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Comparative analysis of NovaSeq 6000 and MGISEQ 2000 single-cell RNA sequencing data

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Quantitative Biology 2022年第4期10卷 333-340页

作者： Weiran Chen Md Wahiduzzaman Quan Li Yixue Li guangyong zheng Tao Huang Bio-Med Big Data Center Key Laboratory of Computational BiologyShanghai Institute of Nutrition and HealthChinese Academy of SciencesShanghai 200031China School of Life Science Hangzhou Institute for Advanced StudyUniversity of Chinese Academy of SciencesHangzhou 310024China

Background:Single-cell RNA sequencing(scRNA-seq)technology is now becoming a widely applied method of transcriptome exploration that helps to reveal cell-type composition as well as cell-state heterogeneity for specific biological *** sequencing platforms and processing pipelines may contribute to various results even for the same sequencing ***,benchmarking sequencing platforms and processing pipelines was considered as a necessary step to interpret scRNA-seq ***,recent comparing efforts were constrained in sequencing platforms or analyzing *** is still a lack of knowledge of analyzing pipelines matched with specific sequencing platforms in aspects of sensitivity,precision,and so ***:We downloaded public scRNA-seq data that was generated by two distinct sequencers,NovaSeq 6000 and MGISEQ *** data was processed through the Drop-seq-tools,UMI-tools and Cell Ranger pipeline *** calculated multiple measurements based on the expression profiles of the six platform-pipeline ***:We found that all three pipelines had comparable performance,the Cell Ranger pipeline achieved the best performance in precision while UMI-tools prevailed in terms of sensitivity and marker ***:Our work provided an insight into the selection of scRNA-seq data processing tools for two sequencing platforms as well as a framework to evaluate platform-pipeline combinations.

关键词： Single-cell RNA sequencing cell-type data processing pipeline platform

ePlant for quantitative and predictive plant science research in the big data era --Lay the foundation for the future model guided crop breeding, engineering and agronomy

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Frontiers of Electrical and Electronic Engineering in China 2017年第3期5卷 260-271页

作者： Yi Xiao Tiangen Chang Qingfeng Song Shuyue Wang Danny Tholen Yu Wang Changpeng xin guangyong zheng Honglong Zhao Xin-Guang Zhu Shanghai Institute of Plant Physiology and Ecology Chinese Academy of Sciences Shanghai 200032 China PlantSystems Biology Research Group Partner Institute for Computational Biology Chinese Academy of Sciences Shanghai 200031 China

Background： The increase in global population, climate change and stagnancy in crop yield on unit land area basis in recent decades urgently call for a new approach to support contemporary crop improvements, ePlant is a mathematical model of plant growth and development with a high level of mechanistic details to meet this challenge. Results： ePlant integrates modules developed for processes occurring at drastically different temporal （10-8-106 seconds） and spatial （10-10-10 meters） scales, incorporating diverse physical, biophysical and biochemical processes including gene regulation, metabolic reaction, substrate transport and diffusion, energy absorption, transfer and conversion, organ morphogenesis, plant environment interaction, etc. Individual modules are developed using a divide-and-conquer approach; modules at different temporal and spatial scales are integrated through transfer variables. We further propose a supervised learning procedure based on information geometry to combine model and data for both knowledge discovery and model extension or advances. We finally discuss the recent formation of a global consortium, which includes experts in plant biology, computer science, statistics, agronomy, phenomics, etc. aiming to expedite the development and application of ePlant or its equivalents by promoting a new model development paradigm where models are developed as a community effort instead of driven mainly by individual labs＇ effort. Conclusions： ePlant, as a major research tool to support quantitative and predictive plant science research, will play a crucial role in the future model guided crop engineering, breeding and agronomy.

