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Involvement of sulfur assimilation in the low β subunit content of soybean seed storage protein revealed by comparative transcriptome analysis

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The Crop Journal 2019年第4期7卷 504-515页

作者： Xi Zhang Ruixin Xu Wei Hu Wan Wang Dezhi Han Fan Zhang yongzhe gu Yong guo Jun Wang Lijuan Qiu College of Agriculture Yangtze University Jingzhou 434025 Hubei China National Key Facility for Gene Resources and Genetic Improvement Institute of Crop Sciences Chinese Academy of Agricultural Sciences Beijing 100081 China Soybean Research Center Heihe Institute Heilongjiang Academy of Agricultural Sciences Heihe 100142 Helongjiang China

The β subunit of soybean [Glycine max (L.) Merr.] seed storage protein is of great significance in sulfur-containing amino acid balance and soybean processing properties. The objective of this study was to elucidate the relationship between the β subunit and sulfur-containing amino acid composition, and the potential regulatory mechanism. The β subunit was independently accumulated in comparison with other major subunits (α/α′, acidic, basic, and A3) during seed filling, and a low level of β subunit content (BSC) was formed during the accumulation process. In low-BSC mature seeds, crude protein, oil content, and fatty acid composition were not changed, but sulfur-containing amino acids (Cys + Met) in the low- BSC seeds increased significantly (by 31.5%), suggesting that an internal regulatory mechanism within seed might be responsible for the rebalance of seed protein composition and that sulfur assimilation might be deeply involved in β subunit accumulation. Transcriptomic analysis revealed that genes involved in anabolism of cysteine, methionine, and glutathione were up-regulated but those involved in the catabolism of these compounds were down-regulated, suggesting a relationship between the elevation of methionine and glutathione and low BSC. Our study sheds light on seed composition in low BSC lines and on the potential molecular regulatory mechanism of β subunit accumulation, broadening our understanding of soybean seed protein synthesis and its regulation.

关键词： Soybean β subunit Transcriptome analysis Sulfur-containing amino acids Sulfur assimilation

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Natural variation of GmFNSII-2 contributes to drought resistance by modulating enzyme activity in soybean

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The Crop Journal 2024年第2期12卷 529-539页

作者： Huihui Gao Pengcheng Wei yongzhe gu Pengbin Tang Yifan Shen Lei Yang Linxin Dong Haowei Zheng Kuo Shu Mayamiko Masangano Bin Dong Long Miao Jiajia Li Lijuan Qiu Xiaobo Wang School of Agronomy Anhui Agricultural UniversityHefei 230036AnhuiChina State Key Laboratory of Crop Gene Resources and Breeding The National Key Facility for Crop Gene Resources and Genetic Improvement(NFCRI)/Key Laboratory of Crop Gene Resource and Germplasm Enhancement(MOA)Institute of Crop SciencesChinese Academy of Agricultural SciencesBeijing 100081China

As an essential crop that provides vegetable oil and protein,soybean(Glycine max(L.)Merr.)is widely planted all over the ***,the scarcity of water resources worldwide has seriously impacted on the quality and yield of *** address this,exploring excellent genes for improving drought resistance in soybean is *** this study,we identified natural variations of GmFNSII-2(flavone synthase II)significantly affect the drought resistance of *** sequence analysis of GmFNSII-2 in 632 cultivated and 44 wild soybeans nine haplotypes were *** full-length allele GmFNSII-2^(C),but not the truncated allele GmFNSII-2^(A) possessing a nonsense nucleotide variation,increased enzyme *** research found that GmDREB3,known to increase soybean drought resistance,bound to the promoter region of GmFNSII-2^(C).GmDREB3 positively regulated the expression of GmFNSII-2^(C),increased flavone synthase abundance and improved the drought ***,a singlebase mutation in the GmFNSII-2^(C) promoter generated an additional drought response element(CCCCT),which had stronger interaction strength with GmDREB3 and increased its transcriptional activity under drought *** frequency of drought-resistant soybean varieties with Hap 1(Pro:GmFNSII-2^(C))has increased,suggesting that this haplotype may be selected during soybean *** summary,GmFNSII-2^(C) could be used for molecular breeding of drought-tolerant soybean.

