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Tumorigenic bacteria in colorectal cancer:mechanisms and treatments

Cancer Biology & Medicine 2022年第2期19卷 147-162页

作者： Sha Li Jinyi Liu Xiangjin Zheng Liwen Ren Yihui Yang Wan Li weiqi fu Jinhua Wang Guanhua Du The State Key Laboratory of Bioactive Substance and function of Natural Medicines Beijing 100050China Key Laboratory of Drug Target Research and Drug Screen Institute of Materia MedicaChinese Academy of Medical Science and Peking Union Medical CollegeBeijing 100050China

Colorectal cancer(CRC)is the third most common and the second most fatal *** recent years,more attention has been directed toward the role of gut microbiota in the initiation and development of *** bacterial species,such as fusobacterium nucleatum,Escherichia coli,Bacteroides fragilis,Enterococcus faecalis,and Salmonella *** been associated with CRC,based upon sequencing studies in CRC patients and functional studies in cell culture and animal *** bacteria can cause host DNA damage by genotoxic substances,including colibactin secreted by pks+Escherichia coli,*** toxin(BFT)produced by Bacteroides fragilis,and typhoid toxin(TT)from *** bacteria can also indirectly promote CRC by influencing host-signaling pathways,such as E-cadherin/β-catenin,TLR4/MYD88/NF-κB,and SMO/RAS/p38 ***,some of these bacteria can contribute to CRC progression by helping tumor cells to evade the immune response by suppressing immune cell function,creating a proinflammatory environment,or influencing the autophagy *** with the classical antibacterial drugs,metronidazole or erythromycin,the antibacterial active ingredients,M13@Ag(electrostatically assembled from inorganic silver nanoparticles and the protein capsid of bacteriophage M13),berberine,and zerumbone,were found to inhibit tumorigenic bacteria to different *** this review,we described progress in elucidating the tumorigenic mechanisms of several CRC-associated bacteria,as well as progress in developing effective antibacterial *** bacteria have been shown to be active in the oncogenesis and progression of CRC,and some antibacterial compounds have shown therapeutic potential in bacteria-induced *** bacteria may be useful as biomarkers or therapeutic targets for CRC.

关键词： Colorectal cancer microbiota tumorigenic mechanism genotoxicity cancer pathways tumor immunity

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The biology,function,and applications of exosomes in cancer

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Acta Pharmaceutica Sinica B 2021年第9期11卷 2783-2797页

作者： Jinyi Liu Liwen Ren Sha Li Wan Li Xiangjin Zheng Yihui Yang weiqi fu Jie Yi Jinhua Wang Guanhua Du The State Key Laboratory of Bioactive Substance and function of Natural Medicines Beijing 100050China Key Laboratory of Drug Target Research and Drug Screen Institute of Materia MedicaChinese Academy of Medical Science and Peking Union Medical CollegeBeijing 100050China Department of Clinical Laboratory Peking Union Medical College HospitalBeijing 100730China

Exosomes are cell-derived nano vesicles with diameters from 30 to 150 nm,released upon fusion of multi vesicular bodies with the cell *** can transport nucleic acids,proteins,and lipids for intercellular communication and activate signaling pathways in target *** cancers,exosomes may participate in growth and metastasis of tumors by regulating the immune response,blocking the epithelial-mesenchymal transition,and promoting *** are also involved in the development of resistance to chemotherapeutic *** in liquid biopsies can be used as non-invasive biomarkers for early detection and diagnosis of *** of their amphipathic structure,exosomes are natural drug delivery vehicles for cancer therapy.

