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Population genomics highlights structural variations in local adaptation to saline coastal environments in woolly grape

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Journal of Integrative Plant Biology 2024年第7期66卷 1408-1426页

作者： Tianhao Zhang Wenjing Peng Hua Xiao Shuo Cao Zhuyifu Chen xiangnian su Yuanyuan Luo Zhongjie Liu Yanling Peng Xiping Yang Guo-Feng Jiang Xiaodong Xu Zhiyao Ma Yongfeng Zhou National Key Laboratory of Tropical Crop Breeding Shenzhen BranchGuangdong Laboratory of Lingnan Modern AgricultureKey Laboratory of Synthetic BiologyMinistry of Agriculture and Rural AffairsAgricultural Genomics Institute at ShenzhenChinese Academy of Agricultural SciencesShenzhen 518000China State Key Laboratory for Conservation and Utilization of subtropical Agro‐Bioresources Guangxi UniversityNanning 530004China Guangxi Key Laboratory of Forest Ecology and Conservation Guangxi Colleges and Universities Key Laboratory for Cultivation and Utilization of Subtropical Forest PlantationCollege of ForestryGuangxi UniversityNanning 530004China College of Informatics Huazhong Agricultural UniversityWuhan 430070China Guangxi Key Laboratory of sugarcane Biology College of AgricultureGuangxi UniversityNanning 530004China Key Laboratory of Horticultural Plant Biology Ministry of Education Huazhong Agricultural UniversityWuhan 430070China Zhengzhou Fruit Research Institute Chinese Academy of Agricultural SciencesZhengzhou 450009China National Key Laboratory of Tropical Crop Breeding Tropical Crops Genetic Resources InstituteChinese Academy of Tropical Agricultural SciencesHaikou 571101China

Structural variations(SVs)are a feature of plant genomes that has been largely unexplored despite their significant impact on plant phenotypic traits and local adaptation to abiotic and biotic *** this study,we employed woolly grape(Vitis retordii),a species native to the tropical and subtropical regions of East Asia with both coastal and inland habitats,as a valuable model for examining the impact of SVs on local *** assembled a haplotype-resolved chromosomal reference genome for woolly grape,and conducted population genetic analyses based on whole-genome sequencing(WGS)data from coastal and inland *** demographic analyses revealed recent bottlenecks in all populations and asymmetric gene flow from the inland to the coastal *** total,1,035 genes associated with plant adaptive regulation for salt stress,radiation,and environmental adaptation were detected underlying local selection by SVs and SNPs in the coastal population,of which 37.29% and 65.26% were detected by SVs and SNPs,*** genes such as FSD2,RGA1,and AAP8 associated with salt tolerance were found to be highly differentiated and selected during the process of local adaptation to coastal habitats in SV *** study highlights the importance of SVs in local adaptation;candidate genes related to salt stress and climatic adaptation to tropical and subtropical environments are important genomic resources for future breeding programs of grapevine and its rootstocks.

关键词： climate change grape breeding local adaptation with gene flow salt tolerance viticulture Vitis

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油棕线粒体比较基因组学和系统发育关系分析

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基因组学与应用生物学 2024年第8期43卷 1340-1352页

作者：苏相年杨选文侯婷曾宪海蒋国凤广西大学林学院广西森林生态与保育重点实验室南宁530004 热带作物生物育种全国重点实验室中国热带农业科学院椰子研究所文昌571339 中国农业科学院郑州果树研究所园艺作物种质创新与利用国家重点实验室郑州450009 青岛农业大学园艺学院青岛266109

油棕(Elaeis guineensis)是棕榈科(Arecaceae)油棕属(Elaeis)重要的产油物种,具有较高的经济价值,在全球热带和亚热带地区被广泛栽培利用。为探究油棕线粒体基因组特征及线粒体基因组系统发育关系,本研究利用三代测序数据组装了油棕线... 详细信息

