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急性氨氮胁迫下大口黑鲈的肝脏转录组特征分析

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水生生物学报 2024年第5期48卷 713-724页

作者：刘品王文博李超严少普李琪罗小敏张硕华张艺琛姚林荣咸阳师范学院生命科学系咸阳712000 西安市水产工作站西安710000

为研究大口黑鲈(Micropterus salmoides)受到氨氮胁迫时基因表达的变化规律,文章采用Illumina平台的HiSeq测序策略分析了氨氮胁迫12h和24h后大口黑鲈肝脏的基因表达谱。氨氮胁迫后在大口黑鲈肝脏共获得111.66 Gb的有效数据,组装获得133... 详细信息

为研究大口黑鲈(Micropterus salmoides)受到氨氮胁迫时基因表达的变化规律,文章采用Illumina平台的HiSeq测序策略分析了氨氮胁迫12h和24h后大口黑鲈肝脏的基因表达谱。氨氮胁迫后在大口黑鲈肝脏共获得111.66 Gb的有效数据,组装获得133486个单基因簇(Unigenes),N50为1000 bp。通过比较转录组分析在2个时间点共获得2072个差异表达基因,其中氨氮胁迫12h获得1516个差异表达基因,907个上调,609个下调;氨氮胁迫24h获得556个差异表达基因,其中330个上调,226个下调。GO功能注释分析结果表明,在氨氮胁迫12h差异基因富集数目明显多于24h,但在“氧化还原酶活性”条目中富集的差异基因数目则是氨氮胁迫24h多于12h。此外,KEGG功能富集分析发现,氨氮胁迫对大口黑鲈肝脏氧化应激、细胞自噬和凋亡相关等途径产生影响。选取10个差异表达基因进行qPCR验证,其表达水平与转录组差异基因分析结果一致,证明了测序结果的可靠性。其中,与氧化应激相关基因缺氧诱导因子1α(HIF1α)、生长停滞DNA损伤可诱导蛋白β(Gadd45β)、DNA损伤诱导转录因子4(DDIT4)、与细胞自噬相关基因自噬微管相关蛋白轻链3(LC3)及与细胞凋亡相关基因下游内质网氧化还原酶1α(Ero1α)在整个胁迫过程中均显著上调。综上所述,氨氮胁迫能引起大口黑鲈肝脏氧化应激,当机体调控作用不足时,大口黑鲈通过细胞自噬与凋亡方式去除受损细胞,以维持内环境稳定。研究结果将为进一步研究大口黑鲈在氨氮胁迫下生理调控的分子机制提供依据。

关键词：氨氮胁迫转录组肝脏大口黑鲈

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HTAP数据库系统数据共享模型和优化策略

软件学报 2024年第6期35卷 2951-2973页

作者：胡梓锐翁思扬王清帅俞融徐金凯张蓉周烜华东师范大学上海市大数据管理系统工程研究中心上海200062 华东师范大学数据科学与工程学院上海200062

混合事务与分析处理数据库系统(HTAP)因其在一套系统上可以同时处理混合负载而逐渐获得大众认可.为了不影响在线事务处理(OLTP)业务的写入性能,HTAP数据库系统往往会通过维护数据多版本或额外副本的方式来支持在线分析处理(OLAP)任务,... 详细信息

混合事务与分析处理数据库系统(HTAP)因其在一套系统上可以同时处理混合负载而逐渐获得大众认可.为了不影响在线事务处理(OLTP)业务的写入性能,HTAP数据库系统往往会通过维护数据多版本或额外副本的方式来支持在线分析处理(OLAP)任务,从而引入了TP/AP端版本的数据一致性问题.同时,HTAP数据库系统面临资源隔离下实现高效数据共享的核心挑战,且数据共享模型的设计综合权衡了业务对性能和数据新鲜度之间的要求.因此,为了系统地阐释现有HTAP数据库系统数据共享模型及优化策略,首先根据TP生成版本与AP查询版本的差异,通过一致性模型定义数据共享模型,将HTAP数据共享的一致性模型分为3类,分别为线性一致性,顺序一致性与会话一致性.然后,梳理数据共享模型的全流程,即从数据版本标识号分配,数据版本同步,数据版本追踪3个核心问题出发,给出不同一致性模型的实现方法.进一步,以典型的HTAP数据库系统为例对具体实现进行深入的阐释.最后,针对数据共享过程中涉及的版本同步、追踪、回收等模块的优化策略进行归纳和分析,并展望数据共享模型的优化方向,指出数据同步范围自适应,数据同步周期自调优和顺序一致性的新鲜度阈值约束控制是提高HTAP数据库系统性能和新鲜度的可能手段.

