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Structure modeling and spatial epitope analysis for HA protein of the novel H1N1 influenza virus

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Chinese Science Bulletin 2009年第13期54卷 2171-2173页

作者： WU Di XU TianLei SUN Jing DAI JianXin DING GuoHui HE YunGang ZHOU ZhengFeng XIONG Hui DONG Hui JIN WeiRong BIAN Chao JIN Li WANG HongYan WANG XiaoNing YANG zhong zhong Yang WANG Hao CHE XiaoYan HUANG zhong LAN Ke SUN Bing WU Fan YUAN ZhenAn ZHANG Xi ZHOU XiaoNong ZHOU JiaHai MA zhiyong TONG GuangZhi GUO YaJun ZHAO GuoPing LI YiXue CAO ZhiWei School of Life Sciences and Technology Tongji University Shanghai 200092 China Shanghai Center for Bioinformation Technology Shanghai 200235 China School of Life Sciences Fudan University Shanghai 200433 China Cancer Institute of the Second Military Medical University Shanghai 200433 China School of Life Sciences and Technology South China University of Technology Guangzhou 510641 China National Engineering Research Center for Antibody Drugs Shanghai 201203 China Zhujiang Hospital Southern Medical University Guangzhou 510282 China Shanghai Municipal Center for Disease Control & Prevention Shanghai 200336 China Shanghai Institutes of Biological Sciences Chinese Academy of Sciences (Lab of Computational Genomics CAS-MPG Partner Institute of Computational Biology Center of Bioinformatics Key Lab of System Biology Lab of Synthetic Biology Institute of Plant Physiology & Ecology Institute Pasteur) Shanghai 200031 China National Engineering Research Center for Biochip Technology Shanghai Biochip Co. Ltd Shanghai 201203 China National Institute for Parasitic Diseases Chinese Center for Disease Control and Prevention Shanghai 200025 China Shanghai Institute of Organic Chemistry Chinese Academy of Sciences Shanghai 200032 China Shanghai Veterinary Research Institute Chinese Academy of Agricultural Sciences Shanghai 200241 China

In recent months,a novel influenza virus H1N1 broke out around the *** bioinformatics technology,the 3D structure of HA protein was obtained,and the epitope residues were predicted with the method developed in our group for this novel flu virus.58 amino acids were identified as potential epitope residues,the majority of which clustered at the surface of the globular head of HA *** it is located at the similar position,the epitope of HA protein for the novel H1N1 flu virus has obvious differences in the electrostatic potential compared to that of HA proteins from previous flu viruses.

关键词：禽流感病毒抗原表位 A蛋白结构建模和空间生物信息学技术三维结构残留物

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温室机器人驱动控制系统的算法研究

农业机械学报 2006年第3期37卷 87-90页

作者：阎勤劳钟灵薛少平张志勇广东交通职业技术学院航运工程系西北农林科技大学机械与电子工程学院

为了使机器人的行动能适应温室的复杂情况,提高机器人的运动控制精度,将模拟PID控制算法离散化,对编码反馈误差进行归一化处理,并将其输入3层的BP神经网络,研究了隐含层加权系数的计算方法,完成并验证了模糊BP神经网络PID控制系统的算... 详细信息

为了使机器人的行动能适应温室的复杂情况,提高机器人的运动控制精度,将模拟PID控制算法离散化,对编码反馈误差进行归一化处理,并将其输入3层的BP神经网络,研究了隐含层加权系数的计算方法,完成并验证了模糊BP神经网络PID控制系统的算法。结果证明,在同一指令时间内,模糊神经网络控制器能够很好地完成角度指令的零误差调节,与常规PID控制器相比较,模糊神经网络控制器的超调量显著减小。

关键词：温室机器人驱动控制算法

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中小流域山洪危险性区划

地球科学（中国地质大学学报） 2014年第10期39卷 1438-1444页

作者：陆桂华钟凌吴志勇何海河海大学水文水资源学院江苏南京210098 河海大学水问题研究所江苏南京210098

山洪危险性区域划分是一种行之有效的防洪减灾非工程措施,是防洪减灾体系中的重要组成部分.利用GIS技术和模糊数学方法建立山洪危险性评价模型;从山洪危险性定义出发,利用正交设计方法,考察降雨量和单位面积汇流时间等对山洪影响的敏感... 详细信息

