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Topological reorganization and functional alteration of distinct genomic components in gallbladder cancer

Frontiers of Medicine 2024年第1期18卷 109-127页

作者： Guoqiang Li Peng Pu Mengqiao Pan Xiaoling Weng Shimei Qiu Yiming Li Sk Jahir Abbas Lu Zou Ke Liu Zheng Wang Ziyu shao Lin Jiang wenguang Wu Yun Liu Rong shao Fatao Liu Yingbin Liu Department of Biliary-Pancreatic Surgery Renji HospitalSchool of MedicineShanghai Jiao Tong UniversityShanghai200127China State Key Laboratory of Oncogenes and Related Genes Shanghai Cancer InstituteShanghai200127China Shanghai Key Laboratory of Biliary Tract Disease Shanghai200082China Department of Health Science and Engineering University of Shanghai for Science and TechnologyShanghai200082China Shanghai Tenth People’s Hospital of Tongji University Shanghai200072China Department of General Surgery Xinhua HospitalSchool of MedicineShanghai Jiao Tong UniversityShanghai200082China Department of Pharmacology Shanghai Jiao Tong University School of MedicineShanghai200025China

Altered three-dimensional architecture of chromatin influences various genomic regulators and subsequent gene expression in human ***,knowledge of the topological rearrangement of genomic hierarchical layers in cancer is largely ***,by taking advantage of in situ Hi-C,RNA-sequencing,and chromatin immunoprecipitation sequencing(ChIP-seq),we investigated structural reorganization and functional changes in chromosomal compartments,topologically associated domains(TADs),and CCCTC binding factor(CTCF)-mediated loops in gallbladder cancer(GBC)tissues and cell *** observed that the chromosomal compartment A/B switch was correlated with CTCF binding levels and gene expression *** inter-TAD interactions with weaker TAD boundaries were identified in cancer cell lines relative to normal ***,the chromatin short loops and cancer unique loops associated with chromatin remodeling and epithelial–mesenchymal transition activation were enriched in cancer compared with their control ***-specific enhancer–promoter loops,which contain multiple transcription factor binding motifs,acted as a central element to regulate aberrant gene *** of individual enhancers in each loop anchor that connects with promoters led to the inhibition of their corresponding gene ***,our data offer the landscape of hierarchical layers of cancer genome and functional alterations that contribute to the development of GBC.

关键词： 3D genome cancer TADs loop gene regulation

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用电检查精细化管理的方法分析

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集成电路应用 2019年第8期36卷 104-105页

作者：邵文广国网山西省电力公司平定县供电公司

分析表明,精细化管理有利于优化企业内部成本控制,可以有效应对供应中的各类问题,提高企业的经济与社会效益。立足于供电企业用电检查工作的实际,探寻用电工作的精细化管理对策。

关键词：用电检查精细化管理方法分析

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Molecular features of gastroenteropancreatic neuroendocrine carcinoma: A comparative analysis with lung neuroendocrine carcinoma and digestive adenocarcinomas

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Chinese Journal of Cancer Research 2024年第1期36卷 90-102页

作者： Jianwei Zhang Hanxiao Chen Junli Zhang Sha Wang Yanfang Guan wenguang Gu Jie Li Xiaotian Zhang Jian Li Xicheng Wang Zhihao Lu Jun Zhou Zhi Peng Yu Sun Yang shao Lin Shen Minglei Zhuo Ming Lu Key Laboratory of Carcinogenesis and Translational Research(Ministry of Education/Beijing) Department of Gastrointestinal OncologyPeking University Cancer Hospital&InstituteBeijing 100142China Department of Radiation Therapy National Cancer Center/National Clinical Research Center for Cancer/Cancer Hospital&Shenzhen HospitalChinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical CollegeShenzhen 518172China Key Laboratory of Carcinogenesis and Translational Research(Ministry of Education/Beijing) Department I of Thoracic OncologyPeking University Cancer Hospital&InstituteBeijing 100142China Medical Department Nanjing Geneseeq Technology Inc.Nanjing 210061China Geneplus-Beijing Beijing 102200China State Key Laboratory of Holistic Integrative Management of Gastrointestinal Cancers Beijing Key Laboratory of Carcinogenesis and Translational ResearchDepartment of Gastrointestinal OncologyPeking University Cancer Hospital&InstituteBeijing 100142China Key Laboratory of Carcinogenesis and Translational Research(Ministry of Education/Beijing) Department of PathologyPeking University Cancer Hospital&InstituteBeijing 100142China

