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2010年中国CHINET尿液标本中细菌的分布和耐药性监测

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中国感染与化疗杂志 2012年第4期12卷 241-250页

作者：朱德妹汪复胡付品倪语星孙景勇王传清王爱敏俞云松杨青徐元宏沈继录孙自镛陈中举徐英春张小江单斌杜艳卓超苏丹虹胡云建艾效曼张朝霞季萍贾蓓黄文祥张泓孔菁魏莲花吴玲复旦大学附属华山医院上海200040 中国医学科学院附属协和医院浙江大学医学院附属第一医院上海交通大学医学院附属瑞金医院华中科技大学同济医学院附属同济医院复旦大学附属儿科医院安徽医科大学第一附属医院上海交通大学附属上海儿童医院新疆医科大学附属第一医院昆明医学院第一附属医院广州医学院第一附属医院呼吸疾病研究所卫生部北京医院重庆医科大学附属第一医院甘肃省人民医院

目的了解国内主要地区14所教学医院尿标本中的临床分离菌及其对常用抗菌药物的耐药性。方法采用K-B法按统一方案进行细菌药物敏感试验。按CLSI 2010版标准判断结果。结果 2010年1—12月各医院尿标本临床分离菌共9 301株;占临床分离菌株... 详细信息

目的了解国内主要地区14所教学医院尿标本中的临床分离菌及其对常用抗菌药物的耐药性。方法采用K-B法按统一方案进行细菌药物敏感试验。按CLSI 2010版标准判断结果。结果 2010年1—12月各医院尿标本临床分离菌共9 301株;占临床分离菌株的19.4%(9 301/47 850)。其中革兰阳性菌2 403株,占25.8%,革兰阴性菌6 898株,占74.2%。以大肠埃希菌最为多见,占49.0%;其次为肠球菌属细菌占22.1%。约68%的菌株分离自住院患者,32%的菌株分离自门急诊患者;约64%的菌株分离自女性患者,36%的菌株分离自男性患者。大肠埃希菌、克雷伯菌属细菌(肺炎克雷伯菌+产酸克雷伯菌)以及奇异变形杆菌中的ESBLs的检出率(58.4%、59.8%和14.4%)与同期CHINET监测的检出率相仿。粪肠球菌和屎肠球菌中均有少数万古霉素耐药株,万古霉素耐药肠球菌(VRE)的检出率粪肠球菌为0.5%(5株),屎肠球菌为2.4%(24株)。粪肠球菌对呋喃妥因、磷霉素和氨苄西林的耐药率≤10%;屎肠球菌除对糖肽类抗生素、利奈唑胺和磷霉素外,对其他测试药的耐药率在40%～94%。大肠埃希菌对碳青霉烯类抗生素的耐药率较同期其他标本分离株略低,铜绿假单胞菌和不动杆菌属细菌对之耐药率则较低。在部分肠杆菌科细菌和不发酵糖革兰阴性杆菌中检出少数泛耐药菌株。结论尿标本分离菌主要为大肠埃希菌、其次为肠球菌属细菌,两者约占70%。VRE的检出率为2.4%。与其他标本分离菌相比,尿标本中分离的大肠埃希菌、铜绿假单胞菌和不动杆菌属细菌对碳青霉烯类抗生素的耐药率较低。不同医院尿培养分离菌对常用抗菌药的耐药率较低,且有很大差异,提示治疗尿路感染应根据本单位细菌耐药性监测资料选用抗菌药物。

关键词：尿液标本细菌耐药性监测细菌药物敏感试验大肠埃希菌泛耐药革兰阴性杆菌万古霉素耐药肠球菌

2012年中国CHINET不动杆菌属细菌耐药性监测

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中国感染与化疗杂志 2014年第5期14卷 392-397页

