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中国兽医学报 2023年第11期43卷 2212-2220页

作者：刘野李文忠杨婧程宁杨程王凯月吴庆东张乐赵瑞利孙英峰天津农学院动物科学与动物医学学院天津300384 天津市静海区农业科学技术研究所天津301699 天津市静海区农业发展服务中心天津301699

为分离天津地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)并分析其分子遗传进化关系,对来自该地区某猪场疑似PRRSV感染的样品进行RT-PCR检测,阳性样品接种猪肺泡巨噬细胞(PAMs),将出现细胞... 详细信息

为分离天津地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)并分析其分子遗传进化关系,对来自该地区某猪场疑似PRRSV感染的样品进行RT-PCR检测,阳性样品接种猪肺泡巨噬细胞(PAMs),将出现细胞病变的PAMs进行有限稀释后进行间接免疫荧光鉴定,利用RT-PCR扩增分离纯化株全基因组序列并进行同源性及遗传进化分析,并对分离株进行重组分析和细胞嗜性试验。结果显示,分离获得1株PRRSV毒株(命名为TJbc2.2.),分离毒株不能感染Marc-145细胞;该毒株全基因组长为15 111 bp,与NADC34的核苷酸同源性最高,为95.2.,属于目前流行于中国的类NADC34 PRRSV,其Nsp2.在100个氨基酸缺失的分子特征;重组分析显示该毒株以谱系1.5毒株(NADC34-like)为主要亲本,以谱系1.8毒株(NADC30-like)为次要亲本,在14 082.14 635 nt(ORF6~ORF7)发生了基因重组。结果表明,分离并鉴定了1株重组类NADC34 PRRSV,可为该地区猪繁殖与呼吸综合征的防控提供参考。

关键词：猪繁殖与呼吸综合征病毒类NADC34 分离鉴定重组细胞嗜性

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藜麦NHX基因家族鉴定及盐胁迫下表达分析

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生物技术通报 2022年第12期38卷 184-193页

作者：张业猛朱丽丽陈志国中国科学院大学北京100049 中国科学院高原生物适应与进化重点实验室中国科学院西北高原生物研究所西宁810001 青海省作物分子育种重点实验室西宁810001

探讨藜麦NHX基因家族生物学特性及盐胁迫下的表达模式,以期为藜麦抗盐品种选择提供理论依据。以藜麦含有Na+/H+exchange结构域的蛋白质序列为基础,对其基因结构、蛋白质motif、理化性质以及盐胁迫下转录表达进行分析。结果表明,藜麦基... 详细信息

探讨藜麦NHX基因家族生物学特性及盐胁迫下的表达模式,以期为藜麦抗盐品种选择提供理论依据。以藜麦含有Na+/H+exchange结构域的蛋白质序列为基础,对其基因结构、蛋白质motif、理化性质以及盐胁迫下转录表达进行分析。结果表明,藜麦基因组中含有46个NHXs基因家族成员,氨基酸长度为109-1 82. aa,分子质量为11 472.74-2.4 381.38 Da,等电点为5.00-9.2.,亲水性为-0.2.6-1.112.不稳定指数为2..71-50.73。进化树分析可以将其分为5个亚组,在进化树中位置相近的NHXs基因具有相近的结构。同一亚组的NHXs蛋白具有相似motif结构,与拟南芥、小麦和玉米为直系同源蛋白,且多数定位在细胞膜和液泡中。通过盐胁迫下藜麦转录组数据分析发现,随盐胁迫时间增加,其中有2.个NHXs基因的转录水平提升,9个下降,11个无明显变化。此外,35个受到盐胁迫诱导表达的NHXs基因,通过GO注释发现,主要参与离子、细胞稳态和离子跨膜运输过程。NHXs基因结构和蛋白质motif的多样性,推测不同亚组NHXs在盐胁迫中参与不同的响应过程,其盐胁迫下不同的表达模式也表明在盐胁迫响应过程中发挥重要作用。

关键词：藜麦 NHX基因家族基因结构 motif 理化性质盐胁迫表达模式

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藏茵陈基源植物皱边喉毛花的全长转录组信息分析

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广西植物 2023年第7期43卷 1335-1346页

作者：韩霜徐浩余静雅韩赟张发起中国科学院西北高原生物研究所高原生物适应与进化重点实验室西宁810001 中国科学院大学生命科学学院北京100039

皱边喉毛花为藏药藏茵陈基源植物之一,其包含丰富的药用成分。为进一步了解皱边喉毛花转录组,丰富其基因注释、代谢通路等遗传信息,该研究利用PacBio测序平台对皱边喉毛花叶片进行全长转录组测序。结果表明:(1)全长转录组测序共获得17 G... 详细信息

