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哺乳动物线粒体基因组转录及其调控机制

中国草食动物科学 2013年第2期33卷 53-58页

作者：陈晓勇敦伟涛赵兴波中国农业大学动物科技学院北京100193 河北省畜牧兽医研究所保定071000

线粒体是真核细胞中广泛存在的具有独立基因组的细胞器,其主要功能是为细胞提供能量,同时也是物质代谢的重要场所。近年来,线粒体基因表达调控研究取得了许多重要成果,已经证实转录装置主要包括线粒体转录因子A、RNA聚合酶和线粒体转录... 详细信息

线粒体是真核细胞中广泛存在的具有独立基因组的细胞器,其主要功能是为细胞提供能量,同时也是物质代谢的重要场所。近年来,线粒体基因表达调控研究取得了许多重要成果,已经证实转录装置主要包括线粒体转录因子A、RNA聚合酶和线粒体转录因子B2。线粒体基因转录受核基因编码蛋白质和线粒体基因(mtDNA)转录元件共同调控,同时mtDNA也影响核基因表达。文章从mtDNA结构和转录过程,转录装置元件、转录终止因子家族、核受体激素及其功能等方面较为系统地论述了mtDNA转录调控的研究进展。

关键词： mtDNA 转录线粒体转录因子A RNA聚合酶线粒体转录因子B 线粒体转录终止因子

Single-cell omics: experimental workflow, data analyses and applications

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Science China Life Sciences 2025年第1期68卷 5-102页

作者： Fengying Sun Haoyan Li Dongqing Sun Shaliu Fu Lei Gu Xin Shao Qinqin Wang Xin Dong Bin Duan Feiyang xing Jun Wu Minmin Xiao Fangqing zhao Jing-Dong J.Han Qi Liu Xiaohui Fan Chen Li Chenfei Wang Tieliu Shi Department of Clinical Laboratory the Affiliated Wuhu Hospital of East China Normal University (The Second People's Hospital of Wuhu City) Pharmaceutical Informatics Institute College of Pharmaceutical SciencesZhejiang University Key Laboratory of Spine and Spinal Cord Injury Repair and Regeneration (Tongji University) Ministry of EducationOrthopaedic DepartmentTongji HospitalBioinformatics DepartmentSchool of Life Sciences and TechnologyTongji University Frontier Science Center for Stem Cells School of Life Sciences and TechnologyTongji University Translational Medical Center for Stem Cell Therapy and Institute for Regenerative Medicine Shanghai East HospitalBioinformatics DepartmentSchool of Life Sciences and TechnologyTongji University Research Institute of Intelligent Computing Zhejiang Lab Shanghai Research Institute for Intelligent Autonomous Systems Center for Single-cell Omics School of Public HealthShanghai Jiao Tong University School of Medicine National Key Laboratory of Chinese Medicine Modernization Innovation Center of Yangtze River DeltaZhejiang University Center for Bioinformatics and Computational Biology Shanghai Key Laboratory of Regulatory Biologythe Institute of Biomedical Sciences and School of Life SciencesEast China Normal University Beijing Institutes of Life Science Chinese Academy of Sciences Peking-Tsinghua Center for Life Sciences Academy for Advanced Interdisciplinary StudiesCenter for Quantitative Biology (CQB)Peking University Zhejiang Key Laboratory of Precision Diagnosis and Therapy for Major Gynecological Diseases Women's HospitalZhejiang University School of Medicine Key Laboratory of Advanced Theory and Application in Statistics and Data Science-MOE School of StatisticsEast China Normal University

Cells are the fundamental units of biological systems and exhibit unique development trajectories and molecular features. Our exploration of how the genomes orchestrate the formation and maintenance of each cell, and control the cellular phenotypes of various organismsis, is both captivating and intricate. Since the inception of the first single-cell RNA technology, technologies related to single-cell sequencing have experienced rapid advancements in recent years. These technologies have expanded horizontally to include single-cell genome, epigenome,proteome, and metabolome, while vertically, they have progressed to integrate multiple omics data and incorporate additional information such as spatial sc RNA-seq and CRISPR screening. Single-cell omics represent a groundbreaking advancement in the biomedical field,offering profound insights into the understanding of complex diseases, including cancers. Here, we comprehensively summarize recent advances in single-cell omics technologies, with a specific focus on the methodology section. This overview aims to guide researchers in selecting appropriate methods for single-cell sequencing and related data analysis.

