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Astronomical Knowledge Entity Extraction in Astrophysics Journal Articles via Large Language Models

Research in Astronomy and Astrophysics 2024年第6期24卷 140-155页

作者： Wujun Shao Rui Zhang Pengli Ji Dongwei Fan Yaohua Hu Xiaoran Yan Chenzhou Cui yihan tao Linying Mi Lang Chen National Astronomical Observatories Chinese Academy of SciencesBeijing 100101China University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100049China National Astronomical Data Center Beijing 100101China Research Institute of Artificial Intelligence Zhejiang LabHangzhou 311100China Guilin University Guangxi 541006China Xidian University Xi’an 710126China

Astronomical knowledge entities,such as celestial object identifiers,are crucial for literature retrieval and knowledge graph construction,and other research and applications in the field of *** methods of extracting knowledge entities from texts face numerous challenging obstacles that are difficult to ***,there is a pressing need for improved methods to efficiently extract *** study explores the potential of pre-trained Large Language Models(LLMs)to perform astronomical knowledge entity extraction(KEE)task from astrophysical journal articles using *** propose a prompting strategy called PromptKEE,which includes five prompt elements,and design eight combination prompts based on *** select four representative LLMs(Llama-2-70B,GPT-3.5,GPT-4,and Claude 2)and attempt to extract the most typical astronomical knowledge entities,celestial object identifiers and telescope names,from astronomical journal articles using these eight combination *** accommodate their token limitations,we construct two data sets:the full texts and paragraph collections of 30 *** the eight prompts,we test on full texts with GPT-4and Claude 2,on paragraph collections with all *** experimental results demonstrate that pre-trained LLMs show significant potential in performing KEE tasks,but their performance varies on the two data ***,we analyze some important factors that influence the performance of LLMs in entity extraction and provide insights for future KEE tasks in astrophysical articles using ***,compared to other methods of KEE,LLMs exhibit strong competitiveness in multiple aspects.

关键词： astronomical databases:miscellaneous virtual observatory tools methods:data analysis

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基于点云分割网络的雷达信号分选方法

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电子与信息学报 2024年第4期46卷 1391-1398页

作者：陈涛邱宝传肖易寒杨博溢哈尔滨工程大学信息与通信工程学院哈尔滨150001

针对现有基于图像分割的端到端雷达信号分选方法存在的像素点重叠与处理效率不高的问题,该文提出一种基于点云分割网络的端到端分选方法。首先将雷达脉冲流的脉冲描述字(PDW)映射为点云;之后利用点云分割网络(PointNet++)对该点云中各... 详细信息

针对现有基于图像分割的端到端雷达信号分选方法存在的像素点重叠与处理效率不高的问题,该文提出一种基于点云分割网络的端到端分选方法。首先将雷达脉冲流的脉冲描述字(PDW)映射为点云;之后利用点云分割网络(PointNet++)对该点云中各点依据其所属辐射源进行分割;最后将具有相同标签的点聚类形成脉冲集合,分别提取各脉冲集合所包含的辐射源并形成相应的辐射源描述字。仿真结果表明:所提方法能够有效对未知雷达信号进行分选,在脉冲丢失和虚假脉冲干扰的分选环境下也表现出较强的可靠性与稳定性,并且由于采用具有轻量化特点的模型使得该方法的执行效率更高。

关键词：电子侦察信号分选端到端脉冲描述字点云

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LettuceGDB:The community database for lettuce genetics and omics

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Plant Communications 2023年第1期4卷 87-99页

