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Generic Interpretable Reaction Condition Predictions with Open Reaction Condition Datasets and Unsupervised Learning of Reaction Center

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Research 2024年第2期2023卷 773-794页

作者： xiaorui Wang Chang-Yu Hsieh Xiaodan Yin Jike Wang Yuquan Li Yafeng Deng Dejun Jiang Zhenxing Wu Hongyan Du Hongming Chen yun Li Huanxiang Liu Yuwei Wang Pei Luo Tingjun Hou Xiaojun Yao Dr.Neher's Biophysics Laboratory for lnnovative Drug Discovery State Key Laboratory of Quality Research in Chinese MedicineMacao Institute for Applied Research in Medicine and HealthMacao University of Science and TechnologyMacao999078China innovation Institute for Artificial Intelligence in Medicine of Zhejiang University College of Pharmaceutical SciencesZhejiang UniversityHangzhou310058China Faculty of Applied Sciences Macao Polytechnic UniversityMacao999078China College of Chemistry and Chemical Engineering Lanzhou UniversityLanzhou730000China Carbon Silicon AI Technology Co. LtdHangzhouZhejiang 310018China Center of Chemistry and Chemical Biology Guangzhou Regenerative Medicine and Health Guangdong LaboratoryGuangzhou 510530China College of Pharmacy Shaanxi University of Chinese MedicineXianyangShaanxi712044China

Effective synthesis planning powered by deep learning(DL)can significantly accelerate the discovery of new drugs and ***,most DL-assisted synthesis planning methods offer either none or very limited capability to recommend suitable reaction conditions(RCs)for their reaction ***,the prediction of RCs with a DL framework is hindered by several factors,including:(a)lack of a standardized dataset for benchmarking,(b)lack of a general prediction model with powerful representation,and(c)lack of *** address these issues,we first created 2 standardized RC datasets covering a broad range of reaction classes and then proposed a powerful and interpretable Transformer-based RC predictor named *** careful design of the model architecture,pretraining method,and training strategy,Parrot improved the overall top-3 prediction accuracy on catalysis,solvents,and other reagents by as much as 13.44%,compared to the best previous model on a newly curated ***,the mean absolute error of the predicted temperatures was reduced by about 4℃.Furthermore,Parrot manifests strong generalization capacity with superior cross-chemical-space prediction *** analysis indicates that Parrot effectively captures crucial chemical information and exhibits a high level of interpretability in the prediction of *** proposed model Parrot exemplifies how modern neural network architecture when appropriately pretrained can be versatile in making reliable,generalizable,and interpretable recommendation for RCs even when the underlying training dataset may still be limited in diversity.

关键词： versatile absolute generalization

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油气混输泵静叶内部流场分析及优化设计

流体机械 2019年第7期47卷 21-26页

作者：马希金刘晓睿张耘兰州理工大学能源与动力工程学院

针对某一典型的油气混输泵,以设计工况下泵的增压和效率提升为优化目标,设计了不同进口安放角的静叶,基于FLUENT软件,采用RNG k-ε模型、SIMPLEC算法对装配不同静叶的单级油气混输泵模型进行数值模拟,得出静叶区域内的压力分布,并分析... 详细信息

针对某一典型的油气混输泵,以设计工况下泵的增压和效率提升为优化目标,设计了不同进口安放角的静叶,基于FLUENT软件,采用RNG k-ε模型、SIMPLEC算法对装配不同静叶的单级油气混输泵模型进行数值模拟,得出静叶区域内的压力分布,并分析出不同含气率下不同进口安放角的静叶叶型和混输泵增压及效率之间的关系。结果表明:随着静叶进口安放角的增大,混输泵的增压能力和气液混合能力呈现出先增大后减小的趋势,叶片背面产生低速脱流区的起始点逐渐向进口方向移动;较小的进口安放角使得动静叶交界处流速和压力的不均匀性增加。研究结果对混输泵静叶设计及优化提供了理论参考依据。

关键词：油气混输泵静叶进口安放角气液混合

中国农业净碳汇再测算：现状特征、时空格局及其影响因素

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中国农业科学 2024年第22期57卷 4507-4521页

作者：田云王骁睿尹忞昊张蕙杰中南财经政法大学工商管理学院中南财经政法大学WTO与湖北发展研究中心中国农业科学院农业信息研究所

【目的】基于当前“双碳”战略目标，厘清农业净碳汇现状特征、时空格局及其影响因素，为加快推进农业增汇减排提供重要支撑。【方法】在科学重构指标体系的基础上，利用碳汇/碳排放因子法对中国农业净碳汇进行测算并分析其现状特征；... 详细信息