皱边喉毛花为藏药藏茵陈基源植物之一,其包含丰富的药用成分。为进一步了解皱边喉毛花转录组,丰富其基因注释、代谢通路等遗传信息,该研究利用PacBio测序平台对皱边喉毛花叶片进行全长转录组测序。结果表明:(1)全长转录组测序共获得17 Gb的高质量数据,对795698个环形一致性序列(CCS)序列进行聚类和去冗余,最终获得87814条高质量的全长转录本。(2.与7个数据库比对后,共有2.7451条转录本注释成功,其中注释到NR数据库的转录本最多,有392.4条。2.396条转录本成功注释到KOG数据库中,共有2.个子类。39104条转录本注释到KEGG数据库中,涉及6个主要通路和40个子通路。39102.转录本注释到GO数据库中,按分子功能、生物学过程和细胞成分3大类对注释成功的转录本进行分类。(3)SSR分析共鉴定到2.861个SSR,其中单碱基重复最为丰富;共检测到1874个转录因子和15166个长非编码RNA(LncRNA),而注释到转录本最多的转录因子家族是C3H。(4)筛选出55条与单萜类及黄酮类化合物合成相关的转录本。该研究结果丰富了皱边喉毛花的转录组信息,为进一步筛选皱边喉毛花药用成分合成相关的关键基因提供了重要的遗传资源。

关键词：皱边喉毛花全长转录组代谢通路转录因子长非编码RNA

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Fungal diversity notes 367-490:taxonomic and phylogenetic contributions to fungal taxa

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Fungal Diversity 2016年第5期80卷 1-270页

作者： Kevin D.Hyde Sinang Hongsanan Rajesh Jeewon D.Jayarama Bhat Eric H.C.McKenzie E.B.Gareth Jones Rungtiwa Phookamsak Hiran A.Ariyawansa Saranyaphat Boonmee Qi Zhao Faten Awad Abdel-Aziz Mohamed A.Abdel-Wahab Supharat Banmai Putarak Chomnunti Bao-Kai Cui Dinushani A.Daranagama Kanad Das Monika C.Dayarathne Nimali Ide Silva Asha J.Dissanayake Mingkwan Doilom Anusha H.Ekanayaka Tatiana Baptista Gibertoni Aristóteles Góes-Neto Shi-Ke Huang Subashini C.Jayasiri Ruvishika S.Jayawardena Sirinapa Konta Hyang Burm Lee Wen-Jing Li Chuan-Gen Lin Jian-Kui Liu Yong-Zhong Lu Zong-Long Luo Ishara S.Manawasinghe Patinjareveettil Manimohan Ausana Mapook Tuula Niskanen Chada Norphanphoun Moslem Papizadeh Rekhani H.Perera Chayanard Phukhamsakda Christian Richter AndréL.C.Mde A.Santiago E.Ricardo Drechsler-Santos Indunil C.Senanayake Kazuaki Tanaka T.M.D.S.Tennakoon Kasun M.Thambugala Qing Tian Saowaluck Tibpromma Benjarong Thongbai Alfredo Vizzini Dhanushka N.Wanasinghe Nalin N.Wijayawardene Hai-Xia Wu Jing yang Xiang-Yu Zeng Huang {2. Jin-Feng {2. Timur S.Bulgakov Erio Camporesi Ali H.Bahkali Mohammad A.Amoozegar Lidia Silva Araujo-Neta Joseph F.Ammirati Abhishek Baghela R.P.Bhatt Dimitar Bojantchev Bart Buyck Gladstone Alves da Silva Catarina Letícia Ferreira de Lima Rafael JoséVilela de Oliveira Carlos Alberto Fragoso de Souza Yu-Cheng Dai Bálint Dima Tham Thi Duong Enrico Ercole Fernando Mafalda-Freire Aniket Ghosh Akira Hashimoto Sutakorn Kamolhan Ji-Chuan Kang Samantha C.Karunarathna Paul M.Kirk Ilkka Kytovuori Angela Lantieri Kare Liimatainen Zuo-Yi Liu Xing-Zhong Liu Robert Lücking Gianfranco Medardi Peter E.Mortimer Thi Thuong Thuong Nguyen Itthayakorn Promputtha K.N.Anil Raj Mateus A.Reck Saisamorn Lumyong Seyed Abolhassan Shahzadeh-Fazeli Marc Stadler Mohammad Reza Soudi Hong-Yan Su Takumasa Takahashi Narumon Tangthirasunun Priyanka Uniyal Yong Wang Ting-Chi Wen Jian-Chu Xu Zhong-Kai {2. Yong-Chang Zhao Jun-Liang Zhou Lin Zhu institute of Biotechnology and Germplasm Resources Key Lab of Southwestern Crop Gene Resources and Germplasm Innovation Ministry of AgricultureYunnan Provincial Key Laboratory of Agricultural BiotechnologyYunnan Academy of Agricultural SciencesKunming 650223YunnanPeople’s Republic of China Key laboratory of Plant Diversity and Biogeography of East Asia Kunming Institute of BotanyChinese Academy of SciencesKunming 650201YunnanPeople’s Republic of China Center of Excellence in Fungal Research Mae Fah Luang University333 M.1T.ThasudMuangChiang Rai 57100Thailand State Key laboratory of Mycology Institute of MicrobiologyChinese Academy of SciencesNo 31st West Beichen RoadChaoyang DistrictBeijing 100101People’s Republic of China Department of Botany and Microbiology College of ScienceKing Saud UniversityP.O.Box:2455Riyadh1145Saudi Arabia Department of Botany and Microbiology Faculty of ScienceSohag UniversitySohag 82524Egypt Faculty of Agriculture and Life sciences Hirosaki University3 Bunkyo-choHirosakiAomori 036-8561Japan The United Graduate School of Agricultural sciences Iwate University18-8 Ueda 3 ChomeMorioka 020-8550Japan Guizhou Key laboratory of Agricultural Biotechnology Guizhou Academy of Agricultural SciencesXiaohe DistrictGuiyang CityGuizhou Province 550006People’s Republic of China School of Science Mae Fah Luang UniversityChiang Rai 57100Thailand Department of Plant Pathology College of AgricultureGuizhou UniversityGuiyang 550025GuizhouPeople’s Republic of China Department of Botany Goa UniversityTaleigãoGoaIndia No.12./1-J Azad Housing SocietyCurcaGoa Velha 403108India Department of Biology Faculty of ScienceChiang Mai UniversityChiang Mai 50200Thailand World Agroforestry Centre East and Central AsiaKunming 650201YunnanPeople’s Republic of China Centre of Mountain Ecosystem Studies Kunming Institute of BotanyChinese Academy of SciencesKunming 650201YunnanPeople’s Republic of China Department of Microbial Drugs Helmholtz Centre for Infection Res

