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Identification of Potential Zinc Deficiency Responsive Genes and Regulatory Pathways in Rice by Weighted Gene Co-expression Network Analysis

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Rice science 2022年第6期29卷 545-558页

作者： Blaise Pascal MUVUNYI LU Xiang zhan junhui HE Sang YE Guoyou CAAS-IRRI Joint Laboratory for Genomics-Assisted Germplasm Enhancement Agricultural Genomics Institute in ShenzhenChinese Academy of Agricultural Sciences(CAAS)Shenzhen 518120China Rice Breeding Innovations Platform International Rice Research Institute(IRRI)Metro Manila 1301the Philippines

Zinc(Zn)malnutrition is a major public health *** biofortification of Zn in rice grain can alleviate global Zn ***,elucidating the genetic mechanisms regulating Zn deprivation response in rice is essential to identify elite genes useful for breeding high grain Zn rice ***,a meta-analysis of previous RNA-Seq studies involving Zn deficient conditions was conducted using the weighted gene co-expression network analysis(WGCNA)and other in silico prediction tools to identify modules(denoting cluster of genes with related expression pattern)of co-expressed genes,modular genes which are conserved differentially expressed genes(DEGs)across independent RNA-Seq studies,and the molecular pathways of the conserved modular *** identified 16 modules of co-expressed ***-eight and five modular DEGs were conserved in leaf and crown,and root tissues across two independent RNA-Seq *** enrichment analysis showed that 24 of the 28 conserved modular DEGs from leaf and crown tissues significantly up-regulated 2 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)pathways and 15 Gene Ontology(GO)terms,including the substrate-specific transmembrane transporter and the small molecule metabolic ***,the well-studied transcription factors(OsWOX11 and OsbHLH120),protein kinase(OsCDPK20 and OsMPK17),and miRNAs(OSA-MIR397A and OSA-MIR397B)were predicted to target some of the identified conserved modular *** of the 24 conserved and up-regulated modular DEGs,19 were yet to be experimentally validated as Zn deficiency responsive *** from this study provide a comprehensive insight on the molecular mechanisms of Zn deficiency response and may facilitate gene and pathway prioritization for improving Zn use efficiency and Zn biofortification in rice.

关键词： rice biofortification zinc deficiency gene expression weighted gene co-expression network analysis

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Genomic prediction using composite training sets is an effective method for exploiting germplasm conserved in rice gene banks

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The Crop Journal 2022年第4期10卷 1073-1082页

作者： Sang He Hongyan Liu junhui zhan Yun Meng Yamei Wang Feng Wang Guoyou Ye CAAS-IRRI Joint Laboratory for Genomics-Assisted Germplasm Enhancement Agricultural Genomics Institute in ShenzhenChinese Academy of Agricultural SciencesShenzhen 518120GuangdongChina Rice Breeding Innovations Platform International Rice Research InstituteDAPO Box 7777Metro ManilaPhilippines Guangdong Provincial Key Laboratory of New Technology in Rice Breeding Rice Research InstituteGuangdong Academy of Agricultural SciencesGuangzhou 510640GuangdongChina Hainan Key Laboratory for Sustainable Utilization of Tropical Bioresource College of Tropical CropsHainan UniversityHaikou 570228HainanChina

Germplasm conserved in gene banks is underutilized,owing mainly to the cost of *** prediction can be applied to predict the genetic merit of *** utilization could be greatly accelerated if prediction accuracy were sufficiently high with a training population of practical ***-scale resequencing projects in rice have generated high quality genome-wide variation information for many diverse accessions,making it possible to investigate the potential of genomic prediction in rice germplasm management and *** phenotyped six traits in nearly 2000 indica(XI)and japonica(GJ)accessions from the Rice 3K project and investigated different scenarios for forming training populations.A composite core training set was considered in two levels which targets used for prediction of subpopulations within subspecies or prediction across *** training sets incorporating 400 or 200 accessions from either subpopulation of XI or GJ showed satisfactory prediction accuracy.A composite training set of 600 XI and GJ accessions showed sufficiently high prediction accuracy for both XI and GJ *** or even higher prediction accuracy was observed for the composite training set than for the corresponding homogeneous training sets comprising accessions only of specific subpopulations of XI or GJ(within-subspecies level)or pure XI or GJ accessions(across-subspecies level)that were included in the composite training *** using an independent population of 281 rice cultivars supported the predictive ability of the composite training ***,which reflects the robustness of a training set,was markedly higher for the composite training set than for the corresponding homogeneous training sets.A core training set formed from diverse accessions could accurately predict the genetic merit of rice germplasm.

