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Chromosome-level assembly of triploid genome of Sichuan pepper(Zanthoxylum armatum)

Horticultural Plant Journal 2024年第2期10卷 437-449页

作者： Lizhi Song Yue Huang Hao Zuo Ning Tang Zhengguo Li wenbiao jiao Feng Xu Qiang Xu Zexiong Chen National Key Laboratory for Germplasm Innovation and Utilization for Fruit and Vegetable Horticultural Crops Huazhong Agricultural UniversityWuhanHubei 430070China Chongqing Key Laboratory of Economic Plant Biotechnology Chongqing University of Arts and SciencesChongqing 402160China School of Life Sciences Chongqing UniversityChongqing 400030China College of Horticulture and Gardening Yangtze UniversityJingzhouHubei 434025China College of Informatics Huazhong Agricultural UniversityWuhanHubei 430070China

As an important spice species in Rutaceae, the Sichuan pepper (Zanthoxylum armatum) can provide pungent and numbing taste, as well as aroma in its mature fruit. Here we assembled a chromosome-level genome of green prickly ash which was widely cultivated in a major production area including Chongqing and Sichuan province, China. We generated 712 Gb (~112×) PacBio long reads and 511 Gb (~82×) Hi-C data, and yielded an assembly of 99 pseudochromosomes with total size of 5.32 Gb and contig N50 of 796 kb. The genomic analyses and cytogenetic experiments both indicated that the cultivarZhuye Huajiao’ was a triploid. We identified a Zanthoxylum-specific whole genome duplication event emerging about 24.8 million years ago (Mya). We also detected a transposition burst event (0.3-0.4 Mya) responsible for the large genome size of Z. armatum. Metabolomic analysis of the Zanthoxylum fruits during development stages revealed profiles of39 volatile aroma compounds and 528 secondary metabolites, from which six types of sanshools were identified. Based on metabolomic and transcriptomic network analysis, we screened candidate genes encoding long chain acyl-CoA synthetase, fatty acid desaturase,branched-chain amino acid aminotransferase involved in sanshool biosynthesis and three genes encoding terpene synthase during fruit development. The multi-omics data provide insights into the evolution of Zanthoxylum and molecular basis of numbing and aroma flavor of Sichuan pepper.

关键词： Zanthoxylum armatum Genome Sanshool Terpenoid

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A rare inter-haplotypic recombination at the S-locus contributed to the loss of self-incompatibility in trifoliate orange

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Plant Communications 2024年第9期5卷 16-20页

作者： Jianbing Hu Furong Guo Zezhen Du Peng Chen Chunmei Shi Jinzhi Zhang Junli Ye Xiuxin Deng Robert M.Larkin wenbiao jiao Zongcheng Lin Maurice Bosch Lijun Chai National Key Laboratory for Germplasm Innovation and Utilization of Horticultural Crops College of Horticulture and Forestry SciencesHuazhong Agricultural UniversityWuhan 430070P.R.China Hubei Hongshan Laboratory Wuhan 430070P.R.China Horticultural Institute Hunan Academy of Agricultural SciencesChangsha 410125P.R.China Institute of Biological Environmental and Rural Sciences(IBERS)Aberystwyth UniversityAberystwyth SY233FLUK

Dear Editor,In trans-specific S-haplotypes,crossover recombination at the S-locus,which controls self-incompatibility,has been thought to be highly ***,we discovered a previously unreported super S haplotype,derived from a rare inter-haplotypic recombination event,that contained two complete suites of functional S-RNase and SLF genes and could break the SI response in trifoliate orange through“self-recognition”within the same pollen.

关键词： orange crossover trifolia

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延长马铃薯种质资源低温保存条件的探究

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中国马铃薯 2023年第5期37卷 419-427页

作者：陈汝豪周艳华赵喜娟焦文标宋波涛柴婷婷果蔬园艺作物种质创新与利用全国重点实验室/农业农村部马铃薯生物学与生物技术重点实验室/华中农业大学湖北武汉430070 湖北省农业技术推广总站湖北武汉430070

试管苗离体保存是马铃薯目前应用最广泛的种质资源保存方法,探究延长试管苗继代周期的保存条件可以有效减少风险并降低保存成本。从实验室种质资源库中挑选了6个不同基因型的马铃薯材料,以植株状态、株高和存活率作为指标,探究不同预生... 详细信息