关键词： systems modeling quantitative predictive homeostasis multiscale crop in silico

Experimental Research of Dual-Polarization Passive Radar Based on DTTB Signal

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Journal of Computer and Communications 2016年第3期4卷 101-107页

作者： Yonghu Zeng Xiaofeng Ai Liandong Wang Xiaoyang Wang guangyong zheng State Key Laboratory of Complex Electromagnetic Environmental Effects on Electronics and Information System Luoyang 471003 China National University of Defense Technology State Key Laboratory of Complex Electromagnetic Environmental Effects on Electronics and Information System Changsha 410073 China

The passive radar is a hot research topic. A multi-channel wideband passive radar experimental system is designed and the digital television terrestrial broadcasting (DTTB) signal is chosen to carry out the target detection experiment of civil aviation aircraft. The polarization and spatial filtering methods are used to solve the strong direct path interference suppression problems brought by the receiving system location;combined with the characteristics of DTTB signal, the block length selection interval in the block batch processing method for range-Doppler images calculation is given;the clutter suppression performance is compared through the experimental data receiving from different bistatic polarization channels, the conclusion is different from the monostatic radar and it can guide the passive radar experiment.

关键词： Passive Radar Clutter Suppression Block Batch Processing Dual-Polarization

基于压缩感知理论的逆合成孔径雷达抗欺骗干扰方法

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强激光与粒子束 2015年第10期27卷 153-157页

作者：高磊王福志郑光勇电子信息系统复杂电磁环境效应国家重点实验室河南洛阳471003

针对逆合成孔径雷达(ISAR)成像对抗中的基于数字图像合成(DIS)技术欺骗干扰方法,在分析现有基于频率调制率微调的抗DIS欺骗干扰方法工程实现方面缺陷的基础上,通过将基于压缩感知理论的随机抽取采样和稀疏重构方法融入到信号接收和处理... 详细信息

针对逆合成孔径雷达(ISAR)成像对抗中的基于数字图像合成(DIS)技术欺骗干扰方法,在分析现有基于频率调制率微调的抗DIS欺骗干扰方法工程实现方面缺陷的基础上,通过将基于压缩感知理论的随机抽取采样和稀疏重构方法融入到信号接收和处理部分中,提出了基于压缩感知理论的改进抗DIS欺骗干扰方法,进一步提高基于频率调制率微调抗DIS欺骗干扰方法的工程实用性。仿真实验结果显示了基于压缩感知理论的改进抗DIS欺骗干扰方法的有效性。

关键词： ISAR DIS 欺骗干扰压缩感知抗干扰

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从预算监督看人大公信力的提升

辽宁大学学报（哲学社会科学版） 2014年第5期42卷 48-56页

作者：郑广永北京联合大学人民代表大会制度研究所北京100101

预算监督权的行使状况是反映人民代表大会公信力的重要指标。我国各级人民代表大会通过行使预算监督权赢得了一定的公信力。但是,与发达国家成熟的预算监督相比、与人民群众的要求相比、与人民当家做主的宪法理念相比,人民代表大会在行... 详细信息

预算监督权的行使状况是反映人民代表大会公信力的重要指标。我国各级人民代表大会通过行使预算监督权赢得了一定的公信力。但是,与发达国家成熟的预算监督相比、与人民群众的要求相比、与人民当家做主的宪法理念相比,人民代表大会在行使预算监督权的过程中仍然存在许多问题,而且在某些方面问题要大于已经取得的成绩,从而影响了人民代表大会的公信力。应当从完善市场经济和深化政治体制改革入手,大力提升人大预算监督的能力。

关键词：人民代表大会预算监督公信力政治体制改革

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基层治理效能欠佳的表现、成因及对策

北京联合大学学报（人文社会科学版） 2023年第5期21卷 108-115页

作者：郑广永周彤北京联合大学北京100101

基层治理效能是衡量基层治理体系和治理能力现代化水平的一个重要指标,也是国家治理体系和治理能力现代化实现程度的标志之一。当前我国的基层治理效能还存在不尽如人意之处,其原因有两个方面,一是直观上看到的治理主体素养有待提高,治... 详细信息