关键词： Exosomes Tumor immunity Tumor metastasis Drug resistance Biomarkers Drug delivery

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Detecting Doppler ultrasound embolic signals using the wavelet-based feature extraction algorithm

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Chinese Journal of Acoustics 2008年第4期27卷 338-349页

作者： CHEN Yijiao WANG Yuanyuan WANG weiqi ZHOU Hualin fu Jianhui Department of Electronic Engineering Fudan University Shanghai 200433 Hnashan Hospital Affiliated with fudan University Shanghai 200040

The non-invasive detection of circulating emboli with the Doppler ultrasound technique is of active significance in clinical applications. In order to eliminate drawbacks of artifacts brought by the movement of probes or patients and detect emboli accurately, relevant feature parameters are extracted from two angles of the wavelet transform of Doppler signals. The singularity of the signal waveform is analyzed based on its wavelet scalogram; then transverse and longitudinal parameters are extracted to represent the scalogram characteristics. A novel method is proposed based on the adaptive wavelet packet basis, from which several parameters such as the energy, the scale, etc. are extracted to represent the optimized signal approximation features. With all feature parameters in two aspects, a classification system is established for Doppler Ultrasound embolic signals by solving the generalized Fisher discriminant plane. From experiments on 300 simulated and 298 clinical Doppler ultrasound signals of cerebral arteries, it is shown that the proposed system can achieve the emboli detection rates of 99.0% and 98.5% for the training set and the testing set respectively. Therefore this method makes an improve- ment of emboli detection compared to traditional in the automatic detection of clinical emboli. methods and has the possibility to be applied

关键词： extraction algorithm Doppler ultrasound feature parameters classification system traditional methods wavelet transform cerebral arteries wavelet packet testing set

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Structural Basis for Substrate Preference of SMYD3, A SET Domain-containing Protein Lysine Methyltransferase

Structural Basis for Substrate Preference of SMYD3, A SET Do...

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第五届中国结构生物学学术讨论会

作者： weiqi fu Nan Liu Qi Qiao Mingzhu Wang Bing Zhu Rui-Ming Xu Na Yang National Laboratory of Biomacromolecules Institute of Biophysics Chinese Academy of Sciences University of Chinese Academy of Sciences

SMYD3 is a SET domain-containing N-lysine methyltransferase associated with multiple cancers. Its reported substrates include histones（H3K4 and H4K5）, vascular endothelial growth factor receptor-1（VEGFR1 K831） and MAP3 kinase kinase（MAP3K2 K260）. To reveal the structural basis for substrate preference and the catalytic mechanism of SMYD3, we have solved its co-crystal structures with VEGFR1 and MAP3K2 peptides. Our structural and biochemical analyses show that MAP3K2 serves as a robust substrate of SMYD3 owing to the presence of a phenylalanine residue at the-2 position. A shallow hydrophobic pocket on SMYD3 accommodates the binding of the phenylalanine and promotes efficient catalytic activities of SMYD3. By contrast, SMYD3 displayed a weak activity toward a VEGFR1 peptide, and the location of the acceptor lysine in the folded kinase domain of VEGFR1 requires drastic conformational rearrangements for juxtaposition of the acceptor lysine with the enzymatic active site. Our results clearly revealed structural determinants for the substrate preference of SMYD3 and provided mechanistic insights into lysine methylation of MAP3K2. The knowledge should be useful for the development of SMYD3 inhibitors in the fight against MAP3K2 and Ras-driven cancer.

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基于液膜临界速度的井筒积液预测新方法

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中国海上油气 2022年第1期34卷 141-146页

作者：豆宁辉柯珂鲍洪志付玮琪中国石油大学(华东)石油工程学院山东青岛266580 中国石化石油工程技术研究院北京100101 中国矿业大学煤炭资源与安全开采国家重点实验室江苏徐州221116

现阶段用于预测气井积液问题的模型大多针对垂直井筒从Turner所建立的液滴受力模型上发展而来,认为井底积液是由井筒中液滴下落造成的,对井筒倾斜角和液膜逆流的影响没有深入探讨。本文对Unified多相流动模型进行编程,运用多相流动模型... 详细信息