This is a continuity of a series of taxonomic papers where materials are examined,described and novel combinations are proposed where necessary to improve our traditional species concepts and provide updates on their *** addition to extensive morphological descriptions and appropriate asexual and sexual connections,DNA sequence data are also analysed from concatenated datasets(rDNA,TEF-a,RBP2.and b-Tubulin)to infer phylogenetic relationships and substantiate systematic position of taxa within appropriate *** new species or combinations are being proposed,we apply an integrative approach(morphological and molecular data as well as ecological features wherever applicable).Notes on 12. fungal taxa are compiled in this paper,including eight new genera,101 new species,two new combinations,one neotype,four reference specimens,new host or distribution records for eight species and one alternative *** new genera introduced in this paper are Alloarthopyrenia,Arundellina,Camarosporioides,Neomassaria,Neomassarina,Neotruncatella,Paracapsulospora and *** new species are Alfaria spartii,Alloarthopyrenia italica,Anthostomella ravenna,***,Arthrinium paraphaeospermum,Arundellina typhae,Aspergillus koreanus,Asterina cynometrae,Bertiella ellipsoidea,Blastophorum aquaticum,Cainia globosa,Camarosporioides phragmitis,Ceramothyrium menglunense,Chaetosphaeronema achilleae,Chlamydotubeufia helicospora,Ciliochorella phanericola,Clavulinopsis aurantiaca,Colletotrichum insertae,Comoclathris italica,Coronophora myricoides,Cortinarius fulvescentoideus,***,***,***,Cunninghamella gigacellularis,Cyathus pyristriatus,Cytospora cotini,Dematiopleospora alliariae,***,Diaporthe aseana,***,Distoseptispora multiseptata,***,***,Dothiora buxi,Emericellopsis persica,Gloniopsis calami,Helicoma guttulatum,Helvella floriforma,***,Hermatomyces subiculosa,Ju

关键词： Ascomycota Basidiomycota Dothideomycetes Mortierellomycotina Mucoromycotina Pezizomycetes Phylogeny Taxonomy New genus New species New host records

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