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Assessing the conservation impact of Chinese indigenous chicken populations between ex-situ and in-situ using genome-wide SNPs

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Journal of Integrative Agriculture 2024年第3期23卷 975-987页

作者： Wenting Li Chaoqun Gao Zhao Cai Sensen Yan Yanru Lei Mengya Wei Guirong Sun Yadong Tian Kejun Wang xiangtao kang College of Animal Science and Technology Henan Agricultural UniversityZhengzhou 450002China The Shennong Laboratory Zhengzhou 450002China

Conservation programs require rigorous evaluation to ensure the preservation of genetic diversity and viability of conservation populations. In this study, we conducted a comparative analysis of two indigenous Chinese chicken breeds, Gushi and Xichuan black-bone, using whole-genome SNPs to understand their genetic diversity, track changes over time and population structure. The breeds were divided into five conservation populations(GS1, 2010, ex-situ;GS2, 2019, ex-situ;GS3, 2019, in-situ;XB1, 2010, in-situ;and XB2, 2019, in-situ) based on conservation methods and generations. The genetic diversity indices of three conservation populations of Gushi chicken showed consistent trends, with the GS3 population under in-situ strategy having the highest diversity and GS2 under ex-situ strategy having the lowest. The degree of inbreeding of GS2 was higher than that of GS1 and GS3. Conserved populations of Xichuan black-bone chicken showed no obvious changes in genetic diversity between XB1 and XB2. In terms of population structure, the GS3 population were stratified relative to GS1 and GS2. According to the conservation priority, GS3 had the highest contribution to the total gene and allelic diversity in GS breed, whereas the contribution of XB1 and XB2 were similar. We also observed that the genetic diversity of GS2 was lower than GS3, which were from the same generation but under different conservation programs(in-situ and ex-situ). While XB1 and XB2 had similar levels of genetic diversity. Overall, our findings suggested that the conservation programs performed in ex-situ could slow down the occurrence of inbreeding events, but could not entirely prevent the loss of genetic diversity when the conserved population size was small, while in-situ conservation populations with large population size could maintain a relative high level of genetic diversity.

关键词： genome-wide SNPs conservation genetic diversity ex-situ in-situ

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Marine red yeast supplementation improves laying performance by regulating small intestinal homeostasis in aging chickens

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Animal Nutrition 2024年第3期18卷 177-190页

作者： Yudian Zhao Sujin Si Yangguang Ren Xing Wu Zihao Zhang Yixiang Tian Jing Li Yijie Li Meng Hou Xueyang Yao Zhaoheng Xu Ruirui Jiang xiangtao kang Yujie Gong Qiang Li Yadong Tian College of Animal Science and Technology Henan Agricultural UniversityZhengzhou 450046China Henan Key Laboratory for Innovation and Utilization of Chicken Germplasm Resources Zhengzhou 450046China Henan College of Animal Husbandry and Economics Zhengzhou 450046China College of Animal Science and Veterinary Medicine Henan Institute of Science and TechnologyXinxiang 453003China AB Vista Marlborough SN84ANUK

Recent studies have shown that age-related aging evolution is accompanied by imbalances in intestinal *** red yeast(MRY)is a functional probiotic that has been shown to have antioxidant,immune and other ***,we chose 900 healthy Hy-Line Brown hens at 433 d old as the research subjects and evaluated the correlation between intestinal health,laying performance,and egg quality in aged hens through the supplementation of *** laying hens were assigned into 5 groups and received diet supplementation with 0%,0.5%,1.0%,1.5%,and 2%MRY for 12 *** results showed that MRY supplementation increased egg production rate,average egg weight,and egg quality,and decreased feed conversion ratio and daily feed intake(P<0.05).The MRY supplement improved antioxidant indicators such as superoxide dismutase(SOD),catalase(CAT),glutathione peroxidase(GSH-Px),stimulated villus height,and increased the villus height to crypt depth ratio(V/C ratio)in the intestine(P<0.05).It also regulated the expression of intestinal inflammatory factors(transforming growth factor-β[TGF-β],interleukin[IL]-1β,IL-8,tumor necrosis factor-α[TNF-α])while increasing serum immunoglobulin G(IgG)levels(P<0.05).Furthermore,MRY supplementation upregulated the mRNA expression of tight junction proteins(occludin and zonula occludens-1[ZO-1]),anti-apoptotic gene(Bcl-2),and autophagy-related proteins(beclin-1 and light chain 3I[LC3I])in the intestine(P<0.05).The MRY supplement also led to an increase in the concentration of short-chain fatty acids in the cecum,and the relative abundance of the phylum Bacteroidetes,and genera Bacteroides and Rikenellaceae_RC9_gut_*** LEfSe analysis revealed an enrichment of Sutterella and Akkermansia *** conclusion,the results of this experiment indicated that the additional supplementation of MRY can improve the production performance of laying hens and may contribute to the restoration and balance of intestinal homeostasis,which sup