油棕(Elaeis guineensis)是棕榈科(Arecaceae)油棕属(Elaeis)重要的产油物种,具有较高的经济价值,在全球热带和亚热带地区被广泛栽培利用。为探究油棕线粒体基因组特征及线粒体基因组系统发育关系,本研究利用三代测序数据组装了油棕线粒体基因组,大小为676774 bp。在油棕线粒体基因组中共鉴定到99个基因,包括45个不同功能类型的蛋白编码基因(protein coding genes,PCGs)、47个tRNA编码基因和7个rRNA编码基因,还鉴定到80个简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)和952个大于或等于300 bp的散在重复序列。通过对裸子植物、被子植物、苔藓植物和藻类植物的线粒体进行比较,发现裸子植物的线粒体基因组的G+C含量最高,其次是被子植物的,苔藓植物线粒体基因组最小,藻类植物线粒体基因组的G+C含量最低;其中棕榈科植物油棕、椰子(Cocos nucifera)和海枣(Phoenix dactylifera)的线粒体基因组大小相近,G+C含量均为45%左右,且精氨酸(Arg)是棕榈科植物的线粒体使用频率最高的重叠密码子。系统发育关系和共线性分析表明,油棕和椰子相较油棕和海枣具有更近的亲缘关系。棕榈科3种植物的线粒体基因组展现了较低的结构变异率,但呈现出较高的序列多样性。本研究基于三代数据组装了油棕线粒体基因组,为棕榈科物种种质资源保护、线粒体比较基因组学、遗传多样性、系统发育及密码子偏好性提供了良好的数据支撑。

关键词：油棕线粒体基因组结构特征基因组比较系统发育

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CDKN-2/p16基因甲基化失活与肺癌关系的研究

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中华医学遗传学杂志 2000年第1期17卷 36-38页

作者：苏长青单祥年南京八一医院全军肿瘤研究中心南京210002 南京师范大学生命科学学院

目的　研究CDKN2p16基因5′端调控序列区CpG岛甲基化的状态与肺癌发生发展的关系。方法　采用甲基化敏感性核酸内切酶酶切基因组DNA的方法,对89例肺癌的CDKN2p16基因进行了Southern杂交分析。结果　89例肺癌发现该基因甲基化21例,甲基... 详细信息

目的　研究CDKN2p16基因5′端调控序列区CpG岛甲基化的状态与肺癌发生发展的关系。方法　采用甲基化敏感性核酸内切酶酶切基因组DNA的方法,对89例肺癌的CDKN2p16基因进行了Southern杂交分析。结果　89例肺癌发现该基因甲基化21例,甲基化频率为23.6%(2189),其中17例发生于42例P16蛋白阴性表达的患者。结论　CDKN2p16基因5′端CpG岛甲基化可能是该基因失活的重要机理,参与肺癌的发生发展过程。

关键词：肺肿瘤 CDSN2/P16基因甲基化失活核酸内切酶

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肺癌p16基因缺失与P16蛋白失活的关系研究

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解放军医学杂志 1999年第4期24卷 288-290页

作者：苏长青叶玉坤单祥年解放军第81医院南京师范大学生命科学学院

抑癌基因ｐ１６是细胞增殖周期Ｐ１６－ＣＤＫ４－Ｃｙ－ｃｌｉｎＤ１－Ｒｂ调节环路的重要组件之一，Ｐ１６蛋白的丢失，必将引起细胞周期的失控，导致肿瘤的发生〔１，２〕。采用免疫组化和多重ＰＣＲ技术，对肺癌组织Ｐ１６蛋白的表... 详细信息

抑癌基因ｐ１６是细胞增殖周期Ｐ１６－ＣＤＫ４－Ｃｙ－ｃｌｉｎＤ１－Ｒｂ调节环路的重要组件之一，Ｐ１６蛋白的丢失，必将引起细胞周期的失控，导致肿瘤的发生〔１，２〕。采用免疫组化和多重ＰＣＲ技术，对肺癌组织Ｐ１６蛋白的表达和ｐ１６基因的缺失进行了研究，探...

