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A New Hidden markov Model for Protein Quality Assessment Using Compatibility Between Protein Sequence and Structure

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Tsinghua Science and Technology 2014年第6期19卷 559-567页

作者： Zhiquan He wenji ma Jingfen Zhang Dong Xu Department of Computer Science and Christopher S. Bond Life Sciences Center University of Missouri MO 65211USA Christopher S. Bond Life Sciences Center University of Missouri MO 65211 USA Department of Computer Science City University of Hong Kong

Protein structure Quality Assessment（QA） is an essential component in protein structure prediction and analysis. The relationship between protein sequence and structure often serves as a basis for protein structure *** this work, we developed a new Hidden markov Model（HMM） to assess the compatibility of protein sequence and structure for capturing their complex relationship. More specifically, the emission of the HMM consists of protein local structures in angular space, secondary structures, and sequence profiles. This model has two capabilities：（1） encoding local structure of each position by jointly considering sequence and structure information, and（2）assigning a global score to estimate the overall quality of a predicted structure, as well as local scores to assess the quality of specific regions of a structure, which provides useful guidance for targeted structure refinement. We compared the HMM model to state-of-art single structure quality assessment methods OPUSCA, DFIRE, GOAP,and RW in protein structure selection. Computational results showed our new score HMM.Z can achieve better overall selection performance on the benchmark datasets.

关键词： protein structure prediction structure quality assessment Hidden markov Model(HMM)

Single-nucleus transcriptomic profiling of multiple organs in a rhesus macaque model of SARS-CoV-2 infection

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Zoological Research 2022年第6期43卷 1041-1062页

作者： Qiang ma wenji ma Tian-Zhang Song Zhaobo Wu Zeyuan Liu Zhenxiang Hu Jian-Bao Han Ling Xu Bo Zeng Bosong Wang Yinuo Sun Dan-Dan Yu Qian Wu Yong-Gang Yao Yong-Tang Zheng Xiaoqun Wang State Key Laboratory of Brain and Cognitive Science Institute of BiophysicsChinese Academy of SciencesBeijing 100101China University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100049China Key Laboratory of Animal Models and Human Disease Mechanisms of the Chinese Academy of Sciences KIZ-CUHK Joint Laboratory of Bioresources and Molecular Research in Common DiseasesKunming Institute of ZoologyChinese Academy of SciencesKunmingYunnan 650223China Kunming National High-Level Biosafety Research Center for Non-Human Primates Center for Biosafety Mega-ScienceKunming Institute of ZoologyChinese Academy of SciencesKunmingYunnan 650107China National Resource Center for Non-Human Primates National Research Facility for Phenotypic&Genetic Analysis of Model Animals(Primate Facility)Kunming Institute of ZoologyChinese Academy of SciencesKunmingYunnan 650107China LivzonBio Inc.ZhuhaiGuangdong 519045China State Key Laboratory of Cognitive Neuroscience and Learning Beijing Normal UniversityBeijing 100875China IDG/McGovern Institute for Brain Research Beijing Normal UniversityBeijing 100875China Advanced Innovation Center for Human Brain Protection Beijing Institute for Brain DisordersCapital Medical UniversityBeijing 100069China

