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Characterization and validation of somatic mutation spectrum to reveal heterogeneity in gastric cancer by single cell sequencing

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Science Bulletin 2019年第4期64卷 236-244页

作者： Lihua Peng Rui Xing Dongbing Liu Li Bao Wenxiang Cheng Hongyi Wang Yuan Yu Xiaofeng Liu Lu Jiang Yan Wu Zhongxue An Qiaoyi Liang Ryong Nam Kim Young Kee Shin Huanming Yang Jian Wang Jun Yu Xiuqing Zhang xun xu Jiaan Yang Kui Wu shida Zhu Youyong Lu BGI-Shenzhen China National GeneBank-Shenzhen BGI-Shenzhen Laboratory of Molecular Oncology Key Laboratory of Carcinogenesis and Translational Research (Ministry of Education) Peking University Cancer Hospital & Institute Department of Drug Design and Pharmacology University of Copenhagen Shenzhen Institute of Advanced Technology Chinese Academy of Sciences Department of Histology and Embryology Inner Mongolia Medical University Department of Medicine and Therapeutics State Key Laboratory of Digestive Disease Institute of Digestive Disease and Li Ka Shing Institute of Health Sciences The Chinese University of Hong Kong Department of Pharmacy College of Pharmacy Seoul National University James D. Watson Institute of Genome Sciences Micro Pharmatech Ltd Department of Biology University of Copenhagen

Gastric cancer(GC) is a highly heterogeneous disease with multiple cellular types and poor ***, the cellular evolution and molecular basis of GC at the individual intra-tumor level has not been well demonstrated. We performed single-cell whole exome sequencing to detect somatic singlenucleotide variants(SNVs) and significantly mutated genes(SMGs) among 34 tumor cells and 9 normal cells from a patient with GC. The Complete Prediction for Protein Conformation(CPPC) approach directly predicting the folding conformation of the protein 3D structure with Protein Folding Shape Code, combined with functional experiments were used to confirm the characterization of mutated SMGs in GC cells. We identified 201 somatic SNVs, including 117 non-synonymous mutations in GC cells. Further analysis identified 24 significant mutated genes(SMGs) in single cells, for which a single amino acid change might affect protein conformation. Among them, two genes(CDC27 and FLG) that were mutated only in single cells but not in the corresponding tumor tissue, were recurrently present in another GC tissue cohort, and may play a potential role to promote carcinogenesis, as confirmed by functional characterization. Our findings showed a mutational landscape of GC at intra-tumor level for the first time and provided opportunities for understanding the heterogeneity and individualized target therapy for this disease.

关键词： Gastric cancer Single-cell whole exome sequencing SNV Signi-cell mutated gene Heterogeneity

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富脯氨酸胶原蛋白的重组表达及热稳定性研究

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食品与发酵工业 2022年第5期48卷 15-22页

作者：胡金远乔士达张萌许菲江南大学生物工程学院江苏无锡214122

细菌胶原蛋白制备工艺简单、成本低,在食品、医药材料等领域有着广泛的应用前景,但细菌胶原蛋白的热稳定性低,限制了其应用。该文以截短的酿脓链球菌胶原蛋白Scl2序列为研究对象,通过嵌合富脯氨酸序列,构建了表达高热稳定性重组胶原蛋... 详细信息

细菌胶原蛋白制备工艺简单、成本低,在食品、医药材料等领域有着广泛的应用前景,但细菌胶原蛋白的热稳定性低,限制了其应用。该文以截短的酿脓链球菌胶原蛋白Scl2序列为研究对象,通过嵌合富脯氨酸序列,构建了表达高热稳定性重组胶原蛋白的大肠杆菌基因工程菌,并对重组菌株的发酵条件进行优化。结果表明,在诱导菌体浓度为OD_(600)值为2.5,发酵时间为24 h、诱导剂终浓度为1.0 mmol/L、诱导温度为35℃时,富脯氨酸胶原蛋白产量最高。通过十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰氨凝胶电泳(sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis, SDS-PAGE)和质谱鉴定,亲和纯化后获得高纯度胶原蛋白,圆二色谱实验证明所制备的胶原蛋白能正确折叠形成三股螺旋结构。在N端和C端同时嵌合富脯氨酸序列(Pro-Pro-Gly);的胶原蛋白的热稳定性提高最大,T;值与原始胶原蛋白Sp2B相比提高了23℃,为设计高热稳定性的重组胶原蛋白材料提供了基础。

