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Degeneration Directory:a multi-omics web resource for degenerative diseases

Protein & Cell 2024年第5期15卷 385-392页

作者： Haoteng Yan Changfa Lu Chenyang Lan Si Wang Weiqi Zhang Zan He Jinghao Hu Jiaqi Ai Guang-Hui Liu Shuai Ma yuanchun zhou Jing Qu State Key Laboratory of Membrane Biology Institute of ZoologyChinese Academy of SciencesBeijing 100101China State Key Laboratory of Stem Cell and Reproductive Biology Institute of ZoologyChinese Academy of SciencesBeijing 100101China Key Laboratory of Organ Regeneration and Reconstruction Institute of ZoologyChinese Academy of SciencesBeijing 100101China Advanced Innovation Center for Human Brain Protection and National Clinical Research Center for Geriatric DisordersXuanwu Hospital Capital Medical UniversityBeijing 100053China Aging Translational Medicine Center International Center for Aging and CancerBeijing Municipal Geriatric Medical Research CenterXuanwu HospitalCapital Medical UniversityBeijing 100053China Computer Network Information Center Chinese Academy of SciencesBeijing 100190China The Fifth People’s Hospital of Chongqing Chongqing 400062China Aging Biomarker Consortium Beijing 100101China CAS Key Laboratory of Genomic and Precision Medicine Beijing Institute of GenomicsChinese Academy of Sciences and China National Center for BioinformationBeijing 100101China University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100049China Sino-Danish College University of Chinese Academy of SciencesBeijing 101408China Beijing Institute for Stem Cell and Regenerative Medicine Beijing 100101China Institute for Stem Cell and Regeneration Chinese Academy of SciencesBeijing 100101China

Background of database.Organ degeneration refers to the gradual decline in organ function and structure deterioration that occurs during aging,which represents the greatest risk factor for various degenerative diseases,including cardiovascular diseases,neurodegenerative diseases,and osteoarthritis,etc.(Aging Biomarker et al.,2023;Becker et al.,2018;Cai et al.,2022).

关键词： Directory web Becker

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A Correlation Visual Analytics System for Air Quality

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Chinese Journal of Electronics 2018年第5期27卷 920-926页

作者： DU Yi Abish Malik zhou Lianke zhou yuanchun Department of Big Data Technology and Application Development Computer Network Information CenterChinese Academy of Sciences

A visual analytics system is proposed to reveal the lead/lag correlation when air pollution is detected. In this system, an Overview + Detail approach is utilized for analyzing the correlation of air quality under both the spatial and temporal dimensions and different spatial-temporal scales. An annular container is proposed to preserve the context spatial information while the zoom level of the map changes. Based on the annular container, several analysis techniques such as STL decomposition view and correlation algorithm are integrated.

关键词： Spatial-temporal visualization Time series visualization Correlation analysis Air pollution

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大规模开放遥感影像地图渲染与缓存优化

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计算机工程 2024年第7期50卷 227-239页

作者：周小华周园春孟珍王学志中国科学院计算机网络信息中心北京100083 中国科学院大学北京100049

遥感数据规模庞大且增长迅速,目前可公开访问的遥感影像数据已接近EB级别,然而类型多样、结构复杂、存储文件大等特点给大规模开放遥感数据的发现、共享与使用带来诸多不便。在线地图可使用户无须下载便可对海量云端遥感数据执行可视化... 详细信息

遥感数据规模庞大且增长迅速,目前可公开访问的遥感影像数据已接近EB级别,然而类型多样、结构复杂、存储文件大等特点给大规模开放遥感数据的发现、共享与使用带来诸多不便。在线地图可使用户无须下载便可对海量云端遥感数据执行可视化分析,是一种高效的数据服务方式。针对传统地图技术方案存在的瓦片渲染效率低、遥感数据适配性差等问题,从遥感数据时空属性特征及用户访问行为特征出发,依托遥感数据云平台GSCloud,设计并实现面向海量遥感数据的高效地图服务平台TiMap。TiMap由分布式地图瓦片渲染引擎TiRender与分布式地图瓦片缓存TiCache构成。TiRender通过将地图瓦片渲染操作转换为分布式环境下的同步实时渲染任务与异步批量预渲染任务,充分利用多节点并行计算的优势,快速响应客户端的地图瓦片请求。TiCache负责缓存TiRender产生的地图瓦片,以提升后续重复地图瓦片请求的响应速度,TiCache中的地图瓦片缓存分配算法基于疏远度实现,可以保证多节点的负载均衡。实验结果表明,TiRender与TiCache均比同类技术方案的性能更好,两者协同工作可使TiMap在100ms内快速响应大规模地图瓦片请求。