关键词： Drought stress Flavone synthase GmFNSII-2 Natural variation Drought response element

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Time series canopy phenotyping enables the identification of genetic variants controlling dynamic phenotypes in soybean

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Journal of Integrative Plant Biology 2023年第1期65卷 117-132页

作者： Delin Li Dong Bai Yu Tian Ying-Hui Li Chaosen Zhao Qi Wang Shiyu guo yongzhe gu Xiaoyan Luan Ruizhen Wang Jinliang Yang Malcolm J.Hawkesford James C.Schnable Xiuliang Jin Li-Juan Qiu The National Key Facility for Crop Gene Resources and Genetic Improvement(NFCRI)/Key Laboratory of Crop Gene Resource and Germplasm Enhancement(MOA)/Key Laboratory of Soybean Biology(Beijing)(MOA) Institute of Crop Science Chinese Academy of Agricultural SciencesBeijing 100081 China Crops Research Institute of Jiangxi Academy of Agricultural Sciences Nanchang 330200 China College of Agriculture Northeast Agricultural University Harbin 150030 China Soybean Research Institute Heilongjiang Academy of Agricultural Sciences Harbin 150086 China Department of Agronomy and Horticulture University of Nebraska-Lincoln Lincoln Nebraska 68583 USA Plant Sciences Department Rothamsted ResearchWest CommonHarpendenHertfordshire AL52JQ UK

Advances in plant phenotyping technologies are dramatically reducing the marginal costs of collecting multiple phenotypic measurements across several time ***,most current approaches and best statistical practices implemented to link genetic and phenotypic variation in plants have been developed in an era of single-time-point ***,we used time-series phenotypic data collected with an unmanned aircraft system for a large panel of soybean(Glycine max(L.)Merr.)varieties to identify previously uncharacterized ***,we focused on the dissection of canopy coverage(CC)variation from this rich data *** also inferred the speed of canopy closure,an additional dimension of CC,from the time-series data,as it may represent an important trait for weed ***-wide association studies(GWASs)identified 35 loci exhibiting dynamic associations with CC across developmental *** time-series data enabled the identification of 10 known flowering time and plant height quantitative trait loci(QTLs)detected in previous studies of adult plants and the identification of novel QTLs influencing *** novel QTLs were disproportionately likely to act earlier in development,which may explain why they were missed in previous single-time-point ***,this time-series data set contributed to the high accuracy of the GWASs,which we evaluated by permutation tests,as evidenced by the repeated identification of loci across multiple time *** novel loci showed evidence of adaptive selection during domestication,with different genotypes/haplotypes favored in different geographic *** summary,the time-series data,with soybean CC as an example,improved the accuracy and statistical power to dissect the genetic basis of traits and offered a promising opportunity for crop breeding with quantitative growth curves.

关键词： canopy coverage dynamic regulation GWAS soybean time series unmanned aircraft system

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提升我国大豆供给能力路径刍议

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中国科学院院刊 2022年第9期37卷 1281-1289页

作者：冯锋张志楠谷勇哲何俊卿田志喜中国科学院大学现代农业科学学院中国农业科学院作物科学研究所中国科学院遗传与发育生物学研究所

大豆是重要的粮食和经济作物，近年来我国大豆供需矛盾日益突出，如何保障大豆安全供给已成为我国粮食安全和农业发展的重要课题。文章根据2011—2020年我国大豆消费和供给状况，分析了目前我国大豆国内供给严重不足、国际供给依存度高... 详细信息