山洪危险性区域划分是一种行之有效的防洪减灾非工程措施,是防洪减灾体系中的重要组成部分.利用GIS技术和模糊数学方法建立山洪危险性评价模型;从山洪危险性定义出发,利用正交设计方法,考察降雨量和单位面积汇流时间等对山洪影响的敏感性,确定了合理的山洪危险性评价指标体系并结合层次分析法确定了评价指标权重.选择淮河上游息县流域进行了实证应用分析,对研究区域山洪危险性空间分布进行划分.研究结果表明:单位面积汇流时间短、地势起伏较大的地区是山洪危险性较大的区域,需要加强防治.

关键词：洪水灾害评价模型危险性分析正交设计水文地质

Identification of serum metabolites enhancing inflammatory responses in COVID-19

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Science China(Life Sciences) 2022年第10期65卷 1971-1984页

作者： Chen-Song Zhang Bingchang Zhang Mengqi Li Xiaoyan Wei Kai Gong zhiyong Li Xiangyang Yao Jianfeng Wu Cixiong Zhang Mingxia Zhu Lei Zhang Xiufeng Sun Yi-Hong Zhan Zhengye Jiang Wenpeng Zhao Wei zhong Xinguo Zhuang Dawang Zhou Hai-Long Piao Sheng-Cai Lin Zhanxiang Wang State Key Laboratory for Cellular Stress Biology School of Life SciencesXiamen UniversityXiamen361102China Department of Neurosurgery Xiamen Key Laboratory of Brain Centerthe First Affiliated Hospital of Xiamen UniversityXiamen361102China Department of Laboratory Medicine The First Affiliated Hospital of Xiamen UniversityXiamen361102China Department of pulmonary diseases The First Affiliated Hospital of Xiamen UniversityXiamen361102China School of Medicine Xiamen UniversityXiamen361102China Scientific Research Center for Translational Medicine Dalian Institute of Chemical PhysicsChinese Academy of SciencesDalian116023China Institute of Neurosurgery School of MedicineXiamen UniversityXiamen361102China

Coronavirus disease 2019(COVID-19),caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(SARS-CoV-2),is characterized by a strong production of inflammatory cytokines such as TNF and IL-6,which underlie the severity of the ***,the molecular mechanisms responsible for such a strong immune response remains ***,utilizing targeted tandem mass spectrometry to analyze serum metabolome and lipidome in COVID-19 patients at different temporal stages,we identified that 611 metabolites(of 1,039)were significantly altered in COVID-19 *** them,two metabolites,agmatine and putrescine,were prominently elevated in the serum of patients;and 2-quinolinecarboxylate was changed in a biphasic manner,elevated during early COVID-19 infection but levelled *** tested in mouse embryonic fibroblasts(MEFs)and macrophages,these 3 metabolites were found to activate the NF-κB pathway that plays a pivotal role in governing cytokine ***,these metabolites were each able to cause strong increase of TNF and IL-6 levels when administered to wildtype mice,but not in the mice lacking NF-κ***,these metabolites have little effects on the activation of interferon regulatory factors(IRFs)for the production of type I interferons(IFNs)for antiviral *** data suggest that circulating metabolites resulting from COVID-19 infection may act as effectors to elicit the peculiar systemic inflammatory responses,exhibiting severely strong proinflammatory cytokine production with limited induction of the *** study may provide a rationale for development of drugs to alleviate inflammation in COVID-19 patients.

关键词： COVID-19 metabolites inflammation

基于Tiny-yolo的网络压缩与硬件加速方法

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华南理工大学学报（自然科学版） 2019年第6期47卷 51-56页

作者：黄智勇吴海华虞智仲元红重庆大学微电子与通信工程学院

针对Tiny-yolo网络模型规模大、占内存多、计算量大、不易在嵌入式端实现的问题,提出了网络压缩、结合硬件加速的方法对其进行优化.首先,分析网络连接关系,对网络贡献较小的连接进行裁剪实现网络压缩,裁剪后的权值矩阵采用稀疏化存储方... 详细信息