试管苗离体保存是马铃薯目前应用最广泛的种质资源保存方法,探究延长试管苗继代周期的保存条件可以有效减少风险并降低保存成本。从实验室种质资源库中挑选了6个不同基因型的马铃薯材料,以植株状态、株高和存活率作为指标,探究不同预生根处理、保存温度、培养基蔗糖浓度和继代方式对马铃薯试管苗保存的影响,以探索广泛适用于马铃薯试管苗长期低温保存的条件。不进行预生根处理的试管苗在低温保存的第60d几乎不生长,随后死亡,说明预生根处理是试管苗低温保存的必要条件。4℃条件下试管苗的生长比7℃更缓慢,在第90d时的株高明显更小,4个材料的试管苗存活率仅为53.75%,而7℃条件下存活率为100%,说明7℃更适于不同基因型马铃薯种质资源的低温保存。8%蔗糖浓度培养基中的试管苗在第90d时的株高明显低于4%蔗糖浓度,存活率统计显示4%蔗糖浓度培养基中的试管苗在7℃保存第270d时全部死亡,8%蔗糖浓度培养基中的试管苗存活率达到61.25%,表明8%蔗糖浓度能明显延长马铃薯试管苗的低温保存时间。由此可见,可以采用8%蔗糖浓度培养基和7℃环境温度用于大部分马铃薯株系的长期低温保存。此外,探究了一种试管苗-组培盒苗交替继代培养的方法,能有效改善长势弱的种质资源的保存,将这些材料在低温保存第90 d的存活率从直接继代试管苗22.50%提高到试管苗-组培盒苗交替继代95.00%。此研究对优化马铃薯种质资源的长期保存条件具有重要的指导作用。

关键词：马铃薯种质资源试管苗低温保存

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Air pollution and liver cancer: A systematic review

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Journal of Environmental Sciences 2023年第4期126卷 817-826页

作者： Ting Gan Hilary Bambrick Shilu Tong wenbiao Hu School of Public Health and Social Work Queensland University of TechnologyQueensland 4059Australia National Centre for Epidemiology and Population Health Australian National UniversityAustralian Capital Territory 2601Australia Shanghai Children’s Medical Center School of MedicineShanghai Jiao Tong UniversityShanghai 200127China

Air pollution has previously been linked to several adverse health outcomes, but the potential association between air pollution and liver cancer remains unclear. We searched Pub Med, EMBASE, and Web of Science from inception to 10 October 2021, and manually reviewed the references of relevant papers to further identify any related literature investigating possible associations between air pollution and liver cancer. Risk estimates values were represented by statistical associations based on quantitative analyses. A total of 13cohort studies obtained from 11 articles were included, with 10,961,717 participants. PM_(2.5)was the most frequently examined pollutant(included in 11 studies), followed by NO_(2)and NOx(included in 6 studies), and fewer studies focused on other pollutants(PM_(2.5)absorbance,PM_(10), PM_(2.5–10), O_(3), and BC). In all the 16 associations for liver cancer mortality, 14 associations reported the effect of PM_(2.5)on liver cancer mortality. Eight associations on PM_(2.5)were significant, showing a suggestive association between PM_(2.5)and liver cancer mortality. Among24 associations shown by risk estimates for liver cancer incidence, most associations were not statistically significant. For other air pollutants, no positive associations were presented in these studies. PM_(2.5)was the most frequently examined pollutant, followed by NO_(2)and NOx, and fewer studies focused on other pollutants. PM_(2.5)was associated with liver cancer mortality, but there was no association for other air pollutants. Future research should use advanced statistical methods to further assess the impact of multiple air pollutants on liver cancer in the changing socio-environmental context.

关键词： Air pollution PM_(2.5) Liver cancer Incidence Mortality Systematic review

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马铃薯种质演化与分类研究进展

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中国马铃薯 2023年第6期37卷 536-554页

作者：宋波涛涂卫王海波董建科袁平平景晟林刘园园焦文标华中农业大学园艺林学学院/农业农村部马铃薯生物学与生物技术重点实验室湖北武汉430070 黄冈师范学院生物与农业资源学院/经济林木种质改良与资源综合利用湖北省重点实验室湖北黄冈438000 湖北民族大学生物与食品工程湖北恩施445000 国际马铃薯中心亚太中心(中国) 北京102100 四川师范大学生命科学学院/四川师范大学植物功能基因组及生物信息学研究中心四川成都610101

马铃薯野生种具有丰富的遗传变异,是栽培马铃薯遗传改良的重要优良性状来源。然而,关于野生和栽培马铃薯的分类长期以来一直存在争议。1990年Hawkes将Petota组划分为21个分类系,其中包含7个栽培种和228个野生种。随着分子生物学和测序... 详细信息

