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Constructing efficient bacterial cell factories to enable one-carbon utilization based on quantitative biology:A review

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Quantitative Biology 2024年第1期12卷 1-14页

作者： yazhen song Chenxi Feng Difei Zhou Zengxin Ma Lian He Cong Zhang Guihong Yu Yan Zhao song Yang Xinhui Xing School of Life Sciences Shandong Province Key Laboratory of Applied Mycologyand Qingdao International Center on Microbes Utilizing BiogasQingdao AgriculturalUniversityQingdaoChina Department of Chemical Engineering University of WashingtonSeattleWashingtonUSA Key Laboratory of Systems Bioengineering Ministry of EducationTianjin UniversityTianjinChina Key Laboratory of Industrial Biocatalysis Ministry of EducationDepartment of Chemical EngineeringTsinghua UniversityBeijingChina Center for Synthetic and Systems Biology Tsinghua UniversityBeijingChina Institute of Biopharmaceutical and Health Engineering Tsinghua Shenzhen International Graduate Schooland Insttute of Biomedical Health Technology and EngineeringShenzhen Bay LaboratoryShenzhenChina

Developing methylotrophic cell factories that can efficiently catalyze organic one-carbon(C1)feedstocks derived from electrocatalytic reduction of carbon dioxide into bio-based chemicals and biofuels is of strategic significance for building a carbon-neutral,sustainable economic and industrial *** the rapid advancement of RNA sequencing technology and mass spectrometer analysis,researchers have used these quantitative microbiology methods extensively,especially isotope-based metabolic flux analysis,to study the metabolic processes initiating from C1 feedstocks in natural C1-utilizing bacteria and synthetic C1 *** paper reviews the use of advanced quantitative analysis in recent years to understand the metabolic network and basic principles in the metabolism of natural C1-utilizing bacteria grown on methane,methanol,or *** acquired knowledge serves as a guide to rewire the central methylotrophic metabolism of natural C1-utilizing bacteria to improve the carbon conversion efficiency,and to engineer non-C1-utilizing bacteria into synthetic strains that can use C1 feedstocks as the sole carbon and energy *** progresses ultimately enhance the design and construction of highly efficient C1-based cell factories to synthesize diverse high value-added *** integration of quantitative biology and synthetic biology will advance the iterative cycle of understand–design–build–testing–learning to enhance C1-based biomanufacturing in the future.

关键词： ^(13)C-metabolic flux analysis methylotrophic cell factories one-carbon feedstock quantitative biology

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Production of a novel non-toxicγ-PGA/casein composite hydrogel using MTG and optimization by response surface methodology

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Grain & Oil Science and Technology 2021年第2期4卷 71-80页

作者： Xin Wang Chenchen Gou Chunyuan Gao yazhen song Jinming Zhang Dandan Zhai Yawei Zhao Jihong Huang Ming Hui College of Biological Engineering Henan University of TechnologyZhengshou 450001China

Theγ-PGA-based food hydrogel exhibits good biodegradability and biocompatibility,and is non-toxic to *** this study,a novel hydrogel(γ-PGA/casein composite hydrogel)was prepared by combining casein with y-PGA separated from natto using microbial transglutaminase(MTG)as the *** effects of the MTG mass concentration,gelation time,crosslinking temperature,pH,and the mass ratio of y-PGA to casein on the crosslinking ratio of y-PGA and swelling ratio of theγ-PGA/casein hydrogel were ***,the synthesis conditions were optimized by response surface methodology to optimize three important factors,*** temperature,pH and the mass ratio of y-PGA to *** results of single factor experiments showed that the MTG mass concentration and crosslinking time had little impacts on the crosslinking ratio of y-PGA and the swelling ratio;the preferred MTG mass concentration,crosslinking time,temperature and pH were selected as 0.3%,7 h,40℃and 7.5;and the preferred mass ratio ofγ-PGA to casein was 0.1 for the crosslinking ratio ofγ-PGA and 0.2 for the swelling *** response surface experiment results showed that the optimum crosslinking temperature,pH and the mass ratio of y-PGA to casein ratio were 42.4℃,7.33,and 0.18,*** these optimum conditions,the predicted crosslinking ratio of y-PGA and swelling ratio reached 90.35%and 112.07%,which were highly consistent with the experimental values(88.00%and 115.87%).Theγ-PGA/casein composite hydrogel developed in this study shows promising application potential in food industry,biomedical field,and cosmetic industry.