关键词： HTAP数据库系统一致性模型数据管理混合负载性能优化

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大豆籽粒Ve含量的全基因组关联分析

作物学报 2024年第5期50卷 1223-1235页

作者：张红梅张威王琼贾倩茹孟珊熊雅文刘晓庆陈新陈华涛江苏省农业科学院经济作物研究所江苏南京210014 江苏省农业科学院种质资源与生物技术研究所江苏南京210014 南京农业大学生命科学学院江苏南京210095

维生素E(Ve)是大豆油中一种天然抗氧化剂,是评价大豆油营养价值的重要指标。本研究利用含有264份的大豆自然群体在2021年和2022年测定了籽粒中α-、γ-和δ-生育酚含量,并进行全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)。... 详细信息

维生素E(Ve)是大豆油中一种天然抗氧化剂,是评价大豆油营养价值的重要指标。本研究利用含有264份的大豆自然群体在2021年和2022年测定了籽粒中α-、γ-和δ-生育酚含量,并进行全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)。本研究共检测到199个与大豆Ve含量显著关联的SNP位点,其中9个可在2个环境或者2个性状被重复检测到,分别位于3号、7号、11号、12号、13号、15号、17号和18号染色体上。其中位于7号染色体上的显著关联信号是控制α-生育酚含量的主效位点,可在2年环境中被检测到,表型变异解释率为9.83%。对该位点候选基因进行筛选,获得一个编码myb转录因子的基因Glyma.07G054000,可能是这个位点的效应基因。另外,在12号染色体上得到2个编码γ-生育酚甲基转移酶的基因Glyma.12G014200和Glyma.12G014300,有可能是影响Ve含量的重要基因。本研究结果有助于解析大豆籽粒Ve含量的遗传基础及其调控机制,为大豆品质遗传改良奠定了基础。

关键词：大豆籽粒 Ve含量全基因组关联分析候选基因

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Overview of 6π 1,5-Electrocyclization over the Past 40 Years

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Chinese Journal of Chemistry 2023年第6期41卷 725-740页

作者： Zhiqiang Huang Wei Liu wen-Xiong zhang Beijing National Laboratory for Molecular Sciences(BNLMS) State Key Laboratory of Rare Earth Materials Chemistryand Applications&Key Laboratory of Bioorganic Chemistry and Molecular Engineering of Ministry of EducationCollege of Chemistry and Molecular EngineeringPeking UniversityBeijing 100871China

As an important part of pericyclic reaction,6π 1,5-electrocyclization plays an important role in organic synthesis and chemical *** types of five-membered rings could be constructed via 1,5-electrocyclization with high atom *** elegant works have been reported in this field in the past few ***,it still needs a lot of effort in further advancements of 1,5-electrocyclization.

关键词： Electrocyclization Five-membered Rings Heterocyclic Compounds Pericyclic Reaction

近接既有隧道爆破激发地震波成分构成及特性研究

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中南大学学报（自然科学版） 2024年第4期55卷 1406-1417页

作者：伍福寿张学民韩淼陈进胡涛周贤舜王树英朱凯中南大学土木工程学院湖南长沙410075 中南大学重载铁路工程结构教育部重点实验室湖南长沙410075 中铁三局集团第五工程有限公司山西晋中030699 贵州省公路工程集团有限公司贵州贵阳550001

为研究新建隧道爆破地震波不同成分对既有隧道结构安全的影响,基于地震学极化偏振原理,结合现场爆破振动监测和ANSYS/LS-DYNA数值模型,分析既有隧道衬砌振动波型的成分构成及特性,探讨既有隧道衬砌动拉应力与P波峰值合振速的关联性。研... 详细信息

为研究新建隧道爆破地震波不同成分对既有隧道结构安全的影响,基于地震学极化偏振原理,结合现场爆破振动监测和ANSYS/LS-DYNA数值模型,分析既有隧道衬砌振动波型的成分构成及特性,探讨既有隧道衬砌动拉应力与P波峰值合振速的关联性。研究结果表明:新建隧道MS1、MS3、MS5、MS7、MS9、MS11和MS13段毫秒延期爆破P、S和R波对既有隧道衬砌质点振动均有贡献,各段别前期均由传播速度最快的P波主导,而后S波和R波相继成为主导波型;地震波传播路径及测振点的位置与波型成分密切相关,新建隧道已开挖和未开挖2个区域所对应的既有隧道质点振动特性存在显著差异,当L/D>1.58(L为距爆源中心的水平距离,D为隧道净距)时,未开挖区域的S波最大幅值超过P波最大幅值,成为后续区段质点振动的主导波型;既有隧道衬砌动拉应力与P波峰值合振速线性相关性较好,安全振速阈值为10.53 cm/s。