作者：张辉张小江徐英春胡志东李金孙自镛简翠汪复朱德妹卓超苏丹虹褚云卓俞云松林洁徐元宏沈继录倪语星孙景勇张朝霞季萍魏莲花吴玲王传清薛建昌张泓李万华胡云建艾效曼单斌杜艳中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院检验科北京100730 天津医科大学总医院华中科技大学同济医学院附属同济医院复旦大学附属华山医院广州医科大学第一附属医院中国医科大学附属第一医院浙江大学医学院附属邵逸夫医院安徽医科大学第一附属医院上海交通大学医学院附属瑞金医院新疆医科大学第一附属医院甘肃省人民医院复旦大学附属儿科医院上海交通大学附属上海儿童医院卫生部北京医院昆明医科大学第一附属医院

目的了解2012年我国不同地区15所医院临床分离不动杆菌属细菌的构成、分布及其耐药性。方法共收集15所教学医院临床分离的8 739株不动杆菌属,其中鲍曼不动杆菌7 827株(89.6%)。按照统一方案,采用纸片扩散法或自动化仪器法进行药敏试验,... 详细信息

目的了解2012年我国不同地区15所医院临床分离不动杆菌属细菌的构成、分布及其耐药性。方法共收集15所教学医院临床分离的8 739株不动杆菌属,其中鲍曼不动杆菌7 827株(89.6%)。按照统一方案,采用纸片扩散法或自动化仪器法进行药敏试验,结果按CLSI 2013年版标准判读,采用WHONET5.6软件进行数据分析。结果 8 739株不动杆菌属细菌主要分离自住院患者,占85.4%,门急诊患者占14.6%。26.4%不动杆菌属分离自ICU,其次为内科病房(22.0%)。鲍曼不动杆菌对替加环素、米诺环素和头孢哌酮-舒巴坦的耐药率最低,分别为10.9%、35.2%和35.7%,其次为阿米卡星(43.4%);对亚胺培南和美罗培南的耐药率分别为63.5%和68.2%。不同医院不动杆菌属细菌对抗菌药物的耐药率也有不同,不同科室分离株的耐药率也有不同,其中以ICU分离株耐药率最高。出现较多多重耐药(45.0%,3 521/7 827)和泛耐药(20.0%,1 567/7 827)株。结论鲍曼不动杆菌是不动杆菌属中最常见的菌种,检出率呈逐年增长的趋势。该菌对于除米诺环素、阿米卡星和头孢哌酮-舒巴坦外的大多数抗菌药物的耐药率在60.0%以上,且耐药率有逐年增高的趋势。不同地区医院鲍曼不动杆菌的耐药率相差较大,不同科室菌株的耐药率也有很大差异。

关键词：鲍曼不动杆菌多重耐药抗菌药物

2011年中国CHINET嗜麦芽窄食单胞菌耐药性监测

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中国感染与化疗杂志 2014年第2期14卷 94-99页

作者：艾效曼胡云建俞云松杨青倪语星孙景勇徐英春张小江孙自镛陈中举汪复朱德妹胡付品卓超苏丹虹徐元宏沈继录单斌杜艳魏莲花吴玲张朝霞季萍王传清王爱敏贾蓓黄文祥张泓孔菁北京医院医学检验科北京100730 浙江大学医学院附属邵逸夫医院浙江大学医学院附属第一医院上海交通大学医学院附属瑞金医院中国医学科学院中国协和医科大学附属北京协和医院华中科技大学同济医学院附属同济医院复旦大学附属华山医院广州医科大学附属第一医院安徽医科大学第一附属医院昆明医科大学第一附属医院甘肃省人民医院新疆医科大学第一附属医院复旦大学附属儿科医院重庆医科大学附属第一医院上海交通大学附属上海市儿童医院

目的了解国内不同地区15所医院2011年临床分离嗜麦芽窄食单胞菌对抗菌药物的敏感性。方法收集15所医院2011年临床分离嗜麦芽窄食单胞菌1 889株,按统一方案及材料、采用纸片扩散法或自动化仪器法进行细菌药敏试验,按照CLSI 2011年标准判... 详细信息

