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从空间数据库中挖掘频繁邻近类别集的一种新算法

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武汉大学学报（信息科学版） 2007年第2期32卷 112-114页

作者：马荣华何增友中国科学院南京地理与湖泊研究所南京市北京东路73号210008 哈尔滨工业大学计算机系哈尔滨市西大直街92号150001

提出了一个邻近类别集挖掘的新算法。与已有算法相比,新算法能够找到完备、正确的邻近类别集的集合,并且给出了算法正确性和完备性的理论证明。

关键词：空间数据库空间关联规则关联位置模式邻近类别集数据挖掘

CUDA-TP:基于GPU的自顶向下完整蛋白质鉴定并行算法

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计算机研究与发展 2018年第7期55卷 1525-1538页

作者：段琼田博陈征王洁何增有大连理工大学软件学院辽宁大连116620 辽宁省泛在网络与服务软件重点实验室(大连理工大学) 辽宁大连116620

蛋白质及蛋白质翻译后修饰(post-translational modifications,PTMs)的鉴定是蛋白质组学研究的基础,对整个领域的进一步发展有着十分重要的意义.近年来,质谱设备的快速发展使得获取"自顶向下"(top-down,TD)的高精度完整蛋白质质谱数据... 详细信息

蛋白质及蛋白质翻译后修饰(post-translational modifications,PTMs)的鉴定是蛋白质组学研究的基础,对整个领域的进一步发展有着十分重要的意义.近年来,质谱设备的快速发展使得获取"自顶向下"(top-down,TD)的高精度完整蛋白质质谱数据成为可能.目前基于TD质谱数据的完整蛋白质鉴定算法虽然在匹配精度、PTM位点的推断上取得了一些成效,但它们运行时间还有很大的不足和提升空间.利用图形处理器(graphics processing unit,GPU)可以将大规模的重复计算并行化,提高串行程序的执行速度.CUDA-TP算法基于通用并行计算架构(compute unified device architecture,CUDA)来计算蛋白质与TD质谱数据的匹配分数.首先,对每一个质谱数据,CUDA-TP利用优化的MS-Filter算法在蛋白质数据库中过滤出其对应的少数候选蛋白质集合,然后通过AVL(adelson-velskii and landis)树加速质谱匹配过程.GPU中的多线程技术被用来并行化谱图网格及最终数组中所有元素的前驱结点的求解.同时,该算法还使用target-decoy策略来控制蛋白质与质谱图匹配结果的错误发现率(false discovery rate,FDR).实验结果表明:CUDA-TP算法能够有效地加速完整蛋白质的鉴定,速度分别比MS-TopDown和MS-Align+快10倍与2倍.到目前为止,这是唯一能够利用CUDA架构来加速完整蛋白质鉴定的研究工作.CUDA-TP源代码公布在https://***/dqiong/CUDA-TP.

关键词： “自顶向下”蛋白质组学蛋白质鉴定图形处理器通用并行计算架构谱图比对

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基于概率图模型的蛋白质推断算法

智能系统学报 2016年第3期11卷 376-383页

作者：赵璨段琼何增有大连理工大学国家示范性软件学院辽宁大连116620

蛋白质组学是研究细胞内表达的所有的蛋白质及其变化规律的一门新兴学科。蛋白质组学的一个重要目标是能够快速准确的进行蛋白质鉴定。蛋白质鉴定主要包括肽段鉴定和蛋白质推断两个步骤。肽段鉴定是从原始质谱数据中鉴定出肽段序列,而... 详细信息

蛋白质组学是研究细胞内表达的所有的蛋白质及其变化规律的一门新兴学科。蛋白质组学的一个重要目标是能够快速准确的进行蛋白质鉴定。蛋白质鉴定主要包括肽段鉴定和蛋白质推断两个步骤。肽段鉴定是从原始质谱数据中鉴定出肽段序列,而蛋白质推断是从这些鉴定得到的肽段中还原出原始的蛋白质序列。但由于质谱数据固有的不确定性和蛋白质组的复杂性,使得解决蛋白质推断问题变得很困难。本文引入串联质谱数据对于蛋白质存在概率的影响,提出了一种基于概率图模型的方法(PGMPi)来解决蛋白质推断问题,将蛋白质推断问题抽象成一个概率图模型的求解问题,通过寻找蛋白质的最大后验概率来推断真实存在的蛋白质集合。该方法不仅能够进行有效的蛋白质推断,而且模型参数少,提高了算法的稳定性。实验结果表明该模型在蛋白质推断上具有很好的表现。