关键词： Genomic prediction Composite training set Rice germplasm Gene bank Reliability criterion

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德国森林功能理论的演变与启示

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世界林业研究 2015年第5期28卷 86-91页

作者：占君慧朱永杰谷瑶北京林业大学北京100083 广西壮族自治区林业科学研究院南宁530002

森林功能理论最早应用于19世纪初的德国森林科学中,其理论演变在德国的林业发展中具有重要地位。文中从森林功能的初认识阶段、再认识阶段、多功能理论阶段及多功能林业的应用阶段对德国森林功能理论演变进行了分析,并从创新林业经营管... 详细信息

森林功能理论最早应用于19世纪初的德国森林科学中,其理论演变在德国的林业发展中具有重要地位。文中从森林功能的初认识阶段、再认识阶段、多功能理论阶段及多功能林业的应用阶段对德国森林功能理论演变进行了分析,并从创新林业经营管理理念、加大公共财政扶持力度、促进科技支撑林业发展、创新林业管理机制体制和开展全民森林教育等方面探讨了其对林业的5点主要启示,对于我国多功能林业建设具有一定的参考作用。

关键词：森林功能多功能林业森林经营林业效益德国

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用可靠性及优化原理综合平面四杆机构

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西北轻工业学院学报 1989年第2期7卷 22-27页

作者：詹启贤马俊慧西北轻工业学院机械工程系

本文提出了利用可靠性及优化原理对平面四杆机构实现函数和轨迹关系的结构误差等进行综合的方法,分别建立了实现函数、函数和轨迹关系的统一的目标函数。所综合出的机构在特定的约束条件下能够实现规定的构件转角,并且满足相应于动点P... 详细信息

本文提出了利用可靠性及优化原理对平面四杆机构实现函数和轨迹关系的结构误差等进行综合的方法,分别建立了实现函数、函数和轨迹关系的统一的目标函数。所综合出的机构在特定的约束条件下能够实现规定的构件转角,并且满足相应于动点P的坐标P_x、P_y的最大允许偏差。

关键词：平面四杆机构结构误差综合方法

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水稻高群体光合速率品种筛选及其叶倾角特征研究

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河南农业大学学报 2018年第4期52卷 526-532页

作者：孔许徐丽娜詹俊辉彭廷张静王代长黄松赵全志河南农业大学农学院河南郑州450002 河南农业大学资源与环境学院河南郑州450002 河南农业大学食品科学技术学院河南郑州450002 信阳农林学院河南信阳464006

为研究高光合速率水稻品种(系)顶部3片叶片的叶倾角特征,筛选出群体光合速率高、叶片分布理想的65个常规粳稻种质材料,在大田试验条件下,研究了不同基因型水稻品种(系)灌浆期群体光合速率及剑叶、顶二叶和顶三叶叶倾角的差异。结果表明... 详细信息

为研究高光合速率水稻品种(系)顶部3片叶片的叶倾角特征,筛选出群体光合速率高、叶片分布理想的65个常规粳稻种质材料,在大田试验条件下,研究了不同基因型水稻品种(系)灌浆期群体光合速率及剑叶、顶二叶和顶三叶叶倾角的差异。结果表明,65个常规粳稻品种(系)灌浆期群体光合速率可分为7大类群。各类群平均群体光合速率表现为第Ⅵ和Ⅳ类群水稻品种(系)群体光合速率最高,第Ⅱ类群水稻品种(系)群体光合速率最低;不同类群品种(系)剑叶、顶二叶和顶三叶叶倾角存在差异,具体表现为剑叶:Ⅴ>Ⅶ>Ⅲ>Ⅱ>Ⅵ>Ⅰ>Ⅳ,顶二叶:Ⅴ>Ⅲ>Ⅰ>Ⅱ>Ⅶ>Ⅳ>Ⅵ,顶三叶:Ⅵ>Ⅶ>Ⅰ>Ⅳ>Ⅲ>Ⅴ>Ⅱ。在抽穗后5~10 d,第Ⅳ类群叶倾角大小表现为顶三叶>剑叶>顶二叶,第Ⅵ类群为剑叶>顶三叶>顶二叶;抽穗后10~21 d第Ⅳ类群叶倾角大小表现为剑叶>顶二叶>顶三叶,第Ⅵ类群为顶三叶>顶二叶>剑叶;抽穗后21~28 d第Ⅳ,Ⅵ类群叶倾角大小均表现为剑叶>顶三叶>顶二叶。综合上述结果,筛选出第Ⅳ类群品种(系)香宝3号、R 8018和838-1,第Ⅵ类群品种(系)早丰9号、金世纪和泗稻9号6个品种(系)为株型合理和高群体光合速率品种。