【目的】基于当前“双碳”战略目标，厘清农业净碳汇现状特征、时空格局及其影响因素，为加快推进农业增汇减排提供重要支撑。【方法】在科学重构指标体系的基础上，利用碳汇/碳排放因子法对中国农业净碳汇进行测算并分析其现状特征；而后运用空间自相关模型探讨其空间依赖性与空间异质性；最后利用最小二乘法剖析影响农业净碳汇强度变化的主要因素。【结果】2005—2022年中国农业净碳汇总量虽存在一定年际波动，但整体上升趋势明显，结合其演变特征可大致划分为“持续上升”“波动下降”“快速上升”与“缓慢上升”4个阶段；农业净碳汇强度同样处于上升态势仅演变轨迹略有区别，结合其增速差异可大致划分为“持续较快增长”“缓慢增长”“波动起伏”与“缓慢增长”4个阶段。2022年农业净碳汇量省际差异较大，且以内蒙古居首，上海最末，相比2005年所有省份均显著增加；2022年农业净碳汇强度以河南居首，青海最末，相比2005年所有省份均有不同程度提升。中国省域农业净碳汇强度整体表现出明显的空间依赖性，同时也存在局部空间聚类现象，超过7成省份呈现出明显的空间集聚特征，且位于高-高集聚和低-低集聚的省份数量正趋于接近。耕地利用结构、城镇化水平、农村居民收入水平和农业内部产业结构均对农业净碳汇强度产生显著影响。具体表现为粮食作物播种面积占比越高、或城镇化率越高、或农村居民收入水平越高、或种植业与畜牧业占比越大，农业净碳汇强度越高。【结论】中国农业净碳汇总量与强度均处于波动上升态势，且省际间差异明显；中国农业净碳汇强度表现出明显的空间依赖性与空间异质性；农业净碳汇强度受耕地利用结构、城镇化水平、农村居民收入水平和农业内部产业结构等因素的影响。应通过建立健全低碳农业发展政策支持体系、强化省际交流与合作、加大财政支农资金投入力度等措施推进增汇减排，促进农业净碳汇量的提升。

关键词：农业碳排放农业净碳汇时空格局影响因素中国

荞麦粉对高脂血症小鼠血脂和肝脏抗氧化功能的调节作用

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中国食品学报 2018年第2期18卷 63-70页

作者：綦文涛王世霞李笑蕊贠婷婷苗海江李爱科国家粮食局科学研究院北京100037 天津科技大学食品学院天津300222

目的:研究荞麦对高脂血症小鼠血脂和肝脏抗氧化的调节作用。方法:将雄性C57小鼠按体重随机分为基础对照组、高脂血症模型组和高脂血症条件下的10种荞麦处理组,每组10只。于实验第12周眼球采血,收集肝脏。测定血清总胆固醇(TC)、甘油三酯... 详细信息

目的:研究荞麦对高脂血症小鼠血脂和肝脏抗氧化的调节作用。方法:将雄性C57小鼠按体重随机分为基础对照组、高脂血症模型组和高脂血症条件下的10种荞麦处理组,每组10只。于实验第12周眼球采血,收集肝脏。测定血清总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)和低密度脂蛋白胆固醇(LDLC)含量;检测肝脏丙二醛(MDA)含量及总超氧化物歧化酶(SOD)和谷胱甘肽过氧化物酶(GPH-Px)的活力变化,并观察小鼠肝组织病理变化。结果:与高脂血症模型组比,添加荞麦的高脂血小鼠,体重增长率和肝脏指数均呈降低趋势;荞麦降低了高脂血小鼠血液的TC、TG、LDL-C浓度,而HDL-C浓度升高;荞麦改善了高脂血症小鼠肝脏的GSH-Px和SOD活性,并显著降低MDA浓度(P﹤0.05);与高脂血症模型组相比,荞麦处理小鼠的肝组织细胞排列整齐,轮廓及索状结构清晰,细胞内脂滴空泡相对少。苦荞麦调节血脂和抗氧化作用优于甜荞麦。结论:荞麦具有降低高脂膳食引起的血脂升高作用;提高肝脏的抗氧化能力;改善肝脏脂代谢,起到保护肝脏的作用。

关键词：荞麦粉高脂血症血脂调节抗氧化作用

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基于面部动作编码系统的表情生成对抗网络

计算机工程与应用 2020年第18期56卷 150-156页

作者：胡晓瑞林璟怡李东章云广东工业大学自动化学院广州510000

用含有面部表情信息的向量作为输入条件指导生成高真实性人脸图像是一个重要的研究课题,但常用的八类表情标签较为单一,为更好地反映人脸各处丰富的微表情信息,以面部各个肌肉群作为动作单元(AUs),提出一种基于面部动作编码系统(FACS)... 详细信息