目的了解国内不同地区15所医院2011年临床分离嗜麦芽窄食单胞菌对抗菌药物的敏感性。方法收集15所医院2011年临床分离嗜麦芽窄食单胞菌1 889株,按统一方案及材料、采用纸片扩散法或自动化仪器法进行细菌药敏试验,按照CLSI 2011年标准判读结果。结果监测的1 889株嗜麦芽窄食单胞菌主要分离自住院患者,占93.3%;门诊患者分离株占6.7%。60岁及以上的老年患者分离株占62.9%,小于18周岁患者的分离株占8.2%。痰液等呼吸道分泌物是该菌的主要分离源,占82.6%;分离自血液、胸腹水、关节腔液、脑脊液等无菌体液菌株占4.2%。该菌对甲氧苄啶-磺胺甲口恶唑、左氧氟沙星和米诺环素的耐药率分别为16.6%、10.0%和1.8%,对头孢哌酮-舒巴坦的耐药率为19.0%。血液及无菌体液分离株对甲氧苄啶-磺胺甲口恶唑的耐药率为37.1%,高于其他标本分离株,与伤口及尿液标本比较,P值<0.01。结论嗜麦芽窄食单胞菌主要分离自住院患者及其痰液等呼吸道标本中,且60岁以上的老年患者多见。该菌对多种抗菌药物固有耐药,但对CLSI推荐的甲氧苄啶-磺胺甲口恶唑、左氧氟沙星和米诺环素的耐药率低。头孢哌酮-舒巴坦对该菌亦有抗菌活性。应以药敏试验结果合理选用治疗嗜麦芽窄食单胞菌感染的抗菌药物。

关键词：嗜麦芽窄食单胞菌不发酵糖革兰阴性杆菌抗菌药物

2005—2014年CHINET肠杆菌属细菌耐药性监测

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中国感染与化疗杂志 2016年第3期16卷 275-283页

作者：田磊陈中举孙自镛徐英春张小江倪语星孙景勇汪复朱德妹徐元宏沈继录张泓孔菁杨青魏莲花吴玲胡志东李金王传清王爱敏卓超苏丹虹谢轶康梅单斌杜艳张朝霞季萍胡云建艾效曼褚云卓田素飞贾蓓黄文祥俞云松林洁韩艳秋郭素芳华中科技大学同济医学院附属同济医院检验科武汉430030 北京协和医院上海交通大学医学院附属瑞金医院复旦大学附属华山医院安徽医科大学第一附属医院上海交通大学附属儿童医院浙江大学附属第一医院甘肃省人民医院天津医科大学总医院复旦大学附属儿科医院广州医科大学附属第一医院四川大学华西医院昆明医科大学第一附属医院新疆医科大学第一附属医院北京医院中国医科大学附属第一医院重庆医科大学附属第一医院浙江大学医学院附属邵逸夫医院内蒙古医科大学附属医院

目的了解CHINET细菌耐药性监测网2005—2014年肠杆菌属细菌的分布及其耐药性变化趋势。方法 CHINET细菌耐药性监测网2005—2014年临床分离的肠杆菌属细菌20 558株,采用纸片扩散法或自动化仪器法进行抗菌药物敏感性试验,药敏结果按CLSI 2... 详细信息