关键词： Hydrogel synthesis MTG cross-linking y-PGA Casein Composite hydrogel

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面粉糊化特性与鲜湿及煮后面条质构特性关系

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中国粮油学报 2005年第6期20卷 12-14,24页

作者：宋亚珍闫金婷胡新中西北农林科技大学农学院陕西杨凌712100 西安市优质农产品服务中心陕西西安710061 西北农林科技大学食品科学与工程学院陕西杨凌712100

为了研究小麦面粉糊化特性对于面条加工品质和食用品质的影响,选用了黄淮冬麦区(陕西省、河南省)的25个主栽小麦品种及2个专用面粉(新疆拉条子粉、日本乌东专用粉)为材料,研究了面粉糊化特性与鲜面条加工特性(面条长度、面条厚度、鲜面... 详细信息

为了研究小麦面粉糊化特性对于面条加工品质和食用品质的影响,选用了黄淮冬麦区(陕西省、河南省)的25个主栽小麦品种及2个专用面粉(新疆拉条子粉、日本乌东专用粉)为材料,研究了面粉糊化特性与鲜面条加工特性(面条长度、面条厚度、鲜面条最大拉伸阻力、拉伸长度和拉伸能量)、面条煮后品质(TPA测试、表面韧性、剪切韧性和压缩特性)的关系。研究结果认为对于鲜面条加工而言,低谷粘度、最终粘度、回生值、破损值、峰值时间和峰值温度贡献较大;对于煮后面条质构而言,最终粘度、回生值、破损值、峰值时间和峰值温度更为重要。总之,小麦品种的最终粘度、回生值、破损值对于面条加工和食用品质影响很大。

关键词：小麦淀粉糊化特性面条品质

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科技期刊服务于国家科技发展的思考

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编辑学报 2022年第1期34卷 22-25页

作者：宋亚珍赵大良南红梅西北农林科技大学《西北植物学报》编辑部陕西杨凌712100 西安交通大学期刊中心西安710049

为了深入贯彻国家科学技术发展战略,明确科技期刊的办刊方向,本文从科技期刊在科学研究中的导向和学术引领作用、科技期刊服务科学研究的能力建设、科技期刊对青年科研人才培养3个方面,论述了科技期刊通过服务于国家科技发展来拓展生存... 详细信息

为了深入贯彻国家科学技术发展战略,明确科技期刊的办刊方向,本文从科技期刊在科学研究中的导向和学术引领作用、科技期刊服务科学研究的能力建设、科技期刊对青年科研人才培养3个方面,论述了科技期刊通过服务于国家科技发展来拓展生存空间、体现自身价值的一些思考,提出了一些科技期刊提升办刊质量、扩大期刊品牌影响力的建议。

关键词：科技期刊学术研究服务能力

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从期刊被引年际变化分析我国高校学报的发展

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中国科技期刊研究 2006年第2期17卷 250-253页

作者：南红梅潘新社刘枫宋亚珍西北农林科技大学<西北植物学报>编辑部陕西杨陵712100

依据2002年至2004年版《中国科技期刊引证报告》中总被引频次和影响因子的总排序,分别对高校学报在其前300名、400名、500名和最后300名中的数量、比例进行了分段统计,并对高校学报在我国科技期刊中被引用和受重视的程度、近几年来的发... 详细信息

依据2002年至2004年版《中国科技期刊引证报告》中总被引频次和影响因子的总排序,分别对高校学报在其前300名、400名、500名和最后300名中的数量、比例进行了分段统计,并对高校学报在我国科技期刊中被引用和受重视的程度、近几年来的发展动态以及高等学校编辑出版专业性科技期刊的能力和水平进行了分析讨论,提出高校学报应根据各高校的学科和专业优势,打破院校以及地域界限,对同类型的高校学报进行同一学科跨学校、跨地区的整合,使同类型的高校学报突出不同的学科及其专业,办出各高校学报的专业特色,向专业性期刊转变。

关键词：科技期刊高校学报总被引频次影响因子排序

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科技论文表格优化实例

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西北植物学报 2013年第6期33卷 1245-1250页

作者：宋亚珍潘新社裴阿卫刘枫南红梅 <西北植物学报>编辑部陕西杨陵712100

在作者日常的编辑校对工作中,经常会发现论文中表格繁杂、层次混乱、表达不清又占用大量版面等现象,根据表格的基本规范,结合作者编辑实践,通过几个实例,介绍了科技论文中表的行列调整、合并与拆分以及其与文字的转换等优化方式,以准确... 详细信息

在作者日常的编辑校对工作中,经常会发现论文中表格繁杂、层次混乱、表达不清又占用大量版面等现象,根据表格的基本规范,结合作者编辑实践,通过几个实例,介绍了科技论文中表的行列调整、合并与拆分以及其与文字的转换等优化方式,以准确、简明、合理地表达数据信息,反映了编辑工作对表格的优化效果。

关键词：表格优化编辑实践

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科技论文中线条图的优化编辑

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西北植物学报 2021年第3期41卷 517-522页

作者：裴阿卫潘新社刘枫南红梅宋亚珍西北农林科技大学《西北植物学报》编辑部陕西杨陵712100

线条图已在科技论文中得到广泛应用,良好的线条图可以将复杂的数据资料直观、简洁、明了地展现在读者面前,更有利于读者阅读和获取信息,更有助于作者思想的表达和科技信息的传播。以科技论文作者使用线条图中存在的问题为例,着重介绍了... 详细信息