关键词： Marine red yeast Laying hen Senescence Intestinal homeostasis

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贵州沿空留巷支护技术的分析与改进

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贵州大学学报（自然科学版） 2024年第1期41卷 72-77页

作者：韩森刘萍王沉康向涛贵州大学矿业学院贵州贵阳550025 贵州省非金属矿产资源综合利用重点实验室贵州贵阳550025 贵州省优势矿产资源高效利用工程实验室贵州贵阳550025 复杂地质矿山开采安全技术工程中心贵州贵阳550025

针对贵州某煤矿沿空留巷在原有支护条件下,靠上帮一侧顶板以及下帮底角的岩层变形破坏较严重的情况,对巷道支护方式进行改进。利用数值模拟软件,对改进支护后的巷道围岩变形破坏情况进行分析。研究发现:改进支护后的巷道围岩变形破坏情... 详细信息

针对贵州某煤矿沿空留巷在原有支护条件下,靠上帮一侧顶板以及下帮底角的岩层变形破坏较严重的情况,对巷道支护方式进行改进。利用数值模拟软件,对改进支护后的巷道围岩变形破坏情况进行分析。研究发现:改进支护后的巷道围岩变形破坏情况得到明显改善,改进后的支护方式能够较好地阻滞巷道上帮一侧顶板和下帮底角的岩层严重变形破坏,从而保持巷道围岩的完整性和稳定性,研究可为类似条件矿井沿空留巷的支护方式提供参考。

关键词：沿空留巷围岩变形破坏数值模拟支护改进

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煤层群中断层对采动裂隙演化规律的影响研究

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煤矿安全 2024年第9期55卷 128-138页

作者：黄冬斌康向涛高璐胡锦国龙永艳任钞贵州大学矿业学院贵州贵阳550025

为研究断层对煤层群采动裂隙演化规律的影响,以贵州土城煤矿151710工作面为研究对象,基于相似模拟和数值模拟方法对含断层煤层群采动裂隙演化规律进行研究。结果表明:含断层煤层群中9号、12号煤层开采到相同距离时工作面周围应力分布显... 详细信息

为研究断层对煤层群采动裂隙演化规律的影响,以贵州土城煤矿151710工作面为研究对象,基于相似模拟和数值模拟方法对含断层煤层群采动裂隙演化规律进行研究。结果表明:含断层煤层群中9号、12号煤层开采到相同距离时工作面周围应力分布显著不同;9号煤层的超前开采,使12号煤层处于应力降低区,过断层开采时工作面前后出现应力分区现象;随着开采的进行,12号煤层的采动影响范围小于9号煤层;当开采工作面过断层时,覆岩裂隙发育迅速,岩层间出现显著离层,并发生不同程度的断裂。现场12号煤层回风巷顶板钻孔窥视显示:当工作面过断层时,顶板破碎严重,覆岩裂隙发育杂乱。

关键词：采动裂隙断层煤层群裂隙演化相似模拟数值模拟

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干扰素调节因子敲减细胞系的构建及其对猪伪狂犬病病毒增殖的影响

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畜牧兽医学报 2024年第9期55卷 4100-4109页

作者：付艺乾梁东阁王铭洋潘佳佳杨彦宾曾磊康相涛河南农业大学动物医学院郑州450046 河南农业大学农业农村部动物生化与营养重点实验室郑州450046 河南农业大学河南省动物生长发育调控重点实验室郑州450046 河南农业大学动物科技学院郑州450046

旨在揭示干扰素调节因子(interferon regulatory factor,IRFs)对猪伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)增殖的影响,本研究通过shRNA技术构建敲减IRF 1-9的PK15细胞系,并检测其敲减效率。采用流式细胞术以及滴度测定检测敲减IRF 1-9后... 详细信息

