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基于辣椒基因组测序探究辣味在种群中的进化

辣椒杂志 2014年第2期12卷 40-50页

作者： Seungill Kim Minkyu Park Seon-In Yeom yong-Min Kim Je Min Lee Hyun-Ah Lee Eunyoung Seo Jaeyoung choi Kyeongchae Cheong Ki-Tae Kim Kyongyong Jung Gir-Won Lee Sang-Keun Oh Chungyun Bae Saet-Byul Kim Hye-Young Lee Shin-Young Kim Myung-Shin Kim Byoung-Cheorl Kang Yeong Deuk Jo Hee-Bum Yang Hee-Jin Jeong Won-Hee Kang Jin-Kyung Kwon chanseok Shin Jae Yun Lim June Hyun Park Jin Hoe Huh June-Sik Kim Byung-Dong Kim Oded Cohen Ilan Paran Mi Chung Suh Saet Buyl Lee Yeon-Ki Kim Younhee Shin Seung-Jae Noh Junhyung Park Young Sam Seo Suk-Yoon Kwon Hyun A Kim Jeong Mee Park Hyun-Jin Kim Sang-Bong choi Paul W Bosland Gregory Reeves Sung-Hwan Jo Bong-Woo Lee Hyung-Taeg cho Hee-Seung choi Min-Soo Lee Yeisoo Yu Yang Do choi Beom-Seok Park Allen van Deynze Hamid Ashrafi Theresa Hill Woo Taek Kim Hyun-Sook Pai Hee Kyung Ahn Inhwa Yeam James J Giovannoni Jocelyn K C Rose Iben Sφrensen Sang-Jik Lee Ryan W Kim Ik-Young choi Beom-Soon choi Jong-Sung Lim yong-Hwan Lee Doil choi 刘峰张西露 Department of Plant Science Seoul National University Plant Genomics and Breeding Institute Seoul National University Department of Agricultural Biotechnology Seoul National University Department of Bioinformatics and Life Science Soongsil University Vegetable Breeding Research Center Seoul National University Agricultural Research Organization Institute of Plant Science Volcani Center Bet DaganIsrael. Agricultural Research Organization Institute of Plant Science Volcani Center Bet DaganIsrael Department of Bioenergy Science and Technology Chonnam National University Genomics Genetics Institute GreenGene BioTech Inc. Codes Division Insilicogen Inc. Ginseng Resources Research Laboratory Korea Ginseng Corporation Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology Division of Bioscience and Bioinformatics Myongji University Department of Plant and Environmental Sciences New Mexico State University Chile Pepper Institute New Mexico State University Seeders Inc. Department of Biological Sciences Seoul National University Arizona Genomics Institute University of Arizona Agricultural Genome Center National Academy of Agricultural Science Rural Development Administration Seed Biotechnology Center University of California Davis Davis California USA Department of Systems Biology Yonsei University Department of Horticulture and Breeding Andong National University US Department of Agriculture-Agricultural Research Service Robert W. Holley Center Ithaca New York USA Boyce Thompson Institute for Plant Research Cornell University Ithaca New York USA Department of Plant Biology Cornell University Ithaca New York USA Biotechnology Institute Nongwoo Bio Yeoju Korea Genome Center University of California Davis Davis California USA National Instrumentation Center for Environmental Management Seoul National University Seoul Korea 湖南省蔬菜研究所

辣椒(Capsicum annuum)是美洲最古老的驯化作物之一,在全世界被广泛种植。本研究对CM334(墨西哥地方品种)进行了全基因组测序和组装(覆盖度为186.6×),同时还对另外两个栽培种和一个野生种分别进行了重测序和从头(de novo)测序。结果表... 详细信息

辣椒(Capsicum annuum)是美洲最古老的驯化作物之一,在全世界被广泛种植。本研究对CM334(墨西哥地方品种)进行了全基因组测序和组装(覆盖度为186.6×),同时还对另外两个栽培种和一个野生种分别进行了重测序和从头(de novo)测序。结果表明辣椒基因组大小约为番茄的4倍,辣椒基因组上存在大量gypsy转座子和花椰菜病毒家族元件的积累。结合转录组综合分析认为,辣椒素合成酶基因表达模式的改变及新功能化是导致辣椒素生物合成的原因,研究还发现辣椒与番茄在乙烯合成及果实成熟调控方面存在明显不同的分子模式。辣椒参考基因组的发布为辣椒营养品质和药用价值的改善提供了重要平台。