大豆是重要的粮食和经济作物，近年来我国大豆供需矛盾日益突出，如何保障大豆安全供给已成为我国粮食安全和农业发展的重要课题。文章根据2011—2020年我国大豆消费和供给状况，分析了目前我国大豆国内供给严重不足、国际供给依存度高及进口渠道较集中等问题，提出了通过加强大豆科学研究提高我国大豆产量、开展大豆国际科技合作及拓展大豆生产国际布局等提升我国大豆产业水平、拓宽大豆进口渠道的政策建议，以实现提高我国大豆供给能力和保障我国粮食安全的目标。

关键词：大豆科学研究国际合作供给能力

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Genome-wide signatures of the geographic expansion and breeding of soybean

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Science China(Life Sciences) 2023年第2期66卷 350-365页

作者： Ying-Hui Li Chao Qin Li Wang Chengzhi Jiao Huilong Hong Yu Tian Yanfei Li guangnan Xing Jun Wang yongzhe gu Xingpeng Gao Delin Li Hongyu Li Zhangxiong Liu Xin Jing Beibei Feng Tao Zhao Rongxia guan Yong guo Jun Liu Zhe Yan Lijuan Zhang Tianli Ge Xiangkong Li Xiaobo Wang Hongmei Qiu Wanhai Zhang Xiaoyan Luan Yingpeng Han Dezhi Han Ruzhen Chang Yalong guo Jochen C.Reif Scott A.Jackson Bin Liu Shilin Tian Li-juan Qiu The National Key Facility for Crop Gene Resources and Genetic Improvement(NFCRI)/Key Laboratory of Crop Gene Resource and Germplasm Enhancement(MOA)/Key Laboratory of Soybean Biology(Beijing)(MOA) Institute of Crop ScienceChinese Academy of Agricultural SciencesBeijing 100081China Shenzhen Branch guangdong Laboratory for Lingnan Modern Agriculture/Genome Analysis Laboratory of the Ministry of Agriculture/Agricultural Genomics Institute at Shenzhen Chinese Academy of Agricultural SciencesShenzhen 518000China Novogene Bioinformatics Institute Beijing 100098China State Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement/Cytogenetics Institute Nanjing Agricultural UniversityNanjing 210095China Soybean Research Institute/MOA National Center for Soybean Improvement/MOA Key Laboratory for Biology and Genetic Improvement of Soybean(General)/State Key Laboratory for Crop Genetics and Germplasm Enhancement Nanjing Agricultural UniversityNanjing 210095China College of Agriculture Yangtze UniversityJingzhou 451199China School of Agronomy Anhui Agricultural UniversityHefei 230036China Jilin Academy of Agricultural Sciences Changchun 130119China Hulun Buir Institution of Agricultural Sciences Hulun Buir 021008China Soybean Research Institute Heilongjiang Academy of Agricultural SciencesHarbin 150086China Key Laboratory of Soybean Biology in Chinese Ministry of Education(Key Laboratory of Soybean Biology and Breeding/Genetics of Chinese Agriculture Ministry) Northeast Agricultural UniversityHarbin 150030China Heihe Branch of Heilongjiang Academy of Agricultural Sciences Harbin 150086China State Key Laboratory of Systematic and Evolutionary Botany Institute of BotanyChinese Academy of SciencesBeijing 100093China Department of Breeding Research Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research(IPK)Gatersleben DE D-06466Germany Center for Applied Genetic Technologies University of GeorgiaAthens 30602USA Department of Ecology/Tibetan Centre for Ecology and Conservation at WHU-TU/Hubei Key

Soybean is a leguminous crop that provides oil and protein. Exploring the genomic signatures of soybean evolution is crucial for breeding varieties with improved adaptability to environmental extremes. We analyzed the genome sequences of 2,214 soybeans and proposed a soybean evolutionary route, i.e., the expansion of annual wild soybean(Glycine soja Sieb. & Zucc.) from southern China and its domestication in central China, followed by the expansion and local breeding selection of its landraces(G. max(L.) Merr.). We observed that the genetic introgression in soybean landraces was mostly derived from sympatric rather than allopatric wild populations during the geographic expansion. Soybean expansion and breeding were accompanied by the positive selection of flowering time genes, including GmSPA3c. Our study sheds light on the evolutionary history of soybean and provides valuable genetic resources for its future breeding.