旨在揭示干扰素调节因子(interferon regulatory factor,IRFs)对猪伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)增殖的影响,本研究通过shRNA技术构建敲减IRF 1-9的PK15细胞系,并检测其敲减效率。采用流式细胞术以及滴度测定检测敲减IRF 1-9后PRV的增殖情况;利用RT-qPCR技术检测PRV感染细胞后PRV-gB、IFN-β、ISG-15和IL-6的mRNA表达水平;Western blot技术检测PRV感染细胞后gB蛋白的表达水平。敲减效率测定结果显示,PK15细胞中的IRF 1-9 mRNA表达水平均有显著降低;流式细胞术及滴度测定结果表明,敲减IRF 1-9基因后有助于PRV的增殖;RT-qPCR及Western blot结果证明,敲减IRF 1-9基因后,PRV-gB mRNA及蛋白表达水平均有显著提高;细胞炎性因子的mRNA表达水平检测结果发现,敲减IRF 1-9抑制PRV诱导的IFN-β、ISG-15以及IL-6 mRNA表达。综上所述,IRF 1-9是PRV在PK-15细胞内复制的宿主限制因子。

关键词： shRNA 干扰素调节因子猪伪狂犬病病毒细胞炎性因子

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鸡RUNX3基因组织表达及生物信息学分析

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中国农业大学学报 2024年第3期29卷 125-133页

作者：杜文苹曹然然胡晓玉张晨曦许春红杨岚雷艳茹康相涛李文婷河南农业大学动物科技学院郑州450046 河南省农业科学院神农种业实验室郑州450046

为探究Runt相关转录因子3 (Runt-related transcription factors 3,RUNX3)基因潜在功能,本研究利用实时荧光定量技术(Quantitative real-time PCR, qRT-PCR)检测鸡RUNX3基因在心脏、肝脏、脾脏、腿肌和十二指肠组织中的表达,通过生物信... 详细信息

为探究Runt相关转录因子3 (Runt-related transcription factors 3,RUNX3)基因潜在功能,本研究利用实时荧光定量技术(Quantitative real-time PCR, qRT-PCR)检测鸡RUNX3基因在心脏、肝脏、脾脏、腿肌和十二指肠组织中的表达,通过生物信息学软件构建RUNX3基因的系统进化树,并对该基因所编码的蛋白质理化性质和结构功能进行分析。结果表明:1)鸡RUNX3基因在脾脏和十二指肠表达量较高,显著高于其他组织(P<0.05)。2)核苷酸序列的系统进化分析表明,鸡RUNX3与火鸡的亲缘关系最近,保守性较高。3)理化性质分析显示,鸡RUNX3基因编码蛋白属于稳定、亲水性蛋白;结构域预测发现,该蛋白不存在跨膜结构,含有2个保守结构域,二级结构和三级结构主要由无规卷曲组成,预测含有58个磷酸化位点,31个丝氨酸位点、23个苏氨酸位点和4个酪氨酸位点。4)蛋白互作预测发现,RUNX3与SMAD3、CBFB、GATA3、EP300、SMAD2、CTNNB1等蛋白之间有较强互作关系。综上,鸡RUNX3在脾脏和十二指肠中高表达,其核苷酸序列在禽类中具有高度保守性,RUNX3蛋白属于稳定、亲水性的不跨膜蛋白,RUNX3与SMAD3、CBFB、GATA3等蛋白之间有较强互作关系,本研究为进一步探究鸡RUNX3在分子水平的作用机制提供理论依据。

关键词：鸡 RUNX3基因组织表达谱生物信息学分析

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鸡FGF6基因生物学特性及其多态性与经济性状的关联分析

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畜牧兽医学报 2024年第4期55卷 1536-1550页

作者：曹玉珠邢雨欣马乘霖管宏波贾其辉康相涛田亚东李转见刘小军李红河南农业大学动物科技学院郑州450046 河南省家禽育种国际联合实验室郑州450046 河南省鸡种质资源创新与利用重点实验室郑州450046

旨在探究鸡成纤维细胞生长因子6(fibroblast growth factor 6,FGF6)基因的生物学特性,挖掘FGF6基因单核苷酸多态性(SNP)位点并分析其与经济性状的相关性,为后续研究鸡FGF6基因对生长性状的影响提供参考。本研究对FGF6蛋白序列进行生物... 详细信息