关键词：基因组测序辣椒素参考基因 Capsicum 转座子辣椒果实分子模式生物合成基因表达模式基因组大小

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透析患者下肢动脉闭塞症的危险因素分析

中华肾脏病杂志 2010年第3期26卷 172-176页

作者：樊晓红袁志娟陈丽萌葛广礼曾勇周紫娟陶建瓴徐红孙阳李雪梅李学旺中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院肾内科 100730 中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院心内科 100730

目的观察终末期肾病（ESRD）维持性血液透析和腹膜透析患者下肢动脉闭塞症的发病情况，并探讨该病在ESRD患者中的相关危险因素。方法用自动化外周动脉硬化检测仪（VP1000，日本Colin）测定臂踝脉搏波传导速度（baPWV）及臂踝血压比（ABP... 详细信息

目的观察终末期肾病（ESRD）维持性血液透析和腹膜透析患者下肢动脉闭塞症的发病情况，并探讨该病在ESRD患者中的相关危险因素。方法用自动化外周动脉硬化检测仪（VP1000，日本Colin）测定臂踝脉搏波传导速度（baPWV）及臂踝血压比（ABPI）。受检对象为北京协和医院肾内科血液净化中心150例规律透析时间超过3个月的ESRD患者，其中95例为血液透析患者（HD组），55例为持续非卧床腹膜透析患者（CAPD组），对照组为同期在肾内科门诊随诊的50例慢性肾脏病（CKDⅡ-Ⅲ期）患者。收集患者一般资料及常规生化指标。评价透析充分性和营养状况。ELISA法测定血C反应蛋白（CRP）和甲状旁腺激素（iPTH）。ABPI〈0．9的患者同时行下肢动脉彩色多普勒检查，部分患者进行了CT血管造影（CTA）检查。用SPSS12．0软件包进行独立样本t检验、相关性分析和多元回归分析。结果（1）ESRD患者下肢动脉闭塞症（ABPI〈0．9）的发生率显著高于CKD组（11．33％比0，P=0．016），且CAPD组发生率显著高于HD组（20．0％比6．3％，P=0．011）。随后的血管彩超和CTA证实股浅动脉和胫前、后动脉是血管狭窄和闭塞的好发部位。出现间歇性跛行的患者比例为23．1％。（2）相关分析表明，ESRD患者ABPI与透析方式（，=6．491，P=0．011）、年龄（r=-0．338，P=0．000）、总胆固醇（TC）（r=-0．185，P=0．028）、高密度脂蛋白（HDL）（r=0．179，P=0．035）、Scr（r=0．244，P=0．003）、BUN（r=0．281，P=0．001）、Kt／V（r=-0．275．P=0．001）、标准化蛋白分解代谢率（nPCR）（r=O．269，P=0．001）、上肢平均舒张压（DBP）（r=0．267，P=0．001）、平均动脉压（MAP）（r=0．225，P=0．006）、下肢收缩压（SBP）（r=0．593，P=0．000）、下肢DBP（r=0．215，P=0．009）、PWV（r=0．202，P=0．014）呈正或负相关。（3）多元回归分析表明，透析方式、HDL、Alb、MAP、上肢DBP、下肢SBP和baPWV是ABPI的独立危险因素。结论ESRD患者下肢动脉闭塞症的发生率显著高于非透析的CKD患者。ABPI是较好的筛查方法。营养不良、脂代谢紊乱、高血压以及动脉硬化是ESRD患者出现下肢动脉阻塞的危险因素。

关键词：动脉闭塞性疾病肾功能衰竭慢性腹膜透析血液透析踝臂血压指数

CD80鼠-人嵌合抗体的cho细胞表达及体外生物学功能的初步研究

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中国免疫学杂志 2009年第2期25卷 114-117页

作者：徐耀瑜胡玲玲陈永井程钢罗先富孙杰刘玉华王艳茹陈明心邱玉华苏州大学医学生物技术研究所苏州215007

目的:cho细胞表达抗人CD80鼠-人嵌合抗体ch4E5,并研究其在体外阻断CD80介导的共刺激信号转导的生物学功能。方法:构建含有嵌合重、轻链基因的表达载体pIRES/ch4E5;表达载体先转染293T细胞,FCM检测到ch4E5抗体的瞬时表达后,表达载体再转... 详细信息