关键词： soybean adaptation introgression flowering time breeding

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黄淮海夏大豆在海南快速加代技术研究

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作物杂志 2023年第6期 35-40页

作者：裴春玲谷勇哲付佳祺晁守伟卢倩邱丽娟哈尔滨师范大学生命科学与技术学院黑龙江哈尔滨150025 中国农业科学院作物科学研究所/农作物基因资源与遗传改良国家重大科学工程/农业农村部北京大豆生物学重点实验室北京100081

在海南三亚以4个黄淮海地区大豆品种(系)为试验材料,在鼓粒期采集不同厚度的鲜荚,对自然阴干后的种子状态、百粒重及发芽能力进行研究。结果表明,鲜荚厚度为7~8mm的种子发芽率和发芽势均最高,分别达96.7%和85.8%,分别超过正常收获种子的... 详细信息

在海南三亚以4个黄淮海地区大豆品种(系)为试验材料,在鼓粒期采集不同厚度的鲜荚,对自然阴干后的种子状态、百粒重及发芽能力进行研究。结果表明,鲜荚厚度为7~8mm的种子发芽率和发芽势均最高,分别达96.7%和85.8%,分别超过正常收获种子的8.6%和10.3%,因此在海南冬季最适宜提前收获的鲜荚厚度为7~8mm。利用提前摘荚技术,从播种至收获需要50d左右,阴干处理15d,一个世代共需要65d。10月底至次年5月初之间在海南种植,可连续繁殖3代,该技术可为大豆的快速育种提供技术支撑。

关键词：大豆加代鲜荚果荚厚度发芽率加速育种

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大豆红色种皮的色素鉴定和基因定位

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中国农业科学 2023年第14期56卷 2643-2659页

作者：曹杰谷勇哲洪慧龙吴海涛张霞孙建强包立高邱丽娟吉林农业大学生命科学学院中国农业科学院作物科学研究所东北农业大学农学院内蒙古自治区农牧业技术推广中心

【目的】揭示种子发育过程中种皮花青素（anthocyanin）的含量变化以及导致泰兴矮脚红（TXAJH）红色种皮的主要花青素成分；定位控制花青素合成积累的关键基因，为深入了解红色种皮形成的调控机制奠定基础。【方法】利用超高效液相色谱... 详细信息