Infection with severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(SARS-CoV-2) causes diverse clinical manifestations and tissue injuries in multiple ***, cellular and molecular understanding of SARS-CoV-2 infection-associated pathology and immune defense features in different organs remains incomplete. Here, we profiled approximately 77 000single-nucleus transcriptomes of the lung, liver,kidney, and cerebral cortex in rhesus macaques(macaca mulatta) infected with SARS-CoV-2 and healthy controls. Integrated analysis of the multiorgan dataset suggested that the liver harbored the strongest global transcriptional alterations. We observed prominent impairment in lung epithelial cells, especially in AT2 and ciliated cells, and evident signs of fibrosis in fibroblasts. These lung injury characteristics are similar to those reported in patients with coronavirus disease 2019(COVID-19).Furthermore, we found suppressed MHC class I/II molecular activity in the lung, inflammatory response in the liver, and activation of the kynurenine pathway,which induced the development of an immunosuppressive microenvironment. Analysis of the kidney dataset highlighted tropism of tubule cells to SARS-CoV-2, and we found membranous nephropathy(an autoimmune disease) caused by podocyte dysregulation. In addition, we identified the pathological states of astrocytes and oligodendrocytes in the cerebral cortex, providing molecular insights into COVID-19-related neurological implications. Overall, our multi-organ single-nucleus transcriptomic survey of SARS-CoV-2-infected rhesus macaques broadens our understanding of disease features and antiviral immune defects caused by SARS-CoV-2 infection,which may facilitate the development of therapeutic interventions for COVID-19.

关键词： SARS-CoV-2 Rhesus macaque Animal model Single-nucleus RNA sequencing Antiviral immune defects Multiple organs

举手投足之间尽显人生况味——评朱丽叶·比诺什在《原样复制》中的表演

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当代电影 2017年第7期 93-96页

作者：马文姬上海大学上海电影学院 2016级电影学硕士研究生200072

2010年,朱丽叶·比诺什凭借在电影《原样复制》中的出色表演获得第63届戛纳国际电影节最佳女演员奖,成为国际影坛首位"大满贯影后"。她在本片中以细腻入微的表情、力透肺腑的语调、神秘莫测的眼神和自然天成的肢体动作塑造了一个爱火中... 详细信息

2010年,朱丽叶·比诺什凭借在电影《原样复制》中的出色表演获得第63届戛纳国际电影节最佳女演员奖,成为国际影坛首位"大满贯影后"。她在本片中以细腻入微的表情、力透肺腑的语调、神秘莫测的眼神和自然天成的肢体动作塑造了一个爱火中烧,又在矜持、自尊、自怜中扎挣,内心敏感、孤独又不甘寂寞的典型中年妇女形象。这一典型形象因其彰显出的丰富的人生况味和蕴藉的生活哲理而成为朱丽叶·比诺什表演事业中的又一座高峰。

关键词：朱丽叶·比诺什《原样复制》表演艺术

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复调对话与中国电影节日叙事

山东师范大学学报（社会科学版） 2023年第4期68卷 108-114页

作者：马文姬程波上海大学上海电影学院上海200444

随着新时代中华优秀传统文化和革命文化“双创”实践的推进,越来越多的中国电影开始关注节日文化和节日生活,并呈现出一种迥然不同于其他叙事主题电影的复调对话特征。中国电影节日叙事主要分为整个文本系统水平上的节日叙事和子系统水... 详细信息

随着新时代中华优秀传统文化和革命文化“双创”实践的推进,越来越多的中国电影开始关注节日文化和节日生活,并呈现出一种迥然不同于其他叙事主题电影的复调对话特征。中国电影节日叙事主要分为整个文本系统水平上的节日叙事和子系统水平上的节日叙事两大范型。前者以现代节日历史叙事电影《建国大业》《建党伟业》《建军大业》等为标志,分别建构出三种不同类型的“大型对话”;后者以《建国大业》和春节叙事电影《过年》等为表征,分别建构出两种类型的“微型对话”。无论是“大型对话”还是“微型对话”,都具有巴赫金意义上的复调性质。复调对话叙事较之独白型叙事能够让受众聆听到不同观点、不同声音的交锋,因此具有一定的启迪思想的审美效能,而狂欢式的节日文化和节日生活则成为复调对话得以发生的最佳庇护所。

