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A deep learning-driven discovery of berberine derivatives as novel antibacterial against multidrug-resistant Helicobacter pylori

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Signal Transduction and Targeted Therapy 2024年第8期9卷 3449-3466页

作者： Xixi Guo xiaosa zhao Xi Lu Liping zhao Qingxuan Zeng Fenbei Chen Zhimeng Zhang Mengyi Xu Shijiao Feng Tianyun Fan Wei Wei Xin Zhang Jing Pang Xuefu You Danqing Song Yanxiang Wang Jiandong Jiang Institute of Medicinal Biotechnology Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College100050 BeijingChina School of Information Science and Technology Northeast Normal UniversityChangchun 130117China Department of Pharmacy Affiliated Hospital of Jining Medical UniversityJining Medical UniversityJining 272029 ShandongChina Institute of Health and Medicine Hefei Comprehensive National Science CenterHefei230601AnhuiChina

Helicobacter pylori(***)is currently recognized as the primary carcinogenic pathogen associated with gastric tumorigenesis,and its high prevalence and resistance make it difficult to tackle.A graph neural network-based deep learning model,employing different training sets of 13,638 molecules for pre-training and fine-tuning,was aided in predicting and exploring novel molecules against ***.A positively predicted novel berberine derivative 8 with 3,13-disubstituted alkene exhibited a potency against all tested drug-susceptible and resistant *** strains with minimum inhibitory concentrations(MICs)of 0.25-0.5μg/*** studies demonstrated an ideal gastric retention of 8,with the stomach concentration significantly higher than its MIC at 24 h post *** administration of 8 and omeprazole(OPZ)showed a comparable gastric bacterial reduction(2.2-log reduction)to the triple-therapy,namely OPZ+amoxicillin(AMX)+clarithromycin(CLA)without obvious disturbance on the intestinal flora.A combination of OPZ,AMX,CLA,and 8 could further decrease the bacteria load(2.8-log reduction).More importantly,the mono-therapy of 8 exhibited comparable eradication to both triple-therapy(OPZ+AMX+CLA)and quadrupletherapy(OPZ+AMX+CLA+bismuth citrate)*** and BamD,playing a major role in outer membrane protein(OMP)transport and assembling,were identified and verified as the direct targets of 8 by employing the chemoproteomics technique.n summary,by targeting the relatively conserved OMPs transport and assembling system,8 has the potential to be developed as a novel *** candidate,especially for the eradication of drug-resistant strains.

关键词： berberine stomach retention

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非线性水动力导数的数值计算与研究

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武汉理工大学学报（交通科学与工程版） 2017年第1期41卷 70-75,81页

作者：赵小仨徐海祥高性能船舶技术教育部重点实验室武汉430063 武汉理工大学交通学院武汉430063

针对船舶的非线性运动难以界定和非线性运动难以预报的问题,以供应船为研究对象,采用CFD商用软件FLUENT,结合动网格技术对大振幅平面运动机构试验进行数值模拟,通过对比不同工况的流场压力云图,分析得出供应船水动力达到非线性的振幅范... 详细信息

针对船舶的非线性运动难以界定和非线性运动难以预报的问题,以供应船为研究对象,采用CFD商用软件FLUENT,结合动网格技术对大振幅平面运动机构试验进行数值模拟,通过对比不同工况的流场压力云图,分析得出供应船水动力达到非线性的振幅范围.设计供应船非线性运动的试验方案,分别模拟不同频率时的大漂角斜航运动及大振幅的纯纵荡、纯横荡、纯首摇、组合运动,拟合得到接近零频率的非线性水动力导数.

关键词：非线性水动力大振幅PMM试验数值计算供应船

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融合改进SURF和Cell加速的幂函数加权图像拼接方法

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激光与光电子学进展 2020年第24期57卷 190-200页

作者：赵潇洒陈西江班亚张丹丹徐乐先武汉理工大学安全科学与应急管理学院湖北武汉430079 重庆市计量质量检测研究院重庆401120

针对图像拼接过程中传统算法存在特征点匹配正确率低和图像融合过程中出现重影、色差及拼接缝隙等问题,提出一种融合改进SURF(Speeded Up Robust Feature)和Cell加速的幂函数加权图像拼接方法。首先利用余弦相似度初步判断特征点的相似... 详细信息

针对图像拼接过程中传统算法存在特征点匹配正确率低和图像融合过程中出现重影、色差及拼接缝隙等问题,提出一种融合改进SURF(Speeded Up Robust Feature)和Cell加速的幂函数加权图像拼接方法。首先利用余弦相似度初步判断特征点的相似性,然后结合双向一致性算法和MSAC算法对粗匹配点进行精匹配,最后使用Cell加速的幂函数权重对图像进行融合,从而完成图像拼接。实验结果表明,相比于其他算法,所提算法的特征点匹配正确率高出约为11个百分点,均方误差缩小约为1.32%~1.48%,信息熵提升约为0.98%~1.70%,拼接总时间消耗减少约为2 s。所提算法在匹配正确率和融合效果上有较好的效果,且同时拥有较好的拼接图像质量,具有更好的普适性。