关键词：蛋白质推断肽段推断鸟枪法蛋白质组学概率图模型

数据挖掘与最优化结合的理论方法体系与问题求解模型

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高技术通讯 2005年第11期15卷 39-43页

作者：何增有徐晓飞邓胜春哈尔滨工业大学计算机学院哈尔滨150001

在研究了已有数据挖掘的过程模型的基础上,提出了数据挖掘与最优化结合的理论方法体系和支持最终决策分析的管理问题求解模型,目标是有效地将各种数据挖掘技术与最优化方法在实际应用中有机地结合起来,并为复杂的管理决策分析问题求解... 详细信息

在研究了已有数据挖掘的过程模型的基础上,提出了数据挖掘与最优化结合的理论方法体系和支持最终决策分析的管理问题求解模型,目标是有效地将各种数据挖掘技术与最优化方法在实际应用中有机地结合起来,并为复杂的管理决策分析问题求解和决策实施提供一个切实可行的参考模型.通过在客户群决策分析中的应用,验证了提出的方法和模型的可行性和有效性.

关键词：数据挖掘最优化决策支持

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去冗余Top-k对比序列模式挖掘

智能系统学报 2018年第5期13卷 680-686页

作者：江冰谷飞洋何增有大连理工大学软件学院辽宁大连116621

对比序列模式可以用来表征不同类别数据集之间的差异。在生物信息、物流管理、电子商务等领域,对比序列模式有着广泛的应用。Top-k对比序列模式挖掘的目标是发现数据集中对比度最高的前k个序列模式。在Top-k对比序列模式挖掘中,可能挖... 详细信息

对比序列模式可以用来表征不同类别数据集之间的差异。在生物信息、物流管理、电子商务等领域,对比序列模式有着广泛的应用。Top-k对比序列模式挖掘的目标是发现数据集中对比度最高的前k个序列模式。在Top-k对比序列模式挖掘中,可能挖掘出冗余的序列模式。目前,虽然有Top-k对比序列模式发现算法被提出,但这些算法并未考虑冗余序列模式的问题。为此,本文提出了基于广度优先生成树的去冗余Top-k对比序列模式挖掘算法BFM(breadth-first miner)。使用BFM算法可以有效地解决冗余问题,得到去冗余的Top-k对比序列模式。在BFM算法的基础上,提出了性能更好的算法PBFM(pruning breadth-first miner)。通过在真实数据集上的实验分析与对比,验证了本文算法的有效性。

关键词：对比序列模式广度优先冗余序列模式模式挖掘 Top-k

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基于置换检验的聚类结果评估

智能系统学报 2016年第3期11卷 301-309页

作者：谷飞洋田博张思萌陈征何增有大连理工大学软件学院辽宁大连116621

对聚类结果,传统的评估方法不能从统计意义上对结果评估。ECP是一种新颖的基于置换检验的评估算法。ECP直接对聚类结果进行置换检验从而计算出p-value。为了测试ECP的效果,利用了UCI中的iris,wine,yeast数据集对算法进行评测。实验结果... 详细信息

对聚类结果,传统的评估方法不能从统计意义上对结果评估。ECP是一种新颖的基于置换检验的评估算法。ECP直接对聚类结果进行置换检验从而计算出p-value。为了测试ECP的效果,利用了UCI中的iris,wine,yeast数据集对算法进行评测。实验结果表明,ECP可以在能够接受的时间内运算出比较准确的实验结果。

关键词：聚类聚类评估统计检验置换检验

基于模式冲突的多数据库系统全局规则获取(英文)

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The effects of exercise interventions on brain-derived neurotrophic factor levels in children and adolescents:a meta-analysis

第十八届全国数据库学术会议

作者： he zengyou,Deng Shengchun,Xu Xiaofei,Zhao Zheng (Department of Computer Science and Engineering,Harbin Institute of Technology Harbin 150001)

Semantic query optimization is comparatively a recent approach for the transformation of given query into equivalent alternative queries using matching rules in order to select an optimal query based on the costs of executing alternative *** is the potential to reduce query execution cost by applying this process in a multidatabase *** such an environment,rules can be classified into three types:global, inter-schema and *** this paper,a systematic method is proposed for inducing global rules from holding rules in local databases with the consideration of schema conflicts.

