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High-quality assembled and annotated genomes of Nicotiana tabacum and Nicotiana benthamiana reveal chromosome evolution and changes in defense arsenals

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Molecular Plant 2024年第3期17卷 423-437页

作者： Jubin Wang Qingling Zhang Jeffrey Tung Xi Zhang dan Liu yingtian d.ng Zhend.ng Tian Huilan Chen Taotao Wang Weixiao Yin Bo Lij Zhibing Lai Savithramma P.dinesh-Kumar Barbara Baker Feng Li National Key Laboratory for Germplasm Innovation and Utilization for Fruit and Vegetable Horticultural Crops College of Horticulture and Forestry SciencesHuazhong Agricultural UniversityWuhanHubei 430070China Plant Gene Expression Center Department of Plant and Microbial BiologyUniversity of CaliforniaBerkeleyBerkeleyCA 94706USA College of Plant Science and Technology Huazhong Agricultural UniversityWuhanHubei 430070China College of Life Science and Technology Huazhong Agricultural UniversityWuhanHubei 430070China department of Plant Biology and The Genome Center College of Biological SciencesUniversity of CalforniaDavisDavisCA 95616USA The Key Laboratory of Horticultural Plant Genetic and Improvement of Jiangxi Province Institute of Biological ResourcesJiangxi Academy of SciencesNanchang 330299China institute of Vegetables and Flowers Jiangxi Academy of Agricultural SciencesNanchang 330200Chin Hubei Hongshan Laboratory WuhanHubei 430070China

Nicotiana tabacum and Nicotiana benthamiana are widely used models in plant biology ***,genomic studies of these species have *** we report the chromosome-level reference genome assemblies for *** and *** with an estimated 99.5%and 99.8%completeness,*** transcription start and termination site sequencing methods were developed and used for accurate gene annotation in *** analyses revealed evidence for the parental origins and chromosome structural changes,lead.ng to hybrid genome formation of each ***,theantiviral silencinggenesRdR1,RdR6,dCL2,dCL3,andAGO2were lost from one or both subgenomes in ***,while both homeologs were kept in ***,the *** genome encodes fewer immune receptors and signaling components than that of *** find-ings uncover possible reasons underlying the hypersusceptible nature of *** developed the user-friendly Nicomics(http:/***/Nicomics/)web server to facilitate better use of Nicotiana genomic resources as well as gene structure and expression analyses.

关键词： Nicotiana tabacum Nicotiana benthamiana genomics evolution disease resistance NLR

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利用绿色荧光蛋白优化辣椒遗传转化体系

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广东农业科学 2024年第3期51卷 103-113页

作者：董依萍刘画刘丹周迎佳李峰邓颖天华中农业大学园艺林学学院/果蔬园艺作物种质创新与利用国家重点实验室湖北武汉430070 湖南省农业科学院蔬菜研究所湖南长沙410125

【目的】农杆菌介导的辣椒遗传转化较为困难,至今仍未建立高效转化体系。绿色荧光蛋白(GFP)基因是植物遗传转化中常用的报告基因,以GFP为报告基因,优化农杆菌介导的辣椒遗传转化体系。【方法】利用GFP表达系统,统计3个辣椒品种(‘HP’‘... 详细信息

