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Drug repurposing screen identifies vidofludimus calcium and pyrazofurin as novel chemical entities for the development of hepatitis E interventions

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Virologica Sinica 2024年第1期39卷 123-133页

作者： Hongbo Guo Dan Liu Kuan Liu Yao Hou Chunyang Li Qiudi Li xiaohui ding Monique M.A.Verstegen Jikai Zhang Lingli Wang Yibo ding Renxian Tang Xiucheng Pan Kuiyang Zheng Luc J.Wvan der Laan Qiuwei Pan Wenshi Wang Department of Pathogen Biology and Immunology Jiangsu Key Laboratory of Immunity and MetabolismJiangsu International Laboratory of Immunity and MetabolismXuzhou Medical UniversityXuzhou221004China Department of Gastroenterology and Hepatology Erasmus MC-University Medical CenterRotterdamNL-3015 CNthe Netherlands Department of Surgery Erasmus MC Transplant InstituteUniversity Medical CenterRotterdam3015CENL-3015 CNthe Netherlands Department of Infectious Diseases The Affiliated Hospital of Xuzhou Medical UniversityXuzhou221002China

Hepatitis E virus(HEV)infection can cause severe complications and high mortality,particularly in pregnant women,organ transplant recipients,individuals with pre-existing liver disease and immunosuppressed ***,there are still unmet needs for treating chronic HEV ***,we screened a best-in-class drug repurposing library consisting of 262 drugs/*** screening,we identified vidofludimus calcium and pyrazofurin as novel anti-HEV *** calcium is the next-generation dihydroorotate dehydrogenase(DHODH)inhibitor in the phase 3 pipeline to treat autoimmune diseases or SARS-CoV-2 *** selectively targets uridine monophosphate synthetase(UMPS).Their anti-HEV effects were further investigated in a range of cell culture models and human liver organoids models with wild type HEV strains and ribavirin treatment failure-associated HEV ***,both drugs exhibited a sizeable therapeutic window against *** instance,the IC50 value of vidofludimus calcium is 4.6–7.6-fold lower than the current therapeutic doses in ***,their anti-HEV mode of action depends on the blockage of pyrimidine ***,two drugs robustly inhibited ribavirin treatment failure-associated HEV mutants(Y1320H,G1634R).Their combination with IFN-αresulted in synergistic antiviral *** conclusion,we identified vidofludimus calcium and pyrazofurin as potent candidates for the treatment of HEV *** on their antiviral potency,and also the favorable safety profile identified in clinical studies,our study supports the initiation of clinical studies to repurpose these drugs for treating chronic hepatitis E.

关键词： Hepatitis Evirus(HEV) Drug repurposing Vidofludimus calcium Pyrazofurin Pyrimidine biosynthesis

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基于小波包分解与GA优化BP神经网络的瞬变电磁反演

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吉林大学学报（地球科学版） 2024年第3期54卷 1003-1015页

作者：李瑞友白细民张勇汪靖朱亮丁小辉李广江西财经大学软件与物联网工程学院南昌330013 江西省勘察设计研究院有限公司南昌330095 国网江西省电力有限公司供电服务管理中心南昌330000 东华理工大学地球物理与测控技术学院南昌330013

瞬变电磁反演是高维非凸的复杂非线性反演问题。利用传统的BP(back propagation)神经网络可以有效缓解瞬变电磁反演的过拟合现象,但是BP算法收敛速度慢、易陷入局部最优。为了解决这些问题,提出了一种基于小波包分解(wavelet packet den... 详细信息

