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Efficient inversions and duplications of mammalian regulatory DNA elements and gene clusters by CRISPR/Cas9

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分子细胞生物学报:英文版 2015年第4期7卷 284-298页

作者： Jinhuan li Jia Shou yaguo Yuanxiao Tang YonghuWu Zhilian Jia Yanan Zhai Zhifeng Chen Quan Xu Qiang Wu Key Laboratory of Systems Biomedicine(Ministry of Education) Center for Comparative BiomedicineInstitute of Systems BiomedicineShanghai Jiao Tong UniversityShanghai 200240China State Key Laboratory of Oncogenes and Related Genes Shanghai Cancer InstituteRenji HospitalSchool of MedicineShanghai Jiao Tong UniversityShanghai 200240China Key Laboratory for the Genetics of Developmental and Neuropsychiatric Disorders Ministry of EducationBio-X CenterSchool of Life Sciences and BiotechnologyShanghai Jiao Tong UniversityShanghai 200240China Collaborative Innovation Center of Systems Biomedicine Shanghai Jiao Tong University School of MedicineShanghai 200240China

The human genome contains millions of DNA regulatory elements and a large number of gene clusters,most of which have not been tested *** clustered regularly interspaced short palindromic repeats(CRISPR)/CRISPR-associated nuclease 9(Cas9)programed with a synthetic single-guide RNA(sgRNA)emerges as a method for genome editing in virtually any *** we report that targeted DNA fragment inversions and duplications could easily be achieved in human and mouse genomes by CRISPR with two ***,we found that,in cultured human cells and mice,efficient precise inversions of DNA fragments ranging in size froma few tens of bp to hundreds of kb could be *** addition,DNA fragment duplications and deletions could also be generated by CRISPR through trans-allelic recombination between the Cas9-induced double-strand breaks(DSBs)on two homologous chromosomes(chromatids).Moreover,junctions of combinatorial inversions and duplications of the protocadherin(Pcdh)gene clusters induced by Cas9 with four sgRNAs could be *** mice,we obtained founders with alleles of precise inversions,duplications,and deletions of DNA fragments of variable sizes by ***,we found that very efficient inversions were mediated by microhomology-mediated end joining(MMEJ)through short inverted *** showed for the first time that DNA fragment inversions could be transmitted through germlines in ***,we applied this CRISPR method to a regulatory element of the Pcdha cluster and found a new role in the regulation of members of the Pcdhg *** simple and efficient method should be useful in manipulating mammalian genomes to study millions of regulatory DNA elements as well as vast numbers of gene clusters.

关键词： DNA regulatory element inversion duplication deletion CRISPR/Cas9 enhancer genome manipulation gene cluster

结构性黏土中球孔扩张不排水解析及其在静力触探中的应用

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上海交通大学学报 2023年第6期57卷 709-718页

作者：张亚国肖书雄翟张辉李同录长安大学建筑工程学院院西安710061 长安大学地质工程与测绘学院西安710061

圆孔扩张理论被广泛用于静力触探(CPT)和静压沉桩等问题的贯入阻力或挤土位移分析预测中.目前结构性黏土中的圆柱孔扩张解答难以考虑扩孔过程中土体结构破坏或退化影响,一定程度上限制了该理论解答的工程适用范围.将锥尖或桩端贯入作为... 详细信息

圆孔扩张理论被广泛用于静力触探(CPT)和静压沉桩等问题的贯入阻力或挤土位移分析预测中.目前结构性黏土中的圆柱孔扩张解答难以考虑扩孔过程中土体结构破坏或退化影响,一定程度上限制了该理论解答的工程适用范围.将锥尖或桩端贯入作为球形孔的扩张挤土过程,基于结构性黏土剑桥模型和塑性区大应变理论,将球孔扩张不排水问题归结为各有效应力分量的常微分方程组边值问题,以弹塑性边界上应力值为边值条件对该问题进行求解.结果表明,随着土体结构性增强,球孔周围的临界状态区和塑性区范围减小,扩孔应力增大,超固结土的应变软化特征和剪胀性更明显;对于初始应力相同的结构性黏土,各有效应力分量在孔壁附近均趋于对应重塑土中的应力分量,说明土体在扩孔扰动过程中发生了结构破坏或退化.最后将确定的扩孔应力用于CPT贯入阻力及孔隙水压力的理论计算中,与已有解答进行对比分析,发现考虑土体结构性影响后能得到与实测值更接近的预测结果.