【目的】农杆菌介导的辣椒遗传转化较为困难,至今仍未建立高效转化体系。绿色荧光蛋白(GFP)基因是植物遗传转化中常用的报告基因,以GFP为报告基因,优化农杆菌介导的辣椒遗传转化体系。【方法】利用GFP表达系统,统计3个辣椒品种(‘HP’‘8214’和‘L55’)中3种不同外植体(子叶、下胚轴和Flamingo-bill外植体)的不定芽分化率、不定根分化率与荧光阳性率,探究农杆菌侵染浓度、侵染时间、预培养时间和共培养时间等因素对不定芽、不定根分化率及荧光阳性率的影响。【结果】3个辣椒品种的Flamingo-bill外植体不定芽分化率均显著高于下胚轴与子叶外植体,其中‘L55’Flamingo-bill外植体的不定芽分化率最高、达77.59%,故选用‘L55’Flamingo-bill外植体进行后续研究。4种农杆菌不同侵染浓度和时间组合下,‘L55’Flamingo-bill外植体均可产生不定芽、不定根及表达GFP的愈伤组织,当农杆菌侵染浓度为Od_(600)=0.05,侵染时间为30 min时,不定芽分化率和荧光阳性率最高,分别达48.39%、4.84%。在6种不同预培养与共培养时间组合处理下,Flamingo-bill外植体也均产生不定芽和不定根,预培养1 d、共培养1~2 d处理下的不定芽分化率和荧光阳性率最高,分别达48.44%、12.50%。最后对表达GFP荧光的不定根与愈伤组织进行PCR检测,结果显示GFP、Kan和Cas9基因在荧光阳性的组织中均被检测到,表明农杆菌介导的T-dNA插入成功且转化稳定。【结论】辣椒的外植体类型、农杆菌侵染浓度、侵染时间、预培养和共培养时间均对辣椒遗传转化效率有影响。以GFP为报告基因,筛选合适的转化条件可提高农杆菌介导的辣椒遗传转化效率。

关键词：辣椒 Flamingo-bill外植体绿色荧光蛋白遗传转化农杆菌组织培养

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GABA处理延缓荔枝果皮褐变及与酚类物质变化的关系

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现代食品科技 2024年第2期40卷 196-204页

作者：黄世鑫郑斯文周颖钿王凯赵雷刘旭伟胡卓炎华南农业大学食品学院广东广州510642

荔枝采后极易发生果皮褐变,为研究外源γ-氨基丁酸(GABA)处理对荔枝果皮褐变及酚类物质变化的影响,采用5 mmol/L的GABA溶液浸泡处理荔枝15 min,于(20±1)℃下贮藏6 d,定期取样进行果皮褐变及酚类物质相关生理指标测定。结果表明:GABA处... 详细信息

荔枝采后极易发生果皮褐变,为研究外源γ-氨基丁酸(GABA)处理对荔枝果皮褐变及酚类物质变化的影响,采用5 mmol/L的GABA溶液浸泡处理荔枝15 min,于(20±1)℃下贮藏6 d,定期取样进行果皮褐变及酚类物质相关生理指标测定。结果表明:GABA处理可以有效延缓荔枝果皮褐变,5 mmol/L GABA处理的荔枝在20℃下贮藏6 d后褐变指数为2.80,显著低于对照组(3.60),同时好果率达36.67%,失重率仅为3.82%。在贮藏期间,GABA处理显著减少荔枝果皮中丙二醛(MdA)积累,抑制多酚氧化酶(PPO),过氧化物酶(POd)和漆酶(LAC)活力,激活苯丙氨酸解氨酶(PAL),贮藏6 d时GABA处理的荔枝果皮具有较高的总酚(525.93 mg GA/g)、黄酮(14.06 mg rutin/g)和花色苷(0.54∆A/g)物质积累,果皮dPPH自由基清除能力提高。实验结果说明,5 mmol/L GABA处理能抑制酶促褐变的发生,改变酚类物质代谢进程,从而延缓荔枝果皮褐变,改善荔枝采后贮藏品质。

关键词：荔枝果皮褐变 γ-氨基丁酸酚类物质

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病情分级与院内制剂对新型冠状病毒感染患者28 d死亡风险的影响及其交互作用:一项回顾性队列研究

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南京中医药大学学报 2024年第6期40卷 618-627页

作者：胡馨茹杨凡王滢湉王晨邱玺瑞陈芳怡王威王晓骁南京中医药大学医学院·整合医学学院江苏南京210023 南京中医药大学附属医院/江苏省中医院江苏南京210029 南京中医药大学护理学院江苏南京210023

目的探究新型冠状病毒感染(简称新冠,COVId-19)住院患者28 d死亡风险的影响因素,并分析入院时病情分级与服用院内制剂的交互作用。方法回顾性收集江苏省中医院于2022年12月15日至2023年1月15日收治入院的,年龄18~90岁的新冠患者信息,排... 详细信息

