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Cobalamin-dependent radical S-adenosyl-L-methionine protein functions with a partner to successively methylate tricyclic indole alkaloid for chuangxinmycin maturation and derivatization

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Science China Chemistry 2025年第1期 308-316页

作者： Sili Wang Jiancheng Huang Yanan Du Wei Huang Yufeng Xue Xiaokun Xu Guannan Zhong Yuanyuan Shi Bin Hong xiaoying bian Wen Liu State Key Laboratory of Chemical Biology Shanghai Institute of Organic Chemistry University of Chinese Academy of SciencesChinese Academy of Sciences State Key Laboratory of Microbial Technology Shandong University National Health Commission (NHC) Key Laboratory of Biotechnology for Microbial Drugs Institute of Medicinal BiotechnologyChinese Academy of Medical Science & Peking Union Medical College

Cobalamin(Cbl)-dependent radical S-adenosyl-L-methionine(SAM) proteins constitute the largest collection of the radical SAM superfamily that has hundreds of thousands of individual members. Many of these proteins are involved in the biosynthesis of pharmaceutically important natural products to catalyze chemically demanding reactions. In the biosynthetic pathway of chuangxinmycin(CXM), a unique indole alkaloid antibiotic with potent anti-infective activity, functionalization of the characteristic thiopyrano[4,3,2-cd]indole scaffold by regio-and stereoselective C3-methylation is believed to rely on a Cbl-dependent radical process, which, however, remained to be reconstituted biochemically. We here report the dissection of this enzymatic process, which requires the incorporation of Cxm8, a Cbl-dependent radical SAM protein, with Cxm9, a DUF5825family protein that shares no homology to any proteins of known functions. Cxm8 and Cxm9 function together by forming an unexpected heterodimeric complex that selectively catalyzes C3-methylation of the tricyclic indole-S-hetero ring system in a successive manner, achieving CXM and a recently identified, C3-dimethylated congener. Detailed biochemical characterization,isotope labeling, structural simulation and bioinformatics analysis rationalized the catalysis of the Cxm8/Cxm9 complex and particularly the necessity of the DUF5825 protein for C3-methylase activity. This is the first example that a Cbl-dependent protein acts with a partner to exhibit radical SAM activity.

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Recombineering enables genome mining of novel siderophores in a non-model Burkholderiales strain

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Engineering Microbiology 2023年第3期3卷 30-36页

作者： Xingyan Wang Haibo Zhou Xiangmei Ren Hanna Chen Lin Zhong Xianping Bai xiaoying bian Helmholtz International Lab for Anti-Infectives State Key Laboratory of Microbial TechnologyShandong University-Helmholtz Institute of BiotechnologyShandong UniversityQingdao 266237China

Iron is essential for bacterial survival,and most bacteria capture iron by producing ***-riales bacteria produce various types of bioactive secondary metabolites,such as ornibactin and malleobactin *** this study,the genome analysis of Burkholderiales genomes showed a putative novel siderophore gene cluster crb,which is highly similar to the ornibactin and malleobactin gene clusters but does not have pvdF,a gene encoding a formyltransferase for N-δ-hydroxy-ornithine *** the bacteriophage recom-binase Redγ-Redδβ7029 mediated genome editing system in a non-model Burkholderiales strain Paraburkholderia caribensis CICC 10960 allowed the rapid identification of the products of crb gene cluster,caribactins A-F(1-6).Caribactins contain a special amino acid residue N-δ-hydroxy-N-δ-acetylornithine(haOrn),which differs from the counterpart N-δ-hydroxy-N-δ-formylornithine(hOrn)in ornibactin and malleobactin,owing to the absence of *** inactivation showed that the acetylation of hOrn is catalyzed by CrbK,whose homologs proba-bly not be involved in the biosynthesis of ornibactin and malleobactin,showing possible evolutionary clues of these siderophore biosynthetic pathways from different *** promote biofilm production and en-hance swarming and swimming abilities,suggesting that they may play crucial roles in biofilm *** study also revealed that recombineering has the capability to mine novel secondary metabolites from non-model Burkholderiales species.