基层治理效能是衡量基层治理体系和治理能力现代化水平的一个重要指标,也是国家治理体系和治理能力现代化实现程度的标志之一。当前我国的基层治理效能还存在不尽如人意之处,其原因有两个方面,一是直观上看到的治理主体素养有待提高,治理机制需要进一步协调;另外一个则是行政发包制治理模式的一种结果。现代信息技术和民众参与基层治理的民主权利是去除基层治理中行政发包制弊端的有效办法。通过提高基层治理主体的素养和进一步协调治理机制,以及完善行政发包制就可以逐步提升基层治理效能。

关键词：基层治理效能治理主体素养治理机制协调行政发包制

基于GT-SUITE的乘用车驾驶性仿真与应用

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汽车工程 2020年第9期42卷 1159-1165页

作者：曾浩郑广勇张彩霞孔薇重庆长安汽车股份有限公司动力研究院重庆401133

为了在整车性能开发早期对驾驶性进行评价,本文中使用GT-SUITE软件,考虑发动机瞬态响应和转矩控制策略,建立乘用车驾驶性仿真模型。利用仿真模型对部分典型的驾驶性工况进行仿真计算,并通过试验数据校正模型,确保仿真误差在10%以内。以... 详细信息

为了在整车性能开发早期对驾驶性进行评价,本文中使用GT-SUITE软件,考虑发动机瞬态响应和转矩控制策略,建立乘用车驾驶性仿真模型。利用仿真模型对部分典型的驾驶性工况进行仿真计算,并通过试验数据校正模型,确保仿真误差在10%以内。以某6速自动挡汽油车为例,针对3种驾驶模式的不同需求,分别对油门特性和换挡规律进行虚拟标定。最后对虚拟标定结果进行试验验证,仿真与试验误差在8%以内,充分验证了驾驶性虚拟标定的有效性和实用性。

关键词：驾驶性瞬态响应转矩控制策略虚拟标定 GT-SUITE

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在恒虚警检测下的多假目标干扰效果分析

强激光与粒子束 2015年第10期27卷 235-239页

作者：郑光勇刘国柱王福志电子信息系统复杂电磁环境效应国家重点实验室河南洛阳471003

针对多假目标干扰对恒虚警(CFAR)检测雷达的干扰效果评估问题,根据CFAR检测原理,分析了多假目标干扰下雷达CFAR检测门限和不同间隔的多假目标的干扰效果,得到了在一定密度和功率的多假目标干扰下,部分雷达将出现无任何信号输出的自压制... 详细信息

针对多假目标干扰对恒虚警(CFAR)检测雷达的干扰效果评估问题,根据CFAR检测原理,分析了多假目标干扰下雷达CFAR检测门限和不同间隔的多假目标的干扰效果,得到了在一定密度和功率的多假目标干扰下,部分雷达将出现无任何信号输出的自压制状态的结论,最后通过仿真进行了验证,研究可以用于指导多假目标干扰的设计。

关键词：多假目标干扰恒虚警检测检测门限压制干扰

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从唯物史观看人类文明交流互鉴

北京联合大学学报（人文社会科学版） 2024年第5期22卷 1-7页

作者：郑广永周彤北京联合大学北京100101

唯物史观是观察研究不同人类文明形态及其关系的唯一正确方法。把综合完整的文明形态分成物质文明、精神文明、社会文明、政治文明、生态文明,以唯物史观进行观察研究,从而确定文明交流互鉴是符合历史发展规律的主流。主张文明的冲突对... 详细信息

唯物史观是观察研究不同人类文明形态及其关系的唯一正确方法。把综合完整的文明形态分成物质文明、精神文明、社会文明、政治文明、生态文明,以唯物史观进行观察研究,从而确定文明交流互鉴是符合历史发展规律的主流。主张文明的冲突对抗,是夸大了不同文明形态中上层建筑部分的差异,并把这种差异看作是对抗冲突的根源。正是因为物质文明是决定其他文明形式的根本力量,所以文明交流互鉴是人类解放的必然要求。

关键词：唯物史观文明交流互鉴文明冲突人的解放