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RECOGNICER:A coarse-graining approach for identifying broad domains from ChIP-seq data

Quantitative Biology 2020年第4期8卷 359-368页

作者： Chongzhi Zang Yiren Wang weiqun peng Center for Public Health Genomics University of VirginiaCharlottesvilleVA 22908USA Department of Public Health Sciences University of VirginiaCharlottesvilleVA 22908USA Department of Physics The George Washington UniversityWashingtonDC 20052USA

Background:Histone modifications are major factors that define chromatin states and have functions in regulating gene expression in eukaryotic *** immunoprecipitation coupled with high-throughput sequencing(ChIP-seq)technique has been widely used for profiling the genome-wide distribution of chromatin-associating protein *** histone modifications,such as H3K27me3 and H3K9me3,usually mark broad domains in the genome ranging from kilobases(kb)to megabases(Mb)long,resulting in diffuse patterns in the ChIP-seq data that are challenging for signal *** most existing ChIP-seq peak-calling algorithms are based on local statistical models without account of multi-scale features,a principled method to identify scale-free board domains has been ***:Here we present RECOGNICER(Recursive coarse-graining identification for ChIP-seq enriched regions),a computational method for identifying ChIP-seq enriched domains on a large range of *** algorithm is based on a coarse-graining approach,which uses recursive block transformations to determine spatial clustering of local enriched elements across multiple length ***:We apply RECOGNICER to call H3K27me3 domains from ChIP-seq data,and validate the results based on H3K27me3's association with repressive gene *** show that RECOGNICER outperforms existing ChIP-seq broad domain calling tools in identifying more whole domains than separated ***:RECOGNICER can be a useful bioinformatics tool for next-generation sequencing data analysis in epigenomics research.

关键词： coarse-graining ChIP-seq peak calling histone modification

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Regulated Intron Retention and mRNA Degradation in T cell activation

Regulated Intron Retention and mRNA Degradation in T cell ac...

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第十三届全国免疫学学术大会

作者： Yi Tian Zhouhao Zeng weiqun peng Jun Zhu Institue of immunology Amy Medical University Department of Physics George Washington University National Heart Lung and Blood Institute National Institute of Health

T cell activation is a well-established model for studying cellular responses to exogenous *** this study, we performed BruChase-Seq to experimentally monitor the expression dynamics of nascent transcripts in resting and activated CD4 T cells, and applied computational modeling to investigate the impact of intron retention(IR) on the kinetics of mRNA *** expected, intron retained transcripts are considerably less stable than spliced *** addition, the decrease in the steady-state IR level in activated CD4 T cells are in part due to increased splicing efficiency and further stabilization of spliced *** propose that coordination between splicing regulation and mRNA stability may provide a novel paradigm to achieve spatiotemporal control of gene expression during T cell *** also found the mRNA stability change is not due to the 3’-untranslated region(UTR)-isoform choice but may be regulated by the RNA binding proteins(RBPs) for example the LARP4 is the most significant binding protein in 3’ UTR of the β1-decreased ***, the mRNAs of the activated CD4 T cells in LARP4 Knock-out(KO) mice showed the decreased stability and comparable transcriptional level for some genes including the NFkB1 and PSMD7 when comparing to the wild-type(WT) mice, resulting in the down-regulation of these ***, the LARP4 KO down-regulated NFkB1 target genes such as Interleukin 2(IL2) and Interferon Gamma(IFNG) upon CD4 T cell activation, which is critical for the T cell proliferation and function.

关键词： Intron Retention mRNA Degradation T cell activation

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人防中心医院战时通风空调设计

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暖通空调 2017年第7期47卷 67-70页

作者：张利娜金为群彭国东中建三局人防与地下空间设计院

结合平时公共医疗建筑修建人防医疗救护工程的实际需求日益增长,在此类工程的通风空调设计中,特殊的室内空气质量及温湿度要求与人防工程的防护要求存在较大矛盾。针对这一问题,通过工程实例分析探讨了人防中心医院战时通风空调系统的... 详细信息