关键词： Burkholderiales Recombineering Siderophore Genome mining Caribactins

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Development of environmentally friendly biological algicide and biochemical analysis of inhibitory effect of diatom Skeletonema costatum

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Chinese Chemical Letters 2022年第3期33卷 1358-1364页

作者： Jie Yang Qingzheng Zhu Jinlong Chai Feng Xu Yunfei Ding Qiang Zhu Zhaoxin Lu Kuan Shiong Khoo xiaoying bian Shujun Wang Pau Loke Show Jiangsu Key Laboratory of Marine Bioresources and Environment/Jiangsu Key Laboratory of Marine Biotechnology Jiangsu Ocean UniversityLianyungang 222005China Jiangsu Marine Resources Development Research Institute Lianyungang 222005China Co-Innovation Center of Jiangsu Marine Bio-industry Technology Jiangsu Ocean UniversityLianyungang 222005China Helmholtz Institute of Biotechnology State Key Laboratory of Microbial TechnologyShandong UniversityQingdao 266237China College of Food Science and Technology Nanjing Agricultural UniversityNanjing 210095China Department of Chemical and Environmental Engineering Faculty of Science and EngineeringUniversity of Nottingham MalaysiaJalan Broga43500 SemenyihMalaysia

Skeletonema costatum is a diatom widely distributed in red tide microalgae blooms and as one of the main algae causing harmful algal blooms,because of their rapid reproduction and production of toxic and harmful substances,often play a negative role in aquatic ecosystems,and human health and *** D is a nonribosomal cyclic antifungal lipopeptide in the iturins *** this study,Bacillomycin D was tested for its ability to inhibit the growth of *** EC_(50 24h) of Bacillomycin D on *** was 24.70μg/*** chlorophyll fluorescence parameters F_(v)/F_(m),F_(v)/F_(o),and yield of the diatoms decreased significantly with increasing concentrations of Bacillomycin *** of the mechanism showed that Bacillomycin D induced cell death by changing cell membrane permeability,promoting the release of cellular *** this study,transcriptomic analysis showed Bacillomycin D significantly inhibited the photosynthesis and metabolism of *** findings investigated the inhibitory effect of Bacillomycin D on the growth of *** and provided a theoretical foundation for the development of new environmentally friendly biological algicide.

关键词： Bacillomycin D Skeletonema costatum Transcriptome Growth inhibition Photosynthesis

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In vitro characterization of a nitro-forming oxygenase involved in 3-(trans-2’-aminocyclopropyl)alanine biosynthesis

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Engineering Microbiology 2022年第1期2卷 35-38页

作者： Linlin Pang Weijing Niu Yuwei Duan Liujie Huo Aiying Li Jiequn Wu Youming Zhang xiaoying bian Guannan Zhong Helmholtz International Lab for AntiInfectives Shandong University-Helmholtz Institute of BiotechnologyState Key Laboratory of Microbial TechnologyShandong UniversityQingdao 266237China Suzhou Institute of Shandong University Suzhou 215123China Collaborative Innovation Center of Yangtze River Delta Region Green Pharmaceuticals College of Pharmaceutical SciencesZhejiang University of TechnologyHangzhou 310014China

In vitro characterization experiments revealed the formations of 3-(trans-2’-aminocyclopropyl)alanine((3-Acp)Ala)and 3-(trans-2’-nitrocyclopropyl)alanine((3-Ncp)Ala)are originated via two homologous proteins,BelK and HrmI,which regioselectively catalyze the N𝜀-oxygenation of *** two enzymes belong to the emerg-ing heme-oxygenase-like diiron oxidase and oxygenase(HDO)superfamily and the catalytic center of BelK is validated by homology modeling and site-directed *** on the in vitro characterization,the biosyn-thetic pathways of(3-Acp)Ala and(3-Ncp)Ala are proposed.

关键词： Nitro-forming oxygenase HDO superfamily protein Belactosin A Hormaomycin Cyclopropyl ring

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连续流动分析-分光光度法在水体总磷检测的适用性分析

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黑龙江水利科技 2021年第4期49卷 45-47页

作者：卞晓颖法库县农业技术推广与行政执法中心辽宁法库110400

分析了连续流动分析-分光光度法在阜新地区水体中总磷检测的准确度和精密度,并对其检测质量控制措施进行了剖析。试验表明:连续流动分析-分光光度法可实现水体总磷的快速、连续检测,检测样品的精密度和准确度均可满足国家水质检测的标... 详细信息

分析了连续流动分析-分光光度法在阜新地区水体中总磷检测的准确度和精密度,并对其检测质量控制措施进行了剖析。试验表明:连续流动分析-分光光度法可实现水体总磷的快速、连续检测,检测样品的精密度和准确度均可满足国家水质检测的标准要求。

关键词：连续流动分析-分光光度法水体总磷检测质量控制措施阜新地区

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丹东地区电波雷达流速转换系数率定探讨

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黑龙江水利科技 2021年第5期49卷 112-114页

作者：卞晓颖法库县农业技术推广与行政执法中心辽宁法库110400

文章结合同步对比观测方式对阜新地区电波雷达流速系数进行率定。率定结果表明:在阜新地区,当流速低于2.5m/s时,电波流速仪的综合水面流速系数为085,可满足中、高水位应急测流精度要求。