Objective: There is an ongoing debate about whether the management of gastroenteropancreatic(GEP)neuroendocrine carcinoma(NEC) should follow the guidelines of small-cell lung cancer(SCLC). We aim to identify the genetic differences of GEPNEC and its ***: We recruited GEPNEC patients as the main cohort, with lung NEC and digestive adenocarcinomas as comparative cohorts. All patients undergone next-generation sequencing(NGS). Different gene alterations were compared and analyzed between GEPNEC and lung NEC(LNEC), GEPNEC and adenocarcinoma to yield the remarkable ***: We recruited 257 patients, including 99 GEPNEC, 57 LNEC, and 101 digestive *** the mutations, KRAS, RB1, TERT, IL7R, and CTNNB1 were found to have different gene alterations between GEPNEC and LNEC samples. Specific genes for each site were revealed: gastric NEC(TERT amplification),colorectal NEC(KRAS mutation), and bile tract NEC(ARID1A mutation). The gene disparities between small-cell NEC(SCNEC) and large-cell NEC(LCNEC) were KEAP1 and CDH1. Digestive adenocarcinoma was also compared with GEPNEC and suggested RB1, APC, and KRAS as significant genes. The TP53/RB1 mutation pattern was associated with first-line effectiveness. Putative targetable genes and biomarkers in GEPNEC were identified in22.2% of the patients, and they had longer progression-free survival(PFS) upon targetable treatment [12.5 months vs. 3.0 months, HR=0.40(0.21-0.75), P=0.006].Conclusions: This work demonstrated striking gene distinctions in GEPNEC compared with LNEC and adenocarcinoma and their clinical utility.

关键词： Neuroendocrine carcinoma gastroenteropancreatic lung genetic alterations molecular markers

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前列舒通联合非那雄胺对良性前列腺增生术后患者血管内皮生长因子、热休克蛋白、前列腺特异抗原及性激素的影响分析

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中国性科学 2022年第5期31卷 37-41页

作者：邵文光王建忠姜雷蚌埠市第一人民医院泌尿外科安徽蚌埠233000

目的探讨前列舒通联合非那雄胺治疗良性前列腺增生(BPH)术后患者的临床效果。方法选取2016年1月至2019年12月蚌埠市第一人民医院诊治的80例BPH术后患者作为研究对象。根据治疗方案的不同分为单药组(n=50)和联合组(n=30)。单药组采用非... 详细信息

目的探讨前列舒通联合非那雄胺治疗良性前列腺增生(BPH)术后患者的临床效果。方法选取2016年1月至2019年12月蚌埠市第一人民医院诊治的80例BPH术后患者作为研究对象。根据治疗方案的不同分为单药组(n=50)和联合组(n=30)。单药组采用非那雄胺治疗,联合组采用前列舒通联合非那雄胺治疗。观察并比较两组临床疗效、治疗前后尿动力学指标[膀胱残余尿量(RV)、最大尿流量(Qmax)]、性激素指标以及血管内皮生长因子(VEGF)、热休克蛋白(HSP)、前列腺特异抗原(PSA)水平和不良反应。结果联合组总有效率(93.33%)高于单药组(76.00%),差异具有统计学意义(P0.05)。结论前列舒通联合非那雄胺治疗BPH的临床效果确切,可有效改善患者尿动力学指标,调节性激素水平,降低VEGF、HSP及PSA水平,且具有安全性。

关键词：前列舒通非那雄胺良性前列腺增生血管内皮生长因子热休克蛋白前列腺特异抗原性激素

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输尿管硬镜和软镜钬激光碎石术对输尿管上段结石患者疗效的比较

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中华腔镜泌尿外科杂志（电子版） 2021年第5期15卷 428-430页

作者：吉春冬王健宇刘凯邵文光攀枝花市中西医结合医院泌尿外科四川617000 蚌埠市医学院附属医院泌尿外科安徽233000

目的比较分析输尿管硬镜和输尿管软镜钬激光碎石术对输尿管上段结石患者的疗效。方法将攀枝花中中西医结合医院2014年2月至2019年2月收治的120例输尿管上段结石患者根据输尿管镜碎石方案分为采取输尿管硬镜碎石治疗组70例及采取输尿管... 详细信息

