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Designing a multi-epitope vaccine against Peptostreptococcus anaerobius based on an immunoinformatics approach

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Synthetic and Systems Biotechnology 2023年第4期8卷 757-770页

作者： Yudan Mao Xianzun Xiao Jie Zhang Xiangyu Mou Wenjing Zhao Shenzhen Key Laboratory of Systems Medicine for Inflammatory Diseases School of MedicineShenzhen Campus of Sun Yat-Sen UniversityShenzhenGuangdong518107China

Peptostreptococcus anaerobius is an anaerobic bacterium,which has been found selectively en-riched in the fecal and mucosal microbiota of colorectal cancer(CRC)patients.Emerging evidence suggest P.anaerobius may contribute to the development of CRC in human.In this study,we designed a multi-epitope chimeric vaccine against P.anaerobius PCWBR2,a recently identified adhesin that interacts directly with colon cell lines by bindingα2/β1 integrin frequently overexpressed in human CRC tumors and cell lines.Immunoinformatics tools predicted six cytotoxic T lymphocyte epitopes,five helper T lymphocyte epitopes,and six linear B lymphocyte epitopes.The predicted epitopes were joined with AAY or GPGPG linkers and a previously reported TLR4 agonist was added to the vaccine construct’s N terminal as an adjuvant using EAAAK linkers and the order of epitopes was optimized.Further in silico analysis revealed that the vaccine construct possesses satisfactory antigenicity,allergenicity,solubility,physicochemical properties,adjuvant-TLR4 molecular docking,and immune profile characteristics.Our study provided a promising design for vaccines against P.anaerobius.

关键词： Colorectal cancer Peptostreptococcus anaerobius PCWBR2 Immunoformatics Multi-epitope

Secretion expression of extracellular uricase in E. coli Nissle 1917 for the treatment of hyperuricemia

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Secretion expression of extracellular uricase in E. coli Nis...

Association between the nasopharyngeal microbiome and metabolome in patients with COVID-19

第五届益生菌益生元科学大会

作者： Wenting Liu Jun Xu Xiangyu Mou Wenjing Zhao School of Medicine Sun Yat-sen University Guangdong Provincial Key Laboratory of Colorectal and Pelvic Floor Diseases The Sixth Affiliated HospitalSun Yat-sen University

Objective:Hyperuricemia is prevalent,associated with cardiovascular diseases,and available treatments are limited,especially in tumor-lysis causing acute hyperuricemia.Previous studies have shown that the uricase from mammals and microorganisms has significant competence in degrading uric acid,but the immune response and expensive purification limited the application.This study engineered the secretion expression of extracellular uricase in Escherichia coli Nissle 1917,combing the advantages of probiotics and avoiding purification.Methods:This study engineered secretion expression of the uricase with YebF-signaling peptide in Escherichia coli Nissle 1917.The crude uricase was obtained from the supernatant of engineered Escherichia coli Nissle 1917,to measure the enzyme activity of the uricase in vitro.Furthermore,after the colonization of engineered Escherichia coli Nissle 1917 in the gut,the uricase activity was confirmed in acute hyperuricemia models of Kuming mouse,by the injection of uric acid solution intravenously.Results:The secreted uricase did act in vivo and in vitro.Successful secretion expressing uricase in the supernatant of engineered Escherichia coli Nissle 1917,was functional well in vitro.The colonization of engineered Escherichia coli Nissle 1917 was sufficient to degrade the serum uric acid of Kunming mouse rapidly.Conclusions:This study provides an alternative treatment against hyperuricemia.

关键词：

来源： cnki会议评论

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Synthetic and Systems Biotechnology 2021年第3期6卷 135-143页

作者： Jing Liu Sheng Liu Zhao Zhang Xuejun Lee Wenxuan Wu Zhanlian Huang Ziying Lei Wenxiong Xu Dabiao Chen Xing Wu Yang Guo Liang Peng Bingliang Lin Yutian Chong Xiangyu Mou Mang Shi Ping Lan Tao Chen Wenjing Zhao Zhiliang Gao Department of Infectious Diseases The Third Affiliated Hospital of Sun Yat-sen UniversityGuangzhouGuangdong510630China The Center for Infection and Immunity Study(CIIS) School of MedicineSun Yat-sen UniversityShenzhenChina Guangdong Provincial Key Laboratory of Colorectal and Pelvic Floor Diseases The Sixth Affiliated HospitalSchool of MedicineSun Yat-sen UniversityGuangzhouChina South China Institute of Biomedicine GuangzhouGuangdong510535China