瞬变电磁反演是高维非凸的复杂非线性反演问题。利用传统的BP(back propagation)神经网络可以有效缓解瞬变电磁反演的过拟合现象,但是BP算法收敛速度慢、易陷入局部最优。为了解决这些问题,提出了一种基于小波包分解(wavelet packet denoising,WPD)和遗传算法(genetic algorithm,GA)优化BP神经网络的方法(WPD-GA-BP),并应用于瞬变电磁反演中。首先,采用基于硬阈值和Daubechies系列中Db13的WPD方法降低观测磁场数据中的噪声成分,同时提出一种剔除冗余特征的样本采集策略。然后,引入具有全局性的GA优化BP神经网络初始权重,提升BP算法的学习能力和求解精度。最后,基于中心回线源一维瞬变电磁正演理论,构建层状地电模型,经WPD预处理后进行反演,并比较GA-BP与传统Occam、单一BP、PSO-BP(particle swarm optimization-BP)、DE-BP(differential evolution-BP)等算法的反演结果。理论模型与实测数据反演结果表明:在瞬变电磁层状地电模型反演中,WPD-GA-BP比其他算法具有更高的精度以及更强的稳定性和正演数据拟合能力,可有效应用于电磁探测反演解释中。

关键词：瞬变电磁法小波包分解 BP神经网络遗传算法反演

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基于DT‒SVM优化算法的人体姿态特征提取与识别研究

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太原师范学院学报（自然科学版） 2024年第1期23卷 39-44,52页

作者：丁晓慧周磊淮北理工学院电子与信息工程学院安徽淮北235000

为确定人体运动行为在空间环境中的表现情况,实现对姿态特征的准确定义,针对基于DT‒SVM优化算法的人体姿态特征提取与识别方法展开研究.利用DT‒SVM优化算法,推荐必要的姿态特征节点,确定人体运动行为所处空间平面.实施对姿态特征的梯度... 详细信息

为确定人体运动行为在空间环境中的表现情况,实现对姿态特征的准确定义,针对基于DT‒SVM优化算法的人体姿态特征提取与识别方法展开研究.利用DT‒SVM优化算法,推荐必要的姿态特征节点,确定人体运动行为所处空间平面.实施对姿态特征的梯度化处理,根据获取到的轮廓节点,计算夹角向量的具体数值,从而求解姿态特征提取与识别的数学表达式,完成基于DT‒SVM优化算法的人体姿态特征提取与识别方法的设计.实验结果表明,上述方法的应用,可同时在X轴、Y轴、Z轴三个方向上,控制人体运动行为,使其偏向角数值均不超过12°,符合精准定义人体姿态特征的实际应用需求.

关键词： DT‒SVM优化算法人体姿态特征提取特征识别梯度化处理轮廓节点夹角向量运动行为

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牧户草场载畜率特征及其影响因素研究

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中国草地学报 2024年第9期46卷 105-117页

作者：丁晓辉武丽雯严振杰李平张湘宜青岛农业大学草业学院中国农业科学院草原研究所国家林业和草原局产业发展规划院

基于内蒙古自治区4个旗216户牧户的调研数据，分析不同类型草场载畜率的变化趋势及其超载过牧状况，并利用多元线性回归模型分析牧户草场载畜率的影响因素。结果表明：4个旗均有不同程度的超载过牧；核减饲草料购买效用后的草场载畜率... 详细信息

基于内蒙古自治区4个旗216户牧户的调研数据，分析不同类型草场载畜率的变化趋势及其超载过牧状况，并利用多元线性回归模型分析牧户草场载畜率的影响因素。结果表明：4个旗均有不同程度的超载过牧；核减饲草料购买效用后的草场载畜率均有不同程度的下降；随着草场面积增大，牧户草场载畜率显著降低；草原补奖收入、户主年龄、牧业收入占比、家庭支出、单位家畜饲草料支出、能否获得贷款、参加合作社情况和草场经营面积对草场载畜率有显著影响；中小牧户是草原补奖政策失灵和超载过牧的主要群体。基于回归分析结果，提出了降低草场超载率的措施和建议。

关键词：牧户载畜率饲草料购买效用影响因素草原补奖政策

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盾构区压均衡分配与力矩参数边界分析

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隧道建设（中英文） 2024年第S01期44卷 247-256页

作者：宋伟浩张红升何彦行徐胜丁晓辉中交疏浚技术装备国家工程研究中心有限公司上海200082 中交集团疏浚实验室上海200082 中交天和机械设备制造有限公司江苏常熟215500

盾构姿态控制过程中通过尽量减小各区压大小差异,可降低管片受剪开裂和纵向错台风险。为实现目标区压均衡分配,构建均衡分配几何模型,推导区压均衡约束条件,结合目标总推力和目标力矩条件,推导可实现任意多个区压均衡分配的计算公式。... 详细信息