目的比较分析输尿管硬镜和输尿管软镜钬激光碎石术对输尿管上段结石患者的疗效。方法将攀枝花中中西医结合医院2014年2月至2019年2月收治的120例输尿管上段结石患者根据输尿管镜碎石方案分为采取输尿管硬镜碎石治疗组70例及采取输尿管软镜碎石治疗组50例,对两组手术时间、住院费用、一次碎石成功率、肠鸣音恢复时间、排便时间、住院时间、并发症发生率进行对比。结果软镜组一次碎石成功率高于对照组,肠鸣音恢复时间、排便时间、住院时间短于对照组,住院费用高于硬镜组,差异有统计学意义(P0.05)。结论在输尿管上段结石治疗中输尿管软镜取得的效果总体上优于输尿管硬镜,但所需费用更高,临床可根据患者意愿合理选用。

关键词：输尿管结石输尿管软镜输尿管硬镜

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巴彦油田深井高凝油藏试油完井一体化技术

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油气井测试 2024年第1期33卷 26-31页

作者：徐文光邵振鹏李璐王彬姚庆童程晓伟中国石油集团渤海钻探工程有限公司华北石油工程事业部河北任丘062552 中国石油集团渤海钻探工程有限公司油气井测试分公司河北廊坊065007 中国石油华北油田分公司巴彦勘探开发分公司内蒙古巴彦淖尔015000

针对巴彦油田深井高凝油藏在试油完井施工中存在工艺复杂、施工周期长、储层二次伤害严重、施工成本高等问题,通过分析现有的高温高压深井试油完井一体化技术特点及存在不足,结合临河油区油藏地质特征和原油物性特点,设计了3套试油完井... 详细信息

针对巴彦油田深井高凝油藏在试油完井施工中存在工艺复杂、施工周期长、储层二次伤害严重、施工成本高等问题,通过分析现有的高温高压深井试油完井一体化技术特点及存在不足,结合临河油区油藏地质特征和原油物性特点,设计了3套试油完井一体化管柱,制定了相应的工艺流程,并对每种一体化工艺的特点及适用条件进行了分析。上述3种试油完井一体化技术已在现场成功试验14口井,其中压裂-射流泵排液一体化技术现场试验9口井,缩短施工周期2~3 d,有效提高了压裂后排液求产效率,降低了储层二次污染;完井投产一体化技术现场试验5口井,提高了自喷井和机抽井完井投产效率,缩短了单井完井周期,减少了储层污染,降低了作业成本。深井高凝油藏试油完井一体化技术的成功应用为巴彦油田勘探开发一体化进程高效推进提供了有力的技术保障,对国内同类型油藏试油完井技术研究具有指导借鉴意义。

关键词：巴彦油田深井高凝油试油完井一体化技术气举诱喷射流泵排液储层污染

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DPHL:A DIA Pan-human Protein Mass Spectrometry Library for Robust Biomarker Discovery

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Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2020年第2期18卷 104-119页

