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Genome-wide association analysis identified molecular markers and candidate genes for flower traits in Chinese orchid (Cymbidium sinense)

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Horticulture Research 2023年第11期10卷 193-207页

作者： Fengxi Yang Yudi Guo Jie Li Chuqiao Lu yonglu wei Jie Gao Qi Xie Jianpeng Jin Genfa Zhu Guangdong Key Laboratory of Ornamental Plant Germplasm Innovation and Utilization Environmental Horticulture Research InstituteGuangdong Academy of Agricultural SciencesGuangzhou 510640China

The orchid,the champagne of f lowers,brings luxury,elegance,and novelty to nature.Cymbidium sinense is a symbol of gigantic floral variability on account ofwavering shapes and sizes of f loral organs,althoughmarker-trait association(MTA)has not been studied for its f loral traits.We evaluated markers associated with 14 f loral traits of C.sinense through a genome-wide association study(GWAS)of 195 accessions.A total of 65318522 single-nucleotide polymorphisms(SNPs)and 3906176 insertion/deletion(InDel)events were identified through genotyping-by-sequencing.Among these,4694 potential SNPs and 477 InDelswere identified as MTAs at−log10 P>5.The genes related to these SNPs and InDels were largely associated with f loral regulators,hormonal pathways,cell division,and metabolism,playing essential roles in tailoring f loral morphology.Moreover,20 candidate SNPs/InDels linked to 11 genes were verified,8 of which were situated on exons,onewas located in the 5-UTR and twowere positioned in introns.Here,themultitepal trait-related gene RABBIT EARS(RBE)was found to be the most crucial gene.We analyzed the role of CsRBE in the regulation of flower-related genes via efficient transient overexpression in C.sinense protoplasts,and found that the floral homeotic genes CsAP3 and CsPI,as well as organ boundary regulators,including CsCUC and CsTCP genes,were regulated by CsRBE.Thus,we obtained key gene loci for important ornamental traits of orchids using genome-wide association analysis of populations with natural variation.The findings of this study can do a great deal to expedite orchid breeding programs for shape variability.

关键词： traits analysis breeding

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Transcriptome Analysis Reveals Clues into leaf-like flower mutant in Chinese orchid Cymbidium ensifolium

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Plant Diversity 2020年第2期42卷 92-101页

作者： yonglu wei Jianpeng Jin Xiani Yao Chuqiao Lu Genfa Zhu Fengxi Yang Guangdong Key Laboratory of Ornamental Plant Germplasm Innovation and Utilization Environmental Horticulture Research InstituteGuangdong Academy of Agricultural SciencesGuangzhou510640PR China

The floral morphology of Cymbidium ensifolium,a well-known orchid in China,has increasingly attracted horticultural and commercial attention.However,the molecular mechanisms that regulate flower development defects in C.ensifolium mutants are poorly understood.In this work,we examined a domesticated variety of C.ensifolium named‘CuiYuMuDan',or leaf-like flower mutant,which lacks typical characteristics of orchid floral organs but continues to produce sepal-to leaf-like structures along the inflorescence.We used comparative transcriptome analysis to identify 6234 genes that are differentially expressed between mutant and wild-type flowers.The majority of these differentially expre ssed genes are involved in membrane-building,anabolism regulation,and plant hormone signal transduction,implying that in the leaf-like mutant these processes play roles in the development of flower defects.In addition,we identified 152 differentially expre ssed transcription factors,including the bHLH,MYB,MIKC,and WRKY gene families.Moreover,we found 20 differentially expressed genes that are commonly involved in flower development,including MADS-box genes,CLAVATA3(CLV3),WUSCHEL(WUS),and PERIANTHIA(PAN).Among them,floral homeotic genes were further investigated by phylogenetic analysis and expression validation,which displayed distinctive spatial expression patterns and significant changes between the wild type and the mutant.This is the first report on the C.ensifolium leaf-like flower mutant transcriptome.Our results shed light on the molecular regulation of orchid flower development,and may improve our understanding of floral patterning regulation and advance molecular breeding of Chinese orchids.