盾构姿态控制过程中通过尽量减小各区压大小差异,可降低管片受剪开裂和纵向错台风险。为实现目标区压均衡分配,构建均衡分配几何模型,推导区压均衡约束条件,结合目标总推力和目标力矩条件,推导可实现任意多个区压均衡分配的计算公式。对比验证结果表明:1)相对于传统伪逆法和人工分配方法,所提出的均衡法有效提升了区压的均衡性,明显降低了相邻分区压差。2)基于区压均衡原则,提出不同总推力对应的力矩/力心极限边界解算方法,并描述了对应规律,即随着总推力由0 k N增长至分界值,同一方位的极限力矩由0 k N·m线性增至最大值,而极限力心半径为定值;当总推力继续增至最大总推力,极限力矩从最大值线性衰减至0 k N·m,极限力心也从最大值非线性衰减至0 m。3)基于所述极限边界,可避免力矩/力心设定超界引发的控制风险。

关键词：盾构分区油压均衡分配力矩极值力心边界

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Assessing Adaptability of Planted Trees Using Leaf Traits: A Case Study with Robinia pseudoacacia L. in the Loess Plateau, China

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Chinese Geographical Science 2011年第3期21卷 290-303页

作者： JIN Tiantian LIU Guohua FU Bojie ding xiaohui YANG Lei State Key Laboratory of Urban and Regional Ecology Research Center for Eco-Environmental Sciences Chinese Academy of Sciences Beijing 100085 China Graduate University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100049 China

Leaf trait patterns and their variations with climate are interpreted as an adaptive adjustment to *** study assessed the adaptability of planted black locust (Robinia pseudoacacia L.) based on the analysis of leaf traits and the comparison of its leaf traits with inter-specific ones existing in the same *** measured some water and N use related leaf traits: leaf dry mass per unit area (LMA) and N,P and K concentrations based on both leaf area (Narea,Parea and Karea) and leaf mass (Nmass,Pmass and Kmass) of *** at 31 sites along a water stress gradient in North Shaanxi Province,*** results show that leaves of *** have high Nmass and low LMA in the study *** Nmass and low LMA are usually representative of luxurious resource use,and will advance plant resource competitiveness in high-resource *** a whole,LMA-nutrient relationships of *** display patterns that are fairly similar to the inter-specific relationships in both direction and *** tendency for LMA and Narea to increase with decreasing water availability and the positive correlation between LMA and Narea reflect the trend for *** to enhance water use efficiency (WUE) at the expense of down-regulated photosynthetic N use efficiency (PNUE) and high construction cost in dry ***,the positive relationship between LMA and Narea in high mean annual precipitation (MAP) area is either unremarkable or reversed with decreasing water *** implies a lower photosynthetic capacity and a higher construction cost for high-LMA *** inter-specific relationship between LMA and Narea is positive and does not change with water *** difference between inter-species and intra-species may be due to more diversified anatomies and more specialised structures for inter-species than *** failure of *** adaption to dry conditions reflected by LMA-Narea relationship may be partial

关键词： water stress planted tree leaf trait Robinia pseudoacacia L. tradeoff Loess Plateau

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水利遥感数据规模化加工处理平台框架研究

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中国水利水电科学研究院学报（中英文） 2024年第2期22卷 219-228页

作者：江威庞治国吕娟丁小辉张朋杰何国金张伟中国水利水电科学研究院北京100038 水利部防洪抗旱减灾工程技术研究中心(水旱灾害防御中心) 北京100038 江西财经大学软件与物联网工程学院南昌330013 中国科学院空天信息创新研究院北京100094 北京天目创新科技有限公司北京100096

以卫星遥感为代表的地表信息空天获取手段是支撑新时期智慧水利建设的重要途径。当前,遥感数据获取能力与处理服务能力之间出现了失衡,大量的对地观测卫星遥感数据被获取,而能够支撑水利业务的遥感数据产品即时服务能力和动态更新频次... 详细信息

