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基于深度学习和蛋白质语言模型的抗菌肽预测模型研究

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轻工学报 2024年第2期39卷 12-18页

作者：王晓吴洲王宏伟王榕陈浩然郑州轻工业大学计算机科学与技术学院河南郑州450001 河南省食品安全数据智能重点实验室河南郑州450001 郑州轻工业大学食品与生物工程学院河南郑州450001 郑州轻工业大学电子信息学院河南郑州450001

针对目前已有抗菌肽(Antimicrobial Peptides,AMPs)预测模型的准确度(ACC)仍有待提高的问题,提出一种新的基于深度学习和蛋白质语言模型的抗菌肽预测模型DeepGlap,该模型分别采用两个蛋白质语言模型对抗菌肽序列进行特征提取,将提取的... 详细信息

针对目前已有抗菌肽(Antimicrobial Peptides,AMPs)预测模型的准确度(ACC)仍有待提高的问题,提出一种新的基于深度学习和蛋白质语言模型的抗菌肽预测模型DeepGlap,该模型分别采用两个蛋白质语言模型对抗菌肽序列进行特征提取,将提取的特征向量融合后输入由多层双向长短记忆网络(mBi-LSTM)、一维卷积神经网络(1D-CNN)和注意力机制组成的深度学习网络中,并进行性能评估与优化。结果表明:该模型的ACC、皮尔逊相关系数(MCC)和曲线下的面积(AUC)分别为0.739、0.489和0.81,优于已有抗菌肽预测模型的预测效果。

关键词：抗菌肽预测模型食源性病原体蛋白质语言模型深度学习网络

Interpolation theory of anisotropic finite elements and applications

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Science China Mathematics 2008年第8期51卷 1361-1375页

作者： chen ShaoChun xiao LiuChao Department of Mathematics Zhengzhou UniversityZhengzhou 450052China

Interpolation theory is the foundation of finite element *** this paper,after reviewing some existed interpolation theorems of anisotropic finite element methods,we present a new way to analyse the interpolation error... 详细信息

关键词： interpolation theory anisotropic finite elements Newton’s formula divided difference 65N30

Side Chain Engineering of Sulfonated Poly(arylene ether)s for Proton Exchange Membranes

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Chinese Journal of Polymer Science 2020年第6期38卷 644-652页

作者： xiang Zhang Zhi-Wen Li xia-Lin chen Dong-Yang chen Yu-Ying Zheng College of Materials Science and Engineering Fuzhou UniversityFuzhou 3501116China PowerChina Railway Construction Co. LtdBeijing 100037China

Proton conductivity of proton exchange membranes(PEMs)strongly relies on microscopic morphology,which can be modulated by engineering the distribution of ionic ***,poly(arylene ether)s with densely distributed allyl functionalities are polymerized from a tetra-allyl bisphenol A *** subsequent thiol-ene addition with sodium 3-mercapto-1-propanesulfonate yields comb-shaped sulfonated fluorinated poly(arylene ether)s(SFPAEs)with ion exchange capacities(lECs)ranging from 1.29 mmol·g^-1 to 1.78 mmol g^-*** SFPAEs exhibit superior proton conductivity over the whole temperature range,which is attributed to the enhanced hydrophilic/hydrophobic phase separation as evidenced by small angle X-ray scattering *** SFPAE-4-40 with an IEC of 1.78 mmol·g^-1 shows the largest proton conductivity of 93 mS-crrr1 at room temperature under fully hydrated condition,higher than that of Nafion ***,the vanadium redox flow battery(VRFB)assembled with SFPAE-4-40 separator exhibits higher energy efficiency than the VRFB assembled with Nafion 212.