关键词：近接隧道爆破地震波衰减特性安全振速阈值

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On Holder Dependence of the Parameterized Hartman–Grobman Theorem

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Acta Mathematica Sinica,English Series 2022年第1期38卷 137-147页

作者： wen Meng zhang Peng LIU Xuan LEI School of Mathematical Sciences Chongqing Normal UniversityChongqing 401331P.R.China

The well-known Hartman-Grobman Theorem says that a C~1 hyperbolic diffeomorphism F can be locally linearized by a homeomorphismΦ.For parameterized systems F_(θ),known results show that the corresponding homeomorphismsΦ_(θ)exist uniquely in a functional space equipped with the supremum norm and depend continuously on the parameterθ.In this paper,we further extend the results to Holder dependence ofΦ_(θ)onθby Pugh's strategy,but introducing a kind of special Holder norm instead of the usual supremum norm in the proof to control the linear parts of F_(θ).This requires a new Holder linearization result for every F_(θ).

关键词： Holder linearization dependence on parameter hyperbolicity

Enhancing effect of choline chloride-based deep eutectic solvents with polyols on the aqueous solubility of curcumin–insight from experiment and theoretical calculation

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中国化学工程学报:英文版 2023年第7期59卷 160-168页

作者： wen Yu Yiyang Bo Yiling Luo Xiyan Huang Rixiang zhang Jiaheng zhang Research Centre of Printed Flexible Electronics School of Materials Science and EngineeringHarbin Institute of TechnologyShenzhen 518055China

The development of green solvents for enhancing aqueous solubility of drug curcumin remains a challenge. This study explores the enhancing effect of deep eutectic solvents(DESs) on the aqueous solubility of curcumin(CUR) via experiment and theoretical calculation. Choline chloride-based DESs with polyols 1,2-propanediol(1,2-PDO), 1,3-propanediol, ethylene glycol, and glycerol as hydrogen bond donors were prepared and used as co-solvents. The CUR aqueous solubility increased with increasing the DESs content at temperature of 303.15-318.15 K, especially in aqueous ChCl/1,2-PDO(mole ratio 1:4) solutions. The positive apparent molar volume values and reduced density gradient analysis confirmed the existence of strong interactions between CUR and solvent. The van der Waals interactions and hydrogen bonding coexisted in DESs monomer retained the stability of DESs structure after introducing CUR. Moreover,the lower interaction energy of DESs…CUR system than that of the counterpart DESs further proved the strong interaction between CUR and DESs. The lowest interaction energy of ChCl/1,2-PDO…CUR system indicated that this system was the most stable and ChCl/1,2-PDO was promising for CUR *** work provides efficient solvents for utilizing curcumin, contributing to a deep insight into the interactions between DES and CUR at the molecular level, and the role of DESs on enhancing drugs solubility.

关键词： Choline chloride-polyol Deep eutectic solvents Curcumin Aqueous solubility Theoretical calculation

禾谷镰刀菌醛脱氢酶(ALDH)基因敲除突变体的转录组分析

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南方农业学报 2024年第3期55卷 733-744页

作者：唐磊翟焕趁葛锦雯张帅兵吕扬勇魏闪马平安胡元森河南工业大学生物工程学院河南郑州450001

【目的】对野生型PH-1菌株和醛脱氢酶(ALDH)基因FGSG_04194敲除突变体(ΔFg04194)进行转录组测序,分析禾谷镰刀菌ALDH调控菌丝生长和脱氧雪腐镰刀菌烯醇(DON)生成情况,为深入探究禾谷镰刀菌ALDH的生物学功能、DON生成机制及致病机理提... 详细信息