目的了解CHINET细菌耐药性监测网2005—2014年肠杆菌属细菌的分布及其耐药性变化趋势。方法 CHINET细菌耐药性监测网2005—2014年临床分离的肠杆菌属细菌20 558株,采用纸片扩散法或自动化仪器法进行抗菌药物敏感性试验,药敏结果按CLSI 2014年标准判读。结果 10年间,肠杆菌属细菌的检出率呈上升趋势:2005年为3.5%,2014年为4.3%。20 558株肠杆菌属细菌中,以阴沟肠杆菌为主,占71.1%(14 617/20 558),其次为产气肠杆菌,占20.1%(4 129/20 558)。菌株主要分离自呼吸道标本,占55.2%(11 358/20 558)。药敏数据显示,肠杆菌属细菌对头孢唑林和头孢西丁的耐药率高(>90%),对头孢吡肟、哌拉西林-他唑巴坦、头孢哌酮-舒巴坦、阿米卡星、庆大霉素、环丙沙星、亚胺培南、美罗培南和厄他培南的耐药率低(<30%)。不同科室分离株对常用抗菌药物的耐药率存在差异,ICU、内科、外科、门急诊和儿科中,ICU和外科分离株耐药现象严重。多重耐药菌株(MDR)的分离率在下降,但耐碳青霉烯类的肠杆菌属细菌(CRE)分离率在升高。MDR和CRE主要分布在ICU和外科,且耐药现象严重。MDR仅对亚胺培南、美罗培南和厄他培南的耐药率<30%,CRE仅对阿米卡星和环丙沙星的耐药率<35%。结论 CHINET细菌耐药性监测网中肠杆菌属细菌对测试抗菌药物的耐药率自2011年起呈下降趋势,但CRE菌株日趋增加,应采取有效措施遏制此类菌株在医院的传播扩散。

关键词：细菌耐药性监测肠杆菌属碳青霉烯类耐药肠杆菌属细菌

2005—2014年CHINET沙门菌属细菌耐药性监测

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中国感染与化疗杂志 2016年第3期16卷 294-301页

作者：许云敏杜艳单斌王传清薛建昌张泓王春徐英春张小江孙自镛简翠汪复朱德妹杨青倪语星孙景勇胡志东李金卓超苏丹虹张朝霞季萍俞云松林洁魏莲花吴玲徐元宏沈继录胡云建艾效曼褚云卓谢轶康梅韩艳秋郭素芳贾蓓黄文祥昆明医科大学第一附属医院检验科昆明650032 复旦大学附属儿科医院上海交通大学附属儿童医院北京协和医院华中科技大学同济医学院附属同济医院复旦大学附属华山医院浙江大学附属第一医院上海交通大学医学院附属瑞金医院天津医科大学总医院广州医科大学附属第一医院新疆医科大学第一附属医院浙江大学医学院附属邵逸夫医院甘肃省人民医院安徽医科大学第一附属医院北京医院中国医科大学附属第一医院四川大学华西医院内蒙古医科大学附属医院重庆医科大学附属第一医院

目的了解2005年1月—2014年12月CHINET细菌耐药性监测网成员医院临床分离沙门菌属细菌的分布及耐药性。方法对临床分离的沙门菌属细菌,按照统一方案,采用纸片扩散法或自动化仪器法进行药敏试验,结果按CLSI2014年标准判读,数据统计用WHON... 详细信息

目的了解2005年1月—2014年12月CHINET细菌耐药性监测网成员医院临床分离沙门菌属细菌的分布及耐药性。方法对临床分离的沙门菌属细菌,按照统一方案,采用纸片扩散法或自动化仪器法进行药敏试验,结果按CLSI2014年标准判读,数据统计用WHONET5.6进行分析。结果 10年间,沙门菌属细菌的检出率呈上升趋势：2005年为0.2%,2014年为0.7%。3 478株沙门菌属细菌中,鼠伤寒沙门菌954株（27.4%）,肠炎沙门菌849株（24.4%）。药敏试验结果显示,沙门菌属细菌对氨苄西林耐药率最高（33.3%-64.8%）,对头孢哌酮-舒巴坦、环丙沙星耐药率低,分别为0-5.3%、2.4%-14.3%。鼠伤寒沙门菌耐药率高于伤寒沙门菌、副伤寒沙门菌及肠炎沙门菌,对氨苄西林和甲氧苄啶-磺胺甲唑耐药率高,分别为76.8%和50.5%。多重耐药沙门菌属细菌10年平均检出率为3.9%,2005年检出率最高,为7.5%,2013年检出率最低,为1.5%。结论我国流行的沙门菌属以鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌为主。鼠伤寒沙门菌的耐药率较高,氨苄西林、甲氧苄啶-磺胺甲唑已不适于临床经验用药。沙门菌属对第三代头孢菌素及喹诺酮类抗菌药物仍维持较高的敏感率,对多重耐药沙门菌属仍需持续行耐药性监测。