马铃薯野生种具有丰富的遗传变异,是栽培马铃薯遗传改良的重要优良性状来源。然而,关于野生和栽培马铃薯的分类长期以来一直存在争议。1990年Hawkes将Petota组划分为21个分类系,其中包含7个栽培种和228个野生种。随着分子生物学和测序技术的发展,2014年Spooner等对马铃薯分类进行整合和补充,基于各种形态学和分子证据,最终将Petota组划分为由107个野生种和4个栽培种组成的3个进化枝。此外,考古学和现代基因组学分析证实了***是栽培马铃薯的直接祖先种。随着近年来大量的马铃薯种质被测序,更多的基因组信息被揭示,结合新兴的基因组选择育种、基因编辑等技术,有望创新马铃薯育种模式与机制,为马铃薯精准分子育种提供新思路。综述探究了马铃薯种质演化、分类进展以及利用展望,以期为马铃薯种质资源改良和育种利用提供参考。

关键词：马铃薯种质资源演化分类野生种

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Weather Variability,Socioeconomic Factors,and Pneumonia in Children Under Five-Years Old——Bangladesh,2012−2016

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China CDC weekly 2021年第29期3卷 620-623,I0001,I0002页

作者： Mohammad Zahid Hossain Shilu Tong Hilary Bambrick Md Alfazal Khan wenbiao Hu School of Public Health and Social Work Institute of Health and Biomedical InnovationQueensland University of TechnologyBrisbaneQueenslandAustralia Infectious Diseases Division International Centre for Diarrhoeal Disease ResearchBangladeshMohakhaliDhakaBangladesh Shanghai Children’s Medical Centre School of MedicineShanghai Jiao Tong UniversityShanghaiChina School of Public Health Institute of Environment and Population HealthAnhui Medical UniversityHefeiAnhuiChina Center for Global Health School of Public HealthNanjing Medical UniversityNanjingJiangsuChina Health System and Population Studies Division International Centre for Diarrhoeal Disease ResearchBangladeshMohakhaliDhakaBangladesh

Summary What is already known on this topic?Different socioecological factors were associated with childhood pneumonia in ***,previous studies did not assess spatial patterns,and socioecological factors and spatial va... 详细信息

关键词： pneumonia Bangladesh ecological

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Limits and grading evaluation criteria of tight oil reservoirs in typical continental basins of China

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Petroleum Exploration and Development 2021年第5期48卷 1089-1100页

作者： ZHOU Nengwu LU Shuangfang WANG Min HUANG wenbiao XIAO Dianshi jiao Chenxue WANG Jingming TIAN Weichao ZHOU Lei CHEN Fangwen LIU Wei WANG Zhixuan Key Laboratory of Deep Oil and Gas China University of Petroleum(East China)Qingdao 266580China

Based on the microscopic pore-throat characterization of typical continental tight reservoirs in China,such as sandstone of Cretaceous Qingshankou and Quantou formations in Songliao Basin,NE China sandy conglomerate of Baikouquan Formation in Mahu area and hybrid rock of Lucaogou Formation in Jimusaer sag of Junggar Basin,NE China the theoretical lower limit,oil accumulation lower limit,effective flow lower limit and the upper limit of tight oil reservoirs were defined by water film thickness method,oil bearing occurrence method,oil testing productivity method and mechanical balance method,*** analysis method was used to compare the differences in pore-throat structure of different tight reservoirs,determine the grading criterion of tight reservoirs,and analyze its correlation with the limit of reservoir *** results show that the boundary between tight reservoir and conventional reservoir corresponds to the upper limit of physical properties,the boundary of classⅡand classⅢtight reservoirs corresponds to the lower limit of effective flow,the boundary of classⅢand classⅣtight reservoirs corresponds to the lower limit of reservoir forming,and the theoretical lower limit of tight reservoir corresponds to the boundary between tight reservoir and ***,the application results of the grading evaluation criterion show that the tight oil productivity is highly controlled by the type of tight reservoir,and classⅠand classⅡtight reservoirs are the favorable sections for high production of tight oil.

