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Hierarchical learning of gastric cancer molecular subtypes by integrating multi-modal DNA-level omics data and clinical stratification

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Quantitative Biology 2024年第2期12卷 182-196页

作者： Binyu Yang Siying liu Jiemin Xie Xi Tang Pan Guan Yifan Zhu Xuemei liu Yunhui Xiong Zuli Yang weiyao li Yonghua Wang Wen Chen Qingjiao li li C.Xia Department of Statistics and Financial Mathematics School of MathematicsSouth China University of TechnologyGuangzhouChina School of Physics and Optoelectronics South China University of TechnologyGuangzhouChina Department of Pathology The Sixth Affiliated HospitalSun Yat-sen UniversityGuangzhouChina School of Food Science and Engineering South China University of TechnologyGuangzhouChina Department of Laboratory Medicine the Eighth Affiliated HospitalSun Yat-sen UniversityShenzhenChina

Molecular subtyping of gastric cancer(GC)aims to comprehend its genetic ***,the efficacy of current subtyping methods is hampered by their mixed use of molecular features,a lack of strategy optimization,and the limited availability of public GC *** is a pressing need for a precise and easily adoptable subtyping approach for early DNA-based screening and *** on TCGA subtypes,we developed a novel DNA-based hierarchical classifier for gastric cancer molecular subtyping(HCG),which employs gene mutations,copy number aberrations,and methylation patterns as *** incorporating the closely related esophageal adenocarcinomas dataset,we expanded the TCGA GC dataset for the training and testing of HCG(n=453).The optimization of HCG was achieved through three hierarchical strategies using Lasso-Logistic regression,evaluated by their overall the area under receiver operating characteristic curve(auROC),accuracy,F1 score,the area under precision-recall curve(auPRC)and their capability for clinical stratification using multivariate survival ***-specific DNA alteration biomarkers were discerned through difference tests based on HCG defined *** HCG classifier demonstrated superior performance in terms of overall auROC(0.95),accuracy(0.88),F1 score(0.87)and auPRC(0.86),significantly improving the clinical stratification of patients(overall p-value=0.032).Difference tests identified 25 subtype-specific DNA alterations,including a high mutation rate in the SYNE1,ITGB4,and COL22A1 genes for the MSI subtype,and hypermethylation of ALS2CL,KIAA0406,and RPRD1B genes for the EBV *** is an accurate and robust classifier for DNA-based GC molecular subtyping with highly predictive clinical stratification *** training and test datasets,along with the analysis programs of HCG,are accessible on the GitHub website(***/LabxSCUT).

关键词： DNA alterations gastric cancer hierarchical classification molecular subtyping multi-omics

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黄河流域农旅融合发展水平及区域差异研究

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云南农业大学学报（社会科学版） 2024年第4期18卷 67-76页

作者：李威瑶马艳艳宁夏大学农学院宁夏银川750021 宁夏大学经济管理学院宁夏银川750021

农旅融合是农民增收和产业升级的重要途径。借助熵值法-修正的耦合协调度模型对2011-2021年黄河流域农业与旅游业耦合协调关系和区域差异进行评价。结果表明:(1)黄河流域长期处于旅游业发展滞后状态,2018年进入农业发展滞后状态,农旅同... 详细信息

农旅融合是农民增收和产业升级的重要途径。借助熵值法-修正的耦合协调度模型对2011-2021年黄河流域农业与旅游业耦合协调关系和区域差异进行评价。结果表明:(1)黄河流域长期处于旅游业发展滞后状态,2018年进入农业发展滞后状态,农旅同步性特征开始显现;农旅耦合协调等级从濒临失调到勉强协调。(2)有五省区一直处于旅游业滞后型,多省区农旅同步性特征不明显;农旅耦合协调区域不平衡问题突出。(3)空间上将农旅耦合协调度分为4种类型:山东和陕西为稳定高耦合协调地区,四川、河南和内蒙古为非稳定高耦合协调地区,山西、青海和宁夏为稳定低耦合协调地区,甘肃为非稳定低耦合协调地区。根据黄河流域整体情况以及4种类型,提出农旅融合协调优化的政策建议:跨省协作,缩小农旅融合差距;以农促旅,推进农旅融合发展;以旅兴农,促进农旅融合发展。