结合平时公共医疗建筑修建人防医疗救护工程的实际需求日益增长,在此类工程的通风空调设计中,特殊的室内空气质量及温湿度要求与人防工程的防护要求存在较大矛盾。针对这一问题,通过工程实例分析探讨了人防中心医院战时通风空调系统的设计思路。重点分析了关于战时空调冷源选择、通风系统设计等方面的问题,对比了不同冷源和通风方式在人防医疗救护工程内应用的优劣。提出采用空气源热泵机组能有效解决防护与空调冷源需求的矛盾。分区设置小型空调机组和通风系统的方法既能解决不同功能区的室内环境要求,又能保障防护功能。

关键词：人防中心医院战时通风空调冷源通风方式空气源热泵

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Lineage relationship of CD8^＋ T cell subsets is revealed by progressive changes in the epigenetic landscape

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Cellular & Molecular Immunology 2016年第4期13卷 502-513页

作者： Joseph G. Crompton Manikandan Narayanan Suresh Cuddapah Rahul Roychoudhuri Yun Ji Wenjing Yang Shashank J. Patel Madhusudhanan Sukumar Douglas C. Palmer weiqun peng Ena Wang Francesco M. Marincola Christopher A. Klebanoff Keji Zhao John S. Tsang Luca Gatt-inoni Nicholas P. Restifo Surgery Branch National Cancer Institute National Institutes of Health Bethesda MD 20892 USA Cambridge Institute for Medical Research University of Cam bridge Cambridge CB20XY UK Systems Genomics and Bioinformatics Unit Laboratory of Systems Biology National Institute of Allergy and Infectious Diseases National Institutes of Health Bethesda MD 20892 USA Department of Environmental Medicine New York University School of Medicine Tuxedo NY 10987 USA Experimental Transplantation and Immunology Branch National Cancer Institute National Institutes of Health Bethesda MD 20892 USA Department of Physics The George Washington University Washington DC 20052 USA Research Branch Sidra Medical and Research Centre Doha Qatar Infectious Disease and Immunogenetics Section Department of Transfusion Medicine Clinical Center National Institutes of Health Bethesda MD 20892 USA Clinical Investigator Development Program NCI/NIH Bethesda MD 20892 USA Systems Biology Center National Heart Lung and Blood Institute National Institutes of Health Bethesda MD 20892 USA. Lombardi Comprehensive Cancer Center Georgetown University Washington. DC 20007. United States. Bethesda. MD 20892. USA.

To better elucidate epigenetic mechanisms that correlate with the dynamic gene expression program observed upon T-cell differentiation, we investigated the genomic landscape of histone modifications in naive and memory CD8＋ T cells. Using a ChlP-Seq approach coupled with global gene expression profiling, we generated genome-wide histone H3 lysine 4 （H3K4me3） and H3 lysine 27 （H3K27me3） trimethylation maps in naive, T memory stem cells, central memory cells, and effector memory cells in order to gain insight into how histone architecture is remodeled during T cell differentiation. We show that H3K4me3 histone modifications are associated with activation of genes, while H3K27me3 is negatively correlated with gene expression at canonical loci and enhancers associated with T-cell metabolism, effector function, and memory. Our results also reveal histone modifications and gene expression signatures that distinguish the recently identified T memory stem cells from other CD8＋ T-cell subsets. Taken together, our results suggest that CD8＋ lymphocytes undergo chromatin remodeling in a progressive fashion. These findings have major implications for our understanding of peripheral T-cell ontogeny and the formation of immunological memory.

关键词： T淋巴细胞干细胞基因表达记忆抗原 CD8 赖氨酸胰岛素组蛋白类

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散光矫正型人工晶状体植入在白内障低角膜散光中的应用进展

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世界复合医学 2023年第6期9卷 195-198页

作者：彭伟群冯桂强黄琼贵港爱尔眼科医院视光科广西贵港537100

在我国,白内障是一种十分常见的致盲眼病,其中约20%的患者术前有角膜散光。随着患者对术后视力要求的不断提高,白内障手术正逐步向屈光性方向发展,目的是提高术后视觉质量。散光矫正型人工晶状体(toric intraocular lens,Toric IOL)植... 详细信息

在我国,白内障是一种十分常见的致盲眼病,其中约20%的患者术前有角膜散光。随着患者对术后视力要求的不断提高,白内障手术正逐步向屈光性方向发展,目的是提高术后视觉质量。散光矫正型人工晶状体(toric intraocular lens,Toric IOL)植入是当前最常见的矫正角膜散光的术式,对术前角膜散光进行矫正,并控制手术源性散光,从而降低术后角膜散光,对提高患者的术后视力有积极作用。基于此,本文将对Toric IOL在白内障低角膜散光中的应用作一简要综述。

