检索结果-南通市图书馆

Databases and Web Tools for Cancer Genomics Study

Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2015年第1期13卷 46-50页

作者： Yadong Yang xunong dong Bingbing Xie Nan Ding Juan Chen Yongjun Li Qian Zhang Hongzhu Qu Xiangdong Fang CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information Beijing Institute of Genomics Chinese Academy of Sciences University of Chinese Academy of Sciences Technical Service Center of Family Planning and Reproductive Health National Research Institution for Health and Family Planning

Publicly-accessible resources have promoted the advance of scientific discovery. The era of genomics and big data has brought the need for collaboration and data sharing in order to make effective use of this new knowledge. Here, we describe the web resources for cancer genomics research and rate them on the basis of the diversity of cancer types, sample size, omics data comprehensiveness, and user experience. The resources reviewed include data repository and analysis tools; and we hope such introduction will promote the awareness and facilitate the usage of these resources in the cancer research community.

关键词： Cancer Genomics Data integration Resource Collaboration

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GSA:Genome Sequence Archive

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Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2017年第1期15卷 14-18页

作者： Yanqing Wang Fuhai Song Junwei Zhu Sisi Zhang Yadong Yang Tingting Chen Bixia Tang Lili dong Nan Ding Qian Zhang Zhouxian Bai xunong dong Huanxin Chen Mingyuan Sun Shuang Zhai Yubin Sun Lei Yu Li Lan Jingfa Xiao Xiangdong Fang Hongxing Lei Zhang Zhang Wenming Zhao BIG Data Center Beijing Institute of GenomicsChinese Academy of SciencesBeijing 100101China CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information Beijing Institute of GenomicsChinese Academy of SciencesBeijing 100101China University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100049China Collaborative Innovation Center of Genetics and Development Fudan UniversityShanghai 200438China Center of Alzheimer's Disease Beijing Institute for Brain DisordersBeijing 100053China

With the rapid development of sequencing technologies towards higher throughput and lower cost, sequence data are generated at an unprecedentedly explosive rate. To provide an efficient and easy-to-use platform for managing huge sequence data, here we present Genome Sequence Archive （GSA; http：//***/gsa or http：//***）, a data repository for archiving raw sequence data. In compliance with data standards and structures of the International Nucleotide Sequence Database Collaboration （INSDC）, GSA adopts four data objects （BioProject, BioSample, Experiment, and Run） for data organization, accepts raw sequence reads produced by a variety of sequencing platforms, stores both sequence reads and metadata submitted from all over the world, and makes all these data publicly available to worldwide scientific communities. In the era of big data, GSA is not only an important complement to existing INSDC members by alleviating the increasing burdens of handling sequence data deluge, but also takes the significant responsibility for global big data archive and provides free unrestricted access to all publicly available data in support of research activities throughout the world.

关键词： Genome Sequence Archive GSA Big data Raw sequence data INSDC

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橡胶树PGAM基因的克隆及表达特性分析

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热带作物学报 2013年第10期34卷 1895-1901页

作者：龙翔宇董绪浓方永军戚继艳秦云霞唐朝荣中国热带农业科学院橡胶研究所海南儋州571737 海南大学农学院海南海口570228

从橡胶树中克隆并获得磷酸甘油酸变位酶基因(HbPGAM),该基因的cDNA序列全长1 559 bp,包含长度为1 260 bp的完整开放阅读框,编码一个由419个氨基酸残基组成的蛋白,氨基酸同源性分析发现,该蛋白含有保守的磷酸变构酶组氨酸磷酸酶结构域,... 详细信息

从橡胶树中克隆并获得磷酸甘油酸变位酶基因(HbPGAM),该基因的cDNA序列全长1 559 bp,包含长度为1 260 bp的完整开放阅读框,编码一个由419个氨基酸残基组成的蛋白,氨基酸同源性分析发现,该蛋白含有保守的磷酸变构酶组氨酸磷酸酶结构域,属于磷酸甘油酸变位酶。生物信息学分析显示,HbPGAM蛋白无导肽酶切位点,不具有跨膜结构域且为亲水蛋白,该蛋白可能在细胞质中发挥作用。实时荧光定量PCR分析表明,HbPGAM基因在分析的7种组织中均表达,但在胶乳(产胶细胞乳管的细胞质)中的表达水平最高,且该基因在胶乳中的表达受割胶影响,推测其参与橡胶树胶乳再生过程。此外,HbPGAM基因表达受部分植物激素如乙烯利ET、植物生长素2,4-D及水杨酸SA调控,但调控不明显。结果说明,胶乳再生过程中HbPGAM对胶乳糖酵解起到一定的调控作用,为全面了解橡胶树PGAM家族奠定理论基础。

关键词：橡胶树 HbPGAM基因克隆生物信息学基因表达

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