目的:cho细胞表达抗人CD80鼠-人嵌合抗体ch4E5,并研究其在体外阻断CD80介导的共刺激信号转导的生物学功能。方法:构建含有嵌合重、轻链基因的表达载体pIRES/ch4E5;表达载体先转染293T细胞,FCM检测到ch4E5抗体的瞬时表达后,表达载体再转染cho细胞,构建稳定表达细胞株cho-ch4E5;ProteinG亲和层析法从cho-ch4E5细胞无血清培养上清中纯化ch4E5抗体,FCM检测ch4E5抗体对膜型CD80的识别;以丝裂霉素处理的正常人外周血单核细胞PBMCs为刺激细胞,以异体正常人外周血淋巴细胞PBLs为反应细胞,用MTT法分析ch4E5抗体的阻断作用。结果:ch4E5抗体在293T细胞的瞬时表达于48小时达到高峰,上清与L929-B7-1细胞结合率为96.0%;cho-ch4E5细胞持续表达ch4E5抗体,其培养上清与L929-B7-1细胞结合率为95.7%;3天培养上清中,ch4E5抗体的产率约为5.56mg/L;ch4E5抗体和L929-B7-1、Daudi、Sub-T细胞结合率分别为94.1%、25.7%、23.5%;ch4E5抗体可以阻断CD80介导的共刺激信号转导,抑制异体PBLs的体外增殖。结论:在cho细胞中成功表达了抗人CD80鼠-人嵌合抗体ch4E5,在体外该嵌合抗体具有亲本抗体阻断CD80介导的共刺激信号的生物学活性。

关键词： CD80 嵌合抗体瞬时表达稳定表达阻断作用

抗人CD80单链抗体的构建、表达及与抗原结合的特性分析

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中国免疫学杂志 2011年第2期27卷 153-157页

作者：陈昌友郭静雅陈永井陈明心孙杰张彦军黄赛男朱华亭邱玉华苏州大学医学部免疫学系苏州215123 河南中医学院第一附属医院检验科郑州450000 中国科学院苏州纳米研究所苏州215123

目的:构建及表达抗人CD80单链抗体(ScFv),并初步研究其生物学功能。方法:采用RT-PCR法从分泌鼠抗人CD80mAb的杂交瘤细胞株(4E5)中克隆VH和VL基因。用重叠延伸拼接PCR方法构建具有前导肽的L-VH-Linker-VL单链抗体基因,并亚克隆至pIRES2-E... 详细信息

目的:构建及表达抗人CD80单链抗体(ScFv),并初步研究其生物学功能。方法:采用RT-PCR法从分泌鼠抗人CD80mAb的杂交瘤细胞株(4E5)中克隆VH和VL基因。用重叠延伸拼接PCR方法构建具有前导肽的L-VH-Linker-VL单链抗体基因,并亚克隆至pIRES2-EGFP表达载体,脂质体法转染中华仓鼠卵巢细胞(cho),G418加压筛选。纯化抗CD80-ScFv,并分析其对膜型CD80的识别。竞争抑制实验分析抗CD80-ScFv与相应抗原的结合能力。MTT法体外分析抗CD80-ScFv对CD80介导的共刺激信号的阻断作用。结果:构建的抗CD80-ScFv基因全长为828 bp,经测序含有信号肽和连接肽。实验获得稳定表达细胞株SA-Ⅱ,其培养上清与L929-CD80细胞的阳性结合率达98%以上。抗体纯化后产率约为15.12 mg/L,其能够识别Raji和Daudi细胞天然表达的CD80分子,结合率分别为96.6%和95.0%。抗CD80-ScFv对鼠源亲本抗体4E5与抗原结合的竞争抑制率达98.67%,并能阻断CD80介导的共刺激信号转导,抑制PBMC的增殖,增殖率下降43.48%。结论:成功建立了抗CD80-ScFv cho细胞的表达株(命名为SA-Ⅱ),该抗体能够特异识别细胞表面膜型CD80分子并介导相应的生物学功能。

关键词： CD80 单链抗体真核表达

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脑外伤的质子磁共振波谱成像研究

国际医药卫生导报 2008年第3期14卷 23-27页

作者：李沁梅刘国标曹卫国李扬彬刘克李志铭黄勇广州医学院第二附属医院放射科广东广州510260 广州医学院荔湾医院放射科广东广州510170 深圳儿童医院放射科广东深圳518026

