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Intergeneric chromosome-specific painting reveals differential chromosomal transmission from Tripidium arundinaceum in sugarcane progeny

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Journal of Integrative Agriculture 2024年第11期 3751-3762页

作者： Fan yu zehuai yu Jin Chai Xikai yu Chen Fu Xinwang Zhao Hailong Chang Jiawei Lei Baoshan Chen Wei Yao Muqing Zhang Jiayun Wu Qinnan Wang Zuhu Deng State Key Laboratory for Conservation and Utilization of Subtropical Agro-bioresources/Guangxi Key Laboratory for Sugarcane Biology College of Agriculture Guangxi University National Engineering Research Center for Sugarcane Fujian Agriculture and Forestry University Institute of Nanfan & Seed Industry Guangdong Academy of Sciences Key Laboratory of Sugarcane Biology and Genetic Breeding Ministry of Agriculture and Rural Affairs/Fujian Agriculture and Forestry University

Sugarcane has recently attracted increasing attention for its potential as a source of sugar and bioethanol, so increasing its yield is essential to ensure the sugar security and bioenergy production. Intergeneric hybridization is a highly efficient method to produce new genetic variants of crop plants, particularly those species with high ploidy such as sugarcane(Saccharum spp.). Tripidium arundinaceum exhibits many desirable agronomic traits, and has been widely studied to produce hybrids with improved stress tolerance and other characteristics in sugarcane breeding. However, the genetic relationship between T. arundinaceum and Saccharum species, and the individual T. arundinaceum chromosomal compositions in sugarcane hybrids are still elusive. Here we used whole-genome single-nucleotide polymorphisms(SNPs) to ascertain the phylogenetic relationships between these species and found that T. arundinaceum is more closely related to Saccharum than Sorghum, in contrast to the previous narrow genetic analyses using chloroplast DNA. Additionally, oligonucleotide(oligo)-based chromosome-specific painting derived from Saccharum officinarum was able to distinctly identify the chromosomes of T. arundinaceum. We developed the oligo-genomic in situ hybridization(GISH) system for the first time, to unveil the novel chromosome translocations and the transmission of individual T. arundinaceum chromosomes in sugarcane progeny. Notably,we discovered that the chromosomal transmission of T. arundinaceum exhibited several different inheritance modes,including n, 2n, and over 2n in the BC1 progenies. Such inheritance patterns may have resulted from first division restitution(FDR) or FDR+nondisjunction of a chromosome with the sister chromatids in the second meiosis division/second division restitution(FDR+NSC/SDR) model during meiosis. These results will be of substantial benefit for the further selection of T. arundinaceum chromosomes for sugarcane genetic improvement.

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甘蔗野生种割手密叶绿体基因组特征及种内系统进化关系

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基因组学与应用生物学 2023年第12期42卷 1295-1310页

作者：余熙恺余泽怀张清张兴坦广西大学农学院南宁530004 中国农业科学院深圳农业基因组研究所深圳518120

甘蔗野生种割手密(Saccharum spontaneum)为栽培种甘蔗提供了对多种病原菌与逆境具有抗性的优良性状。本研究基于已发表的群体重测序数据,组装并注释了来自亚洲、地中海、印度次大陆、非洲等地域的64个割手密的叶绿体基因组。组装结果显... 详细信息

甘蔗野生种割手密(Saccharum spontaneum)为栽培种甘蔗提供了对多种病原菌与逆境具有抗性的优良性状。本研究基于已发表的群体重测序数据,组装并注释了来自亚洲、地中海、印度次大陆、非洲等地域的64个割手密的叶绿体基因组。组装结果显示,64个叶绿体基因组平均长度为141 185.72 bp, G+C含量平均为38.4%。长单拷贝(long single-copy, LSC)区域平均长度为83 062.8 bp,短单拷贝(short single-copy, SSC)区域平均长度为12 544 bp,反向重复a/b(inverted repeat a/b, IRa/b)区域平均长度为22 789.47 bp。64个叶绿体基因组均注释到132个基因。IR区域边界分析表明割手密的IR区域较保守,序列相似度为99.9%,边界未观察到明显的扩张与收缩。对割手密叶绿体的SSR注释发现其分为单碱基重复(P1)与多碱基重复(C)类型。相对同义密码子使用度(relative synonymous codon usage, RSCU)统计表明,割手密叶绿体基因组受到环境选择压力的影响。系统进化分析揭示了割手密叶绿体的种内系统发育关系。本研究揭示了64个甘蔗野生种割手密的叶绿体基因组信息,为进一步开展甘蔗割手密种内泛基因组、核质冲突、系统发育地理学与叶绿体密码子优化算法提供理论支撑。