关键词： Proton exchange membrane Thiol-ene addition Side-chain engineering Phase separation Vanadium redox flow battery

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基于土壤景观模型的生态地质调查方法

地质通报 2024年第5期43卷 743-755页

作者：卫晓锋樊刘洋孙紫坚殷志强蒋颖肖春蕾陈自然中色紫金地质勘查(北京)有限责任公司北京100012 淮安市水利勘测设计研究院有限公司江苏淮安223005 北京矿产地质研究院有限责任公司北京100012 中国地质环境监测院北京100081 中国自然资源航空物探遥感中心北京100083

建立在调查者经验思维基础上的传统技巧性生态地质调查,野外观察点的代表性和典型性会导致调查结果不可重复,部分推断过程无法验证。建立了一套基于土壤景观模型、地质建造划分和专家调查相结合的工作方法体系,提取影响生态格局的关键... 详细信息

建立在调查者经验思维基础上的传统技巧性生态地质调查,野外观察点的代表性和典型性会导致调查结果不可重复,部分推断过程无法验证。建立了一套基于土壤景观模型、地质建造划分和专家调查相结合的工作方法体系,提取影响生态格局的关键环境因子,建立环境因子数据库;对环境因子进行模糊聚类,建立景观模型,得到环境因子组合隶属度分布图;划分地质建造;根据隶属度值和地质建造类型,遴选野外调查点,获取基质(土壤)类型、植物群落组合信息;将环境因子组合与生态系统类型对应,提取地质建造-环境因子-生态格局关系知识集,划分生态地质单元。该方法在河北承德市柴白河流域的应用结果表明,通过435个野外验证点,可获取环境因子-地质建造-生态系统关系规则知识集,编制的生态地质图验证精度达到84.8%。该研究方法有效地提高了生态地质野外调查工作的效率和精度。

关键词：环境因子地质建造土壤景观模型生态-地质关系规则知识生态地质图

采用PSO-LSTM联合算法的MEMS陀螺仪温度误差补偿方法

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制造业自动化 2024年第5期46卷 95-102页

作者：夏瑞阳肖承翔潘康华中国机械科学研究总院集团有限公司北京100044 中机生产力促进中心有限公司北京100044

MEMS陀螺仪是一种用来测量角速度的惯性器件。是一种具有成本低、体积小、性能好、可靠性好等优点的微机械陀螺仪,可广泛应用于微惯性导航系统、军事、汽车、消费电子等领域。然而,由于MEMS陀螺仪的材质特性,其输出数据受温度影响较大,... 详细信息

MEMS陀螺仪是一种用来测量角速度的惯性器件。是一种具有成本低、体积小、性能好、可靠性好等优点的微机械陀螺仪,可广泛应用于微惯性导航系统、军事、汽车、消费电子等领域。然而,由于MEMS陀螺仪的材质特性,其输出数据受温度影响较大,这一问题限制了其在工业生产领域的进一步应用。通过对MEMS陀螺仪温度误差补偿模型中所用算法的对比分析,结合用于优化人工神经网络的PSO粒子群优化算法提出了一种采用PSO-LSTM联合人工神经网络算法的MEMS陀螺仪温度误差补偿方法,并通过多种数据检测函数进行了仿真对比实验,基于RMSE和MAE两项参数验证了优化后算法的有效性,以期为MEMS陀螺仪工作过程中的温度误差补偿模块设计提供新思路。

关键词： MEMS陀螺仪粒子群(PSO)算法 PSO-LSTM联合人工神经网络算法

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青海省都兰县棕熊适宜栖息地与日活动节律

兽类学报 2024年第3期44卷 321-332页

作者：陈昕旸李耀宇谢培根宋虓徐爱春中国计量大学生命科学学院杭州310018

棕熊青藏亚种(Ursus arctos pruinosus)是青藏高原特有,生物多样性保护的伞护种和旗舰种,明确其适宜栖息地分布及影响因子和日活动节律,对管理和保护工作具重要意义。2021年7月至2022年7月,在青海省都兰县布设150台红外相机对棕熊开展... 详细信息