目的探究新型冠状病毒感染(简称新冠,COVId-19)住院患者28 d死亡风险的影响因素,并分析入院时病情分级与服用院内制剂的交互作用。方法回顾性收集江苏省中医院于2022年12月15日至2023年1月15日收治入院的,年龄18~90岁的新冠患者信息,排除入院48 h内死亡和未随访到结局的新冠住院患者信息。依据研究对象是否发生28 d死亡结局分为存活组和死亡组,对2组特征进行描述性分析,采用多因素Logistic回归分析新冠住院患者发生28 d死亡的影响因素,并通过叉生分析和层次回归法探讨入院时病情分级与住院期间是否服用院内制剂的相加交互作用。结果存活组和死亡组在入院时病情分级、住院期间服用院内制剂、住院期间使用激素、年龄、血小板、乳酸脱氢酶、尿素之间的差异具有统计学意义(Pd死亡风险,病情分级与使用院内制剂存在拮抗相加交互作用。

关键词：中医药新冠交互作用院内制剂风险因素

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基于实时3d鹰眼手术系统的CBL教学在脊柱肿瘤外科住培教学中的应用

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中国毕业后医学教育 2024年第3期8卷 178-182页

作者：王鹏儒王应天周尚斌段树杰李博海军军医大学附属长征医院骨肿瘤外科上海200041 解放军总医院卫勤部医疗管理处北京100039 海军军医大学附属海军特色医学中心外科上海200052 昌宁市人民医院骨科云南昌宁678100

目的研究基于实时3 d鹰眼手术系统的CBL教学在脊柱肿瘤外科住院医师规范化培训(简称住培)带教中的应用情况。方法选取2020年7月至2022年12月脊柱肿瘤外科住培的48名学员研究对象,随机分为观察组与对照组。观察组采用实时3 d手术系统的CB... 详细信息

目的研究基于实时3 d鹰眼手术系统的CBL教学在脊柱肿瘤外科住院医师规范化培训(简称住培)带教中的应用情况。方法选取2020年7月至2022年12月脊柱肿瘤外科住培的48名学员研究对象,随机分为观察组与对照组。观察组采用实时3 d手术系统的CBL教学,对照组则利用传统的住培教学方案开展脊柱肿瘤外科教学。比较两组住院医师出入科考试、技能操作考核以及学员对教学过程、课堂氛围与满意度的问卷调查结果。结果观察组与对照组的入科成绩差异无统计学意义(P>0.05)。课程结束后出科考核成绩,在理论考试成绩方面,观察组总成绩(76.00±6.30)分明显高于对照组(68.75±7.46)分,且在脊柱解剖学知识以及影像学知识方面成绩更加优秀,差异均有统计学意义(均Pd手术系统的CBL教学在脊柱肿瘤的住培教学中有较明显的优势,在医师培养中具有良好的发展前景。

关键词：以案例为基础的学习 3d外窥镜住院医师规范化培训脊柱肿瘤外科

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Investigating the prescription compatibility of Rhodiolarosea,Cordycepsmilitaris,and Rhubarbroot for the treatment of metabolic syndrome

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中国药理学与毒理学杂志 2015年第S1期29卷 69-70页

作者： Jin-yingtian LingCHEN Xiao-linZHAng JingHAN Pei-chengZHAng FeiYE Beijing Key Laboratory of New drug Mechanisms and Pharmacological Evaluation Study Institute of Materia Medica Chinese Academy of Medical Sciences & Peking Union Medical College Beijing 100050 China