旨在探究鸡成纤维细胞生长因子6(fibroblast growth factor 6,FGF6)基因的生物学特性,挖掘FGF6基因单核苷酸多态性(SNP)位点并分析其与经济性状的相关性,为后续研究鸡FGF6基因对生长性状的影响提供参考。本研究对FGF6蛋白序列进行生物信息学分析;基于768只固始鸡-安卡鸡F_2资源群的GBS数据及相关经济性状表型数据对FGF6基因包含启动子2 kb区域SNP位点进行筛选,并进行连锁不平衡和关联分析,探究FGF6基因SNP和单倍型与鸡经济性状的相关性。生物信息学分析结果显示,鸡FGF6氨基酸序列与火鸡同源性为91.26%;系统进化分析表明,鸡FGF6与火鸡亲缘关系最近,其次是绿海龟,与斑马鱼遗传距离最远;保守性分析显示不同物种间FGF6保守性较高。鸡FGF6蛋白为亲水性蛋白、存在1个跨膜区,主要定位于细胞质;其二级、三级结构相符。鸡FGF6蛋白被22个磷酸化位点和1个N-糖基化位点修饰;与其受体家族FGFR1~4和EGF存在互作关系。鸡FGF6基因启动子区域筛选到6个SNPs位点,均位于1号内含子上;多态性分析显示6个SNPs位点存在高多态性,其中5个处于哈代-温伯格平衡,呈强连锁状态(D′=1,r^(2)=1)。关联分析结果显示,rs73399071位点与F_2资源群不同阶段体重(BW)、胫长(SL)、胫围(SG)、体斜长(BSL)等17个生长性状指标显著相关(P0.05),与高密度脂蛋白(HDL)和胆碱酯酶(ChE)显著相关(P<0.05),CC基因型个体的大部分性状表型均值高于GG基因型个体;单倍型组合分析显示不同阶段CCTTCCTTCC组合个体的体重均高于其他单倍型组合个体。本研究结果为进一步探究鸡FGF6基因的功能提供理论参考,筛选到FGF6基因存在5个与固始鸡-安卡鸡F_2资源群体重、体尺、屠体性状和血液生化指标显著关联的SNPs位点,为鸡育种提供候选的分子标记,为地方鸡标记辅助选择提供新的思路。

关键词：鸡 FGF6基因生物信息学分析连锁不平衡分析单倍型经济性状关联分析

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Dietary supplementation with Clostridium butyricum improves growth performance of broilers by regulating intestinal microbiota and mucosal epithelial cells

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Animal Nutrition 2021年第4期7卷 1105-1114页

作者： Laipeng Xu Xiangli Sun Xianhua Wan Keke Li Fuchun Jian Wenting Li Ruirui Jiang Ruili Han Hong Li xiangtao kang Yanbin Wang College of Veterinary Medicine Henan Agricultural UniversityZhengzhou450046China College of Animal Science and Technology Henan Agricultural UniversityZhengzhou450046China Henan Jinbaihe Biotechnology Co. LtdAnyang455000China Henan Research Center of Germplasm Resources for Poultry Zhengzhou450046China

Clostridium butyricum has been widely considered an antibiotic substitute in recent *** can promote growth performance,improve the immune response and enhance the intestinal barrier function of the *** the present study,1-d-old Arbor Acres(AA)broilers were fed ***(1×109 cfu/kg)for 28 *** transcriptomic characteristics of epithelial cells of the cecal mucosa were determined by RNA-sequence,and the cecal microbiota composition was explored by 16 S ribosomal RNA gene *** changes in the intestinal mucosa of broilers were then analyzed by tissue *** Ontology(GO)annotations identified substance transport and processes and pathways that might participate in intestinal development and cell *** Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)pathway analysis revealed that the differentially expressed genes are involved in numerous pathways related to amino acid and vitamin metabolism and antioxidant and defensive functions,among *** relative expression of some genes associated with intestinal barrier function(claudins 2,15,19,and 23,tight junction proteins 1,2,and 3 and mucin 1)was significantly increased in the treatment group(P<0.05 or P<0.01).Moreover,the proportion of Firmicutes was higher in the ***-treated group,whereas the proportion of Proteobacteria was higher in the control *** the genus level,the relative abundances of Butyricicoccus and Lactobacillus,among other bacteria,were increased after *** *** tissue staining analysis showed that the cecal mucosa of broilers was significantly ameliorated after the addition of ***(P<0.05 or P<0.01).These results showed that dietary supplementation with *** can enhance the antioxidant capacity,mucosal barrier function,and stabilize the cecal microbiota,resulting in improving the growth performance.