现阶段用于预测气井积液问题的模型大多针对垂直井筒从Turner所建立的液滴受力模型上发展而来,认为井底积液是由井筒中液滴下落造成的,对井筒倾斜角和液膜逆流的影响没有深入探讨。本文对Unified多相流动模型进行编程,运用多相流动模型对垂直井筒、倾角75°井筒和60°井筒分别进行了数值模拟,分别从井筒内流动压降和液膜速度对井底积液进行判定。研究结果表明,液膜逆流是造成井底积液的重要因素之一,得出了液膜的临界速度为-0.3 m/s,当液膜速度低于该临界速度时井底发生积液。通过对比流动压降预测方法的预测结果,液膜逆流法的预测结果平均误差为11.56%,最大误差仅为19%,而最小压降法预测的平均误差则在38%左右,得出液膜速度可以更加准确的预测井底积液问题。本文研究结果可为深水气井积液预测提供新思路。

关键词：气井积液预测多相流动模型液膜逆流液膜临界速度

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小骨窗开颅术与大骨瓣开颅术治疗脑出血86例

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中国现代医生 2012年第8期50卷 136-137页

作者：付伟奇辽宁省抚顺市中心医院脑外科辽宁抚顺113006

目的比较小骨窗开颅术与大骨瓣开颅术治疗脑出血的临床疗效。方法回顾性分析我院2008年1月～2011年6月行小骨窗开颅手术及大骨瓣开颅手术86例,比较两组手术时间、术中出血量、住院时间、术后并发症及术后2个月预后情况。结果小骨窗手术... 详细信息

目的比较小骨窗开颅术与大骨瓣开颅术治疗脑出血的临床疗效。方法回顾性分析我院2008年1月～2011年6月行小骨窗开颅手术及大骨瓣开颅手术86例,比较两组手术时间、术中出血量、住院时间、术后并发症及术后2个月预后情况。结果小骨窗手术时间、出血量及住院时间优于大骨瓣开颅术,但两组并发症及预后无明显差异。结论两种手术方法各有优缺点及适应证,应根据具体情况选择最佳手术方式。

关键词：大骨瓣开颅术小骨窗开颅术高血压脑出血

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黄原胶和羧甲基纤维素对水合物浆液流变特性的影响规律研究

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中国海上油气 2022年第2期34卷 146-155页

作者：孔庆文王志远马楠付玮琪中国石油大学(华东)石油工程学院山东青岛266580 中国矿业大学煤炭资源与安全开采国家重点实验室江苏徐州221116

当深水钻井气侵发生后,水合物在井筒中生成,从而改变钻井液流变性,造成井筒压力精确控制困难。实验研究了水基钻井液添加剂主剂黄原胶和羧甲基纤维素对水合物浆液流变特性的影响规律,分析了水合物浓度、黄原胶浓度和羧甲基纤维素浓度对... 详细信息

当深水钻井气侵发生后,水合物在井筒中生成,从而改变钻井液流变性,造成井筒压力精确控制困难。实验研究了水基钻井液添加剂主剂黄原胶和羧甲基纤维素对水合物浆液流变特性的影响规律,分析了水合物浓度、黄原胶浓度和羧甲基纤维素浓度对浆液表观黏度、剪切强度和塑性剪切强度等流变参数的影响,发现不同水合物浓度条件下含黄原胶的水合物浆液均为假塑性流体,呈现剪切稀释性,而含羧甲基纤维素的水合物浆液在水合物浓度低于4%时呈现剪切增稠性,在水合物浓度高于4%呈现剪切稀释性。同时,发现水合物浓度的增加,会凸显水合物浆液的剪切稀释性,降低其流变指数,增加稠度系数。根据非牛顿流体幂律模型,构建了含黄原胶和羧甲基纤维素浓度的水合物浆液流变模型,可为预测深水钻井井筒内水合物生成风险和构建水合物高效防治方案提供理论基础。

关键词：水合物水合物浆液流变性流动保障深水钻井

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泡状流中水合物生成预测模型及实验

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化工进展 2022年第11期41卷 5746-5754页

作者：付玮琪赵子贤于璟魏伟王志远黄炳香中国矿业大学煤炭资源与安全开采国家重点实验室江苏徐州221116 中国石油集团工程技术研究院有限公司北京102206 中国石油集团勘探开发研究院(廊坊分院) 河北廊坊065099 中国石油大学(华东)石油工程学院山东青岛266580