针对Tiny-yolo网络模型规模大、占内存多、计算量大、不易在嵌入式端实现的问题,提出了网络压缩、结合硬件加速的方法对其进行优化.首先,分析网络连接关系,对网络贡献较小的连接进行裁剪实现网络压缩,裁剪后的权值矩阵采用稀疏化存储方式减少内存占用;其次,对权值进行量化,通过改变数据的位数,在保证精度误差范围内进一步减小内存占用量和计算复杂度;最后,根据Tiny-yolo网络结构特点提出了深度并行-流水的FPGA加速优化方案,最终实现了Tiny-yolo网络运算的硬件加速.通过实验验证,网络裁剪结合量化可以实现36X左右的压缩比率,通过硬件加速优化,相比在最大频率为667 MHz的ARM Cortex-A9上运算实现了7X左右的运算加速.

关键词：神经网络 Tiny-yolo 压缩硬件加速 FPGA

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TBM刀盘地质适应性设计方法及其应用

机械工程学报 2018年第1期54卷 1-9页

作者：程永亮钟掘暨智勇梅勇兵中南大学机电工程学院长沙410083 中国铁建重工集团有限公司长沙410100

刀盘是全断面硬岩掘进机(TBM)的核心部件,其结构的地质适应性是决定TBM掘进效率的关键因素。根据TBM刀盘制造企业设计的实际需要,制定了刀盘设计基本流程,结合掘进地质条件、刀盘结构参数和掘进参数,建立了刀具布置、开口、盘体设计等... 详细信息

刀盘是全断面硬岩掘进机(TBM)的核心部件,其结构的地质适应性是决定TBM掘进效率的关键因素。根据TBM刀盘制造企业设计的实际需要,制定了刀盘设计基本流程,结合掘进地质条件、刀盘结构参数和掘进参数,建立了刀具布置、开口、盘体设计等关键参数计算模型,提出相应的TBM刀盘地质适应性设计方法。将TBM刀盘设计方法应用于某供水工程,对该工程所用TBM的刀具布置参数、刀盘驱动性能与掘进参数以及刀盘结构参数进行地质适应性设计,并对设计方案进行了力学性能和出渣性能仿真分析。研究结果表明,刀盘设计方法能有效实现刀盘结构、刀具布置以及相关掘进参数地质适应性设计,所设计的刀盘力学性能满足施工要求。目前该刀盘在引水工程中累计已掘进12 km,工作状态良好。

关键词：刀盘结构设计地质适应性工程应用

藿朴夏苓汤对葡聚糖硫酸钠诱导的小鼠炎症性肠病的作用及机制

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中药新药与临床药理 2018年第3期29卷 291-297页

作者：王智勇钟艳花广州中医药大学广东广州510006 广州市荔湾区中医医院广东广州510140

目的探讨藿朴夏苓汤(HPXL)对葡聚糖硫酸钠(DSS)诱导的小鼠炎症性肠病(IBD)的药效作用及机制。方法体外研究:采用荧光素酶报告基因测定HPXL对LS174T细胞中核转录因子-κB(NF-κB)活性的影响;采用LPS刺激细胞,荧光定量PCR和ELISA法测定细... 详细信息

目的探讨藿朴夏苓汤(HPXL)对葡聚糖硫酸钠(DSS)诱导的小鼠炎症性肠病(IBD)的药效作用及机制。方法体外研究:采用荧光素酶报告基因测定HPXL对LS174T细胞中核转录因子-κB(NF-κB)活性的影响;采用LPS刺激细胞,荧光定量PCR和ELISA法测定细胞因子IL-1β、IL-6、TNF-ɑ表达与释放,研究HPXL对NF-κB炎症通路的调控作用。体内研究:采用饮用4%DSS的方法建立IBD小鼠模型。将C57BL/6小鼠随机分成6组(n=10):正常组,模型组,HPXL高、中、低剂量组和柳氮磺胺吡啶(SASP)组。除正常组外,其他组小鼠饮用水中加入4%DSS造模,各给药组于造模前2 d开始灌胃给药,共9 d,每天1次。于给药第9天处死小鼠,取结肠做HE染色并进行组织病理学研究;ELISA方法检测小鼠结肠黏膜髓过氧化物酶(MPO)活性以及IL-1β、IL-6、TNF-ɑ炎症因子的含量。采用Western Blot法检测结肠组织中NF-кB、磷酸化NF-кB(p-NF-кB)、核转录因子抑制蛋白(IкBα)和磷酸化IкBα(p-IкBα)的蛋白表达水平。结果 HPXL显著抑制TNF-ɑ诱导的NF-кB活性;抑制LPS诱导的炎症因子IL-1β、IL-6、i NOS和COX-2的m RNA表达水平(P<0.01),并降低细胞中TNF-α和IL-1β含量的释放(P<0.05)。与模型组比较,HPXL能显著对抗DSS诱导的模型小鼠体质量降低和便血。HPXL通过降低结肠组织中NF-кB和IкBα的磷酸化蛋白表达水平,降低结肠组织中TNF-α、IL-1β和IL-6的含量以及MPO的活性,改善DSS诱导的IBD症状。结论 HPXL通过抑制NF-κB调节的炎症通路,改善DSS诱导的IBD症状。

