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Gene characterization and phylogenetic analysis of four mitochondrial genomes in Caenogastropoda

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Acta Oceanologica Sinica 2024年第2期43卷 137-150页

作者： Jiangyong Qu Wanqi Yang xindong teng Li Xu Dachuan Zhang Zhikai Xing Shuang Wang Xiumei Liu Lijun Wang Xumin Wang College of Life Science Yantai UniversityYantai 264005China Qingdao International Travel Healthcare Center Qingdao 266071China Qingdao Dagang Customs Qingdao 266071China

Caenogastropoda is a highly diverse group,containing~60%of all existing gastropods.Species in this subclass predominantly inhabit marine environments and have a high ecological and economic value.Owing to the increase in relevant phylogenetic studies,our understanding of between species relatedness in Caenogastropoda has improved.However,the biodiversity,taxonomic status,and phylogenetic relationships of this group remain unclear.In the present study,we performed next-generation sequencing of four complete mitochondrial genomes from three families(Buccinidae,Columbellidae,and Cypraeidae)and the four mitogenomes were classical circular structures,with a length of 16177 bp in Volutharpa ampullacea,16244 bp in Mitrella albuginosa,16926bp in Mauritia arabica asiatica and 15422 bp in Erronea errones.Base composition analysis indicated that whole sequences were biased toward A and T.Then compared them with 171 complete mitochondrial genomes of Caenogastropoda.The phylogenetic relationship of Caenogastropoda derived from Maximum Likelihood(ML)and Bayesian Inference(BI)trees constructed based on CDS sequences was consistent with the results of traditional morphological analysis,with all three families showing close relationships.This study supported Caenogastropoda at the molecular level as a separate clade of Mollusca.According to our divergence time estimations,Caenogastropoda was formed during the middle Triassic period(~247.2–237 Ma).Our novel mitochondrial genomes provide evidence for the speciation of Caenogastropoda in addition to elucidating the mitochondrial genomic evolution of this subclass.

关键词： mitochondrial genome phylogenetic analysis Caenogastropoda

出血性大肠埃希菌O157:H7可视化和实时荧光RPA检测方法的比较

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中国食品卫生杂志 2024年第1期36卷 26-31页

作者：徐颖庄国栋王丽丽滕新栋青岛国际旅行卫生保健中心山东青岛266000 中华人民共和国黄岛海关口岸监管处山东青岛266000

目的以检测出血性大肠埃希菌(EHEC)O157:H7为目的,基于重组酶聚合酶扩增(RPA)技术,分别建立可视化RPA检测方法和实时荧光RPA检测方法。方法根据出血性大肠埃希菌O157:H7的rfbE基因设计引物和探针,进行特异性、灵敏度检测,建立实时荧光RP... 详细信息

目的以检测出血性大肠埃希菌(EHEC)O157:H7为目的,基于重组酶聚合酶扩增(RPA)技术,分别建立可视化RPA检测方法和实时荧光RPA检测方法。方法根据出血性大肠埃希菌O157:H7的rfbE基因设计引物和探针,进行特异性、灵敏度检测,建立实时荧光RPA检测方法。结合SYBR Green I在核酸反应中的颜色变化特征,设计可视化RPA检测方法。结果建立的实时荧光RPA检测方法和可视化RPA检测方法,分别在35℃时反应不超过25 min即可检测EHEC O157:H7。设计的引物和探针仅对EHEC O157:H7出现特异性结果。两种检测方法的检测限低于10-5 ng/μL。结论EHEC O157:H7的可视化RPA检测方法和实时荧光RPA检测方法操作简便,且特异性强、敏感性高,可为EHEC O157:H7的现场快速检测和实验室检测提供新方法。

关键词：重组酶聚合酶扩增技术出血性大肠埃希菌O157:H7 可视化RPA 显色反应实时荧光RPA 检测方法食源性致病菌

基于预训练模型的单帧航拍图像无监督语义分割

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北京信息科技大学学报（自然科学版） 2024年第2期39卷 21-28页

作者：任月冬游新冬滕尚志吕学强北京信息科技大学网络文化与数字传播北京市重点实验室北京100101

针对航拍图像语义分割成本高、通用性差和精度低等问题,提出了一种两阶段无监督语义分割网络(two-stage unsupervised semantic segmentation net, TUSSNet),针对单帧航拍图像训练进而生成最终的语义分割结果。算法分为2个阶段。首先,... 详细信息

