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Construction of PR domain eukaryotic expression vector and its inhibitory effect on esophageal cancer cells

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Chinese Journal of Cancer Research 2013年第5期25卷 493-499页

作者： Yuan Chen Peng Zhang yuanguo wang Shangwen Dong Yimei Liu Department of Cardiothoracic Surgery Tianjin Medical University General Hospital

Objective：PR domain is responsible for the tumor suppressing activity of *** study aimed to construct human PR domain eukaryotic expression vectors,transfect human esophageal cancer cells （TE13）,and evaluate the anticancer activity of PR domain on human esophageal cancer TE13 ***：First,mRNA was extracted from human esophageal cancer tissue by RT-PCR,then reversetranscribed to *** amplifying from the DNA template,PR domain was linked to T ***,after extraction,PR domain was cut using enzyme and linked to pcDNA3.1（＋）.Then,the plasmid was transfered to Trans1-T1 phage resistant competent cells,following by extracting the ultrapure plasmid,and transfecting into TE13 *** the end,the protein expression of pcDNA3.1（＋）/PR domain in TE13 was detected by Western blot,and the apoptosis of TE 13 by technique of flow ***：More than 5,000 bp purposed band of pcDNA3.1（＋）/PR domain plasmid was found by agarose gel *** transfection,the PR domain （molecular weight of about 28 Da） was found only in 3,4 and 5 groups by Western *** cytometry assay showed apoptosis in experimental group was significantly more than that in the control group （P＜0.05）.Conclusions：The PR domain eukaryotic expression vector was constructed *** protein of the PR domain could be expressed in esophageal cancer TE13 cells firmly after transfection,and a single PR domain could promote apoptosis of TE13 cells.

关键词： Esophageal cancer RIZ1 PR domain eukaryotic expression vector

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Accumulation and Speciation of Arsenic in Pteris vittata Gametophytes and Sporophytes: Effects of Calcium and Phosphorus

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Pedosphere 2019年第4期29卷 540-544页

作者： YANG Guangmei wang yuanguo ZHU Lingjia HAN Yonghe Peter CHRISTIE Jiangsu Vocational College of Agriculture and Forestry State Key Laboratory of Pollution Control and Resource Reuse School of the EnvironmentNanjing University Key Laboratory of Soil Environment and Pollution Remediation Institute of Soil ScienceChinese Academy of Sciences Tongren Polytechnic College

Dear Editor, Environmental arsenic (As) contamination of both soil and water systems is a worldwide problem, and As can enter the human food chain through contaminated agricultural products and drinking water and cont... 详细信息

关键词： Accumulation Speciation Pteris vittata Gametophytes

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铁死亡抑制基因在食管癌中的高表达分析

南方医科大学学报 2024年第7期44卷 1389-1396页

作者：王元国张鹏天津医科大学总医院心胸外科天津300052

目的通过生物信息学分析和实验验证探讨铁死亡基因在食管鳞癌中的作用。方法从基因表达数据库(GEO)下载食管鳞癌数据集GSE161533和GSE20347,采用R软件分析获得差异基因(DEGs),将DEGs与铁死亡数据库(FerrDb)中的基因取交集获得食管癌铁... 详细信息

目的通过生物信息学分析和实验验证探讨铁死亡基因在食管鳞癌中的作用。方法从基因表达数据库(GEO)下载食管鳞癌数据集GSE161533和GSE20347,采用R软件分析获得差异基因(DEGs),将DEGs与铁死亡数据库(FerrDb)中的基因取交集获得食管癌铁死亡相关基因,将获得食管癌铁死亡相关基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析、String构建蛋白互作网络(PPI)、Cytoscape筛选铁死亡核心基因及抑制基因,筛选获得食管癌铁死亡抑制基因在癌症基因图谱(TCGA)中进行验证。应用qPCR检测食管癌铁死亡抑制基因在正常食管细胞和食管癌细胞中的表达水平,在TE1食管癌细胞系中下调6个食管癌铁死亡抑制基因,分为对照组(Control组)、siRNA阴性对照组(Negative组)和每个siRNA干扰组(包括RRM2-siRNA组、GCLC-siRNA组、TFRC-siRNA组、TXN-siRNA组、SLC7A11-siRNA组和EZH2-siRNA组),对照组不加任何转染试剂,其余各组使用Lipofectamine 2000(终浓度为3μL/mL)和siRNA(终浓度为100 nmol/L)的转染体系转染细胞,转染后分别进行流式细胞学实验、CCK8实验以验证食管癌铁死亡抑制基因对食管癌细胞功能的影响,Western blotting实验验证食管癌铁死亡抑制基因对铁死亡进程的影响。结果共获得58个食管癌铁死亡相关基因,GO分析显示其主要参与谷胱甘肽跨膜转运、铁离子输运和细胞凋亡等生物学过程,KEGG富集分析显示其主要参与铁死亡、谷胱甘肽代谢、抗叶酸抵抗等信号通路。PPI网络包含54个节点和74条边,局部聚类系数为0.522,PPI富集值为P<0.001。RRM2、TFRC、TXN、EZH2、SLC7A11、GCLC 6个食管癌铁死亡抑制基因,在TCGA数据集的食管癌组织中表达高于正常食管组织(P<0.01),与正常食管细胞系比较,这些基因在食管癌细胞系中表达升高(P<0.05)。在食管癌TE1细胞中,应用siRNA分别下调RRM2、TFRC、TXN、EZH2、SLC7A11、GCLC可抑制细胞增殖(P<0.05)、促进细胞凋亡(P<0.05),铁死亡进程标志蛋白GPX4、FIH1表达下调(P<0.05)、ACSL4表达上调(P<0.05)。结论铁死亡抑制基因在食管癌中的高表达可能阻碍了食管癌细胞的铁死亡进程,导致肿瘤发生,抑制这些基因可恢复铁死亡进程,促进细胞凋亡,铁死亡抑制基因有望成为食管癌治疗的新靶点。