关键词：甘蔗属割手密叶绿体基因组系统发育分析生物信息学

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中西医结合神经根型颈椎病诊断与非手术治疗指南(2023年)计划书

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医学新知 2024年第1期34卷 79-87页

作者：詹吉恒廖少君侯宇林方政林涌鹏陈树东罗俊华温泽淮林定坤广州中医药大学第二附属医院脊柱微创科广州510120 中国中医科学院广东分院脊柱退变性疾病防治研究团队广州510006 广州中医药大学第二临床医学院广州510405 广州中医药大学第二附属医院中医药临床研究方法学重点研究室广州510120

神经根型颈椎病(cervical spondylotic radiculopathy,CSR)是中西医结合医学的常见优势病种之一,但现有的CSR指南/共识均未提供与CSR中西医结合诊疗相关的建议。为帮助不同医学体系下的从业者更好地进行CSR中西医结合诊疗决策,亟需制订... 详细信息

神经根型颈椎病(cervical spondylotic radiculopathy,CSR)是中西医结合医学的常见优势病种之一,但现有的CSR指南/共识均未提供与CSR中西医结合诊疗相关的建议。为帮助不同医学体系下的从业者更好地进行CSR中西医结合诊疗决策,亟需制订基于循证医学证据的临床实践指南。本指南计划书介绍了项目组遵照循证指南制订的原则、方法制订《中西医结合神经根型颈椎病诊断与非手术治疗指南(2023年)》的各个关键环节,旨在为科学制订本指南提供指导性和纲要性的实施方案,促进本指南规范、高效、透明化开展。

关键词：神经根型颈椎病中西医结合诊断非手术治疗临床实践指南指南计划书

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玉屏风散加减联合常规药物治疗单纯疱疹病毒性角膜炎有效性和安全性的meta分析

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中药新药与临床药理 2016年第2期27卷 290-294,312页

作者：华桂香郭晓慧向玉周莉温泽淮广州中医药大学第二附属医院广东广州510120 广州中医药大学DME中心广东广州510405

目的评价玉屏风散加减联合常规药物治疗单纯疱疹病毒性角膜炎的有效性和安全性。方法通过检索CENTRAL、Pub Med、EMbase、CBM、CNKI、中文科技期刊数据库(VIP)、万方数据库,并获取玉屏风散治疗单纯疱疹病毒性角膜炎的随机对照试验文献,... 详细信息

目的评价玉屏风散加减联合常规药物治疗单纯疱疹病毒性角膜炎的有效性和安全性。方法通过检索CENTRAL、Pub Med、EMbase、CBM、CNKI、中文科技期刊数据库(VIP)、万方数据库,并获取玉屏风散治疗单纯疱疹病毒性角膜炎的随机对照试验文献,在采用Cochrane偏倚风险评估工具对纳入研究进行方法学质量评估基础上,用Rev Man 5.3软件进行meta分析。结果 10个研究包括955例病例被纳入,meta分析结果表明,玉屏风散加减联合常规药物治疗的疗效优于单纯使用常规药物治疗,RR=1.12(95%CI:1.04,1.21);且复发率也低于常规药物治疗组,RR=0.21(95%CI:0.14,0.30);但倒漏斗图提示可能存在潜在的发表性偏倚。10个研究对不良事件或不良反应报告不充分。结论尽管玉屏风散加减联合常规药物治疗用于单纯疱疹病毒性角膜炎的疗效优于单用常规药物治疗,但所纳入研究的方法学质量较差,结论须谨慎应用。

关键词：单纯疱疹病毒性角膜炎玉屏风散系统评价 meta分析随机对照试验

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广州医院门诊使用香雪抗病毒口服液不良反应调查

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中药新药与临床药理 2019年第2期30卷 245-250页

作者：李晓彦于涛温泽淮洪晓丹杨辉林岱黎月玲广州中医药大学第二附属医院临床研究方法学重点研究室广东广州510120 广州中医药大学DME中心广东广州510405 中山大学附属第一医院药学部广东广州510080 广州市番禺中心医院药学部广东广州511400 广州番禺何贤纪念医院药剂科广东广州511400 广州市红十字会医院药学部广东广州510220

目的通过收集广州市一段时间内服用香雪抗病毒口服液患者的不良反应/事件,了解不良反应的发生情况和原因,为临床安全用药提供依据。方法采用医院集中监测的方式,通过电子病历系统收集使用香雪抗病毒口服液的门诊病人,以电话随访的方式... 详细信息