关键词： Orchid Cymbidium ensifolium Leaf-like flower Transcriptome

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Complete Genome Sequence Analysis of Guangdong Isolates of Cymbidium Mosaic Virus

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Plant Diseases and Pests 2022年第3期13卷 15-20页

作者： yonglu wei Rui REN Jie GAO weiping LIU Qi XIE Genfa ZHU Fengxi YANG Environmental Horticulture Research Institute Guangdong Academy of Agricultural Sciences/Guangdong Key Laboratory of Ornamental Plant Germplasm Innovation and UtilizationGuangzhou 510640China Guangdong Wengshan Orchid Research Co. LtdWengyuan 512600China

[Objectives]The paper was to explore the genetic information and evolution of CymMV,and to provide an important scientific basis for monitoring and early warning of orchid virus disease and anti-virus genetic engineering of orchid in Guangdong Province.[Methods]RT-PCR and DASELISA were used to detect and identify CymMV from leaves with suspected virus disease of Cymbidium sinense collected from Guangzhou area.The genome sequence assembly,annotation,phylogeny and selection pressure analysis of CymMV isolates were performed with related molecular biology software.[Results]Two CymMV isolates(GZV013 and ZC29)were found in Guangdong Province for the first time in this study.The genome of both GZV013 and ZC29 were 6227 nt in length,encoding 5 functional proteins.The similarity analysis of the full sequence showed that the nucleotide sequence identity of GZV013 and Taiwan isolate M2 was 97.03% and that of ZC29 and Nanjing isolate NJ-1 was 97.11%.The complete genome sequence identity among CymMV isolates ranged from 86.85% to 98.31%,and the differentiation of diverse populations was closely related to host species and geographical isolation.Each region of CymMV genome was affected by negative selection and conformed to the neutral evolution model.The genes encoding RdRp,TGB1 and TGB2 had the highest mutation rates in the genome.[Conclusions]GZV013 was most closely related to Taiwan isolate M2,and ZC29 was most closely related to Nanjing isolate NJ-1,belonging to the same branch of a family.

关键词： Orchid Virus detection Cymbidium mosaic virus(CymMV) Sequence analysis Selection pressure

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益生菌对孤独谱系障碍患者核心症状干预效果的荟萃分析

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中国儿童保健杂志 2024年第3期32卷 322-328页

作者：蔚然孔锐关陆阳王永露叶侃南京医科大学附属苏州医院儿童保健科江苏苏州215002 南京医科大学

目的评价益生菌对孤独谱系障碍(ASD)患者核心症状的治疗效果,为ASD的治疗和干预提供理论依据。方法计算机检索中国生物医学文献服务系统(SinoMed)、万方数据知识服务平台、维普引文数据库和中国知网,英文数据库包括PubMed、Embase和Web ... 详细信息

目的评价益生菌对孤独谱系障碍(ASD)患者核心症状的治疗效果,为ASD的治疗和干预提供理论依据。方法计算机检索中国生物医学文献服务系统(SinoMed)、万方数据知识服务平台、维普引文数据库和中国知网,英文数据库包括PubMed、Embase和Web of Science共7个数据库中有关益生菌干预孤独谱系障碍患者核心症状影响的文献,检索期限为2000年1月到2023年5月。采用Rev Man5.4进行Meta分析,计算效应量合并异质性检验敏感性分析和亚组分析。结果共纳入10项研究343名患者。Meta分析显示,对于ASD核心症状得分干预组与对照组间差异有统计学意义(SMD=-0.34,95%CI:-0.55~-0.12,P0.05),复合菌群疗效显著(SMD=-0.51,95%CI:-0.81~-0.21,P<0.05)。结论益生菌治疗对于改善ASD患者的核心症状有效,但受人种、年龄和菌株等因素影响,在高加索人种、未成年人群中使用复合菌群的条件下有更好的疗效。