目的探讨氢质子磁共振波谱（^1H—MRS）对创伤性脑损伤（TBI）的诊断价值。方法对30例TBI患者和10例健康志愿者行磁共振波谱成像，选择双侧额叶白质、胼胝体膝部左右侧及中线位置各一个点（共5个）为感兴趣区（ROI），分别测定cho、NA... 详细信息

目的探讨氢质子磁共振波谱（^1H—MRS）对创伤性脑损伤（TBI）的诊断价值。方法对30例TBI患者和10例健康志愿者行磁共振波谱成像，选择双侧额叶白质、胼胝体膝部左右侧及中线位置各一个点（共5个）为感兴趣区（ROI），分别测定cho、NAA、Cr、NAA／Cr、NAA／cho、cho／Cr。对不同程度TBI患者组^1H—MRS所测定值与GCS、GOS评分间进行相关性分析。结果 TBI患者与正常对照组cho／Cr、NAA／Cr、NAA／cho有统计学差异（P〈0．05）。TBI患者组NAA／cho、NAA／Cr与GCS评分及GOS评分均存在正相关，cho／Cr比值与GCS评分及GOS评分呈负相关。正常对照组均未检测到Lac峰，TBI患者特重度中2例出现Lac峰。结论氢质子磁共振波谱（^1H MRs）能定量测定创伤性脑损伤后脑组织代谢的情况，对TBI患者的受伤程度、预后预测有重要价值。

关键词：脑外伤质子磁共振波谱

氢质子磁共振波谱在新生儿缺氧缺血性脑病中的临床应用

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实用临床医学（江西） 2012年第7期13卷 75-77页

作者：何来昌陈桂美王香红谭永明曾献军龚洪翰南昌大学第一附属医院影像科南昌330006 江西省儿童医院神经内科南昌330006

目的探讨氢质子磁共振波谱(proton magnetic resonance spectroscopy,1H-MRS)在评价新生儿缺氧缺血性脑病(hypoxic ischemic encephalopathy,HIE)中的临床价值。方法回顾性分析35例足月HIE患儿(HIE组,其中轻度12例、中度15例、重度8例)和15例正常足月新生儿(对照组)的1H-MRS扫描数据,分析代谢产物N-乙酰天门冬氨酸(NAA)、肌酸(Cr)、胆碱(cho)以及乳酸(Lac)在1H-MRS波峰下面积与Cr的比值,并进行比较。结果 HIE组Lac/Cr比值较对照组升高,NAA/Cr与cho/Cr比值较对照组降低,差异均有统计学意义(均Pcho/Cr值相比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论1H-MRS可无创评价患儿脑代谢变化及脑损伤的严重程度,对新生儿HIE的临床诊断具有重要临床意义,可为临床治疗及判断转归提供依据。

关键词：氢质子磁共振波谱缺血缺氧性脑病新生儿

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倒地铃提取物降血糖作用研究

中国现代中药 2013年第8期15卷 642-644页

作者：谭银丰张小坡李洪福赖伟勇李海龙符乃光海南医学院海南省热带药用植物研究开发重点实验室海南海口571159

目的:研究倒地铃不同提取部位降血糖的作用。方法:用高脂高糖饲料喂养加小剂量注射链脲佐菌素(STZ)方法诱导小鼠2型糖尿病模型,用不同剂量的倒地铃不同提取部位进行干预,测定小鼠体重变化、空腹血糖、口服糖耐量和血清胆固醇(cho)。结果... 详细信息

目的:研究倒地铃不同提取部位降血糖的作用。方法:用高脂高糖饲料喂养加小剂量注射链脲佐菌素(STZ)方法诱导小鼠2型糖尿病模型,用不同剂量的倒地铃不同提取部位进行干预,测定小鼠体重变化、空腹血糖、口服糖耐量和血清胆固醇(cho)。结果:各组小鼠体重差异无统计学意义,倒地铃水提取物及30%醇洗脱物能显著降低糖尿病小鼠空腹血糖(P<0.05),提高1 h葡萄糖耐量(P<0.01),60%醇洗脱物能提高小鼠1 h葡萄糖耐量(P<0.01)。结论:倒地铃降血糖作用的主要有效部位为30%醇洗脱物、60%醇洗脱物。