关键词：结构性黏土球孔扩张不排水弹塑性解静力触探

降水在厚层黄土非饱和带中流态转化过程的物理模拟

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干旱区资源与环境 2022年第1期36卷 96-102页

作者：王宇李同录张亚国王晨兴长安大学地质工程与测绘学院西安710061 长安大学建筑工程学院西安710061 黄土高原水循环与地质环境教育部野外科学观测研究站正宁745399

针对厚层非饱和带中水分运移难以观测、水分入渗方式存在争议的问题,文中将非饱和带中的渗流概化为水流过竖向串联,底部有小孔的一系列容器的水力过程。从实验和理论上证明了间歇性补给边界条件下,厚层非饱和带都有明显的流态转化,即由... 详细信息

针对厚层非饱和带中水分运移难以观测、水分入渗方式存在争议的问题,文中将非饱和带中的渗流概化为水流过竖向串联,底部有小孔的一系列容器的水力过程。从实验和理论上证明了间歇性补给边界条件下,厚层非饱和带都有明显的流态转化,即由浅层为瞬态流转化为深层稳定流。浅层瞬态流带土层含水率受降雨和蒸发蒸腾的影响明显,含水率随时间变化;深层稳定流带土层含水率不随时间改变。通过改变物理模型的边界条件和模型参数,证实了平均降雨强度和土的渗透性函数控制着稳定流带土层含水率和渗流速度。该物理模型能够模拟非饱和带中两种流态的转化过程,直观展现了降雨入渗厚层非饱和带后的入渗规律。

关键词：降雨入渗物理模型非饱和带瞬态流稳定流

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静压沉桩引起的土体应力与孔压分布特征

上海交通大学学报 2018年第12期52卷 1587-1593页

作者：张亚国李镜培长安大学建筑工程学院西安710061 同济大学地下建筑与工程系上海200092

通过开展一系列离心模型试验,对饱和粉质黏土中沉桩挤土应力和孔隙水压力分布特征进行研究.利用微型传感器监测沉桩过程中土体的应力和孔压变化,并根据试验结果对已有的圆孔扩张模型进行修正,提出考虑地表隆起的沉桩挤土模型,对其可靠... 详细信息

通过开展一系列离心模型试验,对饱和粉质黏土中沉桩挤土应力和孔隙水压力分布特征进行研究.利用微型传感器监测沉桩过程中土体的应力和孔压变化,并根据试验结果对已有的圆孔扩张模型进行修正,提出考虑地表隆起的沉桩挤土模型,对其可靠性进行验证.研究结果表明,桩周土体总应力和超孔压变化特征主要由距桩的水平距离和埋深控制,对于确定埋深处的土体,当桩尖接近并经过其埋深位置时,应力和孔压先增大后减小;当水平距离相同时,埋深越大,沉桩引起的应力和孔压增量越大,分析认为是地表自由边界的存在影响了浅埋土体中应力变化;当沉桩深度达到7～7.5倍的桩径时,地表边界效应的影响不再明显.

关键词：离心模型试验总应力超孔隙水压力静压沉桩

A Novel Time Series Prediction Model Based on Deep Sparse Autoencoder

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A Novel Time Series Prediction Model Based on Deep Sparse Au...

第37届中国控制会议

作者： Meiling Xu yaguo Dong Zhan li Min Han Tong Xing School of Control Science and Engineering Dalian University of Technology

Recently,the scale of observed time series becomes bigger and bigger,and the learning ability of conventional models is limited to depict the characteristics of large-scale time *** put forward a deep model that uses the sparse autoencoder to extract the characteristics of the time series layer by *** autoencoder can provide a simple explanation of the data by means of a reduced dimensionality of parts and extract the hidden architecture in the *** this method,on the one hand,the dimension of the matrix that describes the problem is reduced,on the other hand,a large number of data can be compressed and *** we calculate the output weights by the method of pseudo *** results on Lorenz series and PM2.5 concentration in Shanghai dataset demonstrate the effectiveness of the proposed method.