作者： Zhonglong Guo Bo Li Jianjun Du Fei Shen Yongxin Zhao Yang Deng Zheng Kuang yihan tao Miaomiao Wan Xianju Lu Dong Wang Ying Wang Yingyan Han Jianhua Wei Lei Li Xinyu Guo Chunjiang Zhao Xiaozeng Yang Beijing Academy of Agriculture and Forestry Sciences Beijing 100097P.R.China State Key Laboratory of Protein and Plant Gene Research Peking-Tsinghua Center for Life SciencesSchool of Life Sciences and School of Advanced Agricultural SciencesPeking UniversityBeijing 100871P.R.China Beijing Key Laboratory of Agricultural Genetic Resources and Biotechnology Beijing Agro-biotechnology Research CenterBeijing 100097P.R.China College of Biology and the Environment Nanjing Forestry UniversityNanjing 510275P.R.China Beijing Key Lab of Digital Plant Beijing Research Center for Information Technology in AgricultureBeijing 100097P.R.China WeiRan Biotech Beijing 100085P.R.China Beijing Key Laboratory of New Technology in Agricultural Application Beijing University of AgricultureBeijing 102206P.R.China

As a globally popular leafy vegetable and a representative plant of the Asteraceae family,lettuce has great economic and academic *** the last decade,high-throughput sequencing,phenotyping,and other multi-omics data in lettuce have accumulated on a large scale,thus increasing the demand for an integrative lettuce ***,we report the establishment of a comprehensive lettuce database,LettuceGDB(https://***/).As an omics data hub,the current LettuceGDB includes two reference genomes with detailed annotations;re-sequencing data from over 1000 lettuce varieties;a collection of more than 1300 worldwide germplasms and millions of accompanying phenotypic records obtained with manual and cutting-edge phenomics technologies;re-analyses of 256 RNA sequencing datasets;a complete miRNAome;extensive metabolite information for representative varieties and wild relatives;epigenetic data on the genome-wide chromatin accessibility landscape;and various lettuce research papers published in the last *** hierarchically accessible functions(Genome,Genotype,Germplasm,Phenotype,and O-Omics)have been developed with a user-friendly interface to enable convenient data *** built-in tools(Assembly Converter,Search Gene,BLAST,JBrowse,Primer Design,Gene Annotation,Tissue Expression,Literature,and Data)are available for data downloading and browsing,functional gene exploration,and experimental practice.A community forum is also available for information sharing,and a summary of current research progress on different aspects of lettuce is *** believe that LettuceGDB can be a comprehensive functional database amenable to data mining and database-driven exploration,useful for both scientific research and lettuce breeding.

关键词： lettuce genome multi-omics germplasms breeding community

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外源褪黑素处理对金丝绞瓜贮藏品质和抗氧化能力的影响

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食品工业科技 2024年第12期45卷 294-301页

作者：罗益薛波陶择徐佳怡李一涵冯钰心马建祥任亚梅西北农林科技大学食品科学与工程学院陕西咸阳712100 石河子大学食品学院新疆维吾尔自治区石河子832099 西北农林科技大学园艺学院陕西咸阳712100

为探讨采后外源褪黑素处理对金丝绞瓜贮藏品质的影响,本文以0.2 mmol/L褪黑素(melatonin,MT)溶液处理金丝绞瓜,探究了在(9±1)℃、相对湿度65%~70%贮藏条件下果实品质和抗氧化能力的变化。结果表明,与对照组相比,MT处理将贮藏过程中金... 详细信息

为探讨采后外源褪黑素处理对金丝绞瓜贮藏品质的影响,本文以0.2 mmol/L褪黑素(melatonin,MT)溶液处理金丝绞瓜,探究了在(9±1)℃、相对湿度65%~70%贮藏条件下果实品质和抗氧化能力的变化。结果表明,与对照组相比,MT处理将贮藏过程中金丝绞瓜腐烂的发生延后40 d。贮藏160 d时,MT处理组金丝绞瓜的腐烂率仅为15.56%,显著低于对照组果实(34.07%,P<0.05)。贮藏结束时,与对照组相比,MT处理将果实的失重率和呼吸强度分别降低了29.68%和18.02%,并延缓了硬度、脆度和颜色的退化。MT处理将果实超氧化物歧化酶活性峰值提升了14.18%,并有效提高了过氧化氢酶、过氧化物酶和抗坏血酸过氧化物酶的活性,降低了超氧阴离子的产生速率,抑制了过氧化氢和丙二醛的积累,并显著提升总酚和抗坏血酸含量(P<0.05),增强对DPPH·、ABTS+·和·OH的清除能力。综合分析表明,采后MT处理可提升金丝绞瓜贮藏过程中的抗氧化能力,保持较好的贮藏品质。