以卫星遥感为代表的地表信息空天获取手段是支撑新时期智慧水利建设的重要途径。当前,遥感数据获取能力与处理服务能力之间出现了失衡,大量的对地观测卫星遥感数据被获取,而能够支撑水利业务的遥感数据产品即时服务能力和动态更新频次仍然存在瓶颈,“卫星数据量大、处理流程复杂、产品服务不足”的现状长期存在,制约着水利行业遥感应用的质量和效率。本文通过调研当前国内外遥感大数据加工处理进展,分析了面向智慧水利建设的水利遥感数据处理平台需求,设计了一种水利遥感数据规模化加工处理平台的框架,用于海量卫星遥感数据产品全链路自动化处理,以提升水利遥感数据产品处理质量和服务效率。该平台可以实现超过30种多源高分遥感数据全流程处理,通过动态分配GPU和CPU计算缓存,实现卫星遥感数据正射校正、融合、镶嵌、质检以及水利遥感专题信息提取等流程规模化、并行化和自动化处理,生产满足数字孪生流域建设的卫星遥感专题产品,支撑新时期智慧水利建设的遥感深度应用。

关键词：水利遥感规模化处理遥感大数据遥感专题产品智慧水利

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表观扩散系数直方图对评估前列腺癌包膜外侵犯的附加价值

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中国医学影像学杂志 2024年第9期32卷 938-944页

作者：徐鸿昊刘百川丁效蕙张晓晶王海屹叶慧义解放军医学院解放军总医院第一医学中心放射诊断科解放军总医院第一医学中心病理科

目的探讨磁共振表观扩散系数（ADC）直方图对评估前列腺癌包膜外侵犯（EPE）的附加价值。资料与方法回顾性连续纳入2021年1月—2022年12月于解放军总医院第一医学中心行根治性前列腺切除术，并于术前行标准多参数MRI扫描的100例前列... 详细信息

目的探讨磁共振表观扩散系数（ADC）直方图对评估前列腺癌包膜外侵犯（EPE）的附加价值。资料与方法回顾性连续纳入2021年1月—2022年12月于解放军总医院第一医学中心行根治性前列腺切除术，并于术前行标准多参数MRI扫描的100例前列腺癌患者，由2名放射科医师使用EPE分级系统独立评估图像，协商后确定评分。应用FireVoxel软件在ADC图上勾画全瘤体，进行直方图分析得到ADC平均值、第1、5、10、25、50、75、90、95和99百分位数ADC值（99th ADC）。比较组间差异，应用多因素Logistic回归筛选评估EPE的独立危险因素，并构建联合模型。采用受试者工作特征曲线评估效能，并比较曲线下面积。结果术后病理证实34例（34%）前列腺癌EPE阳性。ADC直方图分析显示EPE阳性与EPE阴性组间各参数差异有统计学意义（P<0.05）。多因素Logistic回归分析显示，99th ADC(OR=0.609,P=0.008)和EPE分级系统（OR=4.158,P<0.001）是评估EPE的独立危险因素。99th ADC、EPE分级系统及联合模型评估EPE的曲线下面积分别为0.756、0.805和0.856,99th ADC和EPE分级系统评估EPE的效能差异无统计学意义，联合模型的评估效能显著优于两者单独应用（Z=2.223、2.208，均P<0.05）。结论 ADC直方图对术前评估EPE具有一定附加价值，99th ADC联合EPE分级系统能有效评估EPE。

关键词：前列腺肿瘤磁共振成像扩散加权成像表观扩散系数包膜外侵犯病理学,外科横断面研究

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Engineering CRISPR/Cas-based nanosystems for therapeutics, diagnosis and bioimaging

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Chinese Chemical Letters 2023年第10期34卷 67-75页

作者： Nachuan Song Shuai Li Zhaoyue Lv xiaohui ding Feng Li Dayong Yang Frontiers Science Center for Synthetic Biology Key Laboratory of Systems Bioengineering(MOE)Institute of Biomolecular and Biomedical EngineeringSchool of Chemical Engineering and TechnologyTianjin UniversityTianjin 300350China Zhejiang Institute of Tianjin University Ningbo 315201China