OBJECTIVE To investigate the compatibility of the prescription Rhodiolarosea,Cordycepsmilitaris,and Rhubarb *** The dIO mice accompanying with insulin resistance,hypercholesterolemia and obesity were induced by high fat diet(HFd)in C57BL/*** evaluating the insulin sensitivity in vivo,the values of serum insulin,HOMA-IR,and the glucose infuse rate(GIR)in hyperinsulinemiceuglycemic clamp test were determined;the time-dependent blood glucose changes were measured after insulin load.ng in insulin tolerance test(ITT),or after glucose load.ng in glucose tolerance test(GTT),*** human protein tyrosine phosphatase 1B(PTP1B)was overexpressed by hGST-PTP1BBL21 *** and purified by GST affinity *** activities of PTP1 Band glutamine:fructose 6-phosphate amidotransferase(GFAT)were measured by the pNPP and GdH method,*** activity ofα-glucosidase was determined with the substrates of p-nitrophenyl-alpha-d-glucopyranoside(pNPG).The IC50 value was calculated using the software GraphPad Prism *** 1st,the standard for the raw materials and for the extraction process of Rhodiolarosea,Cordycepsmilitaris,and Rhubarbroot are formulated accord.ng to the inhibition on PTP1 B,α-glucosidase,and GFAT in vitro,and the improvement on impaired glucose tolerance(IGT),hypercholesterolemia,and obesity in vivo,respectively.2nd,the composition was determined by the synergistic effects of Rhodiolarosea,Cordycepsmilitaris,and Rhubarb root on insulin resistance in dIO mice.3rd,in accordance with the IC50 values from the L9(34)and L8(27)orthogonal experiments targeting on PTP1 B and α-glucosidase,respectively,the best rate of Rhodiolarosea∶Cordycepsmilitaris∶Rhubarbroot was selected.4th,the effective dose for the treatment of metabolic syndrome was assessed based on the effects on IGT,hypercholesterolemia,obesity,insulin resistance,respectively,in dIO *** The prescription compatibility of Rhodiolarosea,Cordycepsmilitaris,an

关键词： prescription compatibility metabolic syndrome prot

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OPTICAL COHERENCE TOMOGRAPHY FOR BLAddER CANCER dIAGNOSIS:FROM ANIMAL STUdY TO CLINICAL dIAGNOSIS

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Journal of Innovative Optical Health Sciences 2008年第1期1卷 125-140页

作者： ZHIJIA YUAN HUGAng REN WAYNE WALTZER JASON KIM JIngXUAN LIU KEMIAO JIA HUIKAI XIE yingtian PAN departments of Biomedical Engineering Stony Brook UniversityStony BrookNYUSA departments of Biomedical Urology Stony Brook UniversityStony BrookNYUSA departments of Biomedical Pathology Stony Brook University Stony BrookNYUSA The ECE department University of FloridaGainesvilleFLUSA

This paper summarizes the recent technological development in our lab on cystoscopic optical coherence tomography(COCT)by integrating time-domain OCT(TdOCT)and spectral-domain OCT(SdOCT)with advanced MEMS-mirror technology for endoscopic laser scanning *** COCT catheter can be integrated into the instrument channel of a commercial 22Fr rigid cystoscopic sheath for in vivo imaging of human bladder under the cystosocopic visual guidance;the axial/transverse resolutions of the COCT catheter are roughly 9μm and 12μm,respectively,and 2d COCT imaging can be performed with over 110dB dynamic range at 4–8 *** examine the utility and potential limitations of OCT for bladder cancer diagnosis,systemic ex vivo rat bladder carcinogenesis studies were performed to follow various morphological changes induced by tumor growth and in vivo porcine study was performed to examine the feasibility of COCT for in vivo *** by promising results of the animal studies,preliminary clinical study was conducted on patients scheduled for operating-room cystoscopy for bladder ***-blind clinical results reveal that COCT can delineate detailed bladder architectures(e.g.,urothelium,lamina propria,muscularis)at high resolution and detect bladder cancers based on enhanced urothelial heterogeneity as a result of excessive growing nature of bladder *** diagnostic sensitivity and specificity can be enhanced to 92%and 85%,*** also suggest that due to reduced imaging depth of COCT in cancerous lesions,staging of bladder cancers may be limited to Ta or T1 for non-outgrowing cancerous lesions.

关键词： Optical coherence tomography bladder cancer diagnosis microelectromechanical system

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射频消融后肺组织血管内血栓形成与消融功率及时间的关系:动物实验研究

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中国介入影像与治疗学 2023年第7期20卷 427-430页

作者：郭兰坤杜鹏魏颖恬高苗莉中国人民解放军总医院第六医学中心放射诊断科北京100048 中国人民解放军总医院第一医学中心放射诊断科北京100853

目的通过动物实验观察射频消融后肺组织血管内血栓形成与消融功率及时间的关系。方法将20只普通级新西兰大白兔随机分为A、B、C、d共4组,每组5只;分别以20、25、30、40 W消融功率对包含直径≤3 mm小血管的单侧肺局部组织行CT引导下经皮... 详细信息

