检索结果-南通市图书馆

CRISPR/Cas12a技术在动物疫病检测方面的应用

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中国兽医杂志 2024年第4期60卷 92-97页

作者：孔玉方王慧煜袁向芬许晓琳吴绍强中国检验检疫科学研究院动物检验与检疫研究所北京大兴100176

CRISPR/Cas系统是由簇状规则间隔的短回文重复序列(CRISPR)和CRISPR相关蛋白(Cas)组成的一种基因编辑技术,可以特异地切割和识别靶标核酸基因。该技术具有检测速度快、灵敏度高和特异性强的优势,因此被广泛应用于动物疫病检测领域。本文... 详细信息

CRISPR/Cas系统是由簇状规则间隔的短回文重复序列(CRISPR)和CRISPR相关蛋白(Cas)组成的一种基因编辑技术,可以特异地切割和识别靶标核酸基因。该技术具有检测速度快、灵敏度高和特异性强的优势,因此被广泛应用于动物疫病检测领域。本文就CRISPR/Cas12a结合等温核酸扩增技术和可视化技术在动物疫病检测中的应用进行综述,并对其应用前景进行展望,以期为我国的养殖业和进境动物疫病的监测提供技术支撑。

关键词：簇状规则间隔的短回文重复序列及其相关蛋白12a(CRISPR/Cas12a) 动物疫病核酸检测试纸条

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猴痘病毒实时荧光LAMP检测方法的建立

黑龙江畜牧兽医 2024年第2期 72-78页

作者：许晓琳袁向芬孔玉方方鉴军王慧煜吴绍强中国检验检疫科学研究院动物检验与检疫研究所北京100176 中国人民解放军军事医学科学院北京100850

为建立一种特异性强、灵敏度高、操作简单的猴痘病毒(Monkeypox virus, MPXV)检测方法,试验针对MPXV保守区OPG002基因片段设计特异性引物,通过优化环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification, LAMP)反应体系中内引物... 详细信息

为建立一种特异性强、灵敏度高、操作简单的猴痘病毒(Monkeypox virus, MPXV)检测方法,试验针对MPXV保守区OPG002基因片段设计特异性引物,通过优化环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification, LAMP)反应体系中内引物、环引物体积及反应温度建立了一种MPXV实时荧光LAMP检测方法,对该方法的特异性和灵敏度进行了分析,并应用该方法检测了临床样品和模拟样品。结果表明:建立的MPXV实时荧光LAMP检测方法于64℃恒温反应60 min即可完成DNA检测;该方法能特异性地检出MPXV,最低检出限为25 copies/μL,灵敏度是普通PCR方法的20倍;该方法对12份临床样品的检测结果均为阴性,可检测出质粒浓度为0.5×10~2~0.5×10~6 copies/μL的模拟阳性样品。说明建立的MPXV荧光LAMP检测方法具有特异性强、灵敏度高、操作简单的优点,可用于MPXV的快速鉴别诊断。

关键词：猴痘猴痘病毒环介导等温扩增技术特异性灵敏度

Identification of tick-borne pathogens using metagenomic analyses in H.longicornis feeding on humans in downtown Beijing

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Animal Diseases 2021年第3期1卷 173-181页

作者： Jizhou Lv Huiyu Wang Xueqing Han Lin Mei xiangfen yuan Yufang Kong Junhua Deng Zhen F.Fu Shaoqiang Wu Xiangmei Lin Institute of Animal Inspection and Quarantine Chinese Academy of Inspection and QuarantineBeijing 100176China Department of Pathology College of Veterinary MedicineUniversity of GeorgiaAthens 30602USA

On August 14th,2018,a Beijing resident living in Xicheng District found a female H.longicornis tick attached to the skin at the front of his upper shin.On examination,the patient was afebrile and appeared well.The species of the tick was identified through morphological characteristics and phylogenetic analysis based on cytochrome C oxidase subunit I.This H.longicornis tick was screened for tick-borne pathogens such as viruses,bacteria and parasites.RNA pathogens were screened by PCR and sequencing,while DNA pathogens were screened by metagenomic analyses.It was found that the tick was positive for the DNA sequences of zoonotic and animal pathogens such as A phagocytophilum,Ehrlichia minasensis and C.burnetii.Considering the good health condition of the patient,we hypothesized that the pathogens originated from the tick specimen itself rather than host blood meal.For the first time,our study reveals the possible risk of transmission of tick-borne pathogens to human beings through tick bit in downtown Beijing.Further research is needed to screen for tick-borne pathogens among unfed ticks collected from central Beijing.