关键词：黄河流域农旅融合耦合协调度区域差异

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社会网络对农户创业的影响及正规信贷的中介效应

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宁夏农林科技 2024年第4期65卷 61-65页

作者：李威瑶李永胜方帅玉宁夏大学农学院宁夏银川750021

利用2018CFPS微观数据,分别通过二元Probit模型和Tobit模型分析社会网络对农户创业决策和农户创业利润的影响,研究发现,社会网络可以显著促进农户创业决策和提高农户创业利润,稳健性检验结果也是如此。进一步对性别划分发现,社会网络对... 详细信息

利用2018CFPS微观数据,分别通过二元Probit模型和Tobit模型分析社会网络对农户创业决策和农户创业利润的影响,研究发现,社会网络可以显著促进农户创业决策和提高农户创业利润,稳健性检验结果也是如此。进一步对性别划分发现,社会网络对男性创业的影响要大于女性。通过中介效应发现,扩大社会网络进而提高正规信贷支持可以促进农户进行创业决策和提高创业利润。

关键词：社会网络农户创业正规信贷

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宁夏青铜峡制种大县质量监管现状、挑战与发展建议

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中国种业 2024年第4期 40-42页

作者：常彩红李炜耀李湘宁周蓉宁夏回族自治区种子工作站银川750001

种子被称为农业的“芯片”,其质量的优劣直接影响农业增效、农民增收、农村稳定。宁夏青铜峡作为国家级杂交玉米制种大县,始终坚持把打好种业翻身仗作为一项重大政治任务,充分发挥国家制种大县政策优势,以发展现代种业、建设种业强市为... 详细信息

种子被称为农业的“芯片”,其质量的优劣直接影响农业增效、农民增收、农村稳定。宁夏青铜峡作为国家级杂交玉米制种大县,始终坚持把打好种业翻身仗作为一项重大政治任务,充分发挥国家制种大县政策优势,以发展现代种业、建设种业强市为目标,加强体制机制创新,积极构建市场化基地管理运行模式,种子基地监管服务能力全面提升。面对新形势下种子质量监管工作新要求,青铜峡制种大县如何进一步强化种子质量监管工作,确保繁育出高质量农业生产安全用种及站得住脚的高质量“宁夏种子”,结合青铜峡制种大县质量监管现状及宁夏种业高质量发展要求,对青铜峡制种大县质量监管工作存在的问题及解决措施进行了全面探讨。

关键词：种子种业制种大县产业发展质量监管

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磁性纳米Fe_(3)O_(4)的氧化共沉淀法制备及催化性能

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无机化学学报 2024年第8期40卷 1577-1582页

作者：侯思宇李玮瑶刘家东王斐柳雯思杨静张莹沈阳药科大学本溪117004

以单一Fe^(2+)作为铁源,0.4%的H_(2)O_(2)为氧化剂,NaOH为沉淀剂,采用氧化共沉淀法制备了尺寸为7 nm的Fe_(3)O_(4)颗粒。为进一步体外模拟肿瘤饥饿治疗,设计了一个包含5 mL(10 μg·mL^(-1))的葡萄糖氧化酶和15 mL(5 mg·mL^(-1))葡萄... 详细信息