关键词：肺肿瘤 P16基因缺失 P16蛋白失活

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肺癌组织p16和Rb基因mRNA表达的双重原位杂交观察

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临床与实验病理学杂志 2000年第3期16卷 180-183页

作者：苏长青叶玉坤王媛汪栋单祥年南京八一医院全军肿瘤研究中心南京师范大学生命科学学院210097

目的 :研究 p16和Rb基因在mRNA水平的表达及其与肺癌的关系。方法 :制备 p16和Rb基因cDNA探针 ,采用双重原位杂交的方法 ,对 89例肺癌和正常肺组织进行了 p16和Rb基因mRNA表达的定位研究。结果 :小细胞肺癌 p16mRNA阳性表达率高达 82 ... 详细信息

目的 :研究 p16和Rb基因在mRNA水平的表达及其与肺癌的关系。方法 :制备 p16和Rb基因cDNA探针 ,采用双重原位杂交的方法 ,对 89例肺癌和正常肺组织进行了 p16和Rb基因mRNA表达的定位研究。结果 :小细胞肺癌 p16mRNA阳性表达率高达 82 4% (14/ 17) ,而非小细胞肺癌阳性率为 45 8% (33/ 72 ) ,两者差异有显著性 (P <0 0 5 )。非小细胞肺癌RbmRNA阳性表达率为 81 9% (5 9/ 72 ) ,而小细胞肺癌阳性率仅 5 9% (1/ 17) ,两者差异有高度显著性 (P <0 0 1)。两种基因在蛋白水平和mRNA水平的表达基本相符。结论 :p16基因mRNA表达的丢失主要发生于非小细胞肺癌 ,Rb基因表达的丢失主要发生于小细胞肺癌。在翻译水平上也存在着引起 p16和Rb基因蛋白失活的可能机制。

关键词：肺肿瘤 p16基因原位杂交 mRNA

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肺癌CDKN2/p16基因纯合缺失的研究

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中华医学遗传学杂志 1999年第5期16卷 315-317页

作者：苏长青叶玉坤曹祥荣单祥年南京八一医院全军肿瘤研究中心南京210002 南京师范大学生命科学学院

目的　研究ＣＤＫＮ２／ｐ１６基因的缺失与肺癌发生、发展的关系。方法　采用多重聚合酶链反应技术，对８９例肺癌进行了ＣＤＫＮ２／ｐ１６基因第１、２外显子纯合缺失的分析研究。结果　标本取材方法的改良提高了聚合... 详细信息

目的　研究ＣＤＫＮ２／ｐ１６基因的缺失与肺癌发生、发展的关系。方法　采用多重聚合酶链反应技术，对８９例肺癌进行了ＣＤＫＮ２／ｐ１６基因第１、２外显子纯合缺失的分析研究。结果　标本取材方法的改良提高了聚合酶链反应技术对基因缺失的检出率，８９例肺癌中检出第１外显子缺失率１９．１％（１７／８９），第２外显子缺失率２２．５％（２０／８９），有１４例第１、２外显子共同缺失，第１或（和）第２外显子总缺失率为２５８％（２３／８９）。ＣＤＫＮ２／ｐ１６基因的缺失集中发生于非小细胞肺癌，并与转移和分期有关。结论ＣＤＫＮ２／ｐ１６基因的缺失是非小细胞肺癌的遗传易感因素，并在其恶性进展中起一定作用。

关键词：肺癌 CDKN2/p16基因聚合酶链反应

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在医学课程教学中建立首席教师负责制的思考

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中华医学教育探索杂志 2014年第11期13卷 1098-1101页

作者：黄亚玲王成白燕苏颖黄金莎王春旭季湘年华中科技大学同济医学院第一临床学院武汉430022 华中科技大学同济医学院基础学院解剖教研室武汉430022

探索在医学课程教学中建立首席教师负责制。设置首席教师对医学教师队伍建设、医学整合课程建设及青年教师教学能力提升十分必要。首席教师应该拥有一定职业素养、学术威望，具备一定的管理经验，投入足够时间与精力；承担组建课程教学... 详细信息

探索在医学课程教学中建立首席教师负责制。设置首席教师对医学教师队伍建设、医学整合课程建设及青年教师教学能力提升十分必要。首席教师应该拥有一定职业素养、学术威望，具备一定的管理经验，投入足够时间与精力；承担组建课程教学团队，明确教学目标，制定课程教学计划与学习指南，评价、反馈与优化课程等责任；在课程教学全过程中发挥核心、示范、督导的重要作用，推进教学改革与创新，保障医学课程教学质量，最终实现卓越医学人才培养目标。