关键词： Time series prediction deep autoencoder feature extraction

来源： cnki会议评论

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cnki会议

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考虑地表边界效应的静压沉桩挤土位移解析

同济大学学报（自然科学版） 2018年第9期46卷 1195-1200,1260页

作者：张亚国李镜培长安大学建筑工程学院陕西西安710062 同济大学土木工程学院上海200092

在沉桩挤土位移求解过程中同时考虑了土体弹塑性本构关系以及地表边界效应的影响.假定桩周土体屈服后服从修正剑桥模型,基于圆孔扩张理论推导了桩体无限长时挤土位移的初始解.在此基础上,引入修正函数来考虑地表边界和沉桩深度对挤土位... 详细信息

在沉桩挤土位移求解过程中同时考虑了土体弹塑性本构关系以及地表边界效应的影响.假定桩周土体屈服后服从修正剑桥模型,基于圆孔扩张理论推导了桩体无限长时挤土位移的初始解.在此基础上,引入修正函数来考虑地表边界和沉桩深度对挤土位移的影响;经与文献实测结果比较,验证了修正后沉桩挤土位移解析方法的合理性和可靠性.参数分析表明,沉桩挤土位移随桩径的增加呈非线性增长,随预钻孔孔径的增大呈非线性减小;当超固结比增大时,挤土位移也随之增大,分析认为是由于重超固结土颗粒排列紧密,受到的挤压作用明显所致.

关键词：静压沉桩挤土位移边界效应圆孔扩张

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软黏土中静压沉桩引起的侧向挤土位移分析

同济大学学报（自然科学版） 2015年第12期43卷 1801-1806页

作者：张亚国李镜培同济大学岩土及地下工程教育部重点实验室上海200092 同济大学土木工程学院上海200092

将软黏土中桩体贯入过程看作不排水条件下圆柱孔的扩张.弹性和塑性区分别采用小应变和大应变理论,考虑传统超固结比与各项同性超固结比的不同,推导了修正剑桥模型土中单桩挤土位移的解析解;并与文献离心模型试验结果进行了比较,验证了... 详细信息

将软黏土中桩体贯入过程看作不排水条件下圆柱孔的扩张.弹性和塑性区分别采用小应变和大应变理论,考虑传统超固结比与各项同性超固结比的不同,推导了修正剑桥模型土中单桩挤土位移的解析解;并与文献离心模型试验结果进行了比较,验证了理论解答的可靠性.在此基础上,采用叠加原理对排桩的侧向挤土位移进行了估算,并分析了沉桩数目、桩间距、预钻孔孔径以及土体超固结比对侧向挤土位移的影响规律.研究结果表明,随着沉桩数目的增加,挤土影响范围增大;当桩间距、预钻孔孔径增大时,挤土位移快速减小;土体超固结比增加时,侧向挤土位移略有增加,但总体影响不明显.

关键词：静压沉桩圆孔扩张理论软黏土修正剑桥模型侧向位移

嗜水气单胞菌刺激下鲤血清质子转运载体15a2(Slc15a2)的表达分析

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水产学报 2022年第5期46卷 797-804页

作者：姜洲薛亚果张猛朱雷王磊李学军董传举河南师范大学水产学院厦门大学海洋与地球学院

为解析鲤质子转运载体15a2 (Slc15a2)在嗜水气单胞菌侵染过程中对机体免疫应答机制的影响，实验通过制备鼠源Slc15a2-1和Slc15a2-2多克隆抗体，采用酶联免疫吸附测定(EliSA)技术检测嗜水气单胞菌感染后鲤血清中Slc15a2-1和Slc15a2-2蛋... 详细信息

