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The Crop Journal 2019年第2期7卷 198-208页

作者： Guoyuan Liu Man Wu wenfeng pei Xihua Li Nuohan Wang Jianjiang Ma Xinshan Zang Shuxun Yu Jinfa Zhang Jiwen Yu State Key Laboratory of Cotton Biology Cotton Institute of the Chinese Academy of Agricultural Sciences Key Laboratory of Cotton Genetic Improvement Ministry of Agriculture Department of Plant and Environmental Sciences New Mexico State University

The cotton fiber is the most important raw material for the textile industry and an ideal model system for studying cell elongation. However, the genetic variation of fiber elongation in relation to miRNA is poorly understood. A high-throughput comparative RNA-seq of two lines differing in fiber length(FL) from a backcross inbred line(BIL)population of G. hirsutum × G. barbadense revealed differentially expressed(DE) miRNAs and their targets in rapidly elongating fibers. A real-time quantitative PCR analysis was further performed to validate the results. A total of 463(including 47 DE) miRNAs were identified,and seven DE miRNAs were co-localized with seven FL quantitative trait loci(QTL)identified in the G. hirsutum × G. barbadense population. Of 82(including 21 DE) targets identified, nine(including one DE) were also co-localized with the seven FL QTL. The relationship between the allopolyploid and its diploid ancestral species with respect to miRNAs and their targets was also characterized. These results will facilitate the understanding of the molecular genetic mechanism of fiber elongation with regards to miRNAs in cotton.

关键词： Allopolyploid Gossypium Fiber elongation miRNA QTL hotspots

A targeted QTL analysis for fiber length using a genetic population between two introgressed backcrossed inbred lines in upland cotton(Gossypium hirsutum)

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The Crop Journal 2019年第3期7卷 273-282页

作者： Guoyuan Liua wenfeng pei Dan Li Jianjiang Ma Yupeng Cui Nuohan Wang Jikun Song Man Wu Libei Li Xinshan Zang Shuxun Yu Jinfa Zhang Jiwen Yu State Key Laboratory of Cotton Biology Cotton Institute of the Chinese Academy of Agricultural SciencesKey Laboratory of Cotton Genetic ImprovementMinistry of AgricultureAnyang 455000HenanChina Xinjiang Research Base State Key Laboratory of Cotton BiologyXinjiang Agricultural UniversityUrumqi 830001XinjiangChina Department of Plant and Environmental Sciences New Mexico State UniversityLas CrucesNM 88003USA

Cotton fiber is the most important natural raw material for the textile industry, and fiber length(FL) is one of the most important traits in *** trait locus(QTL)mapping based on high-density genetic maps is an efficient approach to identify genetic regions for *** our study, two backcrossed inbred lines(BILs) were chosen as parents to construct a high-density genetic map in F2 which was used to fine map FL QTL in F2:3 *** genetic map had a total size of 3462.8 cM, containing 9182 singlenucleotide polymorphisms(SNPs) based on *** FL related stable QTL were identified on two chromosomes(qFL-A08–1 on A08 and qFL-D03–1 on D03),and qFL-A08–1 was confirmed by a *** previously obtained RNA-seq data for the two BILs and qRT-PCR analysis, two candidate genes annotated as cytochrome b5(CB5, Gh_A08 G1729) and microtubule end-binding 1 C(EB1C, Gh_D03 G0232) that may regulate FL during the fiber elongation stage were *** addition, nine recombination hotspots in this population were *** results of this study will provide an important foundation for further studies on the molecular and genetic regulation of fiber elongation.

关键词： Gossypium Single-nucleotide polymorphism Fiber length Quantitative trait locus

Genome-wide association study of micronaire using a natural population of representative upland cotton(Gossypium hirsutum L.)

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Journal of Cotton Research 2021年第2期4卷 114-125页

作者： SONG Jikun pei wenfeng MA Jianjiang YANG Shuxian JIA Bing BIAN Yingying XIN Yue WU Luyao ZANG Xinshan QU Yanying ZHANG Jinfa WU Man YU Jiwen State Key Laboratory of Cotton Biology Ministry of Agriculture and Rural Affairs/Institute of Cotton ResearchChinese Academy of Agricultural SciencesAnyang455000HenanChina Engineering Research Centre of Cotton Ministry of Education/College of AgricultureXinjiang Agricultural UniversityUrumqi830052XinjiangChina Department of Plant and Environmental Sciences New Mexico State UniversityLas Cruces880033NMUSA