【目的】揭示种子发育过程中种皮花青素（anthocyanin）的含量变化以及导致泰兴矮脚红（TXAJH）红色种皮的主要花青素成分；定位控制花青素合成积累的关键基因，为深入了解红色种皮形成的调控机制奠定基础。【方法】利用超高效液相色谱串联质谱（ultra-high performance liquid chromatography-tandem mass spectrometry,UPLC-ESI-MS/MS）检测黄色种皮大豆绥农14(SN14)和红色种皮大豆TXAJH不同发育阶段种皮的花青素成分与含量，分析与种皮颜色变化密切相关的花青素成分；利用SN14和TXAJH杂交构建的重组自交系（recombinant inbred lines,RIL）群体进行分离群体分组混合分析（bulked segregant analysis,BSA），初步定位红色种皮相关基因的候选区域，在此基础上，结合标记连锁分析缩小候选区间并预测红色种皮候选基因；最后通过qRT-PCR验证候选基因的表达情况。【结果】检测SN14和TXAJH 4个发育阶段的种皮，共发现12种花青素。在成分上，总花青素的聚类分析表明，TXAJH与SN14之间以及TXAJH显色前后之间的种皮花青素组成均存在明显差异。在含量上，种子发育过程中，SN14种皮花青素的含量逐渐下降，而TXAJH种皮的含量迅速升高并保持稳定，种皮显色后，二者的花青素含量呈现极显著差异，在成熟阶段，TXAJH种皮花青素的含量是SN14的200倍以上。矢车菊素-3-O-葡萄糖苷（Cyanidin-3-O-glucoside,Cy-3-glu）、芍药花素-3-O-葡萄糖苷（Peonidin-3-O-glucoside,Pn-3-glu）和牵牛花素-3-O-葡萄糖苷（Petunidin-3-O-glucoside,Pt-3-glu）是导致TXAJH种皮呈现红色的重要原因。BSA-seq关联分析将红色种皮基因的候选区间定位于第8染色体上，长度为8.66Mb。利用27个多态性标记进行连锁分析得到10种单倍型，最终将候选区间缩小至702 kb。该区间中在亲本间存在非同义变异的基因共37个，其中，Glyma.08g059900编码MYB转录因子，Glyma.08g061300和Glyma.08g063900编码bHLH转录因子，它们可能参与花青素的生物合成调控；Glyma.08g062000编码花青素还原酶1，可以将花青素转化为原花青素（proanthocyanidin,PA）。基因表达分析结果表明，候选基因和花青素生物合成途径相关基因在SN14与TXAJH中的表达模式相似，均为前者低于后者。种皮花青素主要成分与候选基因表达水平的关联分析结果显示二者之间存在极强的相关性。【结论】SN14与TXAJH的种皮花青素组成存在差异，TXAJH红色种皮呈现红色可能是Cy-3-glu、Pn-3-glu和Pt-3-glu积累的结果。预测Glyma.08g059900、Glyma.08g061300、Glyma.08g062000和Glyma.08g063900为红色种皮候选基因，其中Glyma.08g059900、Glyma.08g061300和Glyma.08g063900可能对花青素生物合成途径的多个基因产生调控作用。

关键词：大豆种皮色花青素 BSA-seq 基因定位转录因子

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低磷胁迫下大豆苗期根系性状全基因组关联分析

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沈阳农业大学学报 2024年第6期55卷 663-676页

作者：孙畅刘美玲刘子君杨光梁腾月周宣汝赵悦如张洛桐谷勇哲敖雪沈阳农业大学农学院中国农业科学院作物科学研究所/农作物基因资源与遗传改良国家重大科学工程/农业农村部北京大豆生物学重点实验室

大豆是喜磷作物，缺磷会导致大豆减产甚至无法正常生长。大豆根系性状是鉴定大豆耐低磷性的重要指标，因此，挖掘调控大豆低磷胁迫功能的相关基因对提高大豆低磷耐受性和大豆育种尤为关键。利用206份大豆种质资源，在低磷和常磷处理下... 详细信息

大豆是喜磷作物，缺磷会导致大豆减产甚至无法正常生长。大豆根系性状是鉴定大豆耐低磷性的重要指标，因此，挖掘调控大豆低磷胁迫功能的相关基因对提高大豆低磷耐受性和大豆育种尤为关键。利用206份大豆种质资源，在低磷和常磷处理下对大豆根系形态性状进行表型鉴定，以低磷处理下根重、总根长、根总表面积、根总体积和相对根重、相对总根长、相对根总表面积、相对根总体积作为耐低磷性状鉴定指标，基于93 436个SNPs（single nucleotide polymorphisms）进行全基因组关联分析（genome-wide association study,GWAS），筛选显著关联的SNPs位点并挖掘候选基因。结果表明：不同大豆种质的耐低磷性差异明显，低磷处理下的根重、总根长、根总体积和根总表面积的变化范围分别为0.04～0.75 g、700.95～4 300.12 cm、0.96～8.56 cm3和91.54～614.58 cm2，相对根重、相对总根长、相对根总体积和相对根总表面积的变化范围分别为0.34～2.07,0.49～1.78,0.52～1.96,0.4～1.67。全基因组关联分析共鉴定出49个与大豆耐低磷性显著相关的SNP位点，其中与低磷处理下根重、根总表面积、根总体积相关的SNP位点共有10个，与相对根重、相对根长、相对根总表面积和相对根总体积相关的SNP位点共有39个。通过单倍型分析与LD block分析得到候选基因2个，分别是在根中特异性表达为编码磷酸泛乙炔基转移酶相关的基因和α-葡聚糖磷酸化酶。qRT-PCR结果显示,低磷处理后GmYB1和GmYB3的表达量在耐低磷品种中显著高于低磷敏感品种。研究结果为深入了解大豆耐低磷胁迫的分子机制提供了理论参考及基因资源。