关键词： Rules Semantic Query Optimization Multidatabase Systems

来源： cnki会议评论

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Neural Regeneration Research 2025年第5期20卷 1513-1520页

作者： Xueyun Shao Longfei he Yangyang Liu Physical Education School Shenzhen UniversityShenzhenGuangdong ProvinceChina Shenzhen Institute of Neuroscience ShenzhenGuangdong ProvinceChina

Brain-derived neurotrophic factor is a crucial neurotrophic factor that plays a significant role in brain health. Although the vast majority of meta-analyses have confirmed that exercise interventions can increase brain-derived neurotrophic factor levels in children and adolescents, the effects of specific types of exercise on brain-derived neurotrophic factor levels are still controversial. To address this issue, we used meta-analytic methods to quantitatively evaluate, analyze, and integrate relevant studies. Our goals were to formulate general conclusions regarding the use of exercise interventions, explore the physiological mechanisms by which exercise improves brain health and cognitive ability in children and adolescents, and provide a reliable foundation for follow-up research. We used the Pub Med, Web of Science, Science Direct, Springer, Wiley Online Library, Weipu, Wanfang, and China National Knowledge Infrastructure databases to search for randomized controlled trials examining the influences of exercise interventions on brain-derived neurotrophic factor levels in children and adolescents. The extracted data were analyzed using Review Manager 5.3. According to the inclusion criteria, we assessed randomized controlled trials in which the samples were mainly children and adolescents, and the outcome indicators were measured before and after the intervention. We excluded animal experiments, studies that lacked a control group, and those that did not report quantitative results. The mean difference(MD;before versus after intervention) was used to evaluate the effect of exercise on brain-derived neurotrophic factor levels in children and adolescents. Overall, 531 participants(60 children and 471 adolescents, 10.9–16.1 years) were included from 13 randomized controlled trials. heterogeneity was evaluated using the Q statistic and I^(2) test provided by Review Manager software. The meta-analysis showed that there was no heterogeneity among the studies(P = 0.67,

关键词： adolescents brain-derived neurotrophic factor children exercise meta-analysis randomized controlled trials

Dip2a regulates stress susceptibility in the basolateral amygdala

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Neural Regeneration Research 2025年第6期20卷 1735-1748页

作者： Jing Li Zixuan he Weitai Chai Meng Tian Huali Yu Xiaoxiao he Xiaojuan Zhu Key Laboratory of Molecular Epigenetics Ministry of Education Institute of Genetics and CytologyNortheast Normal UniversityChangchunJilin ProvinceChina

Dysregulation of neurotransmitter metabolism in the central nervous system contributes to mood disorders such as depression, anxiety, and post–traumatic stress disorder. Monoamines and amino acids are important types of neurotransmitters. Our previous results have shown that disco-interacting protein 2 homolog A(Dip2a) knockout mice exhibit brain development disorders and abnormal amino acid metabolism in serum. This suggests that DIP2A is involved in the metabolism of amino acid–associated neurotransmitters. Therefore, we performed targeted neurotransmitter metabolomics analysis and found that Dip2a deficiency caused abnormal metabolism of tryptophan and thyroxine in the basolateral amygdala and medial prefrontal cortex. In addition, acute restraint stress induced a decrease in 5-hydroxytryptamine in the basolateral amygdala. Additionally, Dip2a was abundantly expressed in excitatory neurons of the basolateral amygdala, and deletion of Dip2a in these neurons resulted in hopelessness-like behavior in the tail suspension test. Altogether, these findings demonstrate that DIP2A in the basolateral amygdala may be involved in the regulation of stress susceptibility. This provides critical evidence implicating a role of DIP2A in affective disorders.

关键词： 5-hydroxytryptamine acute restraint stress basolateral amygdala CaMKII neurons DIP2A metabolomics neurotransmitters principal component analysis stress susceptibility tryptophan