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大鼠肝硬化与肝再生的基因表达谱比较分析

解剖学报 2012年第4期43卷 458-467页

作者：秦志华丁博王改平樊晋宇杨军英徐存拴河南师范大学生命科学学院河南新乡453007 河南省-科技部共建细胞分化调控国家重点实验室培育基地河南新乡453007

目的了解肝硬化(LC)与肝再生(LR)的相关性。方法取成年SD雄性大鼠24只,每组6只,用CCl4诱导方法建立大鼠LC模型;将114只SD雄性大鼠随机分为19组,包括9个部分肝切除组,9个假手术组和1个正常对照组,用2/3肝切除手术建立LR模型。用大鼠全基... 详细信息

目的了解肝硬化(LC)与肝再生(LR)的相关性。方法取成年SD雄性大鼠24只,每组6只,用CCl4诱导方法建立大鼠LC模型;将114只SD雄性大鼠随机分为19组,包括9个部分肝切除组,9个假手术组和1个正常对照组,用2/3肝切除手术建立LR模型。用大鼠全基因组表达谱芯片Genome 230 2.0检测大鼠LC发生与大鼠LR中肝组织的基因表达谱,用生物信息学和系统生物学等方法分析基因表达谱预示的生理活动的异同,并用定量PCR证明芯片检测结果的可靠性。结果 LC发生中304个基因和LR中948个基因发生了有意义表达变化,其中121个基因为两者共有,183个基因为LC特有,827个基因为LR特有。H-clustering分析表明,LC和LR的生理活动未显示时间上的相关性。K-means聚类分析显示,LC和LR的C1～C5组基因表达趋势相似,C6组相反,但LR的变化更为丰富。应用基因本体论(GO)分类和功能聚类分析发现,在LC和LR中,免疫反应、炎症反应、细胞迁移、细胞黏附等生理活动增强,各种物质代谢活动减弱。其中,LC的刺激反应在C2强于肝再生,在C6弱于肝再生,而DNA修复、细胞增殖、脂类代谢、内环境稳态和氧化应激等均弱于肝再生。结论 LC与LR的基因表达变化和生理活动有共同方面,也有差异之处。

关键词：肝硬化肝再生 Genome 230 2.0芯片荧光定量PCR 基因表达谱大鼠

免疫抑制治疗的肾脏疾病患者并发肺孢子菌肺炎的临床特点及死亡风险因素分析

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中华预防医学杂志 2024年第5期58卷 673-678页

作者：沈存许戎首都医科大学附属北京中医医院肾病科北京100010 北京大学第一医院肾内科北京大学肾脏疾病研究所中国医学科学院免疫介导肾病诊治创新单元北京100034

探讨免疫抑制治疗的肾脏疾病患者并发耶氏肺孢子菌肺炎(PJP)的临床特点及死亡风险因素。采用回顾性病例系列研究。收集2006年1月1日至2021年8月31日在北京大学第一医院肾内科或呼吸科就诊的接受免疫抑制治疗的肾脏疾病合并PJP的52例患者... 详细信息

探讨免疫抑制治疗的肾脏疾病患者并发耶氏肺孢子菌肺炎(PJP)的临床特点及死亡风险因素。采用回顾性病例系列研究。收集2006年1月1日至2021年8月31日在北京大学第一医院肾内科或呼吸科就诊的接受免疫抑制治疗的肾脏疾病合并PJP的52例患者,根据患者临床结局,分为存活组(36例)和死亡组(16例),单因素分析比较两组病例临床特点的差异,进一步采用多因素logistic回归模型分析其死亡风险因素。结果显示,临床资料分析显示52例患者入院时中位血肌酐192.5(109.8,293.7)μmol/L,急性肾损伤发生率为63.5%(33/52例)。单因素分析示存活组和死亡组在年龄(t=1.197,P=0.030)、C反应蛋白水平(t=2.378,P=0.022)、PJP起病至确诊时间(χ^(2)=6.62,P=0.010)、PJP严重程度(χ^(2)=5.482,P=0.019)、并发脓毒症休克(χ^(2)=3.997,P=0.046)、机械通气(χ^(2)=11.755,P=0.001)和血液净化治疗(χ^(2)=4.748,P=0.029)方面均差异有统计学意义。两组在性别、PJP发病前激素治疗时间和使用剂量、甲基泼尼松龙冲击、免疫抑制剂的使用和住院抗PJP治疗前后血肌酐水平方面差异均无统计学意义(均P>0.05)。进一步多因素分析显示PJP起病至确诊时间>10 d(OR=40.945,95%CI:1.738~451.214;P=0.021)和重度PJP(OR=25.502,95%CI:1.426~74.806;P=0.028)为免疫抑制治疗的肾脏疾病合并PJP患者发生死亡的独立危险因素。综上,PJP起病至确诊时间和重度PJP是免疫抑制治疗的肾脏疾病合并PJP患者发生死亡的独立危险因素,临床应密切关注患者氧合情况,早期确诊以预防PJP加重并改善预后。

