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DMFVAE: miRNA-disease associations prediction based on deep matrix factorization method with variational autoencoder

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Frontiers of Computer Science 2024年第6期18卷 186912-186912页

作者： wei pijing WANG Qianqian GAO Zhen CAO Ruifen ZHENG Chunhou Information Materials and Intelligent Sensing Laboratory of Anhui Province Institutes of Physical Science and Information Technology Anhui University Key Lab of Intelligent Computing and Signal Processing of Ministry of Education School of Computer Science and Technology Anhui University Key Lab of Intelligent Computing and Signal Processing of Ministry of Education School of Artificial Intelligence Anhui University

MicroRNAs (miRNAs) are closely related to numerous complex human diseases, therefore, exploring miRNA-disease associations (MDAs) can help people gain a better understanding of complex disease mechanism. An increasing number of computational methods have been developed to predict MDAs. However, the sparsity of the MDAs may hinder the performance of many methods. In addition, many methods fail to capture the nonlinear relationships of miRNA-disease network and inadequately leverage the features of network and neighbor nodes. In this study, we propose a deep matrix factorization model with variational autoencoder (DMFVAE) to predict potential MDAs. DMFVAE first decomposes the original association matrix and the enhanced association matrix, in which the enhanced association matrix is enhanced by self-adjusting the nearest neighbor method, to obtain sparse vectors and dense vectors, respectively. Then, the variational encoder is employed to obtain the nonlinear latent vectors of miRNA and disease for the sparse vectors, and meanwhile, node2vec is used to obtain the network structure embedding vectors of miRNA and disease for the dense vectors. Finally, sample features are acquired by combining the latent vectors and network structure embedding vectors, and the final prediction is implemented by convolutional neural network with channel attention. To evaluate the performance of DMFVAE, we conduct five-fold cross validation on the HMDD v2.0 and HMDD v3.2 datasets and the results show that DMFVAE performs well. Furthermore, case studies on lung neoplasms, colon neoplasms, and esophageal neoplasms confirm the ability of DMFVAE in identifying potential miRNAs for human diseases.

关键词： miRNA-disease association deep matrix factorization self-adjusted nearest neighbor variational encoder network structure

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PROTECTIVE EFFECT OF GERMANIUM-AMINOACID ON RAT MYOCARDIAL CELLS INCULTURE TO OXYGEN AND

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Medical Bulletin of Shanghai Jiaotong University 1994年第1期17卷 62-68页

作者：林华魏丕敬顾培坤金正均

This research was designed to investigate the biochemical ed morglologicaleffects of gerrmiamanium-acid (Ge-401) on the cultured mpocarthe cells (CMC) un-der oxygen ed glucose deprivation (OGD). The results showed that Ge-401 (471unol/L) decreed markals the OGD inked LDH relent (P<0.001) and this effectwas strengthened by increasing the Ge-401 concentration. the stdy of ultrastwturalchanges by the electron microscope also suggested that Ge-401 could lessen the inureycaused by OGD on CMC, such as membrane damage,karyopyknosis and mitochondria enlargement. When Ge-401 ac verape were comas it was fed that the activityof Ge-401 was similar to verape, a calcium ontagonist,

关键词： germanium myocardial cells lactate dehydrogenase ultrastructure

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热休克时超氧歧化酶诱导机制的实验研究

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上海铁道大学学报 1999年第1期20卷 7-10页

作者：王胜朱洪生谢芳魏丕敬上海第二医科大学附属仁济医院胸心外科

目的在培养乳鼠心肌细胞观察热休克时氧自由基（ＯＦＲ）的消除与否，对缺氧复氧损伤心肌耐受力及超氧歧化酶（ＳＯＤ）活性的影响。方法实验分对照组、损伤组、热休克组、热休克＋ＳＯＤ预处理组、外源性Ｏ２－·预处理组（ｎ＝６）。... 详细信息

目的在培养乳鼠心肌细胞观察热休克时氧自由基（ＯＦＲ）的消除与否，对缺氧复氧损伤心肌耐受力及超氧歧化酶（ＳＯＤ）活性的影响。方法实验分对照组、损伤组、热休克组、热休克＋ＳＯＤ预处理组、外源性Ｏ２－·预处理组（ｎ＝６）。预处理２４ｈ后各组细胞接受２ｈ缺氧／１ｈ复氧孵育，并检测ＯＦＲ，ＳＯＤ及细胞损伤指标的变化。结果心肌细胞在热休克或Ｏ２－·预处理时ＯＦＲ释放增加（Ｐ＜０．０５），但２４ｈ后经历２ｈ缺氧／１ｈ复氧时，两组细胞释放的ＯＦＲ较对照组明显减少（Ｐ＜０．０１），且伴有ＳＯＤ活性显著升高（Ｐ＜０．０１），心肌细胞损伤减轻（Ｐ＜０．０１）；若在热休克时应用ＳＯＤ消除产生的ＯＦＲ则出现完全相反的结果。结论热休克对缺氧复氧损伤心肌细胞有明确的保护作用。