关键词： Tick-borne pathogens Metagenomic analyses H.longicornis Downtown Beijing

基于倒金字塔深度学习网络的三维医学图像分割

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计算机工程 2022年第12期48卷 304-311页

作者：张相芬刘艳袁非牛上海师范大学信息与机电工程学院上海201400

基于深度学习的医学图像分割对医学研究和临床疾病诊断具有重要意义。然而,现有三维脑图像分割网络仅依赖单一模态信息,且最后一层网络的特征表达不准确,导致分割精度降低。引入注意力机制,提出一种基于深度学习的多模态交叉重构的倒金... 详细信息

基于深度学习的医学图像分割对医学研究和临床疾病诊断具有重要意义。然而,现有三维脑图像分割网络仅依赖单一模态信息,且最后一层网络的特征表达不准确,导致分割精度降低。引入注意力机制,提出一种基于深度学习的多模态交叉重构的倒金字塔网络MCRAIP-Net。以多模态磁共振图像作为输入,通过三个独立的编码器结构提取各模态的特征信息,并将提取的特征信息在同一分辨率级进行初步融合。利用双通道交叉重构注意力模块实现多模态特征的细化与融合。在此基础上,采用倒金字塔解码器对解码器各阶段不同分辨率的特征进行整合,完成脑组织的分割任务。在MRBrainS13和IBSR18数据集上的实验结果表明,相比3D U-Net、MMAN、SW-3DUnet等网络,MCRAIP-Net能够充分利用多模态图像的互补信息,获取更准确丰富的细节特征且具有较优的分割精度,白质、灰质、脑脊液的Dice系数分别达到91.67%、88.95%、84.79%。

关键词：多模态融合交叉重构注意力倒金字塔解码器医学图像分割深度学习

知母特异性DNA条形码筛选、种质资源鉴定与遗传多样性分析

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中国中药杂志 2024年第1期49卷 88-99页

作者：窦西铭张靖晗王馨刘珊瑚石玥黄钰莹张晓芹何高洁安克露戚源王晓晖魏胜利张媛北京中医药大学中药学院北京102488 北京中医药大学北京中医药研究院北京102488 北京中医药大学生命科学院北京102488 河北序彤种业集团有限公司河北石家庄050501

知母Anemarrhena asphodeloides是临床方剂和中成药中常用药材。该研究利用Illumina平台测序获得7份不同产地的知母叶绿体基因组序列,通过比较基因组学分析筛选特异性DNA条形码,并利用DNA条形码对全国不同产地知母样品进行种质资源鉴定... 详细信息

知母Anemarrhena asphodeloides是临床方剂和中成药中常用药材。该研究利用Illumina平台测序获得7份不同产地的知母叶绿体基因组序列,通过比较基因组学分析筛选特异性DNA条形码,并利用DNA条形码对全国不同产地知母样品进行种质资源鉴定与遗传多样性分析。7份知母叶绿体基因组均具有环状结构,全长为156801~156930 bp,均注释113个基因,其中蛋白编码基因79个、tRNA基因30个、rRNA基因4个;比较基因组学分析显示rps16、trnG-GCC、atpF、rpoB、ycf3、rpl16、ndhF、trnS-GCU_trnG-GCC、petN-psbM、ndhF-rpl32可作为潜在的知母特异性DNA条形码。该研究选取序列长度在700~800 bp,且易于扩增的ycf3(第2内含子区)和atpF(内含子区)序列对26个产地594份知母样品进行PCR扩增和测序,序列分析结果显示ycf3和atpF序列分别能鉴定6、8个单倍型,2个序列联合分析能鉴别17个单倍型,命名为Hap1~Hap17。26个知母居群单倍型多样性(Hd)为0.68;核苷酸多样性(Pi)为0.93×10^(-3);遗传距离为0~0.0031,表明知母种内遗传多样性较丰富。中介邻接网络分析显示Hap5为最古老单倍型,主要分布在河北保定易县、山西忻州河曲县和山西临汾襄汾县。该研究对知母品种的鉴定、种质资源保护和开发及产地鉴别具有重要指导意义,为进一步揭示知母的遗传进化规律提供了研究基础。

关键词：知母叶绿体基因组种质资源单倍型遗传多样性

Molecular Identification of D. nuttalli and D.marginatus

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Animal Husbandry and Feed Science 2014年第4期6卷 159-164,215页

作者： Lv Jizhou Wang Zhenbao yuan xiangfen Wu Shaoqiang Institute of Animal Quarantine Chinese Academy of Inspection and Quarantine Yili Entry-exit Inspection and Quarantine Bureau

This study was to establish a molecular identification method to distinguish Dermacentor nuttalli(D. nuttalli) and Dermacentor marginatus(D. marginatus),and to study their phylogenetic relationship. The ticks were collected from domestic animals in Xinjiang Uygur Autonomous Region for morphological identification,then their genomic DNAs were isolated for amplifying mitochondrial 16 S rRNA and cytochrome oxidase subunit I gene(COI). The phylogenetic tree was constructed based on the sequencing results of PCR products by employing Mega 5. 0 and Mrbayes 3. 2 for homology analysis. Clustering analysis PCR product for 16 S rRNA from both D. marginatus and D. nuttalli was clustered together with their respective 16 S rRNA sequences previously accessed in GenBank,and that for COI gene as well. These are basically identical with morphological identification results. Our results indicate that morphological identification,combined with molecular markers,would be a simple and accurate method for distinguishing D. nuttalli and D. marginatus.