关键词：褪黑素金丝绞瓜贮藏品质抗氧化能力

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塑料降解测试中塑料混合物湿度的变化规律

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中国塑料 2024年第3期38卷 94-100页

作者：郭志豪冯涛李字义王晶王冰王艺翰曹博为北京工商大学人工智能学院北京100048 国家塑料制品质量检验检测中心(北京) 北京100048

通过对比塑料混合物各组分湿度测量方法,以不破坏塑料混合物且测量结果原理上相对准确的干燥称重法为基础,结合GB/T 19277.1—2011的测试方法,设计了塑料混合物湿度的测量方案。结果表明,与常规的烘干称重法获得的塑料混合物测量的质量... 详细信息

通过对比塑料混合物各组分湿度测量方法,以不破坏塑料混合物且测量结果原理上相对准确的干燥称重法为基础,结合GB/T 19277.1—2011的测试方法,设计了塑料混合物湿度的测量方案。结果表明,与常规的烘干称重法获得的塑料混合物测量的质量湿度差距在3%~5%之间,质量湿度达到9%左右就很难再进行快速变化;塑料混合物湿度变化过程具有常速率、减速率和残余3个阶段,使用Boltzmann函数能够较好地拟合出塑料混合物湿度变化的常速率与减速率阶段的变化趋势;按需补水更有利于需氧生物降解活动的进行,更符合国标对塑料需氧生物降解测试的要求;根据3种气体流量下塑料混合物水分质量散失变化曲线,得到了任意气体流量下的水分质量散失变化曲线计算方法。

关键词：塑料称重法生物降解工业堆肥有机土壤数据拟合含水量

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Tracing the origin of large respiratory droplets by their deposition characteristics inside the respiratory tract during speech

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Building Simulation 2023年第5期16卷 781-794页

作者： yihan Wang Jianjian Wei Caroline X.Gao tao Jin Li Liu Institute of Refrigeration and Cryogenics Key Laboratory of Refrigeration and Cryogenic Technology of Zhejiang ProvinceZhejiang UniversityHangzhou 310000China Public Health and Preventive Medicine Monash UniversityMelbourneVIC3004Australia Department of Building Science Tsinghua UniversityBeijing 100084China

Origin of differently sized respiratory droplets is fundamental for clarifying their viral loads and the sequential transmission mechanism of SARS-CoV-2 in indoor *** talking activities characterized by low(0.2 L/s),medium(0.9 L/s),and high(1.6 L/s)airflow rates of monosyllabic and successive syllabic vocalizations were investigated by computational fluid dynamics(CFD)simulations based on a real human airway *** k-ωmodel was chosen to predict the airflow field,and the discrete phase model(DPM)was used to calculate the trajectories of droplets within the respiratory *** results showed that flow field in the respiratory tract during speech is characterized by a significant laryngeal jet,and bronchi,larynx,and pharynx-larynx junction were main deposition sites for droplets released from the lower respiratory tract or around the vocal cords,and among which,over 90%of droplets over 5μm released from vocal cords deposited at the larynx and pharynx-larynx ***,droplets’deposition fraction increased with their size,and the maximum size of droplets that were able to escape into external environment decreased with the airflow *** threshold size for droplets released from the vocal folds was 10-20μm,while that for droplets released from the bronchi was 5-20μm under various airflow ***,successive syllables pronounced at low airflow rates promoted the escape of small droplets,but do not significantly affect the droplet threshold *** study indicates that droplets larger than 20μm may entirely originate from the oral cavity,where viral loads are lower;it provides a reference for evaluating the relative importance of large-droplet spray and airborne transmission route of COVID-19 and other respiratory infections.