关键词：大豆低磷胁迫根系性状 SNP GWAS 候选基因

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高油酸低脂氧合酶(FAD-LOX)多基因编辑大豆优异种质创制

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大豆科学 2023年第5期42卷 513-523页

作者：何梓莹于莉莉邱红梅谷勇哲洪慧龙高华伟邱丽娟黑龙江八一农垦大学农学院黑龙江大庆163319 中国农业科学院作物科学研究所/农作物基因资源与遗传改良国家重大科学工程/农业农村部种质资源利用重点实验室北京100081 吉林省农业科学院/大豆国家工程研究中心吉林长春130033

大豆是植物油和蛋白质的主要来源。不饱和脂肪酸的含量是影响植物油品质的主要因素,油酸是不饱和脂肪酸中含量最丰富的成分之一,具有较强的氧化稳定性和热稳定性。增加油酸的含量可以提高大豆油的耐储存性,也有利于人体健康。GmFAD2-1A... 详细信息

大豆是植物油和蛋白质的主要来源。不饱和脂肪酸的含量是影响植物油品质的主要因素,油酸是不饱和脂肪酸中含量最丰富的成分之一,具有较强的氧化稳定性和热稳定性。增加油酸的含量可以提高大豆油的耐储存性,也有利于人体健康。GmFAD2-1A和GmFAD2-1B是大豆编码脂肪酸去饱和酶,调控油酸向亚油酸转化的关键基因。脂氧合酶是大豆种子中的抗营养因子之一。它在酶促氧化的条件下产生豆腥味,限制了大豆产品的应用。为满足不同人群的需要和降低加工成本,有必要培育无脂氧合酶的突变品系。大豆中GmLOX基因(包括GmLOX1、GmLOX2、GmLOX3)编码脂氧合酶。脂氧酶也能催化亚油酸氧化生成脂质氢过氧化物,然后形成豆腥味。因此,降低亚油酸的含量有助于减少豆腥味的形成。同时编码脂氧酶也能延缓豆油的酸败。本研究利用CRISPR/Cas9对中吉602的GmFAD2-1A、GmFAD2-1B、GmLOX1、GmLOX2和GmLOX3基因进行编辑。通过农杆菌介导的大豆遗传转化,在T2代分离到7个具有不同等位变异的优异新种质。与中吉602相比,突变体种子中脂氧合酶活性显著降低,油酸含量提高至81.7%~83.5%。本研究为有效开发大豆种质资源以满足不断变化的市场需求提供了新材料。

关键词：大豆品质油酸脂氧合酶 CRISPR/Cas9

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An Early Minor-Fault Diagnosis Method for Lithium-Ion Battery Packs Based on Unsupervised Learning

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IEEE/CAA Journal of Automatica Sinica 2023年第3期10卷 810-812页

作者： Xin gu Yunlong Shang yongzhe Kang Jinglun Li Ziheng Mao Chenghui Zhang School of Control Science and Engineering Shandong UniversityJinan 250061China

Dear Editor,Any fault of a battery system that is not handled timely can cause catastrophic ***,it is significant to diagnose battery faults early and *** to the complex nonlinear features and inconsistency of lithium... 详细信息

关键词： battery Battery fault

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