关键词：水稻灌浆期叶倾角群体光合速率种质资源

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豫南稻区机直播单季中籼杂交稻丰产优质品种筛选

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河南农业科学 2018年第10期47卷 12-20页

作者：张静詹俊辉任翠杜彦修李俊周孙红正彭廷赵全志河南农业大学农学院/河南粮食作物协同创新中心/河南省水稻生物学重点实验室河南郑州450002

为筛选出适宜豫南稻区机直播方式种植的丰产优质单季中籼杂交稻品种,在大田机械定量穴直播条件下,对41个中籼杂交稻品种的生育期、产量及其构成因素、稻米品质、抗病性、抗倒伏性、干物质积累与转运、冠层温度、冠气温差等进行分析。结... 详细信息

为筛选出适宜豫南稻区机直播方式种植的丰产优质单季中籼杂交稻品种,在大田机械定量穴直播条件下,对41个中籼杂交稻品种的生育期、产量及其构成因素、稻米品质、抗病性、抗倒伏性、干物质积累与转运、冠层温度、冠气温差等进行分析。结果表明,根据主要农艺性状,41个中籼杂交稻可分为5大类群。第Ⅲ类群水稻品种产量、穗粒数均高于其他类群,产量达11 081. 28 kg/hm2,穗粒数达169. 72粒。第Ⅳ类群水稻品种生育期显著低于其他类群,其他4个类群间均无显著差异。与其他类群相比,第Ⅲ类群水稻品种整精米率较高,垩白度、垩白粒率均较低,整精米率达49. 70%,垩白度为5. 40%,垩白粒率为19. 98%。除第Ⅰ类群水稻品种感稻瘟病、纹枯病较重外,其他类群中水稻感病品种数占总品种数的比例均低于10. 00%,且仅有第Ⅰ类群水稻品种中出现倒伏。抽穗开花期冠层温度主要影响第Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅴ类群水稻品种的有效穗数,其中,与第Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类群呈极显著负相关,与第Ⅴ类群呈极显著正相关;冠气温差则主要影响第Ⅱ、Ⅳ、Ⅴ类群水稻品种的垩白度和垩白粒率,其中,与第Ⅱ、Ⅳ类群呈显著或极显著负相关,与第Ⅴ类群呈极显著正相关。第Ⅲ类群水稻品种收获指数显著高于第Ⅱ、Ⅴ类群水稻品种,与第Ⅰ、Ⅳ类群水稻品种无显著差异。从41份材料中筛选出第Ⅲ类群水稻品种钱优930、广两优5号、Y两优2号、Y两优900、荃早优丝苗、新两优611为适宜豫南稻区机直播种植的丰产优质水稻品种,该类群水稻品种特征为穗粒数多、产量高、整精米率高、垩白度和垩白粒率低、生育期中等、抗病性较好、收获指数高。

关键词：豫南稻区中籼杂交稻品种筛选机直播产量品质

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达芬奇机器人手术器械清洗质量控制的研究进展

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中华护理杂志 2024年第10期59卷 1241-1247页

作者：孟闪闪姚卓娅耿军辉李漫春詹朦丁丽娜殷月王培席河南省人民医院消毒供应中心/河南省医疗器械灭菌质控医学重点实验室郑州市450003 河南大学护理与健康学院

随着外科手术技术的不断发展,达芬奇机器人手术量逐年增多,机器人手术器械被广泛应用于外科领域。此类器械因其结构特殊,污染后清洗难度大,给消毒供应中心护士的清洗技术提出了挑战。目前达芬奇机器人手术器械的清洗质量管理仍存在预处... 详细信息

随着外科手术技术的不断发展,达芬奇机器人手术量逐年增多,机器人手术器械被广泛应用于外科领域。此类器械因其结构特殊,污染后清洗难度大,给消毒供应中心护士的清洗技术提出了挑战。目前达芬奇机器人手术器械的清洗质量管理仍存在预处理不到位、手工清洗流程不规范、清洗质量评价方法不统一等问题,给患者医疗安全带来了隐患。科学、有效的清洗质量控制对预防医院感染和保障患者生命安全至关重要。该文通过查阅、筛选、整理和归纳国内外达芬奇机器人手术器械清洗质量管理的相关文献,并结合消毒供应中心临床实际工作对其清洗现状、质量控制进行综述,旨在为今后指南的制订和消毒供应中心人员的临床实践提供理论参考。

关键词：消毒供应中心达芬奇机器人手术器械清洗质量控制护理

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水稻锌稳态调控基因和分子机制的研究进展

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中国农学通报 2023年第32期39卷 22-32页

作者：李荣田李双语燕孟丽君刘长华詹俊辉黑龙江大学生命科学学院农业微生物技术教育部工程研究中心/黑龙江省寒区植物基因与生物发酵重点实验室/黑龙江省普通高校分子生物学重点实验室哈尔滨150080 中国农业科学院深圳农业基因组研究所广东深圳518120 黑龙江大学现代农业与生态环境学院哈尔滨150080