关键词：倒地铃降糖提取物

冬季南方老年脾胃虚寒性胸痹患者血液流变学及凝血功能研究

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现代检验医学杂志 2013年第6期28卷 72-75页

作者：李建业樊龙中何俐勇胡卫红刘运周张薇广州解放军第四二一医院输血科广州510318 湛江解放军第四二二医院检验科广东湛江524005

目的观察南方冬季老年脾胃虚寒性脚痹患者血液流变学及凝血指标的变化，为临床诊疗提供新思路。方法回顾性分析2009~2011年冬季，老年脾胃虚寒性胸痹患者（观察组）与正常对照组血液流变学、凝血功能指标并进行比较，其中男性各48例，... 详细信息

目的观察南方冬季老年脾胃虚寒性脚痹患者血液流变学及凝血指标的变化，为临床诊疗提供新思路。方法回顾性分析2009~2011年冬季，老年脾胃虚寒性胸痹患者（观察组）与正常对照组血液流变学、凝血功能指标并进行比较，其中男性各48例，女性各72例，采用半自动血液黏度计、全自动血细胞、血凝和生化分析仪进行样品检测。结果血液流变学显示：全血黏度（wholebloodviscosity）、红细胞数量（RBC）、血红蛋白浓度（Hb）、红细胞压积（Hct）、血沉（ESR）、血糖（Glu）、三酰甘油（TG）、胆固醇（cho）、总蛋白（TP）、清蛋白（A）、球蛋白（G）降低，与对照组相比差异具有统计学意义（P〈0．05或P〈0．01），血浆黏度与对照组相比差异无统计学意义（P〉0．05）；凝血分析显示：凝血酶原时间（PT）、部份活化凝血酶原时间（APTT）缩短，纤维蛋白原（FIB）、D-二聚体（DD）升高，与对照组相比差异具有统计学意义（P〈0．05或P〈0．01）。结论冬季脾胃虚寒性胸痹患者血液流变学指标改变可能是由于长期消化、吸收不良而导致长期营养物质缺乏乖红细胞数量、压积偏低而引起。高凝状态是由于器官、组织缺血、缺氧和寒冷损伤，激活凝血系统所导致。

关键词：脾胃虚寒胸痹血液凝固血液流变学

重度突发性聋患者急性期与恢复期听皮层磁共振波谱分析

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山东大学耳鼻喉眼学报 2012年第3期26卷 13-16,23页

作者：窦晓清陈贤明梁永辉张丽卫罗碧强邓意红福建中医药大学南京军区福州总医院耳鼻喉头颈外科福州350025

目的利用氢质子磁共振波谱(1H-MRS)技术,研究单侧重度突发性聋患者急性期与恢复过程中听皮层的代谢变化。方法选取右耳重度突发性聋急性期患者15例(发病时间0.05),而左侧听皮层GABA/Cr比值明显下降,Glu/Cr明显上升(P0.05)。左侧cho/Cr... 详细信息

目的利用氢质子磁共振波谱(1H-MRS)技术,研究单侧重度突发性聋患者急性期与恢复过程中听皮层的代谢变化。方法选取右耳重度突发性聋急性期患者15例(发病时间cho)、γ-氨基丁酸(GABA)、谷氨酰胺及谷氨酸复合物(Glu)的峰下面积并计算NAA/Cr、cho/Cr、GABA/Cr、Glu/Cr的比值。分析重度突聋急性期与3个月后双侧听皮层代谢差异。结果与对照组相比,突聋急性期双侧NAA/Cr、双侧cho/Cr,右侧GABA/Cr、右侧Glu/Cr比值无明显差异(P>0.05),而左侧听皮层GABA/Cr比值明显下降,Glu/Cr明显上升(Pcho/Cr、右侧GABA/Cr、右侧Glu/Cr比值无明显差异(P>0.05)。左侧cho/Cr比值稍下降,GABA/Cr比值略上升但仍低于对照组,Glu/Cr比值略下降但仍高于对照组(P<0.05)。结论磁共振波谱可以为人体活体听皮层代谢物浓度改变提供有价值的信息;突聋患者对侧听皮层GABA、Glu代谢异常,提示听觉中枢可能发生代谢改变、功能重组。

关键词：突发性聋听皮层磁共振波谱可塑性