关键词：遥感大数据遥感地图服务地图瓦片渲染地图瓦片缓存数据疏远度

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基于语义相似关系的学科交叉主题识别方法

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情报学报 2024年第1期43卷 34-47页

作者：王卫军宁致远董昊乔子越杜一周园春河南财经政法大学图书馆郑州450046 中国科学院计算机网络信息中心北京100190 中国科学院大学北京100049

识别不同学科间共有的研究内容是学科交叉知识发现的一种研究思路。学科间具有相似语义的研究内容,能够更好地体现学科之间知识的融合、交流现象。针对从科技文献数据中获取语义相似学科交叉研究主题的问题,本文提出了一种基于无监督对... 详细信息

识别不同学科间共有的研究内容是学科交叉知识发现的一种研究思路。学科间具有相似语义的研究内容,能够更好地体现学科之间知识的融合、交流现象。针对从科技文献数据中获取语义相似学科交叉研究主题的问题,本文提出了一种基于无监督对比学习的科技文献及关键词语义相似关系表示学习方法,构建了一种语义相似学科交叉主题识别模型。该模型将Spearman相关系数作为评价学科交叉主题的指标,解决了现有研究缺少学科交叉研究数据集的问题。研究结果表明,本文模型较好地获取了科技文献及其关键词之间的语义相似关系,能够较好地反映两个学科之间的交叉态势。

关键词：科研项目学科交叉主题对比学习表示学习

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基于随机振动试验的车载座舱数值分析及结构优化

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计算机辅助工程 2024年第1期33卷 6-13页

作者：王艺伟周元春王上飞赵波侯如非上海机电工程研究所上海201109

针对道路运输工况下车载座舱遭受随机振动激励而损伤的问题,研究座舱的随机振动响应特性。对座舱试验件进行振动台试验,获得试验件在不同工况下的加速度、应变、应力等动力学响应数据,据此建立座舱数值分析模型并进行随机振动响应分析... 详细信息

针对道路运输工况下车载座舱遭受随机振动激励而损伤的问题,研究座舱的随机振动响应特性。对座舱试验件进行振动台试验,获得试验件在不同工况下的加速度、应变、应力等动力学响应数据,据此建立座舱数值分析模型并进行随机振动响应分析计算。通过与振动试验结果对比,验证数值分析方法的合理性。对数值分析模型进行全工况计算,将仿真与试验结果相结合进行随机振动响应分析。根据结构振动特性与失效机理,对座舱结构进行优化设计,使其满足抗震要求。

关键词：随机振动振动试验车载座舱结构优化

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Spatiotemporal Characteristics of Rainfall over Different Terrain Features in the Middle Reaches of the Yangtze River Basin during the Warm Seasons of 2016–20

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Advances in Atmospheric Sciences 2024年第5期41卷 915-936页

作者： Qian WEI Jianhua SUN Shenming FU yuanchun ZHANG Xiaofang WANG Key Laboratory of Cloud-Precipitation Physics and Severe Storms(LACS) Institute of Atmospheric PhysicsChinese Academy of Sciences(IAP/CAS)Beijing 100029China Collaborative Innovation Center on Forecast and Evaluation of Meteorological Disasters(CIC-FEMD) Nanjing University of Information Science and TechnologyNanjing 210044China University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100029China International Center for Climate and Environment Sciences Institute of Atmospheric PhysicsChinese Academy of SciencesBeijing 100029China Hubei Key Laboratory for Heavy Rian Monitoring and Warning Research Institute of Heavy RainChina Meteorological Administration(CMA)Wuhan 430205China

Based on hourly rain gauge data during May–September of 2016–20,we analyze the spatiotemporal distributions of total rainfall(TR)and short-duration heavy rainfall(SDHR;hourly rainfall≥20 mm)and their diurnal variations over the middle reaches of the Yangtze River basin.For all three types of terrain(i.e.,mountain,foothill,and plain),the amount of TR and SDHR both maximize in June/July,and the contribution of SDHR to TR(CST)peaks in August(amount:23%;frequency:1.74%).Foothill rainfall is characterized by a high TR amount and a high CST(in amount);mountain rainfall is characterized by a high TR frequency but a small CST(in amount);and plain rainfall shows a low TR amount and frequency,but a high CST(in amount).Overall,stations with high TR(amount and frequency)are mainly located over the mountains and in the foothills,while those with high SDHR(amount and frequency)are mainly concentrated in the foothills and plains close to mountainous areas.For all three types of terrain,the diurnal variations of both TR and SDHR exhibit a double peak(weak early morning and strong late afternoon)and a phase shift from the early-morning peak to the late-afternoon peak from May to August.Around the late-afternoon peak,the amount of TR and SDHR in the foothills is larger than over the mountains and plains.The TR intensity in the foothills increases significantly from midnight to afternoon,suggesting that thermal instability may play an important role in this process.