关键词：肺孢子菌肺炎肾脏疾病免疫抑制治疗临床特点死亡危险因素

Experimental study on photodegradation and leaching of typical pesticides in greenhouse soil from Shouguang, Shandong Province, East China

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Ecological Processes 2024年第2期 32-47页

作者： Li-Ting Hua Rui-Lin Wu cun-Lu Li Chao-Nan Wang Yi-Long Li Fu-Liu xu MOE Laboratory for Earth Surface Processes College of Urban and Envi-ronmental Sciences Peking University Department of Ecology and Environment of Shanxi Province

Background Pesticide use contributes to national food security. The dissipation pathways and degradation mecha-nisms of pesticides have been widely studied and pesticide residues have remained a focus of public concern. How-ever, studies on the migration and transformation behaviors of pesticide residues in real-world greenhouse soils are insufficient. Therefore, in this study, we collected greenhouse soil from Shouguang, Shandong Province, and investi-gated the photodegradation and leaching of 17 common pesticides, which leave residues in the soil and are the most frequently used pesticides in Shouguang. The environmental behavior of pesticides in greenhouse soils will provide new information on pesticide residues in the real environment and provide a scientific basis for the prevention and control of pesticide pollution in greenhouse *** The photodegradation of trifloxystrobin followed a first-order kinetic equation, whereas those of emamec-tin benzoate, chlorantraniliprole, buprofezin, difenoconazole, pyraclostrobin, boscalid, tebuconazole, isoprothiolane, metalaxyl, and oxadixyl followed second-order kinetics. The half-lives of 17 pesticides under light and dark conditions ranged from 2.5–104(mean: 36.2) and 2.6–110(mean: 31.4) days, respectively. The half-lives of emamectin benzoate, pyraclostrobin, and metalaxyl in the light were 86.6%, 68.5%, and 94.5% of their half-lives in the dark, respectively. Chlorantraniliprole, metalaxyl, nitenpyram, diethofencarb, acetamiprid, carbendazim, and oxadixyl were leached to ≥ 90% in aqueous solution. Six pesticides, avermectin B1A, emamectin benzoate, trifloxystrobin, difenoconazole, pyraclostrobin, and buprofezin, were difficult to leach from aqueous *** The degradation rate of some pesticides was higher in the light environment than in the dark. The leaching potential of the leachable pesticides was nitenpyram ? metalaxyl > acetamiprid > carbendazim > diethofen-carb ≈ chlorantraniliprole > iso

关键词：

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microRNA与肝癌

基础医学与临床 2016年第10期36卷 1429-1432页

作者：张春艳张富春马纪王莹徐存拴新疆大学生命科学与技术学院新疆生物资源基因工程重点实验室新疆乌鲁木齐830046 河南师范大学省部共建细胞分化调控国家重点实验室培育基地河南新乡453007 暨南大学生命科学技术学院生物工程学系广东广州510632

肝癌是世界上最常见的恶性肿瘤之一,其发病率和病死率极高。microRNA(miRNA)是一类单链的非编码RNA,通常在转录后水平调控基因的表达。最近多项研究表明miRNA在肝癌中发挥着重要作用,已经成为肝癌诊断、治疗中的一个靶标。

关键词：肝癌 miRNA 诊断治疗

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改进的大鼠肝实质细胞的快速分离及鉴定方法

河南师范大学学报（自然科学版） 2006年第2期34卷 94-97页

作者：张文学李莉赵良真刘文玲徐存拴河南师范大学生命科学学院河南新乡453007

介绍一种分离、鉴定肝实质细胞的新方法.采用恒流泵、不锈钢滤网等简易灌流装置,对成年大鼠进行原位灌注分离肝实质细胞;并根据肝实质细胞能组成型表达6-磷酸葡萄糖酶这一特性,采用酶细胞化学技术鉴定肝实质细胞.经本实验改进的肝实质... 详细信息

介绍一种分离、鉴定肝实质细胞的新方法.采用恒流泵、不锈钢滤网等简易灌流装置,对成年大鼠进行原位灌注分离肝实质细胞;并根据肝实质细胞能组成型表达6-磷酸葡萄糖酶这一特性,采用酶细胞化学技术鉴定肝实质细胞.经本实验改进的肝实质细胞分离方法具有简便、快捷、可靠的特点,为进一步研究肝实质细胞的各种功能奠定了基础.