关键词：电波雷达流速系数率定应急测流精度丹东地区

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Red/ET同源重组技术及其在微生物基因组挖掘中的应用进展

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微生物学报 2017年第11期57卷 1735-1746页

作者：郑文韬张友明卞小莹山东大学亥姆霍兹生物技术研究所微生物技术国家重点实验室山东大学生命科学学院山东青岛266237

Red/ET同源重组技术(Red/ET recombineering)是由来源于大肠杆菌λ噬菌体的蛋白对Redα/Redβ或来源于Rac原噬菌体的蛋白对Rec E/Rec T所介导的基于短同源臂(40–50 bp)的同源重组技术,能对宿主DNA序列进行快速、高效、精确的修饰和操... 详细信息

Red/ET同源重组技术(Red/ET recombineering)是由来源于大肠杆菌λ噬菌体的蛋白对Redα/Redβ或来源于Rac原噬菌体的蛋白对Rec E/Rec T所介导的基于短同源臂(40–50 bp)的同源重组技术,能对宿主DNA序列进行快速、高效、精确的修饰和操作。本文主要综述了2010年以来Red/ET同源重组技术在大肠杆菌及其他细菌中的研究进展,同时简要介绍了该技术在微生物基因组挖掘,尤其是在微生物基因簇的异源表达领域的应用进展。

关键词： Red/ET同源重组技术直接克隆遗传工程基因组挖掘次级代谢产物异源表达

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土壤拮抗放线菌的分离及其抗菌活性筛选

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植物保护 2008年第3期34卷 41-46页

作者：王群利师宝君卞小莹姬志勤西北农林科技大学农药研究所杨凌712100

以常见植物病原真菌和细菌为指示菌,从分离的422株放线菌中筛选出28株可代谢抗细菌活性物质的菌株,其中N331、N393菌株发酵液对供试12种真菌有显著的抑制作用。离体条件下,N331、N393菌株发酵液对供试真菌菌丝生长的抑制中浓度(EC50)均... 详细信息

以常见植物病原真菌和细菌为指示菌,从分离的422株放线菌中筛选出28株可代谢抗细菌活性物质的菌株,其中N331、N393菌株发酵液对供试12种真菌有显著的抑制作用。离体条件下,N331、N393菌株发酵液对供试真菌菌丝生长的抑制中浓度(EC50)均小于15 mL/L;对玉米弯孢病菌、棉花枯萎病菌、小麦根腐病菌、黄瓜霜霉病菌孢子萌发的EC50亦小于15 mL/L。盆栽试验结果表明,N331、N393菌株发酵原液对黄瓜霜霉病的保护效果分别为97.4%和85.6%,治疗效果分别为83.3%和59.3%。

关键词：放线菌抗菌活性筛选

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基于反转录子的微生物基因编辑技术研究进展

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微生物学通报 2024年第12期51卷 4854-4868页

作者：刘婷婷刘嘉琪刘洋卞小莹山东大学微生物技术国家重点实验室

反转录子(retron)主要是由非编码RNA和逆转录酶所组成的参与抗噬菌体防御系统的细菌遗传元件。基于retron能产生多拷贝单链DNA的特性，将其与同源重组蛋白或CRISPR/Cas蛋白相结合已经在细菌和酵母中实现高效精准的基因编辑，而不依赖于... 详细信息

反转录子(retron)主要是由非编码RNA和逆转录酶所组成的参与抗噬菌体防御系统的细菌遗传元件。基于retron能产生多拷贝单链DNA的特性，将其与同源重组蛋白或CRISPR/Cas蛋白相结合已经在细菌和酵母中实现高效精准的基因编辑，而不依赖于外源DNA的直接引入。Retron系统经过不同优化，可应用于突变子文库构建、分子记录仪、蛋白连续进化等多个方向。本文首先介绍了retron的结构与分子机制，重点总结了基于retron的基因编辑技术在细菌和真菌中的应用，并对其优势和限制因素进行分析。最后对基于retron的基因编辑技术的未来发展进行了展望。

关键词：反转录子逆转录元件微生物基因编辑重组工程 CRISPR/Cas

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A METHOD OF IDENTIFYING THE ABSORPTION LINE SYSTEMS IN HIGH REDSHIFT QSOs' SPECTRA

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Chinese Science Bulletin 1983年第12期28卷 1632-1638页

作者：崔振兴陈建生唐小英卞毓麟邹振隆 Beijing Observatory

Ⅰ. INTRODUCTION From the studies of the absorption lines in the spectra of the high redshift QSOs, the fact has been established that a very high percentage of the lines shortward of the Lα emission cannot be identi... 详细信息

关键词： searching umber satis uniformly answer FILT false 石弓 labeled 成口

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