关键词：图像处理图像拼接余弦相似性 MSAC算法加权融合 Cell加速

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改进YCbCr和区域生长的多特征融合的火焰精准识别算法

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激光与光电子学进展 2020年第6期57卷 226-237页

作者：张丹丹章光陈西江班亚赵潇洒徐乐先武汉理工大学安全科学与应急管理学院湖北武汉430079 重庆市计量质量检测研究院重庆401120

提出一种融合RGB、YCbCr和区域生长的火焰前景提取算法。首先,在YCbCr算法的基础上,从反光和非反光区域考虑R通道和Y通道之间的关系,避免反光和非反光区域中过多噪声对初始分割的干扰;然后,计算连通区域质心权重,自动确定种子点,对完成... 详细信息

提出一种融合RGB、YCbCr和区域生长的火焰前景提取算法。首先,在YCbCr算法的基础上,从反光和非反光区域考虑R通道和Y通道之间的关系,避免反光和非反光区域中过多噪声对初始分割的干扰;然后,计算连通区域质心权重,自动确定种子点,对完成颜色分割的图像进行区域生长,达到精细分割的目的;最后,全面分析火焰的静态和动态特征,给出面积和周长变异系数及质心运动距离变化比等,进而将火焰与路灯、蜡烛等干扰源区分开。实验结果表明:所提方法克服了单个算法对火焰场景分析中出现的识别精度不高的缺点,同时能识别出反光和非反光区域并快速排除干扰物,减少误判。

关键词：图像处理 YCbCr颜色空间区域生长前景提取特征分析

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供应船纵向加速度导数的估算方法

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中国航海 2014年第4期37卷 88-91页

作者：赵小仨罗薇柯枭冰徐海祥武汉理工大学高性能船舶技术教育部重点实验室武汉430063 武汉理工大学交通学院武汉430063

由于作为海洋研究和开发的重要载体的供应船的控制技术决定着船舶能否按预定位置航行或停泊,因此,解决控制技术中的一个关键问题即确定船舶数学模型中的水动力导数很重要。采用CFD商用软件FLUENT,结合动网格技术,对系列供应船的纵荡运... 详细信息

由于作为海洋研究和开发的重要载体的供应船的控制技术决定着船舶能否按预定位置航行或停泊,因此,解决控制技术中的一个关键问题即确定船舶数学模型中的水动力导数很重要。采用CFD商用软件FLUENT,结合动网格技术,对系列供应船的纵荡运动进行数值模拟,得到系列船舶的纵向水动力,进而获得相应的纵向加速度导数,并分析数值计算结果的合理性。在此基础上,采用偏最小二乘的回归方法,得出供应船纵向加速度导数关于船型参数和呆木参数的估算公式。

关键词：水路运输供应船纵向加速度导数数值计算回归公式

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Understanding the local structure and thermophysical behavior of Mg-La liquid alloys via machine learning potential

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International Journal of Minerals,Metallurgy and Materials 2025年第2期32卷 439-449页

作者： Jia zhao Taixi Feng Guimin Lu National Engineering Research Center for Integrated Utilization of Salt Lake Resource East China University of Science and TechnologyShanghai 200237China Joint International Laboratory for Potassium and Lithium Strategic Resources East China University of Science and TechnologyShanghai 200237China

The local structure and thermophysical behavior of Mg-La liquid alloys were in-depth understood using deep potential molecular dynamic(DPMD) simulation driven via machine learning to promote the development of Mg-La alloys. The robustness of the trained deep potential(DP) model was thoroughly evaluated through several aspects, including root-mean-square errors(RMSEs), energy and force data, and structural information comparison results;the results indicate the carefully trained DP model is reliable. The component and temperature dependence of the local structure in the Mg-La liquid alloy was analyzed. The effect of Mg content in the system on the first coordination shell of the atomic pairs is the same as that of temperature. The pre-peak demonstrated in the structure factor indicates the presence of a medium-range ordered structure in the Mg-La liquid alloy, which is particularly pronounced in the 80at% Mg system and disappears at elevated temperatures. The density, self-diffusion coefficient, and shear viscosity for the Mg-La liquid alloy were predicted via DPMD simulation, the evolution patterns with Mg content and temperature were subsequently discussed, and a database was established accordingly. Finally, the mixing enthalpy and elemental activity of the Mg-La liquid alloy at 1200 K were reliably evaluated,which provides new guidance for related studies.

关键词： magnesium-lanthanum liquid alloys local structure macroscopic properties thermodynamic behavior deep potential mo-lecular dynamic simulation

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小型推板式波浪水槽的性能测试分析

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武汉理工大学学报（交通科学与工程版） 2017年第6期41卷 995-998页

作者：盘俊吴静萍姜曼松郑晓伟赵小仨武汉理工大学交通学院武汉430063 武汉理工大学绿色船舶与海工装备技术研究中心武汉430063

波浪水槽是研究波浪运动及其与结构物相互作用问题的试验设备,其造波的重复性、稳定性和沿程衰减程度会影响试验方案设计和所采用的试验结果分析方法.文中结合武汉理工大学交通学院流体力学试验室新改建的小型推板式波浪水槽,展开了水... 详细信息

波浪水槽是研究波浪运动及其与结构物相互作用问题的试验设备,其造波的重复性、稳定性和沿程衰减程度会影响试验方案设计和所采用的试验结果分析方法.文中结合武汉理工大学交通学院流体力学试验室新改建的小型推板式波浪水槽,展开了水槽造波性能测试分析,主要涉及规则波的波高和周期的重复性、稳定性,以及波高沿程衰减程度.结果表明,水槽造波的波高和波周期的重复性与稳定性误差,以及单位距离波高沿程衰减程度均较小.