以单一Fe^(2+)作为铁源,0.4%的H_(2)O_(2)为氧化剂,NaOH为沉淀剂,采用氧化共沉淀法制备了尺寸为7 nm的Fe_(3)O_(4)颗粒。为进一步体外模拟肿瘤饥饿治疗,设计了一个包含5 mL(10 μg·mL^(-1))的葡萄糖氧化酶和15 mL(5 mg·mL^(-1))葡萄糖溶液的体系,以探究纳米Fe_(3)O_(4)的类过氧化氢酶(CAT)与类过氧化物酶(POD)催化性能的最适条件。结果表明:在1 mg·mL^(-1) pH=5.0时,纳米Fe_(3)O_(4)的类CAT活性能推动葡萄糖氧化反应的反应速度增加、限度增大;pH=5.0时,纳米Fe_(3)O_(4)的类POD活性更好,能高效率催化H_(2)O_(2)产生活性氧。

关键词：纳米Fe_(3)O_(4) 氧化共沉淀法催化性能肿瘤饥饿治疗活性氧

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Flavone Content and Bioactivity of Aqueous-Ethanolic Extracts of Phellinus Fruit Bodies

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食用菌学报 2008年第2期15卷 27-30页

作者： HAO Ruixia ZHOU Shuai YANG Yan XI Junzhe li weiyao TANG Qingjiu WANG Chenguang Shanghai Biotechnology and Engineering Research Center for the Edible Fungi Key Laboratory of Agricultural Genetics and Breeding of Shanghai Research Center of Natural Medicinal Resources Institute of Edible Fungi Shanghai Academy of Agricultural Sciences Shanghai 201106China College of Food Science and Technology Shanghai Fisheries University Shanghai 200090 China

The flavone content of aqueous ethanolic extracts of Phellinus fruit bodies obtained from seven different locations was ***-tumor and antioxidant activities associated with the extracts were investigated in vitro using the Alamar Blue assay and a chemiluminecence-based method,*** of the seven Phellinus samples generated very similar HPLC profiles in qualitative terms although the areas of several peaks varied according to the sample type indicating quantitative differences in the case of some *** the extracts,especially those of artificially cultivated Phellinus baumii fruit bodies,inhibited L1210 tumor cell proliferation and exhibited superoxide radical scavenging activity although there was no obvious correlation with flavone content.

关键词：生物活性果实黄酮含量抗癌物质

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废旧晶体硅光伏组件资源化回收研究进展

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化工环保 2022年第5期42卷 511-517页

作者：陈琛焦芬刘维李炜垚杨璧玮洪雪丽中南大学资源加工与生物工程学院长沙湖南410083

在传统能源逐步枯竭及碳达峰碳中和概念兴起的背景下,光伏产业得到迅猛发展,其后被忽视的组件报废问题、资源化回收问题需提上日程。本文对目前光伏产业中占主导地位的晶体硅光伏组件进行了介绍,并综合国内外相关文献,对目前废旧光伏组... 详细信息

在传统能源逐步枯竭及碳达峰碳中和概念兴起的背景下,光伏产业得到迅猛发展,其后被忽视的组件报废问题、资源化回收问题需提上日程。本文对目前光伏产业中占主导地位的晶体硅光伏组件进行了介绍,并综合国内外相关文献,对目前废旧光伏组件资源化过程中较为成熟的物理法(包括机械拆解法和热处理法)和化学法(包括有机溶剂法和酸碱法)进行了概述,总结了目前不同技术的特点,以期为寻找经济、高效、清洁的废旧光伏组件回收方法提供思路。

关键词：废旧光伏组件晶体硅资源化回收电子废弃物

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国际多元化与企业绩效:四阶段倒M型模型

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科研管理 2018年第6期39卷 57-66页

作者：李维瑶张莉君吴冰华东理工大学商学院上海200237

随着国际多元化的发展,中国企业在海外遇到严峻挑战。但目前国内研究对企业国际多元化与绩效的关系还探讨不足。本文通过对2002-2014年制造业上市公司的面板数据进行分析,试图进一步探索中国企业国际多元化与绩效间的关系,并检验企业性... 详细信息