SARS-CoV-2,the causative agent for COVID-19,infect human mainly via respiratory tract,which is heavily inhabited by local microbiota.However,the interaction between SARS-CoV-2 and nasopharyngeal microbiota,and the association with metabolome has not been well characterized.Here,metabolomic analysis of blood,urine,and nasopharyngeal swabs from a group of COVID-19 and non-COVID-19 patients,and metagenomic analysis of pharyngeal samples were used to identify the key features of COVID-19.Results showed lactic acid,L-proline,and chlorogenic acid methyl ester(CME)were significantly reduced in the sera of COVID-19 patients compared with non-COVID-19 ones.Nasopharyngeal commensal bacteria including Gemella morbillorum,Gemella haemolysans and Leptotrichia hofstadii were notably depleted in the pharynges of COVID-19 patients,while Prevotella histicola,Streptococcus sanguinis,and Veillonella dispar were relatively increased.The abundance of G.haemolysans and L.hofstadii were significantly positively associated with serum CME,which might be an anti-SARS-CoV-2 bacterial metabolite.This study provides important information to explore the linkage between nasopharyngeal microbiota and disease susceptibility.The findings were based on a very limited number of patients enrolled in this study;a larger size of cohort will be appreciated for further investigation.

关键词： Metabolome Nasopharyngeal microbiome COVID-19 SARS-CoV-2 Susceptibility

新发展阶段社区规划的时代认知、核心要义与实施路径

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规划师 2020年第20期36卷 5-10页

作者：黄瓴牟燕川彭祥宇重庆大学建筑城规学院、山地城市建设与新技术教育部重点实验室

我国的社区规划从20年前的零星行动到现在的全面开花,逐渐成为城市精细化治理的重要手段,呼唤更加系统完善和更为适宜的社区规划理论。文章从治理视角的社区规划、社区规划与城市规划的关系、社区规划的整体性、社区规划的在地性和社区... 详细信息

我国的社区规划从20年前的零星行动到现在的全面开花,逐渐成为城市精细化治理的重要手段,呼唤更加系统完善和更为适宜的社区规划理论。文章从治理视角的社区规划、社区规划与城市规划的关系、社区规划的整体性、社区规划的在地性和社区规划的交叉学科属性5个方面认识我国新发展阶段社区规划的时代特征,提出空间创生、技术赋能、制度创新是当前和未来一个历史时期社区规划的核心要义,并在此基础上构建我国新发展阶段社区规划的实施路径。

关键词：新发展阶段社区规划时代认知核心要义实施路径

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捷联惯导四面体冗余配置的双轴旋转调制方法

系统工程与电子技术 2017年第8期39卷 1801-1807页

作者：程建华牟宏杰孙湘钰陈岱岱哈尔滨工程大学自动化学院黑龙江哈尔滨150001

传统捷联惯导采用三轴正交配置,存在单一传感器故障直接引发整个系统失效,且导航误差随时间累积快等问题。为解决这些问题,提出了一种将四陀螺冗余配置和双轴旋转调制相结合的捷联惯导导航方法。构建多指标约束的冗余优化准则,通过器件... 详细信息

传统捷联惯导采用三轴正交配置,存在单一传感器故障直接引发整个系统失效,且导航误差随时间累积快等问题。为解决这些问题,提出了一种将四陀螺冗余配置和双轴旋转调制相结合的捷联惯导导航方法。构建多指标约束的冗余优化准则,通过器件级配置方式,设计了基于四面体结构的四陀螺冗余配置方案,并在此基础上引入八次序双轴旋转调制方法,调制3个轴向的等效陀螺漂移。仿真结果表明,所提方法能够实现系统可靠性和导航精度的双重提升,具有重要的工程应用价值。

关键词：捷联惯导技术可靠性精度冗余配置双轴旋转调制

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锅炉引风机出口挡板移动式密封装置改造设计

电力安全技术 2023年第6期25卷 55-57页

作者：黄新刘翔宇牟云胡振发华能武汉发电有限责任公司湖北武汉430415

针对燃煤锅炉引风机出口挡板密封风机腐蚀严重的问题,研发了一种移动式引风机出口挡板密封装置,通过改变装置的布置、连接和投运方式,有效解决了密封装置因腐蚀而无法及时投运的问题,提高了设备的可靠性和使用寿命,保障了引风机检修工... 详细信息

针对燃煤锅炉引风机出口挡板密封风机腐蚀严重的问题,研发了一种移动式引风机出口挡板密封装置,通过改变装置的布置、连接和投运方式,有效解决了密封装置因腐蚀而无法及时投运的问题,提高了设备的可靠性和使用寿命,保障了引风机检修工作的安全性,机组的经济性也得到进一步改善。