作者： Tiansheng Zhu Yi Zhu Yue Xuan Huanhuan Gao Xue Cai Sander R.Piersma Thang V.Pham Tim Schelfhorst Richard R.G.D.Haas Irene V.Bijnsdorp Rui Sun Liang Yue Guan Ruan Qiushi Zhang Mo Hu Yue Zhou Winan J.Van Houdt Tessa Y.S.Le Large Jacqueline Cloos Anna Wojtuszkiewicz Danijela Koppers-Lalic Franziska Bottger Chantal Scheepbouwer Ruud H.Brakenhoff Geert J.L.H.van Leenders Jan N.M.Ijzermans John W.M.Martens Renske D.M.Steenbergen Nicole C.Grieken Sathiyamoorthy Selvarajan Sangeeta Mantoo Sze S.Lee Serene J.Y.Yeow Syed M.F.Alkaff Nan Xiang Yaoting Sun Xiao Yi shaozheng Dai Wei Liu Tian Lu Zhicheng Wu Xiao Liang Man Wang Yingkuan shao Xi Zheng Kailun Xu Qin Yang Yifan Meng Cong Lu Jiang Zhu Jin'e Zheng Bo Wang Sai Lou Yibei Dai Chao Xu Chenhuan Yu Huazhong Ying Tony K.Lim Jianmin Wu Xiaofei Gao Zhongzhi Luan Xiaodong Teng Peng Wu Shi'ang Huang Zhihua Tao Narayanan G.Iyer Shuigeng Zhou wenguang shao Henry Lam Ding Ma Jiafu Ji Oi L.Kon Shu Zheng Ruedi Aebersold Connie R.Jimenez Tiannan Guo Zhejiang Provincial Laboratory of Life Sciences and Biomedicine Westlake UniversityHangzhou 310024China Key Laboratory of Structural Biology of Zhejiang Province School of Life SciencesWestlake UniversityHangzhou 310024China Institute of Basic Medical Sciences Westlake Institute for Advanced StudyHangzhou 310024China School of Computer Science Shanghai Key Laboratory of Intelligent Information ProcessingFudan UniversityShanghai 200433China Thermo Fisher Scientific(BREMEN)GmbH Bremen 28195Germany OncoProteomics Laboratory Department of Medical OncologyVU University Medical CenterVU UniversityAmsterdam 1011The Netherlands Amsterdam UMC Vrije Universiteit AmsterdamUrologyCancer Center AmsterdamAmsterdam 1011The Netherlands Thermo Fisher Scientific Shanghai 201206China The Netherlands Cancer Institute Surgical OncologyAmsterdam 1011The Netherlands Amsterdam UMC Vrije Universiteit AmsterdamSurgeryCancer Center AmsterdamAmsterdam 1011The Netherlands Amsterdam UMC Vrije Universiteit AmsterdamPediatric Oncology/HematologyCancer Center AmsterdamAmsterdam 1011The Netherlands Amsterdam UMC Vrije Universiteit AmsterdamHematologyCancer Center AmsterdamAmsterdam 1011The Netherlands Amsterdam UMC Vrije Universiteit AmsterdamMedical OncologyCancer Center AmsterdamAmsterdam 1011The Netherlands Amsterdam UMC Vrije Universiteit AmsterdamNeurosurgeryCancer Center AmsterdamAmsterdam 1011The Netherlands Amsterdam UMC Vrije Universiteit AmsterdamPathologyCancer Center AmsterdamAmsterdam 1011The Netherlands Amsterdam UMC Vrije Universiteit AmsterdamOtolaryngology/Head and Neck SurgeryCancer Center AmsterdamAmsterdam 1011The Netherlands Erasmus MC University Medical Center PathologyRotterdam 1016LVThe Netherlands Erasmus MC University Medical Center SurgeryRotterdam 1016LVThe Netherlands Erasmus MC University Medical Center Medical OncologyRotterdam 1016LVThe Netherlands Department of Anatomical Pathology Singapore General HospitalSingapore 169608Singapore Division of Medical Scie

To address the increasing need for detecting and validating protein biomarkers in clinical specimens,mass spectrometry(MS)-based targeted proteomic techniques,including the selected reaction monitoring(SRM),parallel reaction monitoring(PRM),and massively parallel dataindependent acquisition(DIA),have been *** optimal performance,they require the fragment ion spectra of targeted peptides as prior *** this report,we describe a MS pipeline and spectral resource to support targeted proteomics studies for human tissue *** build the spectral resource,we integrated common open-source MS computational tools to assemble a freely accessible computational workflow based on *** then applied the workflow to generate DPHL,a comprehensive DIA pan-human library,from 1096 data-dependent acquisition(DDA)MS raw files for 16 types of cancer *** extensive spectral resource was then applied to a proteomic study of 17 prostate cancer(PCa)***,PRM validation was applied to a larger study of 57 PCa patients and the differential expression of three proteins in prostate tumor was *** a second application,the DPHL spectral resource was applied to a study consisting of plasma samples from 19 diffuse large B cell lymphoma(DLBCL)patients and 18 healthy control *** expressed proteins between DLBCL patients and healthy control subjects were detected by DIA-MS and confirmed by *** data demonstrate that the DPHL supports DIA and PRM MS pipelines for robust protein biomarker *** is freely accessible at https://***/page/***?id=IPX0001400000.