Background: Micronaire is a comprehensive index reflecting the fineness and maturity of cotton *** is one of the important internal quality indicators of the cotton fiber and is closely related to the value of the cotton *** the genetic basis of micronaire is required for the genetic improvement of the ***,the genetic architecture of micronaire at the genomic level is *** present genome-wide association study(GWAS)aimed to identify the genetic mechanism of the micronaire trait in 83 representa:tive upland cotton lines grown in multiple *** GWAS of micronaire used 83 upland cotton accessions assayed by a Cotton 63 K Illumina Infinium single nucleotide polymorphism(SNP)array.A total of 11 quantitative trait loci(QTLs)for micronaire were detected on 10 *** 11 QTLs included 27 identified genes with specific expression patterns.A novel QTL,qFM-A12–1,included 12 significant SNPs,and GhFLA9 was identified as a candidate gene based on haplotype block analysis and on strong and direct linkage disequilibrium between the significantly related SNPs and ***9 was expressed at a high level during secondary wall thickening at 20∼25 days *** expression level of GhFLA9 was significantly higher in the low micronaire line(Msco-12)than that in the high micronaire line(Chuangyou-9).Conclusions: This study provides a genetic reference for genetic improvement of cotton fiber micronaire and a foundation for verification of the functions of GhFLA9.

关键词： Upland cotton(Gossypium hirsutum L.) Fiber micronaire GWAS Candidate genes GhFLA9

雷蒙德氏棉Argonaute基因家族的生物信息学预测与分析

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棉花学报 2014年第5期26卷 411-419页

作者：刘国元吴嫚于霁雯裴文锋喻树迅中国农业科学院棉花研究所/棉花生物学国家重点实验室河南安阳455000

Argonaute(AGO)蛋白是参与小RNA调控通路的重要元件,在生命体的生长发育过程中发挥着重要作用。本研究利用AGO蛋白的保守域在雷蒙德氏棉基因组中进行同源比对,鉴定出15个成员,并对其进行进化关系、染色体定位、基因结构、保守域、时空... 详细信息

Argonaute(AGO)蛋白是参与小RNA调控通路的重要元件,在生命体的生长发育过程中发挥着重要作用。本研究利用AGO蛋白的保守域在雷蒙德氏棉基因组中进行同源比对,鉴定出15个成员,并对其进行进化关系、染色体定位、基因结构、保守域、时空表达模式等分析。结果表明:该家族成员基因长度从3335到9086bp不等,其中11个基因被定位到7条染色体上;该家族成员可分为3个亚族,包含5个小组,各亚族内、小组间成员也存在很高的保守性;发现每个基因都有不同的时空表达模式,且各小组内成员之间存在协同和互补2种表达模式,找到在花器官特异表达的基因1个,胚珠中特异表达的基因3个。本文首次对棉花中AGO基因家族进行了鉴定和生物信息学分析,为进一步研究AGO基因家族在棉花中的功能奠定了基础。

关键词：雷蒙德氏棉 AGO基因家族基因结构表达模式

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冶金炉窑用高强型煤黏结剂优配的实验研究

煤炭转化 2006年第4期29卷 50-54页

作者：周孑民裴文锋彭好义邓胜祥中南大学能源科学与工程学院长沙教授博士生导师410083

以湖南金竹山无烟煤为原料,采用正交实验法对冶金炉窑用型煤复合黏结剂各组分的配比及型煤成型的主要工艺参数进行了实验研究.结果表明,镁基黏结剂和成型压力对型煤的抗碎性能影响显著.型煤黏结剂各组分相对于原料煤粉的最优配比为:镁... 详细信息

以湖南金竹山无烟煤为原料,采用正交实验法对冶金炉窑用型煤复合黏结剂各组分的配比及型煤成型的主要工艺参数进行了实验研究.结果表明,镁基黏结剂和成型压力对型煤的抗碎性能影响显著.型煤黏结剂各组分相对于原料煤粉的最优配比为:镁基黏结剂取4%,生物质纤维取1%,固化剂取0.6%,减水剂取0.12%.型煤成型的最佳工艺参数为:成型压力20kN,成型水分17%,烟煤掺量10%,煤料粒度组成:3mm～2mm颗粒为8%,2mm～1mm为12%,1mm～0.5mm为10%,0.5mm以下为70%.评估了该复合型煤黏结剂的成本,分析了其作用机理.