关键词：心肌热休克超氧歧化酶氧自由基缺氧复氧鼠

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基于多层基因网络的关键基因识别算法

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生物信息学 2023年第4期21卷 277-285页

作者：魏丕静刘晶晶赵永敏苏延森郑春厚安徽大学物质科学与信息技术研究院合肥230601 安徽大学计算机科学与技术学院合肥230601 安徽大学人工智能学院合肥230601

疾病关键基因可用于疾病诊断、预测和新药或新疗法有效性的评价,故识别与疾病紧密相关的关键基因十分重要。然而现在有些疾病样本数据较少,传统基于大样本的关键基因挖掘方法不适用于该类数据。本文针对含少量样本数据的疾病,首先利用... 详细信息

疾病关键基因可用于疾病诊断、预测和新药或新疗法有效性的评价,故识别与疾病紧密相关的关键基因十分重要。然而现在有些疾病样本数据较少,传统基于大样本的关键基因挖掘方法不适用于该类数据。本文针对含少量样本数据的疾病,首先利用单样本网络构建方法构建每个疾病样本的个体化基因网络,并通过建立基因间的层间联系构建多层基因网络。然后利用基于张量的多层网络中心性方法评估每层网络中基因间的相互作用以及层间影响,对基因进行重要性打分,识别疾病关键基因。最后将该方法应用到哮喘数据集上,并与经典算法进行比较,结果表明,利用该方法所识别的已获批准的药物靶标基因的排名较优;对所得到的新的潜在关键基因TP53、PUS10、MAP3K1等进行功能和通路富集分析,结果表明其与哮喘有紧密关联。

关键词：多层基因网络随机游走节点中心性关键基因

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丹参素及另两种水溶性丹参成分抗心肌缺血和对冠状动脉作用的研究

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上海第一医学院学报 1982年第1期 13-20页

作者：江文德陈玉华王迎平董忠田袁龙兴鲁映青魏丕敬王瑜刘世增上海第一医学院基础医学部药理学教研室北京第二医学院药理学教研组上海第二医学院药理学教研组上海第一医学院1979年高级师资班上海第一医学院1979年高级师资班学员

用四种实验对丹参素(β-3,4二羟基苯基乳酸,DS-182)、丹参二萜酸混合物、(DS-781)、原儿茶醛(PCAD)与潘生丁等药物进行比较研究,证实:丹参素能显著延长小鼠耐缺氧时间,对后叶素引起的大鼠缺血性心电变化,有显著保护作用,为潘生丁,DS-781... 详细信息

用四种实验对丹参素(β-3,4二羟基苯基乳酸,DS-182)、丹参二萜酸混合物、(DS-781)、原儿茶醛(PCAD)与潘生丁等药物进行比较研究,证实:丹参素能显著延长小鼠耐缺氧时间,对后叶素引起的大鼠缺血性心电变化,有显著保护作用,为潘生丁,DS-781或PCAD所不及。急性结扎狗冠脉左前降支后,丹参素能显著对抗左心室收缩峰压(LVPSP)的下降和左心室舒末压(LVEDP)的升高。相反,PCAD则更明显地降低LVPSP和升高LVEDP。静注潘生丁组,伴随显著的降压使LVP8P下降而LVEDP不升高。24小时后心梗范围缩小,以丹参素最为明显;疗效比较的顺序为:丹参素,潘生丁,DS-781和PCAD。丹参素明显地舒张离体猪冠状动脉,并对抗吗啡和心得安的收缩冠脉效应。DS-781和PCAD反而引起明显的收缩。

关键词：抗心肌缺血丹参素 β-(3,4-二羟基苯基)乳酸冠状动脉潘生丁哌醇啶剂量用药量水溶性

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不同润湿性表面液滴冻结及融化特性研究

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工程热物理学报 2023年第10期44卷 2760-2770页

作者：蔡丕敬郑海坤盛伟郝晓茹常士楠河南理工大学机械与动力工程学院焦作454000 哈密豫新能源产业研究院哈密839000 北京航空航天大学航空科学与工程学院北京100191

由于微纳结构超疏水表面独特的润湿特性,在制冷低温等诸多领域展现出良好的防冰应用前景。本文通过可视化实验,研究了表面润湿性和表面温度对液滴冻结及融化过程的影响规律。结果表明,与光滑铝表面相比,方柱微结构超疏水表面液滴的预冷... 详细信息

由于微纳结构超疏水表面独特的润湿特性,在制冷低温等诸多领域展现出良好的防冰应用前景。本文通过可视化实验,研究了表面润湿性和表面温度对液滴冻结及融化过程的影响规律。结果表明,与光滑铝表面相比,方柱微结构超疏水表面液滴的预冷时间和相变时间明显延长,而随着表面温度的降低两者之间的差距逐渐缩小。当液滴冻结完成后形成了冻结尖端,且两样品表面液滴均存在接触角减小和高度增加的现象。由于“气垫效应”的削弱甚至破坏,液滴融化后超疏水表面润湿性并未立刻恢复,接触角小于常温测量值;不同表面温度下液滴的二次冻结时间均短于一次冻结时间,但仍优于光滑铝表面;且液滴融化时的过热度较小,表面初始融化温度越低,开始融化时间越长,而液滴融化过程时间基本一致。