关键词： tight oil tight reservoir reservoir formation limit grading evaluation standard sweet spot evaluation Songliao Basin Junggar Basin

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基于LightGBM的电动汽车行驶工况下电池剩余使用寿命预测

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电工技术学报 2021年第24期36卷 5176-5185页

作者：肖迁焦志鹏穆云飞陆文标贾宏杰天津大学智能电网教育部重点实验室天津300072 省部共建电工装备可靠性与智能化国家重点实验室(河北工业大学) 天津300130

行驶工况下电动汽车锂离子电池剩余使用寿命(RUL)衰退情况复杂,准确的RUL预测可为电池的定期维护和安全稳定运行提供指导,避免安全隐患。为此,该文提出一种适用于行驶工况下电动汽车电池的RUL预测方法。首先,针对行驶工况,提出一种基于... 详细信息

行驶工况下电动汽车锂离子电池剩余使用寿命(RUL)衰退情况复杂,准确的RUL预测可为电池的定期维护和安全稳定运行提供指导,避免安全隐患。为此,该文提出一种适用于行驶工况下电动汽车电池的RUL预测方法。首先,针对行驶工况,提出一种基于轻量型梯度提升机(LightGBM)的RUL预测模型,利用元学习超参数优化方法对其进行超参数调优;其次,搭建行驶工况下电池全生命周期容量测试系统,模拟行驶工况下电池所受振动应力、充放电应力环境和测试电池容量衰退情况;然后,基于动态时间规整对容量衰退的相似性分析结果,使用生成对抗网络(GAN)生成新的容量序列;最后,通过实验数据验证所提模型和生成容量序列的有效性。

关键词：电动汽车行驶工况锂离子电池剩余使用寿命轻量型梯度提升机

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水生植物接触氧化工艺修复氮素污染河水

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东北林业大学学报 2010年第8期38卷 91-94页

作者：焦燕金文标赵庆良胡海清哈尔滨工业大学哈尔滨150090 哈尔滨工业大学深圳研究生院东北林业大学

以深圳市污染河流布吉河河水为研究对象,通过在接触氧化工艺中种植水生植物,考察复合工艺对污染河水的修复效果及水生植物段的净化作用。研究表明,总氮(TN)、氨氮(NH4+—N)去除率在金鱼藻种植前后均有显著差异(p<0.01)。在种植金鱼藻前... 详细信息

以深圳市污染河流布吉河河水为研究对象,通过在接触氧化工艺中种植水生植物,考察复合工艺对污染河水的修复效果及水生植物段的净化作用。研究表明,总氮(TN)、氨氮(NH4+—N)去除率在金鱼藻种植前后均有显著差异(p<0.01)。在种植金鱼藻前后,TN的平均去除率分别为(35.9±4.3)%和(56.9±5.1)%,NH4+—N的平均去除率分别为(43.6±3.7)%和(72.5±4.6)%。同时,功能菌群数量调查也表明,水生植物能够有效增加水体中微生物的生物量,特别是硝化细菌数量,使其占总氮循环相关细菌数量的比例从种植植物前的0.12%增长到种植植物后的0.39%,优化了水体中氮循环相关菌群的数量结构分布,增强了系统的脱氮能力。

关键词：污染河水水生植物生物接触氧化氮循环相关细菌硝化细菌

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转化生长因子-β在硬化性胃癌中的表达与意义

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国际外科学杂志 2021年第1期48卷 58-62页

作者：奉姣邓豪谢文彪南华大学附属第二医院胃肠外科衡阳421001

转化生长因子-β(TGF-β)属于TGF-β超家族中的一员,在多个生物进程中发挥作用,包括细胞增殖、分化、迁移及组织纤维化等。正常情况下,TGF-β广泛表达于正常组织和大多数细胞系,如巨噬细胞和树突状细胞等,但在病理情况下,肿瘤细胞和肿... 详细信息

转化生长因子-β(TGF-β)属于TGF-β超家族中的一员,在多个生物进程中发挥作用,包括细胞增殖、分化、迁移及组织纤维化等。正常情况下,TGF-β广泛表达于正常组织和大多数细胞系,如巨噬细胞和树突状细胞等,但在病理情况下,肿瘤细胞和肿瘤相关成纤维细胞也可产生并分泌TGF-β。硬化性胃癌(SGC)是一种特殊类型的胃癌亚型,发展快、腹膜种植多见,并伴随明显的间质纤维化沉积,这些生物学行为特点提示其发生、发展与TGF-β的表达有着密切的关系,并且TGF-β被认为与SGC的不良预后有关。使用TGF-β及其信号通路的抗体及抑制剂,可降低癌细胞的侵袭性,从而改善SGC患者预后。本文试就TGF-β在SGC中的表达和意义研究状况作一综述。

关键词：转化生长因子β 胃肿瘤硬化性胃癌

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