关键词：引风机出口挡板密封风机腐蚀

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鄱阳湖区反嘴鹬种群数量动态与空间分布格局

东北林业大学学报 2020年第3期48卷 89-94页

作者：涂翔宇牟庆茹李言阔涂晓斌国家林业和草原局调查规划设计院北京100714 会昌县第三中学江西师范大学生命科学学院江西省野生动植物保护管理局

2002—2015年,采用同步调查法对鄱阳湖区反嘴鹬(Recurvirostra avosetta)越冬种群数量动态与空间分布格局进行了监测。结果表明:鄱阳湖区分布有稳定的反嘴鹬越冬种群,年平均数量为(16684±14653)只,2004年、2005年、2013年种群数量均超... 详细信息

2002—2015年,采用同步调查法对鄱阳湖区反嘴鹬(Recurvirostra avosetta)越冬种群数量动态与空间分布格局进行了监测。结果表明:鄱阳湖区分布有稳定的反嘴鹬越冬种群,年平均数量为(16684±14653)只,2004年、2005年、2013年种群数量均超过目前其全球数量的10%,2004年冬季鄱阳湖区越冬反嘴鹬数量达到最大值,为47520只。鄱阳湖区共有70个湖泊记录到反嘴鹬,其中反嘴鹬种群数量达到全球1%以上的湖泊有20个。每年冬季鄱阳湖区反嘴鹬集中分布在常湖、蚌湖、花庙湖和下坝湖,而反嘴鹬利用频次最高的是大湖池,每年反嘴鹬的越冬数量为(1819±1593)只。各湖泊中反嘴鹬的年平均数量与利用频次之间不存在显著相关性。自然保护区涵盖了反嘴鹬在鄱阳湖越冬的主要湖泊,分布在保护区内的反嘴鹬种群占鄱阳湖区越冬总数量的(75.3±26.0)%,但仍有很多重要的湖泊没有被纳入到保护区范围。反嘴鹬对保护区内湖泊的利用频次与保护区外湖泊的利用频次不存在显著性差异,保护区内反嘴鹬的种群数量显著大于保护区外。

关键词：反嘴鹬鄱阳湖种群数量空间分布

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上海中药材生产基地建设现状及促发展建议

上海医药 2021年第11期42卷 60-63页

作者：邹任贤牟娜李香玉上海药品审评核查中心上海201203

目的 :促进中药企业建设发展中药材基地,稳步提升中药材质量。方法 :梳理国家及地方中药材基地发展政策,调研上海市药企中药材基地建设现状,汇总分析制约本市中药材基地发展的因素,提出促发展建议。结果 :调研发现,国家对中药基地建设... 详细信息

目的 :促进中药企业建设发展中药材基地,稳步提升中药材质量。方法 :梳理国家及地方中药材基地发展政策,调研上海市药企中药材基地建设现状,汇总分析制约本市中药材基地发展的因素,提出促发展建议。结果 :调研发现,国家对中药基地建设高度重视,行业也有切实需求,但中药企业药材基地建设发展状况并不平衡,发展存在制约因素。结论 :需立足实际情况,有针对性地制订引导政策,逐步解决制约本市中药材基地化发展的问题,进一步提升中药材基地化率。

关键词：中药材种植基地制约因素发展建议

肿瘤内细菌的特征及其与肿瘤治疗的关联和影响

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消化肿瘤杂志:电子版 2023年第3期15卷 257-261页

作者：林淦黄嘉元何裕隆张华牟相宇中山大学医学院感染免疫中心广东深圳518107 中山大学附属第七医院消化医学中心广东深圳518107

恶性肿瘤是当今医学界面临的一项重大挑战,是影响人类生命健康的重要因素。肠道菌群对肿瘤的发生、发展和药物疗效具有一定影响。随着基因测序技术和生物信息学的发展,研究者们相继在多种肿瘤中发现了细菌。常见的瘤内细菌有梭杆菌(Fuso... 详细信息

恶性肿瘤是当今医学界面临的一项重大挑战,是影响人类生命健康的重要因素。肠道菌群对肿瘤的发生、发展和药物疗效具有一定影响。随着基因测序技术和生物信息学的发展,研究者们相继在多种肿瘤中发现了细菌。常见的瘤内细菌有梭杆菌(Fusobacterium)、拟杆菌(Bacteroides)、普雷沃氏菌(Prevotella)等。作为肿瘤微环境中的组成部分,瘤内细菌可能对于肿瘤的增殖、转移以及耐药性产生影响,潜在的机制包括激活致癌通路、调节免疫反应、代谢药物等。本文针对瘤内细菌的新近研究展开综述,总结瘤内细菌特征与组成,探讨瘤内细菌与肿瘤的关联和作用,并为开发新的肿瘤治疗手段提供参考。

关键词：瘤内细菌肿瘤肿瘤微环境