关键词： respiratory droplets deposition viral load airborne transmission COVID-19

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miR-873-5p在结直肠癌中表达特征及其与患者预后相关性分析

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空军军医大学学报 2024年第7期45卷 775-780页

作者：赵奕涵宋亮胡文婷邓佳杨桃陕西中医药大学第二临床医学院陕西咸阳712046 国家消化系统疾病临床医学研究中心消化系肿瘤整合防治全国重点实验室空军军医大学西京消化病医院陕西西安710032 贵州中医药大学第一附属医院贵州贵阳550001

目的探究miR-873-5p在结直肠癌(CRC)中表达特征及其与患者预后相关性分析。方法基于TarBase v.7.0数据库筛选靶标mRNA;利用GEO数据库进行差异表达基因筛选,并进行KEGG信号通路富集分析;在结肠癌SW480细胞中过表达miR-873-5p,进行功能实... 详细信息

目的探究miR-873-5p在结直肠癌(CRC)中表达特征及其与患者预后相关性分析。方法基于TarBase v.7.0数据库筛选靶标mRNA;利用GEO数据库进行差异表达基因筛选,并进行KEGG信号通路富集分析;在结肠癌SW480细胞中过表达miR-873-5p,进行功能实验。miR-873-5p表达水平采用qRT-PCR法测定;细胞增殖检测采用CCK-8法测定;细胞迁移使用Transwell法测定;采用qRT-PCR和Western blotting检测SW-620、LOVO、SW480细胞和正常结肠上皮NCM-460细胞的mRNA和蛋白表达水平;流式细胞仪检测SW480细胞凋亡率;高内涵系统检测SW480细胞线粒体膜电位。结果miR-873-5p在CRC中低表达(P<0.01),而过表达miR-873-5p可使下游分子SF1和NF-κB表达显著增加(P<0.01),并使肿瘤细胞增殖、迁移、凋亡能力显著降低(P<0.01);KEGG通路富集分析显示miR-873-5p下游通路富集于NF-κB通路,预后分析显示,miR-873-5p靶标分子SF1和NF-κB与患者良好呈正相关(P<0.01)。结论miR-873-5p在CRC中低表达,过表达miR-873-5p可抑制结肠癌SW480细胞增殖与迁移,并诱导细胞凋亡,从而可成为CRC潜在的分子靶标。

关键词：结直肠癌 miR-873-5p 差异表达基因 SW480细胞

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^(137)Cs tracing of the spatial patterns in soil redistribution,organic carbon and total nitrogen in the southeastern Tibetan Plateau

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International Soil and Water Conservation Research 2023年第1期11卷 86-96页

作者： Zhengan Su Lijuan Wang yihan Liu Bin Fu Jjianhui Zhang Zuo Wu tao Zhou Junjie Wang Key Laboratory of Mountain Environment Evolution and Regulation Institute of Mountain Hazards and EnvironmentChinese Academy of SciencesChengdu610041PR China University of Chinese Academy of Science Beijing100049PR China College of Geography and Resources Science Sichuan Normal UniversityChengdu610101PR China College of Water Conservancy and Hydropower Engineering Sichuan Agricultural UniversityYa'an625014.PR China

The southeastern Tibetan Plateau,which profoundly affects East Asia by helping to maintain the stability of climate systems,biological diversity and clean water,is one of the regions most vulnerable to water erosion,wind erosion,tillage erosion,freeze-thaw erosion and overgrazing under global climate changes and intensive human *** variations in soil erosion in terraced farmland(TL),sloping farmland(SL)and grassland(GL)were determined by the^(137)Cs tracing method and compared with spatial variations in soil organic carbon(SOC)and total nitrogen(total N).The^(137)Cs concentration in the GL was higher in the 0-0.03 m soil layer than in the other soil layers due to weak migration and diffusion under low precipitation and temperature conditions,while the^(137)Cs concentration in the soil layer of the SL was generally uniform in the 0-0.18 m soil layer due to tillage-induced ***^(137)Cs inventories appeared at the summit and toe slope positions in the SL due to soil loss by tillage erosion and water erosion,respectively,while the highest^(137)Cs inventories appeared at the middle slope posi-tions due to soil accumulation under relatively flat landform *** the GL,the^(137)Cs data showed that higher soil erosion rates appeared at the summit due to freeze-thaw erosion and steep slope gradients and at the toe slope position due to wind erosion,gully erosion,freeze-thaw erosion and ***^(137)Cs inventory generally increased from upper to lower slope positions within each terrace(except the lowest terrace).The^(137)Cs data along the terrace toposequence showed abrupt changes in soil erosion rates between the lower part of the upper terrace and the upper part of the immediate terrace over a short distance and net deposition on the lower and toe ***,tillage erosion played an important role in the soil loss at the summit slope positions of each terrace,while water erosion dominantly transported soil from the upper terrace to