针对航拍图像语义分割成本高、通用性差和精度低等问题,提出了一种两阶段无监督语义分割网络(two-stage unsupervised semantic segmentation net, TUSSNet),针对单帧航拍图像训练进而生成最终的语义分割结果。算法分为2个阶段。首先,使用对比语言-图像预训练(contrastive language-image pretraining, CLIP)模型生成航拍图像的粗粒度语义标签,然后进行网络的预热训练。其次,在第一阶段的基础上,采用分割一切模型(segment anything model, SAM)对航拍图像进行细粒度类别预测,生成精细化类别掩码伪标签;然后迭代优化网络,得到最终语义分割结果。实验结果显示,相较于现有无监督语义分割方法,算法显著提高了航拍图像的分割精度,同时提供了准确的语义信息。

关键词：预训练模型航拍图像语义分割无监督算法聚类效果估计深度学习

猴痘病毒一步法MIRA-Crispr/cas12a快速检测方法的建立

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中国国境卫生检疫杂志 2024年第1期47卷 1-5页

作者：杜建森徐翮飞张娟滕新栋青岛海关山东青岛266071

目的建立快速、特异、灵敏、便携的猴痘病毒(MPXV)多酶恒温快速扩增(MIRA)-Crispr/cas12a一步检测法。方法选取MPXV F3L和G2Rcom、刚果分支(Ⅰ型)D14L和西非分支(Ⅱ型)G2Rcom基因为靶标,设计合成引物、crRNA及阳性质粒。基于含MPXV F3... 详细信息

目的建立快速、特异、灵敏、便携的猴痘病毒(MPXV)多酶恒温快速扩增(MIRA)-Crispr/cas12a一步检测法。方法选取MPXV F3L和G2Rcom、刚果分支(Ⅰ型)D14L和西非分支(Ⅱ型)G2Rcom基因为靶标,设计合成引物、crRNA及阳性质粒。基于含MPXV F3L和G2Rcom基因的阳性质粒,设置10^(6)、10^(4)、10^(3)、10^(2)拷贝/ml共4个浓度,利用MIRACrispr/cas12a技术建立荧光检测法并评价其灵敏性;以痘苗病毒、牛痘病毒、羊痘病毒、鼠痘病毒作为对照评价特异性;利用阳性质粒模拟临床样本验证建立的方法。基于Ⅰ型D14L和Ⅱ型G2Rcom基因的阳性质粒,建立Ⅰ型和Ⅱ型的MIRA-Crispr/cas12a荧光检测法,并在4种对照病毒的基础上,选用Ⅱ型或Ⅰ型作为对照进行特异性评价。建立MIRA-Crispr/cas12a可视化检测方法,利用侧向流试纸条直接判读结果。结果 MPXV F3L和G2Rcom、Ⅰ型D14L和Ⅱ型G2Rcom基因均得到特异性扩增。基于MPXV F3L和G2Rcom基因的方法灵敏性均为10^(3)拷贝/ml,灵敏性和特异性均较好;基于Ⅰ型D14L和Ⅱ型G2Rcom基因的方法特异性较好。模拟临床样本检测发现,基于MPXV F3L和G2Rcom基因的方法检出6份阳性模拟样本和2份阴性健康人咽拭子,与实时荧光PCR法的结果一致。基于MPXV F3L和G2Rcom、Ⅰ型D14L和Ⅱ型G2Rcom基因的可视化检测,在106拷贝/ml浓度时均显示两条带,10^(8)拷贝/ml均显示一条带。结论建立的检测MPXV方法操作简单,一次开盖加样,灵敏性和特异性较好,可在30 min内完成检测,实现“样品进,结果出”,适用于MPXV的快速检测。

关键词：猴痘病毒多酶恒温快速扩增 Crispr/cas12a检测可视化

基于16S rRNA测序的1型和2型糖尿病大鼠肠道菌群差异

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烟台大学学报（自然科学与工程版） 2024年第2期37卷 163-171页

作者：倪妍滕新栋徐丽王绪敏曲江勇王丽君金黎明邢志凯刘秀梅烟台大学生命科学学院山东烟台264005 青岛国际旅行卫生保健中心山东青岛266071 青岛大港海关山东青岛266071 大连民族大学生物技术与生物资源利用重点实验室辽宁大连116600

通过16S rRNA测序分析T1DM与T2DM大鼠肠道菌群的差异。Alpha多样性分析显示,T1DM组和T2DM组肠道菌群多样性和均匀度均高于对照组,Beta多样性分析显示不同组样本间存在差异且有很好的聚类。在门水平上,T1DM和T2DM大鼠肠道菌群以Firmicute... 详细信息