关键词：《建国大业》节日叙事复调对话巴赫金

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基于巴克码的飞行遥测系统采编器设计

电子器件 2017年第3期40卷 636-640页

作者：马文姬韩焱中北大学信息探测与处理山西省重点实验室太原030051

针对飞行器处于黑障区时信息短时中断,产生数据丢帧的问题,提出了一种基于巴克码的多路混合编码器设计方法,该方法采用巴克码对采集的多路信号混合编帧,可以在接收端对数据有效分离。采用FPGA设计,并用maTLAB解码以检测数据的具体丢帧... 详细信息

针对飞行器处于黑障区时信息短时中断,产生数据丢帧的问题,提出了一种基于巴克码的多路混合编码器设计方法,该方法采用巴克码对采集的多路信号混合编帧,可以在接收端对数据有效分离。采用FPGA设计,并用maTLAB解码以检测数据的具体丢帧和误码率情况。结果表明,该采编器对采集的多路数据信号进行了有效编帧,达到了预期的设计要求,在信噪比为5d B时误码率减小了25%,且提高了数据的纠错能力和识别力,得到了和理论分析的一致的结果。

关键词：飞行遥测系统混合编帧巴克码黑障区数据分离误码率

民族特色、国家形象与主流价值——论新时代构建中国电影工业美学的三重实践逻辑

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中国现代文学论丛 2022年第4期17卷 380-396页

作者：马文姬上海大学上海电影学院

新时代以来,中国电影工业化生产水准稳步提升,面向主流观众讲述主流中国故事的中国大片呈现爆款之势,由此引发了关于构建中国电影工业美学的广泛讨论。考察新时代中国主流大片文本,发现其构建中国电影工业美学的实践逻辑主要体现在三个... 详细信息

新时代以来,中国电影工业化生产水准稳步提升,面向主流观众讲述主流中国故事的中国大片呈现爆款之势,由此引发了关于构建中国电影工业美学的广泛讨论。考察新时代中国主流大片文本,发现其构建中国电影工业美学的实践逻辑主要体现在三个维度:一是以高度专业化的数字特效技术创造彰显民族文化特色的高质量视听奇观;二是恪守直观真实或主观真实原理塑造一系列具有中国气质和中国品格的典型形象;三是以高度的客观真实传达中国主流社会价值。新时代中国主流大片的美学实践为构建中国特色电影工业美学体系提供了宝贵经验。

关键词：中国电影工业美学民族特色国家形象主流价值

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影响水曲柳人工林生长的主导立地因子

东北林业大学学报 1999年第1期27卷 20-23页

作者：林代斌苏含英马文吉朴玉善东北林业大学帽儿山实验林场东北林业大学森林资源与环境学院吉林省吉林市绿化管理处黑龙江省林业厅

对不同立地条件下１０年生水曲柳人工林生长指标进行标准地调查，分析结果表明，影响水曲柳人工林生长的主要立地因子依次为土壤湿度、坡度和坡位；水曲柳最适生的立地为山地中上腹，而不适于坡度平缓的山地中下腹。认为土壤湿度和因地... 详细信息

对不同立地条件下１０年生水曲柳人工林生长指标进行标准地调查，分析结果表明，影响水曲柳人工林生长的主要立地因子依次为土壤湿度、坡度和坡位；水曲柳最适生的立地为山地中上腹，而不适于坡度平缓的山地中下腹。认为土壤湿度和因地形原因引起的逆温是限制水曲柳人工林生长的主要原因。

关键词：水曲柳人工林立地因子

叠前地质统计学反演在页岩甜点和薄夹层预测中的应用——以西加拿大盆地W区块为例

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石油地球物理勘探 2020年第1期55卷 167-175,10-11页

作者：郭同翠姜明军纪迎章王红军马文骥孔祥文中国石油勘探开发研究院北京100083 中国石油海外勘探开发公司北京100034 北京大学信息科学技术学院北京100054

页岩气是一种非常规天然气。在少井地区,在井之间预测高TOC(总有机碳含量)、高脆性及裂缝发育的甜点一直是页岩气勘探与开发的重要环节。西加拿大盆地W区块页岩目的层段厚度较薄(地震反射时间最大为20ms),层内发育多套灰岩薄夹层(厚度为... 详细信息