关键词： short duration heavy rainfall diurnal variation foothill rainfall

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gcCov:Linked open data for global coronavirus studies

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mLife 2022年第1期1卷 92-95页

作者： Wenyu Shi Guomei Fan Zhihong Shen Chuan Hu Juncai Ma yuanchun zhou Zhen Meng Songnian Hu Yuhai Bi Liang Wang Haiying Yu Siru Lin Xiuqiang Sun Xinjiao Zhang Dongmei Liu Qinlan Sun Linhuan Wu Microbial Resource and Big Data Center Institute of MicrobiologyChinese Academy of SciencesBeijingChina Computer Network Information Center Chinese Academy of SciencesBeijingChina State Key Laboratory of Microbial Resources Institute of MicrobiologyChinese Academy of SciencesBeijingChina CAS Key Laboratory of Pathogenic Microbiology&Immunology Institute of MicrobiologyChinese Academy of SciencesBeijingChina

Impact Statement We present a method of mapping data from publicly available genomics and publication resources to the Resource Description Framework(RDF)and implement a server to publish linked open data(LOD).As one of the largest and most comprehensive semantic databases about coronaviruses,the resulted gcCov database demonstrates the capability of using data in the LOD framework to promote correlations between genotypes and phenotypes.These correlations will be helpful for future research on fundamental viral mechanisms and drug and vaccine designs.

关键词： server database databases

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A grid-based clustering algorithm for wild bird distribution

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Frontiers of Computer Science 2013年第4期7卷 475-485页

作者： Yuwei WANG yuanchun zhou Ying LIU Ze LUO Danhuai GUO Jing SHAO Fei TAN Liang WU Jianhui LI Baoping YAN Computer Network Information Center Chinese Academy of Sciences Beijing 100190 China University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100049 China Research Center on Fictitious Economy and Data Science Chinese Academy of Sciences Beijing 100190 China

Advanced satellite tracking technologies provide biologists with long-term location sequence data to understand movement of wild birds then to find explicit correlation between dynamics of migratory birds and the spread of avian influenza. In this paper, we propose a hierarchical clustering algorithm based on a recursive grid partition and kernel density estimation （KDE） to hierarchically identify wild bird habitats with different densities. We hierarchically cluster the GPS data by taking into account the following observations： 1） the habitat variation on a variety of geospatial scales; 2） the spatial variation of the activity patterns of birds in different stages of the migration cycle. In addition, we measure the site fidelity of wild birds based on clustering. To assess effectiveness, we have evaluated our system using a large-scale GPS dataset collected from 59 birds over three years. As a result, our approach can identify the hierarchical habitats and distribution of wild birds more efficiently than several commonly used algorithms such as DBSCAN and DENCLUE.

关键词： hierarchical clustering bird migration kerneldensity estimation grid partition

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我国开放科学治理框架研究

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中国科学院院刊 2023年第6期38卷 818-828页

作者：袁亚湘魏鑫汪洋周园春中国科学院数学与系统科学研究院北京100190 中国科学院计算机网络信息中心北京100190

开放科学蓬勃发展,推动着全球科学研究范式的变革。开放科学治理旨在逐步加大科技进步过程的透明性和全球参与度,确保全球范围的低成本开放,加快成果的全球传播和共享,提升全民的科学素养和人文素养。随着开放科学发展势头愈发强劲,一... 详细信息

开放科学蓬勃发展,推动着全球科学研究范式的变革。开放科学治理旨在逐步加大科技进步过程的透明性和全球参与度,确保全球范围的低成本开放,加快成果的全球传播和共享,提升全民的科学素养和人文素养。随着开放科学发展势头愈发强劲,一系列挑战逐渐涌现。通过对开放科学治理框架模型进行分析研究,有助于进一步梳理治理逻辑,明确治理主体和治理机制,将有效推进我国开放科学治理体系构建,加速我国科学技术发展,助力我国于2040—2050年成为全球知识共同体的“领航人”之一,推动我国世界科技强国战略目标实现。

关键词：开放科学开放科学治理治理框架评价体系世界科学中心

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基于多标签分类的科技文献学科交叉研究性质识别

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数据分析与知识发现 2023年第1期7卷 102-112页

作者：王卫军宁致远杜一周园春中国科学院计算机网络信息中心北京100083 中国科学院大学北京100049

【目的】识别科技文献的学科交叉研究性质,为挖掘学科交叉前沿问题提供支撑。【方法】将学科领域专家提供的科技文献已有学科标签,与文本分类算法预测的科技文献学科标签相结合,共同识别学科交叉科技文献。【结果】相较于直接基于模型预... 详细信息

【目的】识别科技文献的学科交叉研究性质,为挖掘学科交叉前沿问题提供支撑。【方法】将学科领域专家提供的科技文献已有学科标签,与文本分类算法预测的科技文献学科标签相结合,共同识别学科交叉科技文献。【结果】相较于直接基于模型预测,本文提出的识别学科交叉科技文献的方法F1指标从0.23提升到0.45。【局限】模型识别学科交叉研究性质科技文献的召回率指标较低。【结论】通过关注不同学科间科技文献被分类错误的数据,判断科技文献的学科交叉研究性质,是值得进一步关注的研究方向。

关键词：深度学习多标签文本分类学科交叉研究识别科技文献

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