关键词：冶金炉窑高强型煤黏结剂抗碎强度正交实验

利用马克隆值差异显著的BILs鉴定棉纤维品质相关基因

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棉花学报 2020年第1期32卷 52-62页

作者：吴嫚李龙云裴文锋 Zhang Jinfa 于霁雯中国农业科学院棉花研究所/棉花生物学国家重点实验室郑州大学研究基地河南安阳455000 Department of Plant and Environmental Science New Mexico State UniversityLas CrucesNM88003USA

【目的】马克隆值是衡量棉纤维品质的重要指标之一。利用马克隆值存在显著差异的2个陆海回交近交系材料进行高通量基因芯片分析,旨在筛选和鉴定棉纤维发育相关的关键基因。【方法】从SG747(Gossypium hirsutum L.)和Giza75(Gossypium Ba... 详细信息

【目的】马克隆值是衡量棉纤维品质的重要指标之一。利用马克隆值存在显著差异的2个陆海回交近交系材料进行高通量基因芯片分析,旨在筛选和鉴定棉纤维发育相关的关键基因。【方法】从SG747(Gossypium hirsutum L.)和Giza75(Gossypium Barbadense L.)高世代回交近交系(Backcross Inbred Lines,BILs)群体中选取NMGA-140(马克隆值6.2)和NMGA-051(马克隆值4.0)为材料,利用Affymetrix公司的棉花寡聚核苷酸基因芯片对其开花后10 DPA(Days after anthesis)的棉纤维进行了表达谱分析。【结果】获得了2655个差异表达基因,包括功能预测基因(15.57%),翻译、核糖体结构与生物合成相关基因(13.54%)和翻译后修饰、蛋白质转换、分子伴侣相关基因(9.31%)等。推测β-tub10正向调控棉纤维发育过程,β-tub1负向调控棉纤维发育过程,Ghi.3578.1.S1_s_at在棉纤维发育早期起到了作用。【结论】为棉花纤维品质的遗传改良提供了丰富的基因资源,为分子标记辅助育种开发更多新的分子标记。

关键词：棉纤维品质马克隆值基因芯片差异表达基因

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Ф25m环形加热炉设计及运行简析

钢管 2011年第S1期40卷 20-24页

作者：霍永春裴文锋中国京冶工程技术有限公司北京100088

从环形加热炉中径的确定、炉衬的设计、供热分配和排烟等方面介绍了Ф25m高焦混合煤气环形加热炉的设计情况,并对运行初期供热系统的测量数据作了简要分析。该环形加热炉投产后使用近3年的情况表明,该环形加热炉的整体设计合理,运行情... 详细信息

从环形加热炉中径的确定、炉衬的设计、供热分配和排烟等方面介绍了Ф25m高焦混合煤气环形加热炉的设计情况,并对运行初期供热系统的测量数据作了简要分析。该环形加热炉投产后使用近3年的情况表明,该环形加热炉的整体设计合理,运行情况较为理想,各项指标均达到要求。

关键词：环形加热炉设计运行简析

ACE基因插入/缺失多态性与骨性关节炎关联性的Meta分析和试验序贯分析

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中国循证医学杂志 2017年第2期17卷 135-143页

作者：陈磊艾金伟兰姗唐玲玲吴文凤裴斌湖北医药学院附属襄阳市第一医院循证医学中心湖北襄阳441000 湖北医药学院附属襄阳市第一人民医院骨科湖北襄阳441000

目的通过Meta分析和试验序贯分析(TSA)系统评价血管紧张素Ⅰ转换酶(ACE)基因插入/缺失(I/D)多态性与骨性关节炎(OA)患病风险之间的关联性。方法计算机检索Pub Med、EMbase、CNKI、CBM、VIP和Wan Fang Data数据库,搜集ACE基因I/D多态性... 详细信息

目的通过Meta分析和试验序贯分析(TSA)系统评价血管紧张素Ⅰ转换酶(ACE)基因插入/缺失(I/D)多态性与骨性关节炎(OA)患病风险之间的关联性。方法计算机检索Pub Med、EMbase、CNKI、CBM、VIP和Wan Fang Data数据库,搜集ACE基因I/D多态性与OA发病风险关联性的病例-对照研究或队列研究,检索时间均为建库至2016年10月12日。由2位评价者独立筛选文献、提取资料并评价纳入研究的偏倚风险后,采用Stata 13.1软件进行Meta分析,运用TSA v0.9软件进行试验序贯分析(TSA)。结果纳入6个病例-对照研究,合计1 165例OA患者和1 029例健康对照。Meta分析结果显示,ACE基因I/D多态性与OA患病风险存在关联性[DD+DI ***:OR=1.72,95%CI(1.02,2.90),P=0.04;DI ***:OR=1.65,95%CI(1.06,2.56),P=0.03]。按种族进行亚组分析,结果显示:在高加索人种中,ACE基因I/D多态性与OA患病风险存在关联性[DD ***+II:OR=2.10,95%CI(1.54,2.85),P<0.01;DD+DI ***:OR=3.11,95%CI(2.20,4.39),P<0.01;DD ***:OR=4.01,95%CI(2.68,6.00),P<0.01;DI ***:OR=2.65,95%CI(1.45,4.87),P<0.01;D vs.I:OR=2.11,95%CI(1.72,2.58),P<0.01];TSA结果显示累积Z值均跨过了传统界值和TSA界值,说明ACE基因I/D多态性与高加索人种OA患病风险关联性Meta分析结果是可靠的。在亚洲人种中,ACE基因I/D多态性与OA患病风险不存在关联性[DD ***+II:OR=0.80,95%CI(0.60,1.07),P=0.13;DD+DI ***:OR=1.08,95%CI(0.87,1.35),P=0.49;DD ***:OR=0.86,95%CI(0.62,1.20),P=0.38;DI ***:OR=1.18,95%CI(0.93,1.50),P=0.19;D vs.I:OR=0.93,95%CI(0.83,1.14),P=0.73],TSA结果显示除DD ***+II遗传模型外,其余遗传模型累积Z值均未跨过TSA界值和期望信息量(RIS),提示样本量不足。结论当前证据显示ACE D等位基因是高加索人种OA的危险因素,但ACE基因I/D多态性是否与亚洲人种OA存在关联性,尚需更多试验予以明确。