关键词： Clostridium butyricum RNA-sequence 16S ribosomal RNA Intestinal barrier Broiler

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5个贵妃鸡配套系生长发育规律、屠宰性能和肉品质比较分析

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畜牧兽医学报 2024年第4期55卷 1521-1535页

作者：雷艳茹胡晓玉许春红张晨曦杜文苹王阳光李东华孙桂荣李文婷康相涛河南农业大学动物科技学院郑州450046 神农种业实验室郑州450002

旨在筛选出生长性能好、屠宰性能优良、肉品质鲜美的贵妃鸡杂交组合,为贵妃鸡的品种改良提供科学依据。本研究选择体重接近的20周龄健康贵妃鸡为母本,与河南农业大学家禽种质资源场培育的同周龄的豫农D系、豫农L系、豫农SHj系、豫农C系... 详细信息

旨在筛选出生长性能好、屠宰性能优良、肉品质鲜美的贵妃鸡杂交组合,为贵妃鸡的品种改良提供科学依据。本研究选择体重接近的20周龄健康贵妃鸡为母本,与河南农业大学家禽种质资源场培育的同周龄的豫农D系、豫农L系、豫农SHj系、豫农C系和豫农H系进行杂交配套试验,杂交后代分别为D×HD、L×HD、SHj×HD、C×HD、H×HD。各组合按性别选取健康雏鸡各50只,常规饲养至12周龄,每两周固定时间测定体重,采用Logistic、Gompertz和Von Bertallanffy 3种非线性生长曲线模型对其体重进行拟合,并随机挑选各组合12周龄健康试验鸡公母各6只进行屠宰,测定其生长性能、屠宰性能以及肉品质等指标,对各指标进行生物统计学分析。结果表明:Gompertz模型的拟合结果最优,拟合度均在0.998以上;在生产性能方面,C×HD组合的平均体重和体尺指标显著高于其他组合(P<0.05)且母鸡饲料报酬最高(2.59),SHj×HD组合公鸡饲料报酬最高(2.39);在屠宰性能方面,除L×HD和H×HD组合中的母鸡之外,其它组合公母鸡均达到半净膛率70%以上,全净膛率60%以上,肉用性能良好;在肉品质方面,D×HD组合的肉质较优于其他组合,但各组合滴水损失无显著差异。基于以上结果,C×HD组合在生长性能、屠宰性能、肉品质等方面大多表现优异,可以在一定程度上满足消费者的需求。此外,研究结果也为贵妃鸡遗传资源的保护、进一步开发和品种选育提供重要参考依据,为贵妃鸡的高效养殖和推广提供了有力的支持。

关键词：杂交组合贵妃鸡生长性能屠宰性能肉质性状

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不同来源外泌体对骨骼发育及骨骼疾病的影响

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畜牧兽医学报 2024年第2期55卷 419-426页

作者：刘新新周恩友安智远蔡春霞张露洁李建增李转见闫峰宾康相涛高延玲韩瑞丽河南农业大学动物科技学院郑州450046 神农种业实验室郑州450002 河南农业职业学院郑州451450

在骨骼发育过程中,骨骼是通过膜内成骨和软骨内成骨两种不同的成骨机制形成的,软骨内骨化是长骨发育的第二阶段,生长板是机体进行软骨内骨化的场所,生长板软骨细胞受损会破坏软骨内成骨的进程,严重抑制骨骼发育或产生骨骼疾病。外泌体... 详细信息

在骨骼发育过程中,骨骼是通过膜内成骨和软骨内成骨两种不同的成骨机制形成的,软骨内骨化是长骨发育的第二阶段,生长板是机体进行软骨内骨化的场所,生长板软骨细胞受损会破坏软骨内成骨的进程,严重抑制骨骼发育或产生骨骼疾病。外泌体是由膜的双层内陷形成,具有脂质双分子层的细胞外囊泡,可以包裹蛋白质、脂质和核酸(非编码RNA、mRNA)等,作用于靶细胞从而发挥细胞间通讯的关键作用。外泌体作为近年来研究的热点,有大量研究发现其与骨骼发育、骨骼疾病的发生和治疗关系密切。因此,本文主要综述了不同来源外泌体对骨骼发育和骨骼疾病的影响,梳理了不同来源外泌体对骨骼的调控作用,为探究不同来源外泌体在畜禽骨骼发育与骨骼疾病方面的预防和治疗提供理论依据。

关键词：外泌体不同来源骨骼疾病骨骼发育

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