关键词： Mitochondrial cytochrome oxidase(COI) 16S rRNA Dermacentor nuttalli Dermacentor marginatus Molecular identification

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利用巨大芽孢杆菌制备高硫煤矸石肥料

环境工程学报 2015年第2期9卷 946-950页

作者：袁向芬谢承卫贵州大学化学与化工学院贵阳550025 贵州师范学院学报编辑部贵阳550018

高硫煤矸石的大量堆积对环境造成了严重污染,为了开发利用高硫煤矸石,对巨大芽孢杆菌处理高硫煤矸石生产煤矸石肥料进行了研究,包括煤矸石的粒径、体系p H、温度、接菌量、培养时间、振荡等因素条件对制备煤矸石肥料的影响,得到制备煤... 详细信息

高硫煤矸石的大量堆积对环境造成了严重污染,为了开发利用高硫煤矸石,对巨大芽孢杆菌处理高硫煤矸石生产煤矸石肥料进行了研究,包括煤矸石的粒径、体系p H、温度、接菌量、培养时间、振荡等因素条件对制备煤矸石肥料的影响,得到制备煤矸石肥料的最佳条件。研究表明,当煤矸石的粒径为60目、体系p H 7.0~8.0、接菌量为2.5×1014~5.0×1014cfu/g、30℃下培养5 d时煤矸石中的碱解氮、有效磷和速效钾的含量分别比原样提高了26.84倍、65.71倍和10.55倍;有效硫、有效钙和有效硅的含量分别比原煤矸石中提高2.70倍、1.27倍和1.07倍。

关键词：高硫煤矸石巨大芽孢杆菌肥料

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猫传染性腹膜炎诊断方法研究进展

黑龙江畜牧兽医 2023年第15期 36-41页

作者：许晓琳王慧煜袁向芬孔玉方吴绍强中国检验检疫科学研究院动物检验与检疫研究所北京100176

猫传染性腹膜炎(feline infectious peritonitis,FIP)是由猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)引起的全身性、致死性疾病。近年来,FIP在世界各地广泛流行,感染率呈上升趋势。文章对FIP的诊断方法进行了全面总结,以期为FIP的临床和实验室诊断提供... 详细信息

猫传染性腹膜炎(feline infectious peritonitis,FIP)是由猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)引起的全身性、致死性疾病。近年来,FIP在世界各地广泛流行,感染率呈上升趋势。文章对FIP的诊断方法进行了全面总结,以期为FIP的临床和实验室诊断提供参考和指导。

关键词：猫传染性腹膜炎猫冠状病毒积液诊断免疫组织化学基因突变

Molecular Identification of Hyalomma anatolicum,Hyalomma asiaticum and Hyalomma detritum

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Animal Husbandry and Feed Science 2014年第3期6卷 118-122页

作者： Lv Jizhou Wu Shaoqiang Zhang Yongning Wang Zhenbao Feng Chunyan Wang Caixia Deng Junhua yuan xiangfen Lin Xiangmei Institute of Animal Quarantine Chinese Academy of Inspection and Quarantine Yili Entry-exit Inspection and Quarantine Bureau

Hyalomma anatolicum, Hyalomma asiaticum and Hyalomma detritum are wide-spread tick vectors in China. They could transmit a great variety of serious animal and human pathogens, which are great threats to the health of human beings and the safety of stockbreeding. Most of them are distributed in Xinjiang and Inner Mongolia, and they share similar morphologies. This study is to establish a method for identifying H. anatolicum, H. asiaticum and H. detritum with molecular markers and to revealing the phylogenetic relationship of these ticks. Ticks were collected from domestic animals in Xinjiang and Inner Mongolia autonomous regions and classified by morphological characters. 16S rRNA and mitachondrial cytochrome oxidase subunit I gone （CO1） of ticks were amplified by PCR and subsequently sequenced. Phylogenetic trees were constructed by MEGA 5.0 and Mrbayes 3.2. On the 16S rRNA-based phylogenetic tree, H. anatolicum and H. aisaticum were clustered together with their respective classes. H. detritum was clustered with their respective class and the H. anatolicum, H. asiaticum formed distinct branches on the phylogenetic trees based on the COL The method based on morphology that combined with molecular 16S rRNA and COl seemed a simple and accurate method for species identification of H. anatolicum, H. asiaticum and H. detritum. n

关键词： Cytochrome oxidase subunit I gone （COI） 16S rRNA Hyalomma anatolicum Hyalomma asiaticum Hyalomma detritum Molecular identificatio