用含有面部表情信息的向量作为输入条件指导生成高真实性人脸图像是一个重要的研究课题,但常用的八类表情标签较为单一,为更好地反映人脸各处丰富的微表情信息,以面部各个肌肉群作为动作单元(AUs),提出一种基于面部动作编码系统(FACS)的人脸表情生成对抗网络。将注意力机制融合到编码解码生成模块中,网络更加集中关注局部区域并针对性做出生成改变,使用了一种基于判别模块重构误差、分类误差和注意力平滑损失的目标函数。在常用BP4D人脸数据集上的实验结果表明,该方法可以更有效地关注各个动作单元对应区域位置并用单个AU标签控制表情生成,且连续AU标签值大小能控制表情幅度强弱,与其他方法相比,该方法所生成的表情图像细节保留更清晰且真实性更高。

关键词：人脸表情生成生成对抗网络面部动作编码系统

Double lock of a potent human therapeutic monoclonal antibody against SARS-CoV-2

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National Science Review 2021年第3期8卷 29-41页

作者： Ling Zhu Yong-Qiang Deng Rong-Rong Zhang Zhen Cui Chun-yun Sun Chang-Fa Fan xiaorui Xing Weijin Huang Qi Chen Na-Na Zhang Qing Ye Tian-Shu Cao Nan Wang Lei Wang Lei Cao Huiyu Wang Desheng Kong Juan Ma Chunxia Luo Yanjing Zhang Jianhui Nie Yao Sun Zhe Lv Neil Shaw Qianqian Li Xiao-Feng Li Junjie Hu Liangzhi Xie Zihe Rao Youchun Wang Xiangxi Wang Cheng-Feng Qin CAS Key Laboratory of Infection and Immunity National Laboratory of MacromoleculesInstitute of BiophysicsChinese Academy of Sciences State Key Laboratory of Pathogen and Biosecurity Beijing Institute of Microbiology and EpidemiologyAcademy of Military Medical Sciences Beijing Engineering Research Center of Protein and Antibody Sinocelltech Ltd. Division of Animal Model Research Institute for Laboratory Animal ResourcesNational Institutes for Food and Drug Control(NIFDC) School of Basic Medical Sciences Southwest Medical University Division of HIV/AIDS and Sex-Transmitted Virus Vaccines Institute for Biological Product Control NIFDC Beijing Key Laboratory of Monoclonal Antibody Research and Development Sino Biological Inc. Cell Culture Engineering Center Chinese Academy of Medical Sciences &Peking Union Medical College Guangzhou Regenerative Medicine and Health Guangdong Laboratory

Receptor recognition and subsequent membrane fusion are essential for the establishment of successful infection by *** these steps can cure *** we have identified and characterized a potent human monoclonal antibody,HB27,that blocks SARS-CoV-2 attachment to its cellular receptor at sub-nM ***,HB27 can also prevent SARS-CoV-2 membrane ***,a single dose of HB27 conferred effective protection against SARS-CoV-2 in two established mouse *** macaques showed no obvious adverse events when administrated with10 times the effective dose of ***-EM studies on complex of SARS-CoV-2 trimeric S with HB27 Fab reveal that three Fab fragments work synergistically to occlude SARS-CoV-2 from binding to the ACE2 *** of the antibody also restrains any further conformational changes of the receptor binding domain,possibly interfering with progression from the prefusion to the postfusion *** results suggest that HB27 is a promising candidate for immuno-therapies against COVID-19.

关键词： SARS-CoV-2 COVID-19 in vivo protection preclinical safety evaluation human neutralizing antibody immuno-therapy cryo-EM structure

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几种生物农药对秋甘蓝田节肢动物群落的影响

中国农学通报 2010年第11期26卷 313-316页

作者：马小蕊缪勇王云邵正飞安徽农业大学植物保护学院合肥230036

为研究奥绿一号,阿维菌素,Bt3种生物农药对秋甘蓝田节肢动物的影响,在大田中连片调查,对每一株甘蓝分成心叶,内叶正面,内叶反面,外叶正面,外叶反面5个部分进行调查。对数据采用多样性,集中度,优势度等公式进行分析。结果表明,3种供试生... 详细信息

为研究奥绿一号,阿维菌素,Bt3种生物农药对秋甘蓝田节肢动物的影响,在大田中连片调查,对每一株甘蓝分成心叶,内叶正面,内叶反面,外叶正面,外叶反面5个部分进行调查。对数据采用多样性,集中度,优势度等公式进行分析。结果表明,3种供试生物农药对秋甘蓝主要害虫斜纹夜蛾均有明显的控制效果。3种供试生物农药对秋甘蓝田节肢动物群落的物种丰富度均有一定的短期影响。阿维菌素和Bt对群落多样性有一定影响。奥绿一号可明显提高群落的均匀度,对群落多样性无明显影响,是3种供试生物农药中防治秋甘蓝害虫最优的药剂品种。

关键词：秋甘蓝节肢动物群落生物农药

杜鹃素对结扎性牙周炎模型大鼠牙周组织损伤及mTOR/STAT3信号通路的影响

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中国药学杂志 2023年第24期58卷 2252-2258页