目的通过动物实验观察射频消融后肺组织血管内血栓形成与消融功率及时间的关系。方法将20只普通级新西兰大白兔随机分为A、B、C、d共4组,每组5只;分别以20、25、30、40 W消融功率对包含直径≤3 mm小血管的单侧肺局部组织行CT引导下经皮穿刺肺组织射频消融,对各组内5只兔分别设定消融时间为4、7、10、15及20 min。完成消融后处死动物,取肺组织,于光镜下观察消融区血管内血栓形成情况。结果消融4 min后,4组消融区血管内均见不完全性血栓形成;消融7 min后,A、B、C组血管内见不完全性血栓,d组血管内见完全性血栓形成。A、B、C组消融10、15、20 min后血管内见完全性血栓形成;d组消融10、15 min后血管内见完全性血栓形成,继续消融见局部组织炭化严重、阻抗过高,难以维持20 min消融。结论射频消融后肺组织血管内血栓形成与消融功率及时间相关。

关键词：兔肺射频消融活组织检查体层摄影术,X线计算机

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Effect of SEN virus coinfection on outcome of lamivudine therapy in patients with hepatitis B

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World Journal of Gastroenterology 2004年第7期10卷 968-971页

作者： d.ngXu de-yingtian Zhen-GangZhang Hong-YunChen Pei-HuiSong departmentofInfectiousdiseases TongjiHospitalTongjiMedicalCollegeHuazhongUniversityofScienceandTechnologyWuhan430030HubeiProvinceChina

AIM: Interactions between hepatitis B virus (HBV) and other viral hepatitis infections are well known, whether the newly discovered SEN virus (SENV) has any effect on lamivudine antiHBV activity is unclear. Our aim was to clarify the effect on treatment outcome of coinfection with SEN virus in patients with hepatitis B during lamivudine therapy. METHOdS: Nested polymerase chain reaction (PCR) amplification was used to detect SENV-d and SENV-H strains in serum from 45 patients with chronic hepatitis B treated with lamivudine 100 mg daily for 12 mo. HBV dNA load was detected with fluorescence quantitative PCR (FQPCR) and YMdd (tyrosine, methionine, aspartate, aspartate) motif mutation of HBV dNA was investigated with cdNA microarray. RESULTS: SENV dNA was detected in 5 of 45(11.1%) cases after 12 mo they received lamivudine treatment. SENV-d and SENV-H were 4.4% and 6.7% respectively. HBV dNA failed to respond to lamivudine therapy in 4 of 5 SENV coinfected patients while only 10 of 40 patients became SENV positive and the difference was statistically significant. Response of ALT and HBeAg to lamivudine had no significant difference between coinfection patients and single HBV infection ones. CONCLUSION: Coinfection with SEN virus in chronic hepatitis B patients may adversely affect the outcome of lamivudine treatment.

关键词： SEN病毒慢性乙型肝炎乙型肝炎病毒混合感染抗病毒治疗临床特点

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Synchronized Astrocytic Ca2+ Signaling is involved in Neurovascular Coupling with Stimulation but not in Resting Hemodynamic

Synchronized Astrocytic Ca2+ Signaling is involved in Neurov...

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中国神经科学学会第十二届全国学术会议

作者： Xiaochun Gu Wei Chen Alan P.Koretsky N.d.Volkow Congwu du yingtian Pan Jiangsu Key Laboratory of Molecule Imaging and Functional Imaging Key Laboratory of Developmental Genes and Human Diseases MOE Department of Histology and Embryology School of Medicine Southeast University Laboratory of Functional and Molecular Imaging National Institute of Neurological Disorders and Stroke National Institutes of Health National Institute on Alcohol Abuse and Alcoholism National Institutes of Health

The role of astrocytes in neurovascular coupling(NVC) is unclear. To elucidate the role of synchronized astrocytic signaling in NVC, we expressed genetically encoded Ca

关键词： synchronized astrocytic signaling GCaMP6f Resting state Cerebral blood flow Simultaneously optical detection Neurovascular changes

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