关键词： single-cell sequencing genome epigenome proteomics metabolomics multimodal spatial transcriptomics CRISPR screening

山羊FGF5基因cDNA分子克隆及序列分析

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内蒙古大学学报（自然科学版） 2006年第2期37卷 180-184页

作者：高爱琴李宁李金泉赵兴波张燕军内蒙古农业大学动物科学与医学学院呼和浩特010018 中国农业大学农业技术国家重点实验室北京100094 中国农业大学动物科技学院北京100094

采用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术,首次从山羊脑组织总RNA中扩增出成纤维细胞生长因子5(FGF 5)基因的cDNA编码序列.通过对序列的分析表明,克隆的山羊FGF 5cDNA编码序列与其他动物的序列具有高度的同源性.与G enbank中人和小鼠序... 详细信息

采用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术,首次从山羊脑组织总RNA中扩增出成纤维细胞生长因子5(FGF 5)基因的cDNA编码序列.通过对序列的分析表明,克隆的山羊FGF 5cDNA编码序列与其他动物的序列具有高度的同源性.与G enbank中人和小鼠序列比较,山羊与人和小鼠的FGF 5核苷酸序列的同源性分别为91%和87%.编码的氨基酸序列比较,山羊和人的相似性为87%,山羊与小鼠的相似性为83%.如FGF s家族的其他成员一样,山羊的FGF 5蛋白也有一信号肽序列.山羊FGF 5基因外显子在编码氨基酸时,对同义密码子的使用表现有强烈的偏好性.不同物种对同义密码子使用的偏倚程度与偏好类型各不相同,也具有种属特异性.山羊FGF 5基因所编码的蛋白质中,20种氨基酸的含量差异很大,极性氨基酸含量高于非极性氨基酸含量.

关键词：山羊纤维细胞生长因子5 克隆

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鸡解耦联蛋白基因的研究进展

江西农业学报 2010年第10期22卷 133-134页

作者：杨艳刘华贵赵兴波北京市农林科学院畜牧兽医研究所北京100097 江西省畜牧技术推广站江西南昌330077 中国农业大学动物科技学院北京100094

鸡解耦联蛋白(UCPs)是对机体能量平衡涉及的增重、静止代谢率和能量转化效率等性状起显著影响的基因家族,禽类解耦联蛋白(avUCP)是近年来在禽类发现的新UCP基因家族成员,被认为在禽类能量代谢中起着重要的作用。综述了近年来avUCP在家... 详细信息

鸡解耦联蛋白(UCPs)是对机体能量平衡涉及的增重、静止代谢率和能量转化效率等性状起显著影响的基因家族,禽类解耦联蛋白(avUCP)是近年来在禽类发现的新UCP基因家族成员,被认为在禽类能量代谢中起着重要的作用。综述了近年来avUCP在家禽方面的研究现状。

关键词：解耦联蛋白基因研究进展基因家族禽类能量转化效率静止代谢率研究现状能量平衡能量代谢家族成员增重性状家禽机体 UCPs

米非司酮对裸鼠子宫内膜癌细胞HHUA移植瘤生长及COX-2、CDK4的影响

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中国癌症杂志 2006年第4期16卷 253-256页

作者：李洪国赵兴波孟燕山东省立医院妇产科山东济南250021

背景与目的子宫内膜癌是女性常见的恶性肿瘤,内膜癌中存在COX-2,CDK4的表达,并与肿瘤的发生发展有关,近年来发现米非司酮有抗肿瘤作用,但其作用机制不十分明了,我们研究米非司酮(mifeprisitone,MIF)对人子宫内膜癌HHUA细胞株裸鼠移植瘤... 详细信息