关键词：肽基二肽酶A 多态现象,遗传骨性关节炎 Meta分析试验序贯分析

棉花形态性状质量遗传分析与基因定位研究进展

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棉花学报 2018年第6期30卷 473-485页

作者：臧新山耿延会裴文锋吴嫚李兴丽张金发于霁雯棉花生物学国家重点实验室/中国农业科学院棉花研究所/农业农村部棉花生物学与遗传育种重点实验室河南安阳455000 New Mexico State University Las CrucesNew Mexico 88003USA

棉花质量性状的遗传分析和基因定位,对棉花育种工作者设计和培育新品种,提高育种效率,创新种质资源都有重要指导作用。棉花质量性状的研究始于20世纪初期,但都是基于形态上的观察。近年来,棉花基因组学研究的不断深入和分子标记遗传图... 详细信息

棉花质量性状的遗传分析和基因定位,对棉花育种工作者设计和培育新品种,提高育种效率,创新种质资源都有重要指导作用。棉花质量性状的研究始于20世纪初期,但都是基于形态上的观察。近年来,棉花基因组学研究的不断深入和分子标记遗传图谱的不断完善,为定位克隆棉花重要质量性状基因提供了便利。迄今为止,研究人员已对大部分质量性状基因进行了遗传连锁分析或染色体定位,其中部分质量性状的候选基因也已被鉴定出来。本文主要从质量性状遗传分析、分子标记定位和候选基因克隆几个方面系统地综述了植株颜色、叶片颜色、叶型、苞叶、花、蜜腺、腺体和纤维8类质量性状,为进一步研究棉花质量性状形成的分子机理和调控机制、定向转移基因及基因聚合育种等提供参考。

关键词：棉花质量性状染色体定位分子标记基因克隆

棉花陆海回交自交系群体叶绿素含量性状QTL定位

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棉花学报 2020年第5期32卷 463-471页

作者：耿延会边盈盈裴文锋刘国元吴嫚臧新山李丹李兴丽 Zhang Jinfa 于霁雯棉花生物学国家重点试验室/中国农业科学院棉花研究所/农业部棉花生物学与遗传育种重点试验室河南安阳455000 新墨西哥州立大学美国新墨西哥州拉斯克鲁塞斯88003

【目的】对棉花叶片叶绿素含量数量性状位点(Quantitative trait loci, QTL)进行定位。【方法】以中36为轮回亲本与海7124配制的195个BC1F7家系为研究材料。根据本课题已构建的高密度遗传图谱,利用QTL IciMapping 4.1中的BIP(QTL mappin... 详细信息

【目的】对棉花叶片叶绿素含量数量性状位点(Quantitative trait loci, QTL)进行定位。【方法】以中36为轮回亲本与海7124配制的195个BC1F7家系为研究材料。根据本课题已构建的高密度遗传图谱,利用QTL IciMapping 4.1中的BIP(QTL mapping in bi-parental populations)和MET(QTL mapping for multi-enviromental trials)模型采用完备区间作图法(Inclusive composite interval mapping, ICIM)分别对初花期和结铃期基于Soil and Plant Analyzer Development(SPAD)读值的叶绿素含量进行QTL分析。【结果】检测到9个与叶绿素含量相关的QTLs分布在6条染色体上。其中,与初花期叶绿素含量显著相关的q-SPAD-A11-1与结铃期检测到的q-SPAD-A11-2具有较大重叠,表型贡献率分别为5.08%和5.75%;q-SPAD-D08-2位于D08染色体的48.71~53.65 Mb与前人定位结果相近。【结论】本研究首次鉴定的与叶绿素含量性状稳定相关q-SPAD-A11为叶绿素含量性状进一步的精细定位奠定了基础。

关键词：数量性状叶绿素含量棉花 QTL定位