关键词：沙门菌抗菌药物多重耐药细菌耐药性监测

2009年中国CHINET葡萄球菌属细菌耐药性监测

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中国感染与化疗杂志 2010年第6期10卷 414-420页

作者：朱德妹胡付品汪复蒋晓飞俞云松杨青孙自镛简翠王传清王爱敏张泓李万华徐英春孙宏莉倪语星孙景勇徐元宏沈继录胡云建艾效曼单斌杜艳魏莲花吴玲苏丹虹卓超贾蓓黄文祥张朝霞季萍复旦大学附属华山医院上海200040 浙江大学医学院附属第一医院华中科技大学同济医学院附属同济医院复旦大学附属儿科医院上海交通大学附属儿童医院中国医学科学院附属北京协和医院上海交通大学医学院附属瑞金医院安徽医科大学附属第一医院卫生部北京医院昆明医学院附属第一医院甘肃省人民医院广州医学院附属第一医院重庆医科大学附属第一医院新疆医科大学附属第一医院

目的了解国内不同地区14所医院2009年临床分离葡萄球菌属对抗菌药物的耐药性。方法收集14所医院2009年临床分离葡萄球菌属6859株,按统一方案、采用统一的材料、方法(Kirby-Bauer)和判断标准(CLSI2009年版)进行葡萄球菌属的耐药性监测。... 详细信息

目的了解国内不同地区14所医院2009年临床分离葡萄球菌属对抗菌药物的耐药性。方法收集14所医院2009年临床分离葡萄球菌属6859株,按统一方案、采用统一的材料、方法(Kirby-Bauer)和判断标准(CLSI2009年版)进行葡萄球菌属的耐药性监测。结果 6859株葡萄球菌属临床分离株中,金葡菌占60.0%;凝固酶阴性葡萄球菌(CNS)占40.0%(分离自血液及无菌体液),主要有表皮葡萄球菌(19.8%)、人型葡萄球菌(7.4%)和溶血葡萄球菌(3.6%)等。金葡菌和CNS中耐甲氧西林株分别占52.7%(8.5%～78.3%)和71.7%(45.7%～90.1%)。未发现万古霉素中介株和耐药株(VISA和VRSA)。约65%和72%的MRSA对磷霉素和磺胺甲口恶唑-甲氧苄啶仍呈敏感。MRCNS中分别有约66.0%和89.0%菌株对磷霉素和利福平仍呈敏感。不同医院葡萄球菌属的耐药性各具特点。不同医院的分离菌对同一种药物的耐药率有很大差异。结论甲氧西林耐药葡萄球菌仍然是目前临床上的严重问题,加强细菌耐药性监测对于指导临床用药有很大参考价值。

关键词：葡萄球菌细菌耐药性监测抗菌药药敏试验

2009年中国CHINET肠球菌属细菌耐药性监测

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中国感染与化疗杂志 2010年第6期10卷 421-425页

作者：杨青俞云松倪语星孙景勇徐英春孙宏莉孙自镛简翠汪复朱德妹胡付品蒋晓飞王传清王爱敏卓超苏丹虹胡云建艾效曼黄文祥贾蓓张朝霞季萍张泓李万华魏莲花吴玲徐元宏沈继录单斌杜艳浙江大学医学院附属第一医院杭州310003 上海交通大学医学院附属瑞金医院中国医学科学院附属北京协和医院华中科技大学同济医学院附属同济医院复旦大学附属华山医院复旦大学附属儿科医院广州医学院附属第一医院卫生部北京医院重庆医科大学附属第一医院新疆医科大学附属第一医院上海交通大学附属儿童医院甘肃省人民医院安徽医科大学附属第一医院昆明医学院附属第一医院