关键词：食管鳞癌铁死亡细胞凋亡

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基于SSP1和TGFB1与食管腺癌发生、预后和免疫浸润关系的生物信息学分析

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吉林大学学报（医学版） 2024年第4期50卷 1076-1086页

作者：王元国张鹏天津医科大学总医院心胸外科天津300052

目的:分析基因表达综合(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库中食管腺癌(EAC)基因表达数据,阐明EAC发病的潜在核心基因与肿瘤淋巴细胞浸润的关系,为EAC的诊断和治疗提供分子靶标。方法:在GEO数据库检索“esophageal adenocarcinoma... 详细信息

目的:分析基因表达综合(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库中食管腺癌(EAC)基因表达数据,阐明EAC发病的潜在核心基因与肿瘤淋巴细胞浸润的关系,为EAC的诊断和治疗提供分子靶标。方法:在GEO数据库检索“esophageal adenocarcinoma”,下载包括EAC和食管正常组织的高通量芯片数据集GSE13898、GSE26886、GSE74553和GSE92396。采用R软件的limma包筛选EAC组织和食管正常组织的差异表达基因(DEGs),并通过韦恩图获取共同DEGs,采用STRING数据库分析后导入Cytoscape软件筛选核心基因并构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,采用基因表达谱交互分析(GEPIA)数据库验证核心基因表达水平,采用阿拉巴马大学伯明翰分校癌症数据分析门户(UALCAN)和Kaplan-Meier Plotter数据库分析核心基因与EAC患者预后和临床资料的关联性,采用肿瘤免疫评价资源(TIMER)数据库分析核心基因与肿瘤免疫浸润的关系,采用基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)对LinkedOmics数据库获得的核心基因中正相关表达基因进行功能和信号通路富集分析。结果:对GEO获得的4个数据集的DEGs取交集,共获得340个DEGs,其中上调基因127个,下调基因213个。经STRING数据库和Cytoscape软件筛选后,最终获得评分最高的关键核心基因分泌型磷蛋白1(SPP1)和转化生长因子β1(TGFB1)。GEPIA数据库分析,与食管正常组织比较,癌组织中SPP1和TGFB1 mRNA表达水平明显升高(P<0.01);SPP1低表达组EAC患者1、3和5年总体生存期均高于SPP1高表达组(HR=10.1,P<0.05;HR=3.09,P<0.05;HR=2.32,P<0.05),TGFB1低表达组EAC患者5年总体生存期高于TGFB1高表达组(HR=2.36,P<0.05)。UALCAN数据库分析,与食管正常组织比较,Ⅱ-Ⅲ期及N1-N2期淋巴结转移的EAC患者癌组织中SPP1和TGFB1 mRNA表达水平明显升高(P<0.01)。TIMER分析,SPP1和TGFB1 mRNA表达水平与EAC患者癌组织中巨噬细胞(r=0.353,P<0.01;r=0.187,P<0.05)和树突状细胞(r=0.236,P<0.01;r=0.221,P<0.01)浸润呈正相关关系。GO功能和KEGG信号通路富集分析,SPP1和TGFB1及其排名前50位正相关基因主要参与细胞迁移、细胞活性和血管发育等生物学过程及肿瘤蛋白多糖、细胞外基质(ECM)-受体互作和磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)等信号通路。结论:SPP1和TGFB1与EAC患者临床分期、淋巴结转移和总体生存期有密切关联。SPP1和TGFB1高表达可能导致巨噬细胞和树突状细胞浸润,从而改变肿瘤微环境。SPP1和TGFB1可能成为EAC诊断和治疗的新靶点。

关键词：食管腺癌生物信息学生存分析预后肿瘤免疫浸润

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基于生物信息学分析FAM189A2在食管癌中的表达及临床意义

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中国医科大学学报 2023年第3期52卷 236-241页

作者：王元国张鹏天津医科大学总医院心胸外科天津300052

目的基于多种生物数据库探讨FAM189A2在食管癌中的表达及临床意义。方法通过UALCAN对FAM189A2表达水平进行泛癌分析,分析其与食管癌分期、TP53突变的关系及甲基化水平。应用RT-PCR技术检测食管癌和正常食管中FAM189A2的表达水平。采用GE... 详细信息

目的基于多种生物数据库探讨FAM189A2在食管癌中的表达及临床意义。方法通过UALCAN对FAM189A2表达水平进行泛癌分析,分析其与食管癌分期、TP53突变的关系及甲基化水平。应用RT-PCR技术检测食管癌和正常食管中FAM189A2的表达水平。采用GEPIA分析FAM189A2对预后的影响,应用c Bioportal和STRING数据库筛选共表达基因并构建调控网络。采用DAVID数据库将共表达基因进行基因本体论(GO)及京东基因和基因组(KEGG)富集分析。结果FAM189A2 mRNA表达水平在食管癌中表达显著低于正常组织(P<0.05),且与临床分期、TP53突变状态等相关,差异均有统计学意义(P<0.05),FAM189A2低表达的食管癌患者预后不良(P<0.05),其低表达可能与甲基化有关,GO和KEGG富集分析结果显示,FAM189A2共表达基因主要参与细胞内信号传导、PI3K-Akt信号通路等。结论FAM189A2在食管癌中表达低于正常组织,低表达患者预后不良,FAM189A2的表达与肿瘤的分期、病理分型和TP53突变状态密切相关。

关键词：食管癌生物信息学预后

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