Trust Propensity to Trust Institution-based Trust Perceived Control Trust in Platform

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长三角地区人口“镇化”发展与小城镇交通优势度的空间关系

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地理学报 2024年第6期79卷 1433-1448页

作者：王雪芹刘振刘盛和周蕾王维苗毅南京邮电大学地理与生物信息学院南京210023 中国科学院地理科学与资源研究所、中国科学院区域可持续发展分析与模拟重点实验室北京100101 中国科学院大学资源与环境学院北京100049 山东师范大学地理与环境学院济南250358

探讨长三角地区2460个小城镇人口“镇化”发展与交通优势度的空间格局特征及两者的空间关系,并结合双变量空间自相关方法揭示交通对人口“镇化”发展的影响机制。结果发现:①2017年长三角地区人口“镇化”发展总体处于初、中期阶段,五... 详细信息

探讨长三角地区2460个小城镇人口“镇化”发展与交通优势度的空间格局特征及两者的空间关系,并结合双变量空间自相关方法揭示交通对人口“镇化”发展的影响机制。结果发现:①2017年长三角地区人口“镇化”发展总体处于初、中期阶段,五成以上小城镇人口“镇化”水平不足30%;小城镇交通优势度空间分异特征显著,形成以上海为一级中心、以苏锡常、杭州、宁波和合肥为二级中心、以欠发达城市远郊与安徽省际交界地带为外围圈层的“中心—外围”结构;②人口“镇化”水平与交通优势度总体协调度较高,但以两者同步偏低为主,协调性随着与中心城区距离的增大而降低;上海、苏锡常等发达地区也存在交通发达但人口“灯下黑”的小城镇,苏北、安徽等欠发达地区存在交通落后但人口集聚度较高的小城镇;③交通对人口“镇化”发展具有显著正向影响;④区位子要素对人口“镇化”发展整体呈正向促进作用,但也存在负向影响的特殊情况,越发达的地区这种正向效应与负向效应均越显著;交通可达性主要通过站点枢纽效应促进各类要素与技术以空间外溢的形式在核心城市与一般城镇之间传递,重塑小城镇经济优势从而促进人口集聚;路网密度主要是通过影响出行成本以及要素流通速度与规模影响人口向镇区的集聚。

关键词：小城镇人口“镇化” 交通优势度空间关系长三角地区

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Costunolide alleviates HKSA-induced acute lung injury via inhibition of macrophage activation

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Acta Pharmacologica Sinica 2019年第8期40卷 1040-1048页

作者： Yun-tian Chen Yao Du Bo Zhao Li-xing Gan Kai-kai Yu lei Sun Jian Wang Feng Qian Department of Respiratory Medicine Shanghai Ninth People’s HospitalShanghai Jiao Tong University School of Medicine Department of Infectious Diseases The Fifth People’s Hospital of ShanghaiFudan University Engineering Research Center of Cell & Therapeutic Antibody Ministry of EducationSchool of PharmacyShanghai Jiao Tong University

Staphylococcus aureus(***)infection leads to a severe inflammatory response and causes acute lung injury(ALI),eventually threatening human ***,it is of importance to find an agent to inhibit inflammation and reduce ***,we found that costunolide,a sesquiterpene lactone,displays anti-inflammatory effects and ameliorates heat-killed ***(HKSA)-induced *** treatment attenuated HKSA-induced murine ALI in which pulmonary neutrophil infiltration was inhibited,lung edema was decreased,and the production of pro-inflammatory cytokines was significantly *** addition,costunolide dose-dependently inhibited the generation of IL-6,TNF-α,IL-1β,and keratinocyte-derived cytokine(KC),as well as the expression of iNOS,in HKSA-induced ***,costunolide attenuated the phosphorylation of p38 MAPK and cAMP response element-binding protein(CREB).Collectively,our findings suggested that costunolide is a promising agent for alleviating bacterialinduced ALI via the inhibition of the MAPK signaling pathways.

关键词： Costunolide Staphylococcus aureus pneumonia macrophage MAPK signaling

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Characterization of low-dielectric-constant SiCON films grown by PECVD under different RF power

Characterization of low-dielectric-constant SiCON films grow...

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2008 9th International Conference on Solid-State and Integrated-Circuit Technology

作者： lei Zhang Hao-Wen Guo Chi Zhang Wei Zhang Shi-Jin Ding* school of Microelectronics fudan university shanghai 200433 P. R. china school of Microelectronics Fudan University

In this paper, we report the influence of RF power on carbon- and nitride-doped silicon oxide （SiCON） films deposited by PECVD using SiH4, N2O and C2F6 precursors. The deposited films are characterized by means of FTIR and XPS, revealing the coexistence of both ring and network frameworks as well as Si-C, Si-N, C-N, C-H and Si-O bonds. The dielectric constant （k） and deposition rate of the SiCON film decrease with increasing the RF power. In the present experiment, a k value of 2.35 is achieved while retaining a low leakage current of 2.7×10-7A/cm2 at 7.8MV/cm.

关键词： [IEEE Keyword]Carbon Atomic layer deposition Electric fields Silicon Leakage current Radio frequency Films

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项目价值的期权评价方法

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系统工程学报 2001年第1期16卷 17-23页

作者：范龙振唐国兴复旦大学管理学院上海200433

讨论了经营柔性对项目价值评价的影响 ,利用衍生证券的风险中性定价理论 ,在项目可以暂停生产这种经营柔性下 ,在产品价格分别服从几何布朗运动、均值回复过程和更一般的随机过程下讨论了项目净现值的计算方法。

关键词：风险中性项目价值期权评价金融市场

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中国电子政务论文定量分析

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图书情报工作 2011年第17期55卷 131-137页

作者：郑磊任雅丽复旦大学国际关系与公共事务学院上海200433

对2008年至2010年间在我国核心期刊上发表的电子政务类研究论文进行系统的量化分析,采用多视角的框架,重点考察作者所在部门及系别、论文发表期刊、论文长度、研究主题、研究方法、分析层级和研究地域等方面。研究发现我国电子政务研究... 详细信息

对2008年至2010年间在我国核心期刊上发表的电子政务类研究论文进行系统的量化分析,采用多视角的框架,重点考察作者所在部门及系别、论文发表期刊、论文长度、研究主题、研究方法、分析层级和研究地域等方面。研究发现我国电子政务研究已呈现了明显的跨学科特征,研究主题的覆盖逐渐全面,但仍不平衡,研究方法尚缺乏严谨性和规范性,论文深度和质量也有待提高。在研究结论的基础上,本文对我国电子政务学界、实践领域、研究基金、学术期刊等提出相关建议。

关键词：电子政务文献研究量化

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