关键词：大鼠肝实质细胞 6-磷酸葡萄糖酶

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氧化磷酸化相关基因在大鼠肝再生中表达模式

江西农业大学学报 2009年第6期31卷 1107-1112页

作者：蔺芳穆瑞瑞赵红艳朱红霞徐存拴新乡学院生命科学与技术系河南新乡453000 河南师范大学生命科学学院河南新乡453000

为在基因转录水平了解氧化磷酸化相关基因在肝再生(liver regeneration,LR)中的作用,通过搜索网站资料和查阅相关论文等方法获得上述基因,用Rat Genome 230 2.0芯片检测它们在大鼠再生肝中表达变化,初步证实上述基因中31个基因与肝再生... 详细信息

为在基因转录水平了解氧化磷酸化相关基因在肝再生(liver regeneration,LR)中的作用,通过搜索网站资料和查阅相关论文等方法获得上述基因,用Rat Genome 230 2.0芯片检测它们在大鼠再生肝中表达变化,初步证实上述基因中31个基因与肝再生相关。它们表达的相似性分为均上调、上调占优势、均下调、下调占优势、上调和下调相近等5类,分别涉及9、1、15、4和2个基因,共表达上调42次、下调102次,表明肝再生中表达降低基因多于表达加强基因。它们表达的时间相关性分为12组,表明肝再生中细胞生理生化活动具有阶段性。根据芯片结果推测,肝再生早期和前期氧化磷酸化反应和ATP合成减少,中期和后期增强。其中,31个肝再生相关基因起重要作用。

关键词：部分肝切除 Rat Genome 230 2.0芯片氧化磷酸化肝再生相关基因

大鼠肝再生启动阶段肝细胞CCAAT增强子结合蛋白ζ mRNA、微小RNA-136-3p和4种环状RNA的表达和作用

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解剖学报 2021年第6期52卷 921-924页

作者：高寒王子慧臧夏炎靳伟常翠芳郭建林徐存拴河南师范大学生命科学学院河南新乡453007 河南省-科技部共建细胞分化调控国家重点实验室培育基地河南新乡453007

目的了解大鼠肝再生启动阶段CCAAT增强子结合蛋白ζ(CEBPζ)mRNA、miR-136-3p、rno-Got1_0001、rno-Crebrf_0009、rno-Slc38a9_0001和rno-LOC100362999_0001调节肝细胞处于G_(0)期还是G_(1)期的途径和方法。方法按Higgins等方法制备大鼠2/3肝切除(PH)模型,按Smedsrod等方法分离肝细胞,用大规模定量分析技术检测大鼠肝再生中肝细胞的ceRNA表达变化,用Cytoscape 3.2软件构建竞争性内源RNA(ceRNA)的相互作用网络,用ceRNA综合分析等方法解析它们表达的相关性和作用相关性。结果PH后0 h和6 h时,CEBPζmRNA的比值为0.97±0.15和2.56±0.12,miR-136-3p为1.05±0.32和0.38±0.04,rno-Got1_0001为0.33±0.03和4.35±0.78,rnoCrebrf_0009为1.17±0.32和2.99±0.28,rno-Slc38a9_0001为0.67±0.08和2.64±0.29,rno-LOC100362999_0001为0.25±0.02和0.92±0.22。CEBPζ抑制的G_(0)期相关基因细胞周期蛋白依赖性激酶2相关蛋白2(CDK2AP2)为2.55±0.42和0.74±0.11,myb1膜运输蛋白的靶标(TOM1)为2.80±0.91和1.40±0.36,含缬草肽蛋白质(VCP)为2.63±0.17和1.10±0.10。CEBPζ促进的G_(1)期相关基因c AMP响应元件结合蛋白3样4(CREB3L4)为1.13±0.63和2.00±0.81,硫氧还蛋白相互作用蛋白(TXNIP)为1.03±0.07和2.50±0.19。结论PH后0 h时,CEBPζmRNA未上调,有利于CEBPζ抑制G_(0)期相关基因的表达和肝细胞处于G_(0)期。相反,PH后6 h时,rno-Got1_0001、rno-Crebrf_0009、rnoSlc38a9_0001、rno-LOC100362999_0001和miR-136-3p的相互作用解除了后者对CEBPζmRNA的抑制,有利于CEBPζ的形成,有利于CEBPζ促进G_(1)期相关基因的表达和肝细胞处于G_(1)期。