关键词：胶原蛋白异源表达发酵优化热稳定性富脯氨酸

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面向6G智能终端身份鉴别技术

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物联网学报 2020年第1期4卷 131-138页

作者：夏仕达徐瑨陶小峰北京邮电大学移动互联网安全技术国家工程实验室北京100876

智能终端将极大地拓展6G的应用,也使6G面临更大的安全威胁,实现可靠的终端身份鉴别是保证6G网络安全的前提。针对6G网络架构与终端特点,归纳了身份鉴别技术在面向6G智能终端时的挑战与需求;进一步分析了面向6G智能终端身份鉴别的发展趋... 详细信息

智能终端将极大地拓展6G的应用,也使6G面临更大的安全威胁,实现可靠的终端身份鉴别是保证6G网络安全的前提。针对6G网络架构与终端特点,归纳了身份鉴别技术在面向6G智能终端时的挑战与需求;进一步分析了面向6G智能终端身份鉴别的发展趋势;最后,探索了物理层认证在6G网络智能终端身份鉴别中的可能实现机制。

关键词：智能终端 6G 身份鉴别物理层认证

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基于小波包和支持向量机的传感器故障诊断方法

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南京理工大学学报 2008年第5期32卷 609-614页

作者：冯志刚王祁徐涛信太克规哈尔滨工业大学电气工程及自动化学院黑龙江哈尔滨150001 沈阳航空工业学院自动化学院辽宁沈阳110136

针对自确认压力传感器的故障诊断问题,提出了一种基于小波包变换和支持向量机的传感器故障诊断方法。该方法对传感器输出信号进行三层小波包分解,提取各个节点的小波包系数,对每个节点的小波包系数通过一定的削减算法增强故障特征,然后... 详细信息

针对自确认压力传感器的故障诊断问题,提出了一种基于小波包变换和支持向量机的传感器故障诊断方法。该方法对传感器输出信号进行三层小波包分解,提取各个节点的小波包系数,对每个节点的小波包系数通过一定的削减算法增强故障特征,然后利用重构的时域信号计算各个节点的能量以及整个信号的削减比作为特征向量,以此作为输入来建立支持向量多分类机,判断传感器的故障类型。对自确认压力传感器、温度和流量传感器的故障诊断结果表明,该方法能有效地应用于传感器的故障诊断中。

关键词：小波包支持向量机特征提取传感器故障诊断

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一种基于层析成像技术提高浅地表面波勘探水平分辨率的方法

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地球物理学报 2018年第6期61卷 2380-2395页

作者：尹晓菲胥鸿睿夏江海孙石达王芃中国地震局地震预测研究所北京100036 中国地质大学(武汉)地球内部成像与探测实验室武汉430074 浙江大学地球科学学院杭州310027 华中科技大学物理学院基本物理量测量教育部重点实验室武汉430074

在高频面波方法中,水平分辨率是指水平方向上分辨异常体的能力.异常体在水平方向上的长度可用水平方向上横波速度的异常尺度来确定.面波多道分析(MASW)方法被广泛应用于浅地表横波速度结构的探测,然而该方法确定的横波速度是整个检波器... 详细信息

在高频面波方法中,水平分辨率是指水平方向上分辨异常体的能力.异常体在水平方向上的长度可用水平方向上横波速度的异常尺度来确定.面波多道分析(MASW)方法被广泛应用于浅地表横波速度结构的探测,然而该方法确定的横波速度是整个检波器排列的平均计算结果,因此水平分辨率较差.另外,采用共中心点(CMP)多次覆盖的方式采集数据亦增加了野外的工作量.我们在MASW方法的基础上,应用面波层析成像方法,提出一套提高面波勘探水平分辨率的完整方法的技术流程.首先,利用波场分离技术获得准确的基阶或高阶模式面波,采用相位扫描的互相关方法测量多道面波记录中任意两道之间的面波走时;然后根据面波层析成像方法,获得高分辨率的各目标网格内的纯路径相速度频散曲线;最后反演所有目标网格内的纯路径相速度频散曲线,得到研究区域的拟二维横波速度结构.这套方法具有一定的抗噪能力,理论上它可以准确地提取相邻两道之间面波的相速度频散曲线;同时由于该方法最少只需要1个排列就可以获得拟二维横波速度结构,因此它显著减小了野外工作量.理论模型和实际资料都证实了这套方法可有效提高面波勘探的水平分辨率.