线条图已在科技论文中得到广泛应用,良好的线条图可以将复杂的数据资料直观、简洁、明了地展现在读者面前,更有利于读者阅读和获取信息,更有助于作者思想的表达和科技信息的传播。以科技论文作者使用线条图中存在的问题为例,着重介绍了科技论文中线条图的几种优化方法。作者根据多年的编辑加工经验,通过对图类型选择、横纵坐标和图例的调整、图的合并拆分、图表转换、代码应用等方面的优化实例,为科技论文的合理加工提供信息和方法。通过线条图的优化,准确表达作者的思想和科学研究结果,有效地促进科技成果的快速传播。

关键词：科技论文线条图图形优化方法

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基于Light GBM与组合赋权的库存电表资产精益化管理

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计算机时代 2022年第1期 64-67页

作者：杨玉侯星晨宋亚珍郑州财经学院信息工程学院河南郑州450053

为提高电能表库存资产管理水平,以某公司各县级库房为例,分析库房管理风险和资产账实风险。使用Light GBM算法建立异常资产识别模型,能在电能表计量数据中准确识别出异常的电表资产,准确度达91%,查全率为72%。构建库房风险评价指标体系... 详细信息

为提高电能表库存资产管理水平,以某公司各县级库房为例,分析库房管理风险和资产账实风险。使用Light GBM算法建立异常资产识别模型,能在电能表计量数据中准确识别出异常的电表资产,准确度达91%,查全率为72%。构建库房风险评价指标体系,使用组合赋权评价库房管理风险,评价结果与预期一致。该方法可支撑库房资产盘点和库房管理绩效考核,提升库存管理的智能化程度。

关键词：电能表库存资产 Light GBM算法组合赋权

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期刊编辑部办公系统的设计与开发

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编辑学报 2008年第1期20卷 74-76页

作者：南红梅潘新社陈建平宋亚珍刘枫裴阿卫西北农林科技大学西北植物学报编辑部西北农林科技大学生命科学院陕西杨凌712100

以信息化管理理念和软件工程思想为指导,对科技期刊编辑部传统业务管理进行信息化改造,构建科技期刊编辑部信息化管理系统。所研制的"文坊通用期刊编辑部办公系统"由编务、财务、编辑、主任、公有、信息管理6大功能模块组成,具体功能包... 详细信息

以信息化管理理念和软件工程思想为指导,对科技期刊编辑部传统业务管理进行信息化改造,构建科技期刊编辑部信息化管理系统。所研制的"文坊通用期刊编辑部办公系统"由编务、财务、编辑、主任、公有、信息管理6大功能模块组成,具体功能包括稿件信息与流程管理及其查阅、电子稿件管理、出版目次安排、各类公文和统计报表的自动生成与E-mail发送,以及Web网站的自动更新,并提供作者在线稿件状态查询。该系统可实现期刊编辑部稿件的信息化目标管理。

关键词：期刊编辑部办公系统模块设计

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西尔斯山羊草紫色酸性磷酸酶PAP1基因的克隆及分析

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西北农业学报 2014年第10期23卷 105-111页

作者：侯立江牛娜马守才宋亚珍王强张改生王军卫西北农林科技大学国家杨凌农业生物技术育种中心/国家小麦改良中心杨凌分中心/小麦育种教育部工程研究中心/陕西省作物杂种优势研究与利用重点实验室陕西杨凌712100

旨在利用基因工程手段将AeSePAP1基因转入到小麦,为获得耐低磷胁迫的小麦品种奠定基础。以西尔斯山羊草的叶片为材料,根据小麦和二穗短柄草的PAP1基因设计特异引物,采用同源克隆的方法获得西尔斯山羊草紫色酸性磷酸酶PAP1基因的cDNA序列... 详细信息

旨在利用基因工程手段将AeSePAP1基因转入到小麦,为获得耐低磷胁迫的小麦品种奠定基础。以西尔斯山羊草的叶片为材料,根据小麦和二穗短柄草的PAP1基因设计特异引物,采用同源克隆的方法获得西尔斯山羊草紫色酸性磷酸酶PAP1基因的cDNA序列,并将其命名为AeSePAP1。该基因长1.03kb,编码335个氨基酸,分子质量为37.95ku,等电点为5.55。与小麦PAP1基因相比,西尔斯山羊草PAP1基因的cDNA的编码区有36处发生碱基替代,包括24处转换和12处颠换,有16处编码的氨基酸残基不同,其序列一致性达94.66%。对AeSePAP1基因编码的蛋白质进行生物信息学分析发现,该蛋白具有信号肽和跨膜结构,定位于质膜或分泌到胞外。系统进化树分析表明,西尔斯山羊草紫色酸性磷酸酶PAP1基因与普通小麦、短柄草、谷子的PAP1基因同源性较高。

关键词：西尔斯山羊草紫色酸性磷酸酶耐低磷基因抗逆性

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