关键词：肝再生 G_(0)期肝细胞 G_(1)期肝细胞 CCAAT增强子结合蛋白ζ 竞争性内源RNA综合分析生物高通量检测大鼠

CCl4诱导的大鼠急性肝[功能]衰竭与恢复过程中基因表达变化及作用分析

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中国生物化学与分子生物学报 2019年第9期35卷 986-995页

作者：郭学强郗玲玲王亚豪郭跃东张照可徐存拴陈广文河南师范大学生命科学学院河南省-科技部共建细胞分化调控国家重点实验培育基地

急性肝[功能]衰竭(acute liver failure,ALF)是一种危害较大的肝疾病,因其诱发和影响因素众多,导致其发生和发展机制尚不完全清楚。本文构建了四氯化碳(CCl4)诱导的大鼠ALF模型,通过检测血清ALT和AST活性、肝系数及形态结构进行建模评估... 详细信息

急性肝[功能]衰竭(acute liver failure,ALF)是一种危害较大的肝疾病,因其诱发和影响因素众多,导致其发生和发展机制尚不完全清楚。本文构建了四氯化碳(CCl4)诱导的大鼠ALF模型,通过检测血清ALT和AST活性、肝系数及形态结构进行建模评估,用大鼠基因组230 2. 0芯片和生物信息学方法检测和分析了相关基因表达变化,用qRT-PCR和Western印迹检测了其机制相关基因在mRNA和蛋白质水平的表达变化。结果表明,本研究成功建立了可靠的大鼠ALF模型。检测发现,6 681个基因发生了有意义的表达变化。其中,4 819个基因与ALF相关。在急性肝[功能]衰竭过程中,细胞存活、增殖和分化等生理活动及IL-1、IL-6和IL-8等信号通路的信号传导活性增强,而细胞凋亡以及p53、ATM和AMPK等信号通路减弱。基于本文结果推测,在ALF的损伤和进展阶段,炎症因子IL-1R1、TNFR1和TNFR2等通过IL-1α→IL-1R1→→MAPK8→FOS/JUN途径和/或TNF-α→TNFR1/B→→NF-κB→→Caspases途径促进细胞凋亡、炎症反应和免疫应答;抑癌基因TP53在进展和恢复阶段,通过p53途径调节细胞凋亡;TNF-α和IL-10在恢复阶段,通过NF-κB、JAK-STAT和MAPK等信号通路激活增殖相关基因表达,促进肝细胞增殖。本文推测,在CCl4诱导的急性肝[功能]衰竭中,IL-1R1、TNFR1、TNFR2、CASPASE3、TP53、PCNA和NF-κB等基因发挥重要作用。本文为了解急性肝[功能]衰竭的发生和发展机制提供了有用的信息。

关键词：急性肝[功能]衰竭四氯化碳大鼠基因组230 2. 0芯片细胞凋亡

生长停滞和DNA损伤诱导蛋白45α在肝再生及肝病中的研究进展

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解剖学报 2018年第2期49卷 268-272页

作者：杨献光李帅洪和春翠夏聪朱琳赵卫明徐存拴河南师范大学生命科学学院河南新乡453007 河南省一科技部共建细胞分化国家重点实验室培育基地河南新乡453007

生长停滞和DNA损伤诱导蛋白45α(GADD45α)是一种应激诱导蛋白,它可诱导Gadd45α基因的表达。GADD45α在再生肝及肝硬化、肝癌、肝衰竭等肝病中表达显著上调,与多种肝病发生发展及预后密切相关。GADD45α蛋白通过与其他蛋白相互作用,在... 详细信息

生长停滞和DNA损伤诱导蛋白45α(GADD45α)是一种应激诱导蛋白,它可诱导Gadd45α基因的表达。GADD45α在再生肝及肝硬化、肝癌、肝衰竭等肝病中表达显著上调,与多种肝病发生发展及预后密切相关。GADD45α蛋白通过与其他蛋白相互作用,在调控细胞周期、维持基因组稳定、诱导细胞凋亡等方面发挥重要作用。以下我们综述了GADD45α与肝再生关系的研究进展,为进一步了解肝再生与肝脏疾病的发生机制以及治疗和预防肝病奠定基础。

关键词：肝再生生长停滞和DNA损伤诱导蛋白45α DNA损伤修复细胞增殖