目的通过收集广州市一段时间内服用香雪抗病毒口服液患者的不良反应/事件,了解不良反应的发生情况和原因,为临床安全用药提供依据。方法采用医院集中监测的方式,通过电子病历系统收集使用香雪抗病毒口服液的门诊病人,以电话随访的方式进行调查。结果共纳入患者10 089例,不良反应的发生率为0.93%,主要以胃肠系统损害、皮肤及其附件损害为主;对可能影响因素的分析发现,年龄分段组间比较有显著性差异,随年龄增大不良反应的发生数逐渐减少。结论该药品的不良反应发生属于偶见范围。在使用时应注意预防胃肠功能紊乱及过敏性症状的发生。其在7岁及以下的婴儿和儿童中使用率较高,尤其是2岁以下婴幼儿,应注意该药的用量、用法,以避免不良反应发生。

关键词：不良反应抗病毒口服液中成药安全性

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中药治疗慢性支气管炎随机对照试验的系统评价

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中药新药与临床药理 2006年第6期17卷 468-471页

作者：庾慧韩云许坚臧敏温泽淮广州中医药大学第二附属医院广州510120 广州中医药大学广州510405

目的在对中医药治疗慢性支气管炎随机对照试验文献进行严格质量评价的基础上,对中药治疗慢性支气管炎的临床有效性和安全性进行系统评价。方法通过中国生物医学文献光盘数据库和中国中医药科技文献数据库,收集符合奈件的文献,由两位接... 详细信息

目的在对中医药治疗慢性支气管炎随机对照试验文献进行严格质量评价的基础上,对中药治疗慢性支气管炎的临床有效性和安全性进行系统评价。方法通过中国生物医学文献光盘数据库和中国中医药科技文献数据库,收集符合奈件的文献,由两位接受培训的评价人员对随机对照文献进行信息采集和质量评价,方法学质量评价采用Jadad评分表。结果符合纳入标准的论文共有93篇。其中,Jadad评分为0分的有71篇,评分为1分的有14篇,仅有6篇文献达到2分,高质量文献只有2篇(3分)。Jadad评分为2分以上的8篇研究中,因试验药物和对照药物各不相同,无法归类而未能进行数据合并的Meta分析。有4项研究临床疗效的相对获益指标RR(relative risk)的95%可信区间不包括1．0,提示此4项治疗组与对照组疗效差异有显著性意义。有1项研究的治疗后组间肺功能指标FEV_1具有显著性差异。“倒漏斗”图示分析,发现图形不对称。结论虽然某些中药汤剂或制剂可能对慢性支气管炎具有一定治疗效果,但由于各项研究的质量较低,且存在潜在的发表性偏倚,中药治疗慢性支气管炎的临床疗效仍有待高质量临床试验的进一步支持。

关键词：慢性支气管炎中药疗法系统评价循证医学

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基于真实世界数据的中成药安全性评价模式构建

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中国药物警戒 2022年第1期19卷 18-22页

作者：李玲刘艳梅谭婧王雯姚明宏马玉罗小超廖星刘岩宋海波温泽淮孙鑫四川大学华西医院中国循证医学中心四川成都610041 国家药品监督管理局海南真实世界数据研究与评价重点实验室海口海南570100 四川省真实世界数据技术创新中心四川成都610041 中国中医科学院中医临床基础医学研究所北京100700 北京中医药大学东直门医院中医内科学教育部和北京市重点实验室北京100700 国家药品监督管理局药品评价中心国家药品监督管理局药物警戒研究与评价重点实验室北京100022 广东省中医院临床研究方法学重点研究室广东广州510120

目的构建基于真实世界数据的中成药安全性评价模式,为研究者和决策者正确生产和使用基于真实世界数据的中成药安全性评价证据提供参考。方法通过查阅国内外文献总结真实世界数据在中成药安全性评价中的作用,探索构建基于真实世界数据的... 详细信息

目的构建基于真实世界数据的中成药安全性评价模式,为研究者和决策者正确生产和使用基于真实世界数据的中成药安全性评价证据提供参考。方法通过查阅国内外文献总结真实世界数据在中成药安全性评价中的作用,探索构建基于真实世界数据的中成药安全性评价模式。结果从药品监管的角度,提出了基于常规收集和主动收集的真实世界数据开展中成药安全性评价的研究模式,并通过实例进行应用阐述。结论真实世界数据在中成药安全性评价中具有重要作用,但仍存在诸多局限,迫切需要引入新的研究设计和统计分析方法。

关键词：真实世界数据中成药安全性评价

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