作者：唐小雪李启期高芸冒蕾缑小蕊金珊石河子大学第一附属医院口腔科新疆石河子832008 石河子大学第一附属医院病理科新疆石河子832008

目的探讨杜鹃素对牙颈部结扎诱导的牙周炎大鼠牙周组织损伤的保护作用。方法将30只大鼠分为对照组、模型组、杜鹃素(45 mg·kg^(-1)·d^(-1))组、多西环素(20 mg·kg^(-1)·d^(-1))组、杜鹃素+哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target ... 详细信息

目的探讨杜鹃素对牙颈部结扎诱导的牙周炎大鼠牙周组织损伤的保护作用。方法将30只大鼠分为对照组、模型组、杜鹃素(45 mg·kg^(-1)·d^(-1))组、多西环素(20 mg·kg^(-1)·d^(-1))组、杜鹃素+哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)激动剂MHY1485(10 mg·kg^(-1)·d^(-1))组,牙颈部结扎法诱导牙周炎模型。通过微型计算机断层扫描(Micro-CT)分析牙槽骨丢失;酶联免疫吸附试验(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)法检测血清白细胞介素(interleukin,IL)-1β、IL-6和肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factorα,TNF-α)水平;苏木精-伊红(hematoxylin-eosin,HE)染色观察牙周组织病理学变化;抗酒石酸酸性磷酸酶(tartrate-resistant acid phosphatase,TRAP)染色检测破骨细胞形成情况;Western blot检测牙周组织中mTOR、信号转导和转录激活因子3(signal transducers and activators of transcription 3,STAT3)及其磷酸化蛋白水平。结果与对照组相比,模型组骨体积分数降低,釉牙骨质界(cemento-enamel junction,CEJ)-牙槽骨嵴(alveolar bone crest,ABC)距离、血清IL-1β、IL-6、TNF-α水平、组织病理学评分和破骨细胞形成数量以及p-mTOR/mTOR、p-STAT3/STAT3比值升高(均P<0.05)。与模型组比较,杜鹃素组和多西环素组骨体积分数升高,CEJ-ABC距离、IL-1β、IL-6、TNF-α水平、组织病理学评分和破骨细胞形成数量以及p-mTOR/mTOR、p-STAT3/STAT3比值降低(均P<0.05)。MHY1485可减弱杜鹃素对牙周炎大鼠牙槽骨吸收和炎症反应的抑制作用。结论杜鹃素可能通过抑制mTOR/STAT3信号通路抑制牙周炎症和破骨细胞生成,减轻牙周炎大鼠牙槽骨吸收。

关键词：牙周炎杜鹃素哺乳动物雷帕霉素靶蛋白信号转导转录激活因子3 牙槽骨吸收

ApoE4转基因小鼠在阿尔茨海默病研究中的应用进展

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中国实验动物学报 2022年第8期30卷 1128-1140页

作者：贺云赵宏伟齐冬梅程肖蕊刘西建山东中医药大学中医学院济南250355 山东中医药大学中医药创新研究院济南250355

载脂蛋白E(apolipoprotein E,ApoE)在脑中参与胆固醇和脂质代谢,将胆固醇输送到神经元,并清除脂质碎片以促进髓鞘修复。ApoE4是ApoE三种亚型之一,为散发型阿尔茨海默病(sporadic Alzheimer’s disease,SAD)最主要的遗传危险因素。其发... 详细信息

载脂蛋白E(apolipoprotein E,ApoE)在脑中参与胆固醇和脂质代谢,将胆固醇输送到神经元,并清除脂质碎片以促进髓鞘修复。ApoE4是ApoE三种亚型之一,为散发型阿尔茨海默病(sporadic Alzheimer’s disease,SAD)最主要的遗传危险因素。其发病机制可能涉及增加脑内β-淀粉样蛋白(β-amyloid,Aβ)沉积并减少其清除率、Tau蛋白过度磷酸化、脂质代谢异常和血脑屏障损伤。ApoE4转基因小鼠最早在2~4月龄出现Aβ相关病理表型,4月龄时海马总Tau蛋白和磷酸化Tau蛋白含量增加,且发生神经元丢失、树突损坏及突触减少,9月龄空间学习记忆能力下降。ApoE4转基因小鼠广泛用于AD防治药物的研究,如胆碱酯酶抑制剂利斯的明、谷氨酰胺酶拮抗剂JHU-083、GABA能神经元受体增强剂戊巴比妥、改善脑血管功能障碍的表皮生长因子、二十二碳六烯酸、菊粉和姜黄素等。本综述可为ApoE4转基因小鼠在AD研究中的应用提供参考与借鉴作用。

关键词：阿尔茨海默病载脂蛋白E ApoE4转基因小鼠学习记忆脂质代谢