关键词：孤独症谱系障碍益生菌核心症状系统综述 Meta分析

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蝴蝶兰新品种‘金象’

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园艺学报 2022年第S1期49卷 139-140页

作者：陆楚桥高洁谢琦魏永路金建鹏杨凤玺朱根发广东省农业科学院环境园艺研究所广东省园林花卉种质创新综合利用重点实验室广州510640

蝴蝶兰新品种‘金象’是由‘小飞象’组培苗变异株系筛选而来。花径3.8 cm,花紫红色、具线纹,单枝花朵数18.58朵,叶片具大金边覆轮艺,适合温室大棚设施栽培。

关键词：蝴蝶兰花期品种

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建兰花叶病毒广东分离物的全基因组序列分析

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广东农业科学 2022年第2期49卷 109-117页

作者：魏永路任锐高洁刘伟平谢琦朱根发杨凤玺广东省农业科学院环境园艺研究所/广东省园林花卉种质创新与利用重点实验室广东广州510640 广东翁山兰花研究有限公司广东韶关512600

【目的】建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus,CymMV)是最主要的兰花病毒病原之一,其广泛传播对兰花产业发展造成严重威胁。探究CymMV遗传信息和进化,为广东省兰花病毒病的监测预警和兰花抗病毒病基因工程提供重要科学依据。【方法】... 详细信息

【目的】建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus,CymMV)是最主要的兰花病毒病原之一,其广泛传播对兰花产业发展造成严重威胁。探究CymMV遗传信息和进化,为广东省兰花病毒病的监测预警和兰花抗病毒病基因工程提供重要科学依据。【方法】对采自广州地区的墨兰疑似病毒病叶片进行CymMV的RT-PCR及DA-SELISA检测鉴定,利用相关分子生物学软件对CymMV分离物进行基因组序列组装、注释、系统进化及选择压力分析。【结果】首次在广东省发现2个CymMV分离物GZV013和ZC-29,基因组全长均为6227 nt,编码5个功能蛋白;GZV013与台湾分离物M2的核苷酸序列一致性为97.03%;ZC29与南京分离物NJ-1的核苷酸序列一致性为97.11%;CymMV各分离物的全基因组序列一致性为86.85%~98.31%,且多样性种群的分化与寄主种类和地理隔离关系密切;CymMV基因组每个区域均受到负选择的影响,并符合中性进化模型;编码RdRp、TGB1和TGB2的基因在基因组中变异率最高。【结论】GZV013与台湾分离物M2的亲缘关系最近,ZC29与南京分离物NJ-1的亲缘关系最近,同属于一个分支。

关键词：兰科植物病毒检测建兰花叶病毒(CymMV) 序列分析选择压力

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墨兰新品种‘四季花’

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园艺学报 2022年第S1期49卷 127-128页

作者：金建鹏高洁谢琦魏永路陆楚桥杨凤玺朱根发广东省农业科学院环境园艺研究所广东省园林花卉种质创新综合利用重点实验室广州510640

墨兰新品种‘四季花’是由野生墨兰[Cymbidium sinense(Andr.)Willd.]自然芽变选育而来。总状花序,平均每葶着花6.9朵,花朵横径4.8 cm,夏秋季呈黄绿色,冬季呈红色,有清香。与传统素花型墨兰相比,花期更持久,从5月持续至翌年1月,开花无... 详细信息

墨兰新品种‘四季花’是由野生墨兰[Cymbidium sinense(Andr.)Willd.]自然芽变选育而来。总状花序,平均每葶着花6.9朵,花朵横径4.8 cm,夏秋季呈黄绿色,冬季呈红色,有清香。与传统素花型墨兰相比,花期更持久,从5月持续至翌年1月,开花无需低温条件。

关键词：墨兰芽变花期品种

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广东省国兰病毒病害调查及CymMV和ORSV基于cp基因的系统进化分析