关键词：散光矫正型人工晶状体白内障低角膜散光

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2型糖尿病住院患者核心护理标准化语言的构建

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中华护理教育 2024年第7期21卷 887-891页

作者：靳荣秀郭晶晶刘素琼彭卫群北京大学深圳医院深圳市518000

目的构建2型糖尿病住院患者核心护理标准化语言,为规范临床护理记录提供参考。方法聚焦2型糖尿病住院患者的护理,通过文献检索、回顾医院护理记录及专家咨询确定2型糖尿病住院患者核心护理诊断,通过“国际北美护理诊断协会分类(North Am... 详细信息

目的构建2型糖尿病住院患者核心护理标准化语言,为规范临床护理记录提供参考。方法聚焦2型糖尿病住院患者的护理,通过文献检索、回顾医院护理记录及专家咨询确定2型糖尿病住院患者核心护理诊断,通过“国际北美护理诊断协会分类(North American Nursing Diagnosis Association International,NANDA-Ⅰ)、护理措施分类(Nursing Interventions Classification,NIC)、护理结局分类(Nursing Outcomes Classification,NOC)”(简称NNN链接)初步筛选核心护理诊断所匹配的核心护理结局、护理指标及核心护理措施、护理活动,邀请21名专家进行2轮函询进行修订完善,最终形成2型糖尿病住院患者核心护理标准化语言。结果2型糖尿病住院患者核心护理标准化语言包括6项护理诊断、11项护理结局(52项护理指标)、15项护理措施(126项护理活动)。结论本研究构建的2型糖尿病住院患者核心护理标准化语言符合我国国情、文化背景、语言理解及临床实践,具有专业性、科学性,有利于实现护理语言的标准化,提升糖尿病专科护理质量。

关键词：糖尿病 2型护理诊断护理结局分类护理措施分类

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基于Snyder希望理论干预对糖尿病高危足病人心理弹性与血糖的影响

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循证护理 2023年第3期9卷 549-552页

作者：刘素琼彭卫群北京大学深圳医院广东518036

目的:探讨基于Snyder希望理论干预对糖尿病高危足病人心理弹性与血糖的影响。方法:选取我院2020年6月—2021年1月100例糖尿病高危足病人作为研究对象,按照随机数字表法分为观察组与对照组,每组50例。对照组采取常规护理进行干预,观察组... 详细信息

目的:探讨基于Snyder希望理论干预对糖尿病高危足病人心理弹性与血糖的影响。方法:选取我院2020年6月—2021年1月100例糖尿病高危足病人作为研究对象,按照随机数字表法分为观察组与对照组,每组50例。对照组采取常规护理进行干预,观察组在对照组基础上采取Snyder希望理论进行干预,两组病人均干预6个月,观察比较两组血糖水平,通过心理弹性量表观察比较两组的心理弹性(自强、乐观、坚韧)评分。结果:两组病人干预前血糖水平比较差异无统计学意义(P>0.05),干预后观察组血糖水平较对照组降低(P0.05),干预后观察组较对照组改善差异有统计学意义(P0.05),干预后两组评分均明显升高,且观察组高于对照组(P<0.05)。结论:Snyder希望理论对糖尿病高危足病人心理弹性与血糖的影响效果显著,能够有效控制血糖水平,提高病人的心理弹性。

关键词：糖尿病 Snyder希望理论高危足心理弹性血糖护理

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标准化饮食护理在2型糖尿病肥胖患者中的应用价值

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国际护理学杂志 2019年第23期38卷 3985-3989页

作者：吴梦彭卫群郭晶晶北京大学深圳医院内分泌科 518036

目的探究和评价标准化饮食护理在2型糖尿病肥胖患者多个方面中的应用价值.方法选取2016年7月至2017年8月于北京大学深圳医院采用随机分组的原则将2型糖尿病肥胖患者80例,均分为对照组和实验组两组,每组40例.对照组进行常规饮食护理的处... 详细信息