背景与目的子宫内膜癌是女性常见的恶性肿瘤,内膜癌中存在COX-2,CDK4的表达,并与肿瘤的发生发展有关,近年来发现米非司酮有抗肿瘤作用,但其作用机制不十分明了,我们研究米非司酮(mifeprisitone,MIF)对人子宫内膜癌HHUA细胞株裸鼠移植瘤生长的抑制作用及对COX-2,CDK4的影响,以确定米非司酮能否通过干预肿瘤中COX-2,CDK4的表达而抑制肿瘤生长。方法体外培养人子宫内膜癌HHUA细胞,裸鼠皮下接种细胞建立裸鼠移植瘤动物模型,随机将10只移植瘤荷瘤裸鼠分为两组,MIF组采用灌胃法[50mg/(kg·d)],对照组灌等量溶剂。观察治疗前后移植瘤的体积变化。免疫组织化学染色法检测移植瘤组织COX-2、CDK4的表达,后采用Leica IM50免疫组织化学评分软件(HSCORE)对染色结果进行半定量分析,HE染色观察肿瘤组织的病理变化。结果治疗6周后,MIF组移植瘤体积(115.25±10.97)mm3,对照组移植瘤体积(313.25±43.92)mm3,两者相比,差异有非常显著性(P<0.01);HE染色见MIF组较对照组移植瘤坏死面积显著增加;MIF组COX-2HSCOREs为(78.2±11.3),对照组(205.9±26.7),两者相比,差异有显著性(P<0.01);MIF组CDK4HSCOREs为(113.4±18.2),对照组HSCOREs为(238.7±35.9),两者相比,差异有非常显著性(P<0.01)。结论MIF具有抑制人子宫内膜癌细胞HHUA裸鼠移植瘤生长的作用;其机制可能与下调COX-2、CDK4的表达有关。

关键词：子宫肿瘤米非司酮肿瘤移植 COX-2 CDK4

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745矿生物浸矿过程中铀矿物的变化

有色金属（冶炼部分） 2014年第4期 38-41页

作者：赵星博孙占学胡宝群王志华王运东华理工大学地球科学学院江西抚州344000 河南省地矿局第五地质勘查院郑州450000 江西省煤田地质勘察研究院南昌330000

采用电子探针分析了浸出前后745铀矿物赋存形式及其变化情况.结果表明,该矿床矿石中铀矿物种类比较单一,主要以沥青铀矿为主,其次为铀石、铀钍石和钛铀矿;铀矿物主要以不规则树枝状或细脉状、颗粒状、星点状产出于矿物裂隙中,少部分被... 详细信息

采用电子探针分析了浸出前后745铀矿物赋存形式及其变化情况.结果表明,该矿床矿石中铀矿物种类比较单一,主要以沥青铀矿为主,其次为铀石、铀钍石和钛铀矿;铀矿物主要以不规则树枝状或细脉状、颗粒状、星点状产出于矿物裂隙中,少部分被其它矿物包裹;粒度多在10μm以上、大者可达100μm以上.生物浸矿后,尾渣中剩余的铀矿物明显减少,残存的铀矿物种类仍然是沥青铀矿、铀石和钛铀矿,但粒度多在1～2 μm以内,主要存在于石英颗粒内.说明裂隙中的沥青铀矿与铀钍石容易被浸出,被石英包裹的铀则难以被浸出.

关键词：铀矿物电子探针分析微生物浸矿 745矿 Mine 745

米非司酮对子宫内膜癌细胞KLE和HHUA体外增殖和凋亡的研究

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山东大学学报（医学版） 2006年第3期44卷 260-263页

作者：纪国欣王欣李明江赵兴波李继俊山东大学山东省立医院妇产科山东济南250021

目的:探讨米非司酮(Mifepristone,MIF)对子宫内膜癌细胞系KLE和HHUA体外增殖、细胞周期和凋亡的影响。方法:KLE和HHUA在含不同浓度MIF(0、1×10-6、1×10-5、5×10-5、1×10-4mol/L)培养液中培养,应用MTT比色法、流式细胞术检测MIF对KLE... 详细信息