【目的】对野生型PH-1菌株和醛脱氢酶(ALDH)基因FGSG_04194敲除突变体(ΔFg04194)进行转录组测序,分析禾谷镰刀菌ALDH调控菌丝生长和脱氧雪腐镰刀菌烯醇(DON)生成情况,为深入探究禾谷镰刀菌ALDH的生物学功能、DON生成机制及致病机理提供了理论依据。【方法】接种禾谷镰刀菌野生型PH-1、ΔFg04194突变体和基因回补突变体(ΔFg04194-C)菌株至CM培养基和小麦基质中,分析FGSG_04194基因对菌丝生长和DON生成的影响。利用高通量转录组测序技术对野生型PH-1菌株和ΔFg04194突变菌株在CM培养基中培养72 h的菌丝进行转录组测序,对筛选出的差异表达基因(DEGs)进行GO功能注释和KEGG信号通路富集分析,利用实时荧光定量PCR对转录组测序结果进行验证。【结果】ΔFg04194突变体的菌落直径和生成的DON含量较野生型PH-1和ΔFg04194-C突变体菌株显著减少(P<0.05,下同)。野生型PH-1和ΔFg04194突变体转录组原始数据经过滤后获得34.9 Gb Clean data,共鉴定出329个DEGs,其中263个基因表达显著上调,66个基因表达显著下调。GO功能注释结果显示,DEGs显著富集在质膜成分、碳水化合物代谢和物质转运过程等条目上。KEGG信号通路富集分析显示,DEGs显著富集在碳水化合物代谢通路、氨基酸代谢通路、脂质代谢、能量代谢、生物降解代谢通路、细胞生长和死亡相关途径、信号转导途径等。将FGSG_04194基因调控下有代表性的DEGs分成五大类:几丁质合成相关的基因、跨膜转运蛋白相关的基因、转录因子相关基因、脂质代谢相关基因和能量代谢相关的基因。ΔFg04194突变体的ATP含量显著高于野生型PH-1和ΔFg04194-C突变体。运用实时荧光定量PCR检测7个DEGs的表达情况,其结果与转录组测序结果基本一致。【结论】FGSG_04194影响禾谷镰刀菌的菌丝生长和DON生成,并在ATP生成中起负调控作用,其机制可能与调控转录因子的表达、调控脂类代谢、氨基酸代谢和能量代谢等通路有关。

关键词：禾谷镰刀菌醛脱氢酶转录组测序差异表达基因

基于网络药理学从铁死亡途径探究七味参地颗粒治疗慢性肾小球肾炎的作用机制

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中南药学 2024年第7期22卷 1692-1697页

作者：徐先进胡文杰秦秀娟中国科学技术大学附属第一医院离子医学中心(合肥离子医学中心)药剂科合肥230088 安徽中医药大学第一附属医院药学部合肥230031

目的基于网络药理学和在体实验从铁死亡途径探究七味参地颗粒治疗慢性肾小球肾炎(CGN)的有效性及作用机制。方法运用GeneCards、OMIM、DrugBank数据库筛选CGN相关疾病靶点,TCMSP、HERB、BATMAN-TCM数据库筛选七味参地颗粒有效成分和靶标... 详细信息

目的基于网络药理学和在体实验从铁死亡途径探究七味参地颗粒治疗慢性肾小球肾炎(CGN)的有效性及作用机制。方法运用GeneCards、OMIM、DrugBank数据库筛选CGN相关疾病靶点,TCMSP、HERB、BATMAN-TCM数据库筛选七味参地颗粒有效成分和靶标,FerrDb数据库筛选铁死亡相关靶点,利用Cytoscape软件构建了活性成分-作用靶点和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,使用R语言进行GO富集和KEGG通路分析,采用AutoDockTools 1.5.7进行分子对接分析,采用Western blot技术检测CGN小鼠肾脏组织中PPARA、MAPK14、HRAS和PTGS2的表达。结果筛选出1896个CGN疾病靶点,564个铁死亡靶点,33种七味参地颗粒药物活性成分,对应405个靶标,三者交集靶点共17个。采用MCODE,Degree,MCC,DMNC,MNC,EPC,EcCentricity,Closeness,Radiality,BottleNeck 10种算法筛选出PPARA、MAPK14、HRAS及PTGS2这4个核心靶蛋白,分子对接结果显示七味参地颗粒药物活性成分与核心靶蛋白均有良好的结合能力,动物实验结果表明七味参地颗粒可逆转4个核心靶蛋白的表达。结论七味参地颗粒可能通过调控PPARA、MAPK14、HRAS及PTGS2从铁死亡途径发挥治疗CGN的作用。

关键词：七味参地颗粒慢性肾小球肾炎网络药理学铁死亡分子对接