关键词： Data-independent acquisition Parallel reaction monitoring Spectral library Prostate cancer Diffuse large B cell lymphoma

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一种新型老炼信号驱动板的设计研究

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电子质量 2024年第7期 55-58页

作者：邵振宇王珍陈佳钧蒋文广余婷中国电子科技集团公司第五十八研究所江苏无锡214035

老炼试验中,存在大量的各类型芯片。在试验过程中需要一路甚至是多路控制信号,这些控制信号波形简单,且频率基本在25 MHz以内。但是由于老炼试验批量性的特点,现有设备很难满足对信号源驱动能力、输出通道数的需求。目前市面上常见的信... 详细信息

老炼试验中,存在大量的各类型芯片。在试验过程中需要一路甚至是多路控制信号,这些控制信号波形简单,且频率基本在25 MHz以内。但是由于老炼试验批量性的特点,现有设备很难满足对信号源驱动能力、输出通道数的需求。目前市面上常见的信号源通常只有两通道输出,且每路输出信号的驱动能力无法保证在老炼试验中电路的批量性工作需求,信号质量衰减严重。为解决上述问题,设计了一种可以多通道并行,具有一定的驱动能力,并且可以适当进行占空比和幅值调整的信号驱动板。

关键词：老炼试验驱动能力多通道并行信号发生装置

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外调制倍频光生毫米波技术的研究进展

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激光杂志 2024年第7期45卷 9-15页

作者：胡文光邵宇丰王安蓉陈超杨林婕李文臣柳海楠靳清清岳京歌张颜鹭重庆三峡学院电子与信息工程学院重庆404100

目前,随着光电子芯片技术的高速发展,高频毫米波通信已成为目前宽带接入网络中的重要发展技术;因为采用外调制倍频方案的光生毫米波系统兼具收发毫米波信号的高效性和稳定性,且能充分利用现有电信网络中的光纤资源,因此,在实际中具备潜... 详细信息

目前,随着光电子芯片技术的高速发展,高频毫米波通信已成为目前宽带接入网络中的重要发展技术;因为采用外调制倍频方案的光生毫米波系统兼具收发毫米波信号的高效性和稳定性,且能充分利用现有电信网络中的光纤资源,因此,在实际中具备潜在应用价值。综述了光生毫米波倍频基本原理、典型倍频仿真或实验方案及其相关测试结果的研究进展;考虑到马赫-曾德尔调制器(Mach-Zehnder Modulator,MZM)作为倍频光生毫米波的关键电光器件,因此,分析了其中的关键工作参数;最后,对光载无线通信(Radio over Fiber,RoF)系统中光生毫米波技术的应用前景进行了展望。

关键词：光载无线通信光生毫米波倍频马赫-曾德尔调制器

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多输入多输出可见光通信系统中预编码技术的研究进展

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激光杂志 2024年第6期45卷 21-27页

作者：陈超邵宇丰王安蓉胡文光柳海楠李文臣杨林婕张颜鹭岳京歌靳清清重庆三峡学院电子与信息工程学院重庆404100

近年来,可见光通信(VLC)技术得到飞速发展,该技术兼具室内低功耗照明和宽带信号高速接入的双重功能,因此在室内大数据通信领域具有较高的应用价值。多输入多输出(MIMO)作为一种在VLC系统中能实现信道容量倍增的技术正日益引起业界关注,... 详细信息

近年来,可见光通信(VLC)技术得到飞速发展,该技术兼具室内低功耗照明和宽带信号高速接入的双重功能,因此在室内大数据通信领域具有较高的应用价值。多输入多输出(MIMO)作为一种在VLC系统中能实现信道容量倍增的技术正日益引起业界关注,但多信道具有强相关性容易导致用户间信息串扰,而在发射机中应用若干预编码技术可在一定程度上避免用户间信息干扰,且可以较低成本实现系统收发质量的提升。文章综述了MIMO-VLC系统中预编码技术的应用背景和基本原理,总结了典型线性及非线性预编码技术的研究进展,讨论并分析了该类技术的应用优势、发展趋势和面临的挑战。

关键词：可见光通信系统预编码线性非线性人工智能

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