目的:探讨米非司酮(Mifepristone,MIF)对子宫内膜癌细胞系KLE和HHUA体外增殖、细胞周期和凋亡的影响。方法:KLE和HHUA在含不同浓度MIF(0、1×10-6、1×10-5、5×10-5、1×10-4mol/L)培养液中培养,应用MTT比色法、流式细胞术检测MIF对KLE和HHUA生长和细胞周期的影响,应用免疫组化SABC法检测肿瘤细胞ER、PR、Bcl-2和Bax的表达。结果:低浓度(≤10-6mol/L)MIF对KLE和HHUA细胞生长的抑制作用较弱,高浓度(5×10-5和1×10-4mol/L)MIF以时间-剂量依赖性方式显著抑制细胞生长。MIF阻滞细胞周期停滞于G1期,明显降低了S期细胞比例(P<0.05);MIF(≥10-5mol/L)显著降调ER、PR、Bcl-2表达,升调Bax表达,促进细胞凋亡。MIF对HHUA细胞的影响较KLE明显。结论:MIF通过阻滞细胞停滞于G1期和降低S期细胞比例,抑制KLE和HHUA细胞体外增殖;通过降调ER、PR、Bcl-2和升调Bax表达,促进KLE和HHUA细胞凋亡。

关键词：米非司酮子宫内膜肿瘤增殖细胞凋亡

牦牛线粒体DNA细胞色素b基因序列测定及其起源、分类地位研究

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畜牧兽医学报 2006年第11期37卷 1118-1123页

作者：李齐发李隐侠赵兴波刘振山张庆波宋大伟屈旭光李宁谢庄南京农业大学动物科技学院南京210095 中国农业大学动物科技学院

牦牛在牛亚科中的分类地位仍存在较大的分歧。根据普通牛线粒体基因组序列设计引物对家牦牛基因组进行PCR扩增和克隆测序，获得了家牦牛细胞色素6（Cytochromeb）基因的全长序列，并以羊亚科绵羊（Ovisaries）为外类群，对牛亚科代表性... 详细信息

牦牛在牛亚科中的分类地位仍存在较大的分歧。根据普通牛线粒体基因组序列设计引物对家牦牛基因组进行PCR扩增和克隆测序，获得了家牦牛细胞色素6（Cytochromeb）基因的全长序列，并以羊亚科绵羊（Ovisaries）为外类群，对牛亚科代表性物种进行了系统发育分析。结果显示：牛亚科不同物种间线粒体细胞色素b基因的转换／颠换比值为4．9，突变未达到饱和状态；牦牛与牛属间的序列差异百分比为8．0％～8．6％，大于牦牛与美洲野牛间的序列差异百分比；系统发育分析发现家牦牛与野牦牛首先聚为一类，再与美洲野牛聚为一类；说明牦牛与美洲牦牛属间的遗传相似性较高，而与牛属间的遗传相似性较低，结果支持现在的家牦牛和野牦牛都是同一祖先原始牦牛的后代，推测两者分化时间大约为0．55百万年前；支持将牦牛划分为牛亚科牦牛属的观点，牦牛属包括家牦牛和野牦牛两个种。

关键词：牛亚科牦牛线粒体细胞色素b基因起源分类地位

87Rb冷原子EIT介质中光学信号存储与释放的实验研究

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量子光学学报 2010年第3期16卷 196-201页

作者：赵兴波徐忠孝张利军武跃龙李淑静王海量子光学与光量子器件国家重点实验室山西大学光电研究所山西太原030006

在87Rb冷原子介质中,利用电磁感应透明(EIT)动力学过程,实现了光学信号的存储与释放。实验研究了Larmor进动导致的释放信号崩塌和复原现象,结果表明,当提供量子化轴的磁场超过100 mG时,实验测量得到的拉莫尔周期与理论计算结果较好的相... 详细信息

在87Rb冷原子介质中,利用电磁感应透明(EIT)动力学过程,实现了光学信号的存储与释放。实验研究了Larmor进动导致的释放信号崩塌和复原现象,结果表明,当提供量子化轴的磁场超过100 mG时,实验测量得到的拉莫尔周期与理论计算结果较好的相符,这为下一步开展量子存储研究提供了实验基础。

关键词：冷原子电磁感应透明光存储 Larmor进动过程