关键词： Southeastern Tibetanplateau ^(137)Cs SOC Total N Soil erosion

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红花钓钟柳中新型糖基转移酶的筛选与鉴定

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食品与发酵工业 2024年第6期50卷 17-23页

作者：吴亚男杨一涵杜丽平庄以彬刘涛天津科技大学生物工程学院天津300457 中国科学院天津工业生物技术研究所天津300308

苯乙醇苷类化合物因具有抗氧化、抗肿瘤等生理活性在食品、医药等领域备受关注。糖基转移酶作为生物催化剂可用于各种糖苷产物的制备。为丰富苯乙醇苷类化合物的糖苷多样性,在红花钓钟柳转录组中筛选糖基转移酶候选基因并进行功能鉴定... 详细信息

苯乙醇苷类化合物因具有抗氧化、抗肿瘤等生理活性在食品、医药等领域备受关注。糖基转移酶作为生物催化剂可用于各种糖苷产物的制备。为丰富苯乙醇苷类化合物的糖苷多样性,在红花钓钟柳转录组中筛选糖基转移酶候选基因并进行功能鉴定。该研究基于不同植物组织中基因差异表达分析筛选到7条候选基因,将其克隆到pET-MBP表达载体上,并导入大肠杆菌*** Transetta(DE3)异源表达后利用体外酶促反应进行其生物催化活性研究。获得一个新型糖基转移酶UGT712A2,可以催化桂叶苷B C4-OH的葡萄糖基化反应生成新的苯乙醇苷类化合物桂叶苷B-4-葡萄糖苷。同时,UGT712A2也可以催化毛蕊花糖苷、芦丁、胡黄连苷Ⅱ、7-去甲基软木花椒素等化合物的糖基化,具有一定的底物宽泛性。因此,UGT712A2可能是一种潜在的酶工具,用于苯乙醇苷类化合物和其他多种新型糖苷产物的制备,从而发现新的糖苷化合物应用于食品、医药领域。

关键词：苯乙醇苷类化合物糖基转移酶生物催化剂糖苷产物红花钓钟柳底物宽泛性

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FAST科学观测项目管理信息系统

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数据与计算发展前沿 2022年第1期4卷 20-29页

作者：韩军樊东卫陶一寒许允飞李珊珊米琳莹李长华崔辰州中国科学院国家天文台北京100101 国家天文科学数据中心北京100101

【应用背景】500米口径球面射电望远镜(FAST)是国家“十一五”重大科技基础设施建设项目。随着FAST的落成,如何对外提供观测服务,成为FAST必须要解决的关键需求。【方法】文章首先介绍了FAST对外开放的技术需求和面临的挑战,然后介绍信... 详细信息

【应用背景】500米口径球面射电望远镜(FAST)是国家“十一五”重大科技基础设施建设项目。随着FAST的落成,如何对外提供观测服务,成为FAST必须要解决的关键需求。【方法】文章首先介绍了FAST对外开放的技术需求和面临的挑战,然后介绍信息系统的框架结构及功能模块,主要包括用户管理、内容管理、观测申请评审、项目管理、数据中心五个核心模块及辅助模块。【结论】经过用户实际使用,FAST科学观测项目管理信息系统的应用效果符合预期,有效满足了FAST对外开放的功能需要,提升了观测运行效率。

关键词： 500米口径球面射电望远镜信息系统科学观测数据中心

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