随着国际多元化的发展,中国企业在海外遇到严峻挑战。但目前国内研究对企业国际多元化与绩效的关系还探讨不足。本文通过对2002-2014年制造业上市公司的面板数据进行分析,试图进一步探索中国企业国际多元化与绩效间的关系,并检验企业性质的影响。研究表明:中国企业国际多元化与绩效间存在四阶段倒M型关系;国有企业国际多元化的绩效显著优于民营企业。

关键词：国际多元化企业绩效国有企业民营企业

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姜黄素对犬骨髓间充质干细胞迁移能力的影响

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四川农业大学学报 2022年第4期40卷 536-542页

作者：李韦瑶邓嘉强赵芳芳朱雪瑞曹随忠沈留红余树民四川农业大学动物医学院成都611130

【目的】探讨姜黄活性成分姜黄素(curcumin,Cur)对犬骨髓间充质干细胞(canine bone marrow mesenchymal stem cells,cBMSCs)迁移功能的影响。【方法】取体外传代培养条件下cBMSC作为试验材料,分别设置P3-cBMSCs为P3组,P6-cBMSCs+Cur(0、0.1、1和10μmol/L)为姜黄素处理组。采用细胞划痕实验、Transwell细胞迁移实验、微丝绿色荧光探针(Actin-Tracker Green-488)染色、RT-qPCR、细胞坏死与凋亡检测和细胞相对端粒长度检测来评估姜黄素对cBMSCs迁移能力的影响。【结果】与P3组相比,P6-cBMSCs划痕愈合率和Transwell小室外表面细胞迁移数量随着传代次数增加而降低(P<0.01);且细胞圆合度较高,应力纤维弯曲且稀少;迁移相关因子MMP-2和MMP-9的基因表达水平显著下调(P<0.01)。经姜黄素处理后,P6-cBMSCs迁移能力提高,细胞应力纤维数量和排列均得到改善;迁移相关因子(MMP-2和CXCL8)的基因表达水平均显著上调(P<0.01);细胞凋亡和坏死延缓,细胞活力得到维持;细胞相对端粒长度缩短迟滞。【结论】Cur可以改善cBMSCs因体外扩增培养而受损的迁移能力,且以1μmol/L的浓度作用最佳。

关键词：姜黄素犬骨髓间充质干细胞细胞迁移

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不同激素对山韭种子萌发特性的影响

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种子 2022年第6期41卷 76-83页

作者：李韦瑶肖汇川张碧莹李杰苏滢淼崔国文秦立刚东北农业大学动物科学技术学院黑龙江哈尔滨150030 东北农业大学食品学院黑龙江哈尔滨150030

试验采用吲哚乙酸(Indole-3-acetic acid,IAA)、乙烯利(Ethrel,ETH)和萘乙酸(Naphthalene acetic acid,NAA)对山韭种子进行浸种处理,以蒸馏水为对照,测定各处理条件下的种子发芽指标和形态指标,进而选择可明显提升种子发芽指标的激素浓... 详细信息

试验采用吲哚乙酸(Indole-3-acetic acid,IAA)、乙烯利(Ethrel,ETH)和萘乙酸(Naphthalene acetic acid,NAA)对山韭种子进行浸种处理,以蒸馏水为对照,测定各处理条件下的种子发芽指标和形态指标,进而选择可明显提升种子发芽指标的激素浓度,测定该处理下的种子生理指标。结果表明,与ck相比,100 mg/L IAA和50 mg/L ETH对山韭种子的萌发和形态有显著促进作用,而NAA处理抑制种子萌发和生长。100 mg/L IAA处理显著提高山韭种子可溶性蛋白含量和蛋白酶活性。50 mg/L ETH处理显著增加了可溶性蛋白、可溶性糖含量、脂肪酶活性、内源IAA和ETH含量。200 mg/L NAA处理对可溶性蛋白、可溶性糖含量、蛋白酶活性和内源ETH含量有显著提升。主成分分析和相关性分析表明,山韭种子萌发特性各指标之间均呈显著正相关,与内源IAA含量呈显著负相关。

关键词：山韭种子萌发激素处理生理生化

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