目的了解国内不同地区临床分离肠球菌属细菌对各类抗菌药物的耐药性。方法国内不同地区14所教学医院(12所综合性医院,2所儿童医院)按统一方案、采用统一的材料、方法(K-B法)和判断标准(CLSI2009年版)进行肠球菌属细菌的耐药性监测。结... 详细信息

目的了解国内不同地区临床分离肠球菌属细菌对各类抗菌药物的耐药性。方法国内不同地区14所教学医院(12所综合性医院,2所儿童医院)按统一方案、采用统一的材料、方法(K-B法)和判断标准(CLSI2009年版)进行肠球菌属细菌的耐药性监测。结果共分离到3769株非重复肠球菌,最常见菌种为粪肠球菌1764株(46.8%)、屎肠球菌1605株(42.6%)、鹑鸡肠球菌60株(1.6%)、鸟肠球菌51株(1.4%)。肠球菌属细菌对利奈唑胺、万古霉素、替考拉宁仍最敏感(耐药率<4%),发现3株利奈唑胺耐药肠球菌,粪肠球菌和屎肠球菌对万古霉素耐药率分别为0.3%和3.5%。粪肠球菌对呋喃妥因、磷霉素、氨苄西林耐药率较低,分别为4.3%、11.3%、15.6%,对高浓度庆大霉素耐药率为40.1%;屎肠球菌耐药性明显高于粪肠球菌,对氨苄西林耐药率超过90%,对高浓度庆大霉素耐药率接近70%,但对氯霉素耐药率仅为5.4%。不同医院分离的肠球菌对抗菌药物的耐药率有一定差异。结论万古霉素耐药肠球菌发生率有增加趋势,特别是出现了个别利奈唑胺耐药的肠球菌菌株,应引起临床和实验室高度重视。

关键词：肠球菌细菌耐药性监测抗菌药物

2012年中国CHINET无菌体液中分离的细菌构成和耐药性监测

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中国感染与化疗杂志 2014年第6期14卷 482-487页

作者：朱任媛张小江徐英春俞云松林洁汪复朱德妹倪语星孙景勇孙自镛陈中举胡云建艾效曼张泓孔菁胡志东李全王传清王爱敏魏莲花吴玲卓超苏丹虹张朝霞季萍徐元宏沈继录单斌杜艳褚云卓中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院检验科北京100730 浙江大学医学院附属邵逸夫医院复旦大学附属华山医院上海交通大学医学院附属瑞金医院华中科技大学同济医学院附属同济医院北京医院上海交通大学医学院附属上海儿童医院天津医科大学总医院复旦大学附属儿科医院甘肃省人民医院广州医科大学附属第一医院新疆医科大学第一附属医院安徽医科大学第一附属医院昆明医科大学第一附属医院中国医科大学附属第一医院

目的了解国内不同地区15所医院2012年从临床分离自脑脊液及其他无菌体液(胸水、腹水、胆汁等)的细菌构成及其对抗菌药物的耐药性。方法对国内主要地区(13所综合性医院、2所儿童医院)临床分离菌株采用纸片扩散法或自动化仪器法按统一方... 详细信息