关键词：波浪水槽推板式造波重复性稳定性

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个体及团体异构多方面评分行为建模

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数据与计算发展前沿 2020年第2期2卷 59-77页

作者：刘鲍鹏赵宵飒胡一睿傅衍杰中佛罗里达大学计算机系美国佛罗里达奥兰多328162 东北师范大学信息科学与技术学院中国吉林长春130024 盖辛格人口健康科学美国宾夕法尼亚丹维尔17822

【目的】除了提供总体评分,多方面评分系统还可以提供更详细的方面评分,因此它可以帮助消费者更好地理解商品和服务。通过对多方面评分系统评分模式的建模,我们可以更好地发现潜在的评分组以及定量地理解这些评分组的评分行为。另外,这... 详细信息

【目的】除了提供总体评分,多方面评分系统还可以提供更详细的方面评分,因此它可以帮助消费者更好地理解商品和服务。通过对多方面评分系统评分模式的建模,我们可以更好地发现潜在的评分组以及定量地理解这些评分组的评分行为。另外,这种建模也可以帮助服务提供者更好地改进他们的服务以吸引更多消费者。但是,由于多方面评分系统的复杂特性,对它的建模存在很多挑战。【方法】为了解决这些问题,本文提出了一种两步框架来从多方面评分系统中学习评分模式。详细地说,我们首先提出一种多分解关系学习方法(MFRL)来得到用户和商品的方面因素矩阵。在MFRL中,我们将矩阵分解,多任务学习和任务关系学习引入到同一个优化框架内。然后,我们将MFRL学习得来的用户和商品向量表征作为输入,通过高斯混合模型来构建组与组之间总体评分预测。【结果】我们在真实数据集上验证了提出的研究框架。大量实验结果表明我们提出的方法的有效性。【结论】用户异质性会潜在地影响用户的评分行为,因此在对个体及团体的评分行为进行建模时,要充分考虑到目标异质性带来的影响。

关键词：多方面评分推荐系统多任务学习关系学习用户行为

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基于CFD方法求取供应船位置水动力导数回归公式

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中国舰船研究 2014年第4期9卷 50-54页

作者：柯枭冰罗薇赵小仨徐海祥武汉理工大学高性能船舶技术教育部重点实验室湖北武汉430063 武汉理工大学交通学院湖北武汉430063

以动力定位船为研究对象,通过船型变换生成供应船的系列船型。基于CFD数值模拟约束模平面运动机构(PMM)试验中的斜拖试验,得到系列船型在不同漂角时所受的横向力和转艏力矩,经最小二乘法拟合求得各船型的位置水动力导数。在此基础上,通... 详细信息

以动力定位船为研究对象,通过船型变换生成供应船的系列船型。基于CFD数值模拟约束模平面运动机构(PMM)试验中的斜拖试验,得到系列船型在不同漂角时所受的横向力和转艏力矩,经最小二乘法拟合求得各船型的位置水动力导数。在此基础上,通过多元回归,得到位置水动力导数关于船型参数的回归公式,以为设计阶段动力定位船位置水动力导数的确定提供简便的方法。

关键词：供应船位置水动力导数数值模拟多元回归

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Unraveling the significance of cobalt on transformation kinetics,crystallography and impact toughness in high-strength steels

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International Journal of Minerals,Metallurgy and Materials 2025年第2期32卷 380-390页

作者： Yishuang Yu Jingxiao zhao Xuelin Wang Hui Guo Zhenjia Xie Chengjia Shang Collaborative Innovation Center of Steel Technology University of Science and Technology BeijingBeijing 100083China School of Materials Science and Engineering Shanghai Jiao Tong UniversityShanghai 200240China State Key Laboratory for Advanced Metals and Materials University of Science and Technology BeijingBeijing 100083China

This work reveals the significant effects of cobalt(Co)on the microstructure and impact toughness of as-quenched highstrength steels by experimental characterizations and thermo-kinetic *** results show that the Co-bearing steel exhibits finer blocks and a lower ductile-brittle transition temperature than the steel without ***,the Co-bearing steel reveals higher transformation rates at the intermediate stage with bainite volume fraction ranging from around 0.1 to *** improved impact toughness of the Co-bearing steel results from the higher dense block boundaries dominated by the V1/V2 variant ***,the addition of Co induces a larger transformation driving force and a lower bainite start temperature(BS),thereby contributing to the refinement of blocks and the increase of the V1/V2 variant *** findings would be instructive for the composition,microstructure design,and property optimization of high-strength steels.

关键词： high-strength steel cobalt transformation kinetics crystallography impact toughness

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