针对可燃冰钻采井筒内易发生水合物生成和堵塞的工程问题,本文开展了泡状流条件下甲烷水合物生成实验,发现流速增加会提高水合物生成速率,黄原胶质量分数的增加会降低水合物生成速率。基于传质理论,构建了适用于可燃冰钻采井筒内泡状流... 详细信息

针对可燃冰钻采井筒内易发生水合物生成和堵塞的工程问题,本文开展了泡状流条件下甲烷水合物生成实验,发现流速增加会提高水合物生成速率,黄原胶质量分数的增加会降低水合物生成速率。基于传质理论,构建了适用于可燃冰钻采井筒内泡状流条件下水合物生成预测模型,模型考虑了连续相流体流变性、气泡破裂、聚并和形变等因素对泡状流中气液界面分布和气液间传质规律的影响,并耦合实验数据,提出了气泡群间的综合传质系数经验公式,用于描述气泡间相互作用对气液间传质速率的影响。对比实验结果,所建立模型对水合物生成量和水合物生成速率的预测误差分别在±5%和±15%以内,满足工程计算需求。该模型的构建有助于精准预测油气和可燃冰钻采井筒内水合物风险,为建立经济、高效的井筒水合物防治方案奠定理论基础。

关键词：泡状流水合物流动保障水合物生成传质

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基于超像素条件随机场的遥感图像变化检测

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长江信息通信 2022年第1期35卷 73-75页

作者：符潍奇三峡大学计算机与信息学院湖北宜昌443002

遥感图像变化检测一直是遥感领域的热点。使用单一的差分影像很难保证初始变化图的准确度,为了充分利用遥感图像的空间信息,文章提出了一种用于无监督遥感图像变化检测的基于超像素的条件随机场模型。该方法首先通过变化矢量分析、光谱... 详细信息

遥感图像变化检测一直是遥感领域的热点。使用单一的差分影像很难保证初始变化图的准确度,为了充分利用遥感图像的空间信息,文章提出了一种用于无监督遥感图像变化检测的基于超像素的条件随机场模型。该方法首先通过变化矢量分析、光谱相关映射器产生了提供互补变化信息的差异图像。然后对差异图像进行简单线性迭代聚类得到超像素图像,最后,引入到条件随机场模型进行优化获得二值变化图。实验结果表明,所提出的方法提高了遥感图像变化检测的准确性。

关键词：遥感图像条件随机场超像素变化检测

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Improved 5-Aminolevulinic Acid Production with Recombinant Escherichia coli by a Short-term Dissolved Oxygen Shock in Fed-batch Fermentation

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Chinese Journal of Chemical Engineering 2013年第11期21卷 1291-1295页

作者：杨俊朱力傅维琦林逸君林建平岑沛霖 Key Laboratory of Biomass Chemical Engineering of Ministry of Education Departnaent of Chemical and BiologicalEngineering Zhejiang University Hangzhou 310027 China Center for Systems Biology University of Iceland Reykjavik Iceland

5-Aminolevulinic acid （ALA） is a common precursor for tetrapyrrole compounds in all kinds of organ isms and has wide applications in agriculture and medicines. In this study, a new strategy, i.e. short-term dissolved oxygen （DO） shock during aerobic fermentation, was introduced to produce 5-aminolevulinic acid with a recombi-nant E. coli. Effects of duration time of DO shock operation on plasmid concentration, intracellular ALA synthase （ALAS） activity and ALA production were investigated in Erlenmeyer shake flasks. The results indicated that both ALAS activity and ALA yield were enhanced in an anaerobic operation of 45 rain in the early exponential phase during fermentation, while they decreased when the anaerobic operation time was further increased to 60 rain. The DO shock protocol was confirmed with the fed-batch fermentation in a 15 L fermenter and the ALA production achieved 9.4 g.L-1 （72 mmol.L-1）, which is the highest yield in the fermentation broth reported up to now.

关键词： 5-aminolevulinic acid synthase activity dissolved oxygen shock fed-batch fermentation recombinantE. coli

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