CRISPR/Cas system has been utilized to rationally manipulate intracellular genes,and it has been engineered as versatile and efficient gene editing tools with precise site-specificity and excellent targeting ability for therapeutics,diagnostics,and ***,the evolution and application of CRISPR/Cas systems were sketched *** works were exemplified to illustrate the design principles of CRISPR/Cas ***,the delivery vectors of CRISPR/Cas system especially DNA nanomaterials-based vectors were categorized and *** nanomaterials are suitable for CRISPR/Cas system delivery via base pairing due to its sequence programmability and *** the applications of CRISPR/Cas in diagnosis and genomic imaging were *** the end of the review,the challenges and opportunities of CRISPR/Cas systems were deeply *** envision that the grant advances on CRISPR/Cas systems will promote the development of interdisciplinary fields in chemistry,biology and medicine.

关键词： CRISPR/Cas DNA nanotechnology DNA nanomaterials Cancer therapy Diagnosis Bioimaging

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外泌体源性miRNA-21-5p/Smad7在石英粉尘致大鼠肺纤维化中的作用

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环境与职业医学 2024年第8期41卷 861-866页

作者：卢炀丁晓慧王甜甜徐萌彤郝嘉瑞李文静宋静山西医科大学公共卫生学院山西医科大学煤炭环境致病与防治教育部重点实验室山西医科大学国家卫健委尘肺病重点实验室

[背景]石英粉尘在肺部无法降解，职业生产过程中吸入大量石英粉尘会导致肺纤维化的发生，进而发展为矽肺病。近年来，研究发现外泌体可能通过携带微小核糖核酸（miRNA）参与纤维化疾病的发病过程，但其在矽肺进程中的作用机制仍然有待... 详细信息

[背景]石英粉尘在肺部无法降解，职业生产过程中吸入大量石英粉尘会导致肺纤维化的发生，进而发展为矽肺病。近年来，研究发现外泌体可能通过携带微小核糖核酸（miRNA）参与纤维化疾病的发病过程，但其在矽肺进程中的作用机制仍然有待研究。[目的]研究外泌体源miRNA-21-5p/抗生物皮肤生长因子母体同源蛋白7（Smad7）在石英粉尘致大鼠肺纤维化的中作用。[方法] 24只健康雄性SD大鼠被随机分为4组（每组6只）：对照4周组、对照16周组和石英4周组、石英16周组。在实验开始时，采用一次性非暴露式气管内染尘的方式分别向石英组和对照组大鼠气管内注入1 mL石英悬液(50 mg·mL-1)和1 mL生理盐水。染尘后第4周、16周行肺泡灌洗术获取肺泡灌洗液，采用聚乙二醇（PEG）沉淀法提取灌洗液内的外泌体，透射电子显微镜（TEM）进行形态学的鉴定，纳米追踪分析（NTA）检测外泌体的粒径，免疫印迹法（WB）检测外泌体的标志蛋白CD9和CD63。采用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）法测定外泌体内miRNA-21-5p的表达水平；采用苏木精-伊红染色法（HE）染色及马松染色法（Masson）观察大鼠肺组织损伤及纤维化病变程度；采用羟脯氨酸（HYP）法检测肺组织胶原含量；采用WB检测肺组织Smad7蛋白的表达。[结果]病理染色结果显示，与对照组相比，染尘4周后大鼠肺组织炎细胞浸润，肺泡壁增厚，胶原蛋白增多，染尘16周后出现胶原蛋白沉积和矽结节；与对照组相比，染尘4周、16周时石英组大鼠肺组织中HYP的表达水平均增高（P <0.05）；透射电镜下可见外泌体呈经典的茶托样结构，NTA分析显示其平均粒径为95.8 nm,WB检测到外泌体标志蛋白CD9、CD81表达阳性；染尘4周、16周时，与对照组相比，石英组大鼠肺泡灌洗液内外泌体源性miRNA-21-5p表达均增高（P <0.05），肺组织Smad7蛋白表达量均降低（P <0.05）。[结论]外泌体源性miRNA-21-5p和Smad7可能参与了石英粉尘致大鼠肺纤维化的作用机制。

关键词：石英粉尘外泌体 miRNA-21-5p Smad7 肺纤维化

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