页岩气是一种非常规天然气。在少井地区,在井之间预测高TOC(总有机碳含量)、高脆性及裂缝发育的甜点一直是页岩气勘探与开发的重要环节。西加拿大盆地W区块页岩目的层段厚度较薄(地震反射时间最大为20ms),层内发育多套灰岩薄夹层(厚度为0.5~3m),脆性页岩和塑性泥岩纵波阻抗值存在重叠区间,利用地震资料预测页岩甜点和灰岩薄夹层困难。为此,从岩石物理弹性参数分析出发,建立页岩甜点的岩石物理评价模板,明确了页岩甜点和灰岩夹层的弹性参数特征;应用三维岩性约束叠前地质统计学反演方法预测高TOC、高脆性页岩及灰岩夹层。主要步骤有:①分析页岩储层岩石物理参数,页岩有利目标具低泊松比、中值杨氏模量、高TOC、高脆性,灰岩夹层具高泊松比、高杨氏模量、低TOC、高密度特征;②一维约束地质统计学反演预测页岩有利区和夹层的参数测试;③三维约束叠前地质统计学反演预测页岩有利区及夹层。预测结果表明,高TOC、高脆性页岩与裂缝发育的叠合区为甜点目标区,优选页岩甜点发育且灰岩夹层厚度小的区带为有利的井位部署区,确保了水平井段优质储层的钻遇率高,产气量大。

关键词：页岩气岩石物理地质统计学反演页岩甜点裂缝预测

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浙江天童太白山不同群落植物构型比较

生态学报 2015年第3期35卷 761-769页

作者：张志浩杨晓东孙宝伟黄海侠马文济史青茹阎恩荣华东师范大学生态与环境科学学院上海200241 浙江天童森林生态系统国家野外科学观测研究站宁波315114

植物构型是植株构件在空间上的分配方式,反映了植物对环境的响应策略。通过对浙江天童太白山海拔差异很小的栲树(Castanopsis fargesii)、小叶青冈(Cyclobalanopsis gracilis)和云山青冈(Cyclobalanopsis sessilifolia)群落类型中所有... 详细信息

植物构型是植株构件在空间上的分配方式,反映了植物对环境的响应策略。通过对浙江天童太白山海拔差异很小的栲树(Castanopsis fargesii)、小叶青冈(Cyclobalanopsis gracilis)和云山青冈(Cyclobalanopsis sessilifolia)群落类型中所有植株的树高、树冠厚度、树冠面积、叶片聚集度、枝下高和距地45 cm基径等植物构型性状,以及树冠曝光指数、土壤含水率、空气温湿度、土壤p H值和风速6个环境因子的测定,分别分析乔灌木层植物构型性状及性状关系在3个群落间的变化规律。结果表明:(1)从栲树到小叶青冈至云山青冈群落,灌木层的树高、树冠厚度、枝下高和距地45 cm基径增加,叶片聚集度减小;乔木层的树高、树冠厚度、树冠面积、枝下高和距地45 cm基径均减小,叶片聚集度增大;(2)3个群落灌木层构型性状间显著相关(P<0.001),而乔木层只在中低海拔群落存在相关性;(3)从栲树到小叶青冈至云山青冈群落,乔灌木层的冠层曝光指数显著增加(P<0.05);(4)多元逐步回归表明,树冠曝光指数对灌木层构型性状变异的贡献最大,而风速、土壤含水率和p H值对乔木构型性状的变异起主导作用。综上得知,天童太白山乔灌木植物在不同群落间存在构型分异,植物对光资源的竞争是引起灌木构型在不同群落间变化的主要驱动因子,而对乔木植物,其构型变化更多受到风速和土壤含水量的影响。

关键词：植物构型海拔冠层曝光指数风速土壤含水量常绿阔叶林