关键词：水平分辨率纯路径相速度频散曲线面波层析成像方法拟二维横波速度结构

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细菌非编码小RNA对细菌毒力的调控作用

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华西口腔医学杂志 2016年第4期34卷 433-438页

作者：王禄郑欣王诗达李继遥徐欣口腔疾病研究国家重点实验室、华西口腔医院牙体牙髓病科(四川大学) 口腔疾病研究国家重点实验室华西口腔医院全科门诊(四川大学)成都610041

在病原菌与宿主长期的交互作用过程中，病原菌可通过调节相关基因的表达响应宿主微环境的变化，以适应宿主内环境并在宿主体内生存。过去认为，细菌的基因表达调控主要发生在转录水平。近年发现，细菌非编码小RNA（sRNA）在调控细菌致... 详细信息

在病原菌与宿主长期的交互作用过程中，病原菌可通过调节相关基因的表达响应宿主微环境的变化，以适应宿主内环境并在宿主体内生存。过去认为，细菌的基因表达调控主要发生在转录水平。近年发现，细菌非编码小RNA（sRNA）在调控细菌致病机制方面发挥着重要作用。细菌sRNA是一类长度在50-500个核苷酸之间的非编码RNA，病原菌可感受宿主微环境的变化，通过sRNA调控自身毒力相关基因的表达，促进致病菌在宿主内的生存能力，利于致病菌对宿主的侵袭及致病。相对于各种转录因子，sRNA介导的基因表达调控可使细菌更快速、灵敏地对外界环境变化作出应答。目前已发现多种与细菌毒力及致病性相关的sRNA，可在转录后水平精细调节细菌毒力及其致病机制。本文就sRNA调控细菌毒力的分子机制及其在常见病原菌致病过程中的作用进行综述。

关键词：非编码小RNA 转录后调控细菌毒力因子

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水平层状模型中多模式瑞雷波和拉夫波相速度频散曲线的灵敏度分析

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石油地球物理勘探 2020年第1期55卷 136-146,9页

作者：尹晓菲胥鸿睿郝晓菡孙石达王芃中国地震局地震预测研究所北京100036 中国地质大学(武汉)地球内部成像与探测实验室湖北武汉430074 浙江省交通规划设计研究院有限公司浙江杭州310000 华中科技大学物理学院基本物理测量教育部重点实验室湖北武汉430074

以瑞雷波和拉夫波为主要研究对象的高频面波方法,在地下水、环境及工程等领域被广泛应用。对于水平层状模型,横波速度是影响多模式瑞雷波和拉夫波相速度频散曲线的最重要参数。文中利用雅可比矩阵探究多模式瑞雷波和拉夫波相速度对不同... 详细信息

以瑞雷波和拉夫波为主要研究对象的高频面波方法,在地下水、环境及工程等领域被广泛应用。对于水平层状模型,横波速度是影响多模式瑞雷波和拉夫波相速度频散曲线的最重要参数。文中利用雅可比矩阵探究多模式瑞雷波和拉夫波相速度对不同深度地层横波速度的灵敏度。研究表明:①不同模式的面波对相同地层横波速度的灵敏度不同;无论是瑞雷波还是拉夫波,低频面波比高频面波对较深层横波速度更灵敏;同时,整个高频段都是多模式面波相速度频散曲线对表层横波速度改变的灵敏频段。②基于对速度递增模型和两种速度异常层(含低速夹层或高速夹层)模型进行的测试分析,认为多模式瑞雷波和拉夫波相速度频散曲线对低速层横波速度的灵敏度高,而对高速层及速度异常层(低速层或高速层)下伏地层横波速度的灵敏度低。③相同模式拉夫波相速度频散曲线对同一地层横波速度的高灵敏度频段范围比瑞雷波的更宽,瑞雷波和拉夫波相速度频散曲线对相同地层横波速度的灵敏度峰值存在差异,因此联合反演多模式瑞雷波和拉夫波相速度频散曲线有利于获得高精度的浅地表横波速度。