锌(Zn)是动物植物所必需的微量营养素,缺锌或锌过量会严重影响水稻的生长发育。水稻锌含量维持在一定范围有助于提高其产量和品质,并且可以提高籽粒的锌含量,一定程度上可以解决目前人体缺锌的问题。因此研究水稻锌的吸收、转运和分配,... 详细信息

锌(Zn)是动物植物所必需的微量营养素,缺锌或锌过量会严重影响水稻的生长发育。水稻锌含量维持在一定范围有助于提高其产量和品质,并且可以提高籽粒的锌含量,一定程度上可以解决目前人体缺锌的问题。因此研究水稻锌的吸收、转运和分配,和其他调控锌稳态分子机制至关重要。基于近年来国内外研究报道,简要概述了锌在植物体内的重要性,重点介绍了水稻中的离子转运体和目前已经报道的分子机制。总结了这些离子转运体参与了锌从土壤的吸收,从根部向地上部的转运,以及分配到水稻各部位,还总结了一些和离子转运体相关的分子机制。以期为水稻锌稳态调控基因的挖掘、分子机制的研究和富锌水稻种质的创制提供参考。

关键词：水稻锌稳态转运蛋白分子机制研究进展

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眼科超声乳化手柄清洗质量管理的最佳证据总结

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中华护理教育 2024年第1期21卷 110-118页

作者：丁丽娜姚卓娅耿军辉詹朦李漫春王俊锋河南省人民医院消毒供应中心郑州市450003

目的检索、评价并整合国内外眼科超声乳化手柄清洗质量管理的相关证据,为临床实践提供指导。方法计算机检索国际指南协作网、美国国立指南网、BMJ Best Practice、PubMed、万方数据库、中国知网等网站或数据库中关于眼科超声乳化手柄清... 详细信息

目的检索、评价并整合国内外眼科超声乳化手柄清洗质量管理的相关证据,为临床实践提供指导。方法计算机检索国际指南协作网、美国国立指南网、BMJ Best Practice、PubMed、万方数据库、中国知网等网站或数据库中关于眼科超声乳化手柄清洗质量管理的所有证据,包括指南、专家共识、系统评价及证据总结,检索时限为从建库至2023年2月15日。结果共纳入10篇文献,其中实践指南4篇,专家共识4篇,系统评价1篇,证据总结1篇。总结了管理要求、环境要求、设备设施与耗材要求、人员要求、操作要求、现场预处理、回收转运、清洗及清洗质量评价9个方面共38条证据。结论该研究总结了眼科超声乳化手柄清洗质量管理的最佳证据,为规范超声乳化手柄的清洗质量管理提供了循证依据,可为提高眼科器械清洗质量水平、预防与控制医院感染发生提供参考。

关键词：眼科学消毒循证护理学超声乳化手柄清洗质量证据总结

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氮肥不同施用比例对豫南稻区杂交籼稻子粒灌浆特性及产量的影响

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作物杂志 2018年第6期 103-109页

作者：崔艳妮詹俊辉闫鹏起可文静宋宁垣张中南王留行黄岩张静赵全志河南农业大学农学院/河南粮食作物协同创新中心/河南省水稻生物学重点实验室河南郑州450002

在总施氮量为246kg/hm^2的条件下,研究氮肥不同施用比例[基蘖肥∶穗肥分别为8∶2(N1)、7∶3(N2)、6∶4(N3)、5∶5(N4)]对3个杂交籼稻品种广两优1128、深两优1813和Y两优900强、弱势粒灌浆特性及产量的影响,探明豫南地区氮肥运筹与水稻... 详细信息

在总施氮量为246kg/hm^2的条件下,研究氮肥不同施用比例[基蘖肥∶穗肥分别为8∶2(N1)、7∶3(N2)、6∶4(N3)、5∶5(N4)]对3个杂交籼稻品种广两优1128、深两优1813和Y两优900强、弱势粒灌浆特性及产量的影响,探明豫南地区氮肥运筹与水稻子粒灌浆及产量形成的关系。结果表明:氮肥施用比例对水稻产量及其构成因素存在显著影响。N3和N4处理的水稻产量比N1处理分别增加15.15%和13.83%,其中有效穗数、每穗粒数和结实率的增多是产量提高的主要原因。N4处理水稻的收获指数最高,可达43.98%。N3和N4处理抽穗期至成熟期的植株总干物质重增加较多,分别达13.62和12.88t/hm^2。N3处理水稻强势粒起始生长势降低,最大灌浆速率增加,达到最大灌浆速率时的时间延长、粒重增加。因此,N3和N4处理的水稻产量高,一方面是提高了水稻花后干物质积累和转运,另一方面改变了水稻强势粒灌浆特性。

关键词：氮肥运筹水稻灌浆特性产量

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