棕熊青藏亚种(Ursus arctos pruinosus)是青藏高原特有,生物多样性保护的伞护种和旗舰种,明确其适宜栖息地分布及影响因子和日活动节律,对管理和保护工作具重要意义。2021年7月至2022年7月,在青海省都兰县布设150台红外相机对棕熊开展调查监测工作。结合海拔、坡度、坡向3个地形数据及基准期(1970—2000年)和CMIP6中等发展路径下未来气候(2040—2060年)的19个生物气候数据,构建MaxEnt模型对棕熊基准期及未来的栖息地分布进行预测;根据红外相机拍摄时间数据,利用核密度估计法分析棕熊的日活动节律。结果表明:(1)MaxEnt模型对基准期和未来两个时期的棕熊适宜栖息地预测精度较高,受试者操作特征曲线下面积值均大于0.9,预测结果可信;(2)影响基准期棕熊栖息地分布的主要环境因子为海拔、最冷月最低气温和年均气温变化范围;(3)未来气候条件下棕熊不适宜栖息地面积小幅度增加,沟里乡的高适宜栖息地有向东移动趋势;(4)棕熊的活动模式表现为以夜间为主的晨昏型,在日落前后活动强度最高。本研究探明了研究区域内棕熊空间分布格局及影响因子,并预测了其未来变化趋势。结合棕熊青藏亚种不同于其他亚种种群的日活动节律特征,我们认为未来该区域内可能面临更加严峻的人−熊冲突状况,应在后续的保护工作中予以重视。

关键词：气候变化 MaxEnt模型核密度曲线人−兽冲突棕熊

Global dynamics of a cholera model with age structures and multiple transmission modes

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International Journal of Biomathematics 2019年第5期12卷 63-96页

作者： xia Wang Yuming chen Xinyu Song School of Mathematics and Statistics Xinyang Normal University Xinyang 464000P.R.China Deparimenf of Mathematics Wilfrid Laurier University WaterlooOntarioN2L 3C5Canada

In this paper,we propose and analyze a cholera *** model incorporates both direct transmission (person-to-person transmission) and indirect transmission (contaminated environment-to-person transmission: hyper-infectivity and lower-infcctivity).Moreover,we employ general nonlinear incidences and introduce infection age of infectious individuals and biological ages of pathogens in the *** considering the well-posedness of the system,we study the existence and local stability of steady states,which is determined by the basic reproduction *** establish the attractivity of the infection steady state,we also get the uniform persistence and existence of compact global *** main result is a threshold dynamics obtained by applying the Fluctuation Lemma and the approach of Lyapunov *** the basic reproduction number is less than one,the infection-free steady state is globally asymptotically stable while when the basic reproduction number is larger than one,the infection steady state attracts each solution with nonzero infection force at some time *** effect of multiple transmission modes on the disease dynamics is also discussed.

关键词： Multiple transmission modes age of infection global stability uniform per-sistence compact global attractor

复方蓝棕果片治疗前列腺增生电切术术后膀胱刺激证患者的临床研究

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中国临床药理学杂志 2024年第18期40卷 2670-2674页

作者：杜宇峰陈煌辉谭群杰郭小勇郴州市第一人民医院泌尿外科湖南郴州423000 宜章县第二人民医院泌尿外科湖南郴州423000

目的观察复方蓝棕果片对前列腺增生(BPH)电切术术后膀胱刺激证(BD)的效果。方法将BPH经尿道前列腺电切术患者分为试验组和对照组。对照组术后当天给予盐酸坦索罗辛缓释胶囊,每次0.2mg,每天1次,口服;试验组在对照组的基础上给予复方蓝棕... 详细信息

目的观察复方蓝棕果片对前列腺增生(BPH)电切术术后膀胱刺激证(BD)的效果。方法将BPH经尿道前列腺电切术患者分为试验组和对照组。对照组术后当天给予盐酸坦索罗辛缓释胶囊,每次0.2mg,每天1次,口服;试验组在对照组的基础上给予复方蓝棕果片,每次0.5g,每天3次,口服。2组均治疗4周。比较2组患者的临床疗效、前列腺症状、膀胱过度活动症状、尿动力学变化[最大逼尿肌压力(MDP)、最大尿流率(Qmax)、膀胱最大容量(MCC)]、BD发生情况、炎症反应指标[白细胞介素-6(IL-6)、IL-17、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)],并进行安全性评价。结果对照组入组45例,试验组入组49例。治疗后,试验组总有效率为95.92%(47例/49例),对照组为82.22%(37例/45例),在统计学上差异有统计学意义(P0.05)。结论复方蓝棕果片治疗BPH经尿道前列腺电切术患者能减轻术后前列腺症及膀胱过度活动症状,改善尿动力学,减少BD发生,缓解炎症反应。