关键词：医学课程教学首席教师职责

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首席教师负责制在神经病学课程改革中的应用探索

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中华医学教育探索杂志 2016年第9期15卷 906-909页

作者：黄亚玲张黎苏颖黄金莎王春旭王成季湘年华中科技大学附属协和医院儿科武汉430022 华中科技大学附属协和医院教学办公室武汉430022 华中科技大学附属协和医院神经内科武汉430022 华中科技大学附属同济医学院解剖教研室武汉430030

目的：探索首席教师负责制在神经病学课程中的实施效果及应用价值。方法将100名五年制临床医学专业学生，由计算机随机分为实验组16人、对照组84人。实验组设定首席教师，并组成教学团队，利用多种教学法进行课程教学。对照组仍实施传... 详细信息

目的：探索首席教师负责制在神经病学课程中的实施效果及应用价值。方法将100名五年制临床医学专业学生，由计算机随机分为实验组16人、对照组84人。实验组设定首席教师，并组成教学团队，利用多种教学法进行课程教学。对照组仍实施传统教学，进行同期对照。课程结束后，两组同时进行理论考试，盲法判卷，利用SPSS 13.0对考试结果行t检验，对两组的教学效果进行客观评价。实验组进行有关能力提升方面的问卷调查，了解学生对自身学习效果的主观评价。结果实验组学生理论考试成绩平均分为（73.87±7.12）、对照组为（73.18±9.94），差异无统计学意义（t=0.265，P=0.792）；实验组男、女学生成绩差异无统计学意义（t=0.068，P=0.947）。教学满意度调查结果显示，100%（16/16）的实验组学生认为自身在自主学习、分析问题、团队合作等能力方面有提高。结论推行首席教师负责制有利于加强教师团队建设，培养学生自主学习能力与保证考试公平。但仍需在提升师资质量、把控学生数量、过程监督等方面加以完善，以保障教学效果。

关键词：首席教师负责制课程教学神经病学

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非综合征母系遗传耳聋的分子遗传学研究

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南京师大学报（自然科学版） 1999年第1期22卷 68-72页

作者：严明刘宁生单祥年邢光前卜行宽武景阳苏占海杨焕明南京师范大学生物系南京铁道医学院生物教研室江苏省人民医院耳鼻喉科中国科学院遗传所人类基因组研究中心

对一个母系遗传的“线粒体耳聋”家系，应用ＰＣＲ，ＰＣＲ－ＳＳＣＰ，ＰＣＲ－ＲＦＬＰ，ＰＣＲ产物克隆测序技术对该家系ｍｔＤＮＡ进行了分析，发现该家系全部患者都有ｍｔＤＮＡ１２ＳｒＲＮＡ基因１５５５位点Ａ１５５５Ｇ突变，... 详细信息

对一个母系遗传的“线粒体耳聋”家系，应用ＰＣＲ，ＰＣＲ－ＳＳＣＰ，ＰＣＲ－ＲＦＬＰ，ＰＣＲ产物克隆测序技术对该家系ｍｔＤＮＡ进行了分析，发现该家系全部患者都有ｍｔＤＮＡ１２ＳｒＲＮＡ基因１５５５位点Ａ１５５５Ｇ突变，另外，除此突变位点外，我们还在部分患者中发现了一新的突变位点：ｍｔＤＮＡ１２ＳｒＲＮＡ基因１４３８位点Ａ→Ｇ改变，说明Ａ１５５５Ｇ突变可能是导致该家系耳聋的主要因素之一．

关键词：母系遗传耳聋聚合酶链反应分子遗传学

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赤麂Y2染色体的多态性及其与赤麂性别决定机制的关系

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南京师大学报（自然科学版） 2000年第1期23卷 77-79页

作者：郭金虎单祥年张锡然顾曙余苏占海南京医科大学江苏省生殖医学重点实验室南京210029 南京师范大学生命科学学院南京210097

发现赤麂Y2染色体的长臂在形态和结构上存在多态 ,根据这种多态性结合赤麂的SC特征 ,从细胞学水平进一步推断赤麂的性别决定相关区域位于染色体Y2 p或Y2

关键词：赤麂性染色体性别决定多态性麂属动物

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