关键词：瑞雷波拉夫波多模式相速度频散曲线雅可比矩阵灵敏度分析

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聚光太阳能光伏/温差热复合发电系统设计与性能测试

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农业工程学报 2018年第15期34卷 246-254页

作者：王立舒冯广焕张旭孙士达李欣然东北农业大学电气与信息学院哈尔滨150030

针对现代温室用电成本高、太阳能利用效率低及余热能量浪费的问题。论文探究了光伏温差混合发电的机理,设计了一种聚光太阳能光伏/温差复合发电系统,该系统利用抛物型聚光器进行聚光,采用三角形热管对光伏电池热量进行传递,完成了以下目... 详细信息

针对现代温室用电成本高、太阳能利用效率低及余热能量浪费的问题。论文探究了光伏温差混合发电的机理,设计了一种聚光太阳能光伏/温差复合发电系统,该系统利用抛物型聚光器进行聚光,采用三角形热管对光伏电池热量进行传递,完成了以下目标:光伏电池的一部分热量通过温差电池实现二次发电;另一部分通过热管内水对流将多余热量传递到储热箱进行热利用。为测试该复合发电系统电/热性能,建立了电/热数学的模型对系统的能量转换进行分析,并进行试验,得出全年四季不同光辐射强度、冷却水流量对系统的影响。冬季测试期间电效率最高达到20.98%,热效率达到39.81%,?效率达到32.5%。结果表明,该系统与无聚光光伏温差混合发电系统相比效率较高且稳定。所获电能可为温室内环境监控、照明系统供电,并能为作物生长提供部分热能。

关键词：太阳能发电温度光伏电池能量转换

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自确认传感器技术研究

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电子器件 2006年第3期29卷 848-854页

作者：冯志刚王祁徐涛信太克规哈尔滨工业大学自动化测试与控制系哈尔滨150001

利用自确认传感器的功能框图,介绍了自确认传感器的工作原理,并且对自确认传感器和传统传感器进行了比较,给出了自确认传感器的优势,最后从传感器故障诊断和数据恢复,自确认传感器硬件开发和自确认传感器开发、研制三个方面介绍了自确... 详细信息

利用自确认传感器的功能框图,介绍了自确认传感器的工作原理,并且对自确认传感器和传统传感器进行了比较,给出了自确认传感器的优势,最后从传感器故障诊断和数据恢复,自确认传感器硬件开发和自确认传感器开发、研制三个方面介绍了自确认传感器的研究进展。

关键词：自确认传感器不确定度故障诊断数据恢复

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内弹道对自动步枪枪管瞬态温场影响计算分析

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弹道学报 2020年第4期32卷 54-62页

作者：陈仕达何龙姜荃康锦煜徐诚南京理工大学机械工程学院江苏南京210094 中国兵器工业208研究所北京102202

为了探究在2种不同的内弹道条件下自动步枪连发射击过程中枪管温度场的差异,建立了普通自动步枪身管三维传热模型,通过试验验证了模型的正确性。进行了瞬态温度场仿真计算,得到了“膛压缓和上升内弹道方案”和“膛压快速上升内弹道方案... 详细信息

为了探究在2种不同的内弹道条件下自动步枪连发射击过程中枪管温度场的差异,建立了普通自动步枪身管三维传热模型,通过试验验证了模型的正确性。进行了瞬态温度场仿真计算,得到了“膛压缓和上升内弹道方案”和“膛压快速上升内弹道方案”2种内弹道条件下30发和150发连续射击后枪管温度场与位移场的空间分布及演化情况。计算结果表明:“膛压缓和上升内弹道方案”与“膛压快速上升内弹道方案”相比,瞬态温度和位移上升速率更大。第一个方案除枪管尾部区域略低外,其他大部分区域瞬态温度分布较高,且温度引起位移变形也变大。2种方案的差异在膛口处达到最大值。瞬时高温对内壁产生烧蚀作用,这对枪管寿命和冷热偏不利。因此自动步枪内弹道调整为膛压快速上升内弹道方案对步枪性能提升更有利。

关键词：自动步枪身管内弹道温度场位移场

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