通过16S rRNA测序分析T1DM与T2DM大鼠肠道菌群的差异。Alpha多样性分析显示,T1DM组和T2DM组肠道菌群多样性和均匀度均高于对照组,Beta多样性分析显示不同组样本间存在差异且有很好的聚类。在门水平上,T1DM和T2DM大鼠肠道菌群以Firmicutes和Bacteroidetes为主,Firmicutes/Bacteroidetes(F/B)比例相比于对照组增加,且T2DM组高于T1DM组。与对照组相比,T1DM组Actinobacteria丰度显著增加,Anaerofustis丰度显著降低。在T2DM大鼠中,Proteobacteria、Oscillospira丰度显著增加。Oscillospira丰度在T2DM组增加,在T1DM组无明显差异。Rhodococcus为T1DM组的特有属,Coprobacillus和Roseburia为T2DM组的特有属。研究结果表明大鼠肠道菌群失调与T1DM和T2DM密切相关,可为T1DM和T2DM患者的个性化治疗提供科学依据。

关键词：肠道菌群 T1DM T2DM 16S rRNA测序

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猴痘基础与临床研究进展

中华皮肤科杂志 2022年第12期55卷 1061-1063页

作者：张瑾薛晓宁滕新栋徐翮飞张娟青岛国际旅行卫生保健中心青岛266071

猴痘是猴痘病毒感染引起的人畜共患病,主要发生在中非和西非的热带雨林地区,偶尔输出到其他地区。2022年5月开始出现的多国猴痘疫情是非洲以外地区历史上规模最大的一次猴痘爆发。本文就猴痘的病原学、流行病学、实验室检测以及临床诊... 详细信息

猴痘是猴痘病毒感染引起的人畜共患病,主要发生在中非和西非的热带雨林地区,偶尔输出到其他地区。2022年5月开始出现的多国猴痘疫情是非洲以外地区历史上规模最大的一次猴痘爆发。本文就猴痘的病原学、流行病学、实验室检测以及临床诊疗进展等进行梳理总结。

关键词：猴痘病毒诊断治疗综合预防人兽共患病

CRISPR技术在蚊媒传染病检测中的研究进展

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中国国境卫生检疫杂志 2023年第2期46卷 188-191页

作者：刘迪滕新栋青岛海关山东青岛266071

蚊媒传染病威胁着世界上近一半的人口,开发快速灵敏的检测技术是及时管控感染者及遏制蚊媒传染病传播的关键,但目前常用的检测技术多存在检测时间长、资源耗费多、条件要求高等缺点,基于CRISPR-Cas系统的检测技术准确度高、灵敏性强。... 详细信息

蚊媒传染病威胁着世界上近一半的人口,开发快速灵敏的检测技术是及时管控感染者及遏制蚊媒传染病传播的关键,但目前常用的检测技术多存在检测时间长、资源耗费多、条件要求高等缺点,基于CRISPR-Cas系统的检测技术准确度高、灵敏性强。本文重点关注CRISPR技术在疟疾、登革热、寨卡病毒病等蚊媒传染病检测中的研究进展。

关键词： CRISPR技术蚊媒传染病 CRISPR-Cas系统

环介导恒温扩增技术检测新型冠状病毒研究进展

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口岸卫生控制 2023年第4期28卷 35-39页

作者：冯茹荔刘迪滕新栋青岛国际旅行卫生保健中心山东青岛266000

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)在全球范围的大流行对世界公共卫生体系提出了巨大挑战。环介导恒温扩增技术(loop mediated isothermal amplification,LAMP)作为一种灵敏度高、特异性强的检测技术,被认为是金标准PCR技术的可行替代方案。本... 详细信息

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)在全球范围的大流行对世界公共卫生体系提出了巨大挑战。环介导恒温扩增技术(loop mediated isothermal amplification,LAMP)作为一种灵敏度高、特异性强的检测技术,被认为是金标准PCR技术的可行替代方案。本文从原理、产物检测方法、在SARSCoV-2检测中的应用及商品化试剂盒方面对LAMP技术进行详细阐述。

关键词：新型冠状病毒新型冠状病毒感染环介导恒温扩增技术

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解旋酶依赖性扩增技术研究进展

口岸卫生控制 2022年第1期27卷 44-47页

作者：刘迪滕新栋闫吉辉青岛海关山东青岛266071 山东检疫处理有限公司山东青岛266000

解旋酶依赖性扩增技术(helicase-dependent amplification,HDA)作为一种灵敏度高、特异性强、快速高效、便捷精准的核酸等温扩增技术,在病原体检测研究中得到广泛应用,有望应用于国境口岸现场病原体快速检测。本文着重介绍HDA技术的原... 详细信息

解旋酶依赖性扩增技术(helicase-dependent amplification,HDA)作为一种灵敏度高、特异性强、快速高效、便捷精准的核酸等温扩增技术,在病原体检测研究中得到广泛应用,有望应用于国境口岸现场病原体快速检测。本文着重介绍HDA技术的原理、方法和优势,并探讨其在国境口岸重点关注病原体检测中的研究进展。

关键词：解旋酶依赖性扩增技术等温扩增国境口岸