关键词：复方蓝棕果片前列腺增生经尿道前列腺电切术膀胱刺激证尿动力学炎症反应

中国亚热带表土孢粉分布规律及其与气候的关系研究

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第四纪研究 2024年第3期44卷 638-655页

作者：何玲玲黄康有陈聪汤永杰张潇郑卓吕厚远马春梅肖霞云张芸赵艳中山大学地球科学与工程学院广东省地球动力作用与地质灾害重点实验室广东珠海519082 南方海洋科学与工程广东省实验室(珠海) 广东珠海519082 中国科学院地质与地球物理研究所中国科学院新生代地质与环境重点实验室北京100029 南京大学地理与海洋科学学院江苏南京210023 中国科学院南京地理与湖泊研究所湖泊与环境国家重点实验室江苏南京210008 中国科学院东北地理与农业生态研究所黑土地保护与利用全国重点实验室吉林长春130102 中国科学院地理科学与资源研究所陆地表层格局与模拟院重点实验室北京100101

孢粉分析是古气候定量重建最可靠的方法之一,现代孢粉分布规律及其与气候因子之间关系的建立对于利用化石孢粉资料开展古气候定量重建至关重要。本研究以中国亚热带地区1140个表土孢粉样品为研究对象,通过冗余分析(Redundancy Analysis... 详细信息

孢粉分析是古气候定量重建最可靠的方法之一,现代孢粉分布规律及其与气候因子之间关系的建立对于利用化石孢粉资料开展古气候定量重建至关重要。本研究以中国亚热带地区1140个表土孢粉样品为研究对象,通过冗余分析(Redundancy Analysis)等方法,探讨中国亚热带地区表土孢粉分布规律及其与气候的关系。研究结果表明:1)亚热带地区表土孢粉种类丰富,以松属(Pinus)、栲属(Castanopsis)、青冈属(Cyclobalanopsis)、桤木属(Alnus)、落叶栎类(Quercus)等孢粉种类最为常见,区域内5个植被带呈现出不同的孢粉组合;2)孢粉的空间分布具有显著的经度、纬度、海拔递变性,特定含量的孢粉具有地理指示意义;3)冬季平均降水量(MWP)是影响亚热带表土孢粉分布的关键气候因子,在选择气候定量重建参数时应优先考虑,此外,1月平均温度(Mtco)、冬季平均相对湿度(MWH)、7月平均温度(Mtwa)和7月平均相对湿度(Mhwa)对亚热带表土孢粉分布也具有重要影响,与MWP共同解释了亚热带大部分的表土孢粉组成变化;4)影响北亚热带、东部中亚热带、东部南亚热带、西部中亚热带、西部南亚热带表土孢粉分布的主要气候因子分别为年平均温度(MAT)、夏季平均相对湿度(MSH)、冬季平均降水量(MWP)、1月平均温度(Mtco)、7月平均降水量(Mpwa),但低λ1/λ2值表明气候因子的相对解释力较弱,在气候重建时需谨慎对待;5)亚热带地区孢粉种类指示不同的气候条件,如栲属、大戟科(Euphorbiaceae)、野桐属(Mallotus)和枫香树属(Liquidambar)等孢粉种类喜湿喜暖,而桤木属、桦木属(Betula)、榛属(Corylus)、落叶栎类和硬叶栎类(Quercus-sclerophyllous type)等孢粉种类更倾向于分布在寒冷气候环境中。

关键词：亚热带表土孢粉分布规律气候因子 RDA分析