关键词：藿朴夏苓汤炎症性肠病结肠炎核转录因子-κB

Ti_2AlNbO相合金双层辉光等离子渗Mo摩擦性能

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稀有金属材料与工程 2006年第11期35卷 1826-1829页

作者：梁文萍徐重缪强刘小萍贺志勇太原理工大学

利用双层辉光等离子表面冶金技术对Ti2AlNbO相合金进行渗Mo工艺研究。采用扫描电子显微镜、辉光放电光谱分析仪、X射线衍射仪和显微硬度计测试了渗Mo层的微观组织、化学成分、相组成和显微硬度。采用可控气氛微型摩擦磨损实验仪进行耐... 详细信息

利用双层辉光等离子表面冶金技术对Ti2AlNbO相合金进行渗Mo工艺研究。采用扫描电子显微镜、辉光放电光谱分析仪、X射线衍射仪和显微硬度计测试了渗Mo层的微观组织、化学成分、相组成和显微硬度。采用可控气氛微型摩擦磨损实验仪进行耐磨性研究。在最佳工艺参数下,渗Mo层可达100μm,表面Mo含量超过90%,且从表面到心部呈梯度分布。渗Mo层主要由纯Mo及Al5Mo相组成,硬度HV达8000MPa,渗Mo试样的平均摩擦因数为0.085,较Ti2AlNb基材降低6倍,磨损率仅为基材的7.5%。结果表明:Ti2AlNbO相合金表面的耐磨性能得到极大地提高。

关键词： Ti2AlNbO相合金双层辉光等离子表面渗Mo 硬度摩擦因数耐磨性

Vapor phase fabrication of three-dimensional arrayed BiI3 nanosheets for cost-effective solar cells

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InfoMat 2020年第5期2卷 975-983页

作者： Yiyi Zhu Qianpeng Zhang Matthew Kam Swapnadeep Poddar Leilei Gu Shijun Liang Pengfei Qi Feng Miao zhiyong Fan HKUST-Shenzhen Research Institute ShenzhenChina Department of Electronics and Computer Engineering Hong Kong University of Science and Technology(HKUST)Hong KongSARChina National Laboratory of Solid State Microstructures School of PhysicsSchool of Electronic Science and EngineeringCollaborative Innovation Centre of Advanced MicrostructuresNanjing UniversityNanjingChina zhong Shan Rui Ke New Energy Co.Ltd. ZhongshanGuangdongChina

Multilayered photovoltaic absorbers have triggered widespread attention for their unique structure and ***,multilayered materials in the randomly oriented polycrystalline thin-film lead to ineffective carrier transport and collection,which hinders the process of achieving high-performance solar ***,this issue is tackled by producing the three-dimensional(3D)heterojunction BiI3 nanosheets(NSs)solar cells,which embed vertically aligned monocrystalline BiI3 NSs into *** preferred orientation of BiI3 NSs and large p-n junction areas of 3D heterojunction structure enable a strong light absorption and effective carrier transport and collection,and thus a power conversion efficiency(PCE)of 1.45%was ***,this PCE is the highest ever reported for BiI3 based solar cells to our best ***,the nonencapsulated device remained 96%of the initial PCE after 24 h continuous one sun illumination at^70%humidity condition,and 82%of the initial PCE after 1-month storage at^30%humidity condition.

关键词： 3D solar cells BiI3 multilayered semiconductors