目的了解国内不同地区15所医院2012年从临床分离自脑脊液及其他无菌体液(胸水、腹水、胆汁等)的细菌构成及其对抗菌药物的耐药性。方法对国内主要地区(13所综合性医院、2所儿童医院)临床分离菌株采用纸片扩散法或自动化仪器法按统一方案进行细菌药敏试验,按CLSI 2012版标准判断结果。结果 3 945株非重复的细菌中,革兰阴性菌2 214株,占56.1%,革兰阳性菌1 731株,占43.9%。无菌体液中最常见的细菌依次为大肠埃希菌,肺炎克雷伯菌,凝固酶阴性葡萄球菌(CNS),屎肠球菌,粪肠球菌。无菌体液标本中甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌(金葡菌)和CNS(MRSA和MRCNS)的检出率分别为61.3%和77.2%。未发现对万古霉素、利奈唑胺耐药的葡萄球菌。无菌体液中发现1株对万古霉素耐药的粪肠球菌和1株对利奈唑胺耐药的粪肠球菌,还发现6株对万古霉素耐药的屎肠球菌。无菌体液标本中产ESBL大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌的检出率分别为48.1%和24.4%。无菌体液标本中泛耐药鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯菌和铜绿假单胞菌的检出率分别为24.5%、5.5%和1.4%。结论应防范泛耐药肠杆菌科细菌和鲍曼不动杆菌对临床造成严重威胁。

关键词：细菌耐药性监测无菌体液细菌分布药敏试验

Counteracting lineage-specific transcription factor network finely tunes lung adeno-to-squamous transdifferentiation through remodeling tumor immune microenvironment

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National Science Review 2023年第4期10卷 37-55页

作者： Shijie Tang Yun Xue Zhen Qin Zhaoyuan Fang Yihua Sun Chongzhe Yuan yunjian Pan Yue Zhao Xinyuan Tong Jian Zhang Hsinyi huang Yuting Chen Liang hu Dasong huang Ruiqi Wang Weiguo Zou Yuan Li Roman K.Thomas Andrea Ventura Kwok-Kin Wong Haiquan Chen Luonan Chen Hongbin Ji State Key Laboratory of Cell Biology Shanghai Institute of Biochemistry and Cell BiologyCenter for Excellence in Molecular Cell ScienceChinese Academy of Sciences College of Life Sciences University of Chinese Academy of Sciences Zhejiang University-University of Edinburgh Institute Zhejiang University School of Medicine The Second Affiliated Hospital Zhejiang University School of Medicine Department of Thoracic Surgery Fudan University Shanghai Cancer Center Department of Oncology Shanghai Medical CollegeFudan University School of Life Science and Technology Shanghai Tech University Department of Mathematics Shanghai University Department of Translational Genomics Center of Integrated Oncology Cologne-BonnMedical FacultyUniversity of Cologne Department of Pathology University Hospital Cologne Cancer Biology and Genetics Program Memorial Sloan Kettering Cancer Center Laura and Isaac Perlmutter Cancer Center New York University Langone Medical Center Key Laboratory of Systems Biology Shanghai Institutes for Biological SciencesChinese Academy of Sciences School of Life Science Hangzhou Institute for Advanced StudyUniversity of Chinese Academy of SciencesChinese Academy of Sciences

human lung adenosquamous cell carcinoma(LUAS), containing both adenomatous and squamous pathologies, harbors strong plasticity and is significantly associated with poor prognosis. We established an up-to-date comprehensive genomic and transcriptomic landscape of LUAS in 109 Chinese specimens and demonstrated LUAS development via adeno-to-squamous transdifferentiation. Unsupervised transcriptomic clustering and dynamic network biomarker analysis identified an inflammatory subtype as the critical transition stage during LUAS development. Dynamic dysregulation of the counteracting lineage-specific transcription factors(TFs), containing adenomatous TFs NKX2-1 and FOXA2, and squamous TFs TP63 and SOX2, finely tuned the lineage transition via promoting CXCL3/5-mediated neutrophil infiltration. Genomic clustering identified the most malignant subtype featured with STK11-inactivation, and targeting LSD1 through genetic deletion or pharmacological inhibition almost eradicated STK11-deficient lung tumors. These data collectively uncover the comprehensive molecular landscape, oncogenic driver spectrum and therapeutic vulnerability of Chinese LUAS.

关键词： LUAS ALK fusion counteracting TF regulatory network CXCL3/CXCL5 LSD1