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植物保护学报 2020年第2期47卷 372-383页

作者：任锐魏永路朱根发杨凤玺广东省农业科学院环境园艺研究所广东省园林花卉种质创新与利用重点实验室广州510640

为调查广东省国兰病毒病发生情况,采用双抗体夹心-酶联免疫吸附测定(double sandwich enzyme-linked immunosorbent assay,DAS-ELISA)法对采集自广州市、汕头市和韶关市兰花主产区的53份具有典型病毒病症状的国兰叶片进行检测,选取35份... 详细信息

为调查广东省国兰病毒病发生情况,采用双抗体夹心-酶联免疫吸附测定(double sandwich enzyme-linked immunosorbent assay,DAS-ELISA)法对采集自广州市、汕头市和韶关市兰花主产区的53份具有典型病毒病症状的国兰叶片进行检测,选取35份病叶应用RT-PCR技术对检测结果进行验证,并基于cp基因序列对检测到的病毒进行系统进化分析。DAS-ELISA检测结果显示,53份病叶中有44份检出病毒,总检出率为83.02%;其中,有14份仅检出建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus,CymMV),有19份仅检出齿兰环斑病毒(Odontolossum ring spot virus,ORSV),有11份检出CymMV和ORSV复合侵染,检出率分别为26.42%、35.85%和20.75%。RT-PCR检测结果显示,35份病叶中有30份检出病毒,总检出率为85.71%;其中,有21份仅检出CymMV,有6份仅检出ORSV,有4份检出CymMV和ORSV复合侵染,检出率分别为60.00%、17.14%和11.43%,但未检测到其它病毒。表明广东省国兰病毒病害主要由CymMV和ORSV侵染引起。序列和系统进化分析显示,来源于不同地区和寄主的CymMV和ORSV分离物的cp基因序列极为保守,CP氨基酸序列相似性分别大于97.31%和93.67%,且CymMV和ORSV多样性种群的分化与寄主种属和地理隔离关系不大。

关键词：建兰花叶病毒齿兰环斑病毒 RT-PCR DAS-ELISA 系统进化分析广东省

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基于RFID技术的无障碍门禁管理

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微计算机信息 2007年第4Z期23卷 255-256,243页

作者：魏永禄温慧明李彦军中国矿业大学(北京)机电与信息工程学院北京100083

本文针对计算机开放实验室管理中存在的问题,提出利用RFID自动识别技术加强开放实验室的管理,从而实现计算机实验室的完全开放。文中阐述了RFID的工作原理,并给出一个利用RFID技术的计算机开放实验室管理的解决方案。

关键词：门禁 RFID 阅读器电子标签

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基于Profibus-DP的烧结过程控制系统的设计与实现

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微计算机信息 2005年第5期21卷 51-52页

作者：纪文刚魏永禄张吉月北京石油化工学院自动化系中国矿业大学(北京)计算中心 100083

随着钢铁企业信息化进程的启动,对基础自动化的新建和改造变得非常迫切。其核心是基础自动化网络架构的建造和底层信息共享模式的设置。采用现场总线技术配以基于WebServer的通用组态软件较好地解决了这一问题。通过对基础自动化网络结... 详细信息

随着钢铁企业信息化进程的启动,对基础自动化的新建和改造变得非常迫切。其核心是基础自动化网络架构的建造和底层信息共享模式的设置。采用现场总线技术配以基于WebServer的通用组态软件较好地解决了这一问题。通过对基础自动化网络结构和信息共享模式的研究,给出以烧结厂为例的实用的三层控制网络的结构配置。采用基于现场总线Profibus-DP的可编程Wago现场总线系统构成控制网络,在烧结主厂房和配料车间分别设置控制主站,并设置混合料、机头机尾电除尘、筛分、成品整粒等控制子站,通过总线将控制延伸至生产设备。通过Web服务器和数据服务器的设置,既解决了系统的远程诊断与控制,同时保证了控制网络的安全性。实践表明提高了系统的可靠性和可互唤性,过程数据可开放、透明地传至企业信息系统。

关键词：可编程控制器现场总线 WebServer

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