目的探究和评价标准化饮食护理在2型糖尿病肥胖患者多个方面中的应用价值.方法选取2016年7月至2017年8月于北京大学深圳医院采用随机分组的原则将2型糖尿病肥胖患者80例,均分为对照组和实验组两组,每组40例.对照组进行常规饮食护理的处理,实验组采取标准化饮食护理的处理,比较两组患者护理前后在血糖情况、自护行为、血脂情况等方面的统计学差异.结果两组患者的空腹血糖,餐后2h血糖,糖化血红蛋白在治疗前后的差异具有统计学意义(P<0.05),但实验组的差异大于对照组;两组患者在治疗后空腹血糖、餐后2 h血糖、糖化血红蛋白的差异有统计学意义(P<0.05);两组患者的饮食、运动、血糖检测、足护理、吸烟评分在治疗前后的差异具有统计学意义(P<0.05),但实验组的差异大于对照组;两组患者在治疗后饮食、运动、血糖检测、足护理,吸烟评分的差异有统计学意义(P<0.05).结论标准化饮食护理能够在一定程度上对2型糖尿病肥胖患者的自护行为起到改善,同时能够控制血糖浓度.

关键词：标准化饮食护理 2型糖尿病肥胖

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互联网+医疗服务模式在初诊2型糖尿病患者中的应用

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齐鲁护理杂志 2018年第3期24卷 10-12页

作者：郭晶晶彭卫群周小玲北京大学深圳医院广东深圳518036

目的:探讨互联网+医疗服务模式在初诊2型糖尿病患者中的应用效果。方法:选取2017年1~4月49例初诊2型糖尿病患者作为对照组,接受常规门诊指导;选取2017年5~8月49例初诊2型糖尿病患者作为干预组,在常规门诊指导的基础上接受定期互联网+医... 详细信息

目的:探讨互联网+医疗服务模式在初诊2型糖尿病患者中的应用效果。方法:选取2017年1~4月49例初诊2型糖尿病患者作为对照组,接受常规门诊指导;选取2017年5~8月49例初诊2型糖尿病患者作为干预组,在常规门诊指导的基础上接受定期互联网+医疗服务模式干预。比较两组血糖控制情况、血糖控制、自我感受负担、疲劳程度和负性情绪。结果:干预后,两组血糖、餐后2 h血糖、经济负担、情感负担、身体负担、疲劳评定量表各因子得分、焦虑自评量表(SAS)评分、抑郁自评量表(SDS)评分均优于入组时(P<0.05),干预组下降更明显(P<0.01)。结论:互联网+医疗服务模式对初诊2型糖尿病患者干预效果满意,能有效控制初诊2型糖尿病患者血糖,减轻自我感受负担、负性情绪,改善疲劳程度。

关键词： 2型糖尿病互联网+医疗服务模式自我感受负担疲劳负性情绪

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基于“互联网+”的柔性教学模式在胰岛素泵护理培训中的应用

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齐鲁护理杂志 2021年第7期27卷 11-14页

作者：郭晶晶彭卫群周小玲陈说北京大学深圳医院广东深圳518036

目的:探讨基于“互联网+”的柔性教学模式在胰岛素泵护理培训中的应用效果。方法:将293名临床护士按照随机数字表法分为研究组151名和对照组142名,对照组实施传统大课堂授课模式+操作示教+分组练习培训,研究组通过手机App蓝墨云班课在... 详细信息

目的:探讨基于“互联网+”的柔性教学模式在胰岛素泵护理培训中的应用效果。方法:将293名临床护士按照随机数字表法分为研究组151名和对照组142名,对照组实施传统大课堂授课模式+操作示教+分组练习培训,研究组通过手机App蓝墨云班课在线培训+快易达Virtual Paradigm712模拟演练系统培训;比较培训后两组胰岛素泵知识掌握情况、培训效果评分、培训满意度评分、培训经费以及对胰岛素泵护理行为正确率。结果:研究组胰岛素泵知识掌握情况、培训效果评分、培训满意度评分及对胰岛素护理行为正确率均优于对照组(P<0.01),培训经费少于对照组(P<0.01)。结论:基于“互联网+”的柔性教学模式在胰岛素泵护理培训中的应用效果显著,能够增强培训效果和满意度,同时提升护士对胰岛素泵护理行为正确率。

关键词：柔性教学模式互联网教学胰岛素泵护理培训满意度

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