为解析鲤质子转运载体15a2 (Slc15a2)在嗜水气单胞菌侵染过程中对机体免疫应答机制的影响，实验通过制备鼠源Slc15a2-1和Slc15a2-2多克隆抗体，采用酶联免疫吸附测定(EliSA)技术检测嗜水气单胞菌感染后鲤血清中Slc15a2-1和Slc15a2-2蛋白表达变化。结果显示，(1)感染后2个拷贝的最高蛋白表达水平与空白对照组相比，分别增加了4.81和2.48倍；与Slc15a2-1相比Slc15a2-2的表达量从0～48 h一直处于较高表达水平。(2)从整体来看，Slc15a2的2个拷贝具有相似的表达趋势，均为先升高后降低、再升高再降低；但Slc15a2-1在3 h达到第1个表达高峰，而Slc15a2-2则在6 h达到第1个表达高峰。(3) 6～24 h的4个时期中，Slc15a2-1和Slc15a2-2蛋白表达呈现互补的表达趋势，即在同一时期一个拷贝的表达量显著下降，另一个拷贝的表达量显著升高，但总体维持较高表达水平。结果表明，本实验制备的鼠源Slc15a2-1和Slc15a2-2多克隆抗体具有较高的亲和力和特异性，当鲤受到嗜水气单胞菌侵染后，2个拷贝整体具有相似的表达趋势，说明可能具有相似的基因功能；与Slc15a2-1相比，Slc15a2-2在0～48 h之间具有显著的高表达量，推测该基因为2个拷贝中的主效基因，并且6～24 h时，2个拷贝一直呈现互补的表达方式，导致Slc15a2表达量维持在高水平，面对病原侵害时能做有效响应。本研究为深入了解鲤Slc15a2的免疫防御机制提供一定的研究基础。

关键词：鲤 Slc15a2 抗体嗜水气单胞菌

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四川省3岁以下婴幼儿照护服务的调查研究

四川大学学报（医学版） 2023年第3期54卷 527-531页

作者：赵莉蒲杰刘敏熊萍张亚果黄春张林四川大学华西公共卫生学院/四川大学华西第四医院卫生政策与管理学系成都610041 四川大学华西第二医院/华西妇产儿童医院妇儿保健部妇产科教研室成都610041 四川大学华西公共卫生学院/四川大学华西第四医院健康行为与社会医学系成都610041 四川大学华西医学中心成都610041

目的了解四川省3岁以下婴幼儿照护服务现状,分析存在的问题及原因,为四川省3岁以下婴幼儿照护服务高质量发展提供政策建议。方法采用定性与定量相结合的方法,通过政策研究、机构访谈、问卷调查和专家研讨,于2022年5–6月收集四川省相关... 详细信息

目的了解四川省3岁以下婴幼儿照护服务现状,分析存在的问题及原因,为四川省3岁以下婴幼儿照护服务高质量发展提供政策建议。方法采用定性与定量相结合的方法,通过政策研究、机构访谈、问卷调查和专家研讨,于2022年5–6月收集四川省相关政策、21个市(州)婴幼儿照护服务情况,分析四川省婴幼儿照护服务发展中存在的问题。结果四川省婴幼儿照护服务托位供给率达到3个/千人,托位利用率48.2%,全省55.4%托育机构集中在成都、绵阳、眉山地区,普惠试点托育机构1667家,提供普惠托位数72971个,分别占总托育机构数和托位数的28.7%和29.1%,共有37995名托育机构从业人员,其中保育人员(含教师)28468名,平均每家机构从业人员6名,保育人员5名,49.6%的机构为兼职保健人员,11.3%的托育机构无保健人员。结论四川省3岁以下婴幼儿照护服务发展迅速,发展中存在资源分布区域不均衡,普惠托育服务提供不足,服务供给与需求不适配、服务利用不充分,专业人才队伍缺乏,以及行业可持续发展动力不足等问题。建议以完善婴幼儿照护服务政策法规体系为导向,积极发展普惠性、托幼一体、医育一体照护机构并支持家庭照护,建立婴幼儿照护服务信息系统,优化人才培养与发展体系,加强婴幼儿照护服务的科学研究与国际交流,全面推进四川省婴幼儿照护服务高质量发展和育儿友好型社会建设。

关键词：婴幼儿照护服务高质量发展政策建议调查研究