关键词：超疏水液滴冻结微纳结构表面温度液滴融化

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按摩辅助药物治疗小儿腹泻的研究

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中医临床研究 2010年第13期2卷 22-23页

作者：刘淑伟会宁县中医院甘肃白银730700

目的：观察按摩配合药物治疗小儿腹泻的效果。方法：采用推脾经，操中院，运内八卦等手法配合药物对120例小儿腹泻进行治疗，治疗时分为两组，即治疗组和对照组，最终进行治疗效果的比较。结果：治疗组37例两天治愈，21例四天治愈，2例... 详细信息

目的：观察按摩配合药物治疗小儿腹泻的效果。方法：采用推脾经，操中院，运内八卦等手法配合药物对120例小儿腹泻进行治疗，治疗时分为两组，即治疗组和对照组，最终进行治疗效果的比较。结果：治疗组37例两天治愈，21例四天治愈，2例五天治愈；对照组21例三天治愈，29例五天治愈，10例七天治愈。结论：治疗组在疾病好转和治愈时间上均比对照组快。

关键词：按摩小儿腹泻治疗效果

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An uncontrolled open-label, multicenter study to monitor the antiviral activity and safety of inhaled zanamivir （as Rotadisk via Diskhaler device） among Chinese adolescents and adults with influenza-like illness

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Chinese Medical Journal 2012年第17期125卷 3002-3007页

作者： CAO Bin WANG Da-yan YU Xiao-min wei Lu-qing PU Zeng-hui GAO Yan WANG Jing DONG Jian-ping LI Xiao-ling XU Qian HU Ke CHEN Bai-yi YU Yun-song SONG Shu-fan SHU Yue-long WANG Chen Beijing Chao-Yang Hospital Beijing Institute of Respiratory Medicine Capital Medical University Beijing 100020 China Chinese National Influenza-Center National Institute for Viral Disease Control and Prevention China CDC Beijing 102206 China Pingjing Hospital Logistics College of Chinese People's Armed Police Forces Tianjin 300162 China Yantai Yuhuangding Hospital Yantai Shandong 264000 China Peking University People's Hospital Beijing 100044 China Beijing Xuanwu Hospital Capital Medical University Beijing 100053 China Beijng Hai-Dian Hospital Beijing 100080 China Chengdu Infectious Disease Hospital Chengdu Sichuan 610061 China China-Japan Friendship Hospital Beijing 100029 China Renmin Hospital of Wuhan University Wuhan Hubei 430060 China First Hospital of China Medical University Shenyang Liaoning 110001 China Sir Run Run Shaw Hospital Hangzhou Zhejiang 310020 China pijing Hospital China Ministry of Health Beijing 100730 China

Background It is the first multicenter clinical study in China to investigate zanamivir use among Chinese adolescents and adults with influenza-like illness （ILl） since 2009, when inhaled zanamivir （RELENZA ） was marketed in China. Methods An uncontrolled open-label, multicentre study to evaluate the antiviral activity, and safety of inhaled zanamivir （as Rotadisk via Diskhaler device）; 10 mg administered twice daily for 5 days in subjects≥12 years old with ILl. Patients were enrolled within 48 hours of onset and followed for eight days. Patients were defined as being influenza-positive if the real-time reverse transcriptase-polymerase chain reaction real-time reverse transcriptase-polymerase chain reaction （rRT-PCR） test had positive results. Results A total of 400 patients 〉12 years old were screened from 11 centers in seven provinces from March 2010 to January 2011. Three hundred and ninety-two patients who took at least one dose of zanamivir were entered into the safety analysis. The mean age was 33.8 years and 50% were male. Cardiovascular diseases and diabetes were the most common comorbidities. All the reported adverse events, such as rash, nasal ache, muscle ache, nausea, diarrhea, headache, occurred in less than 1% of subjects. Mild sinus bradycadia or arrhythmia occurred in four subjects （1%）. Most of the adverse events were mild and did not require any change of treatment. No severe adverse events （SAE） or fatal cases were reported. Bronchospasm was found in a 38 years old woman whose symptoms disappeared after stopping zanamivir and without additional treatment. All the 61 influenza virus isolates （43 before enrollment, 18 during treatment） proved to be sensitive to zanamivir. Conclusions Zanamivir is well tolerated by Chinese adolescents and adults with ILls. There is no evidence for the emergence of drug-resistant isolates during treatment with zanamivir. （ChiCTR-TNRC-10000938）

关键词： influenza zanamivir safety susceptibility

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基于《古今名医临证金鉴》的历代名医论治胸痹心痛的用药规律研究

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中药药理与临床 2023年第9期39卷 100-105页

作者：俞赟丰杨欣雨韦方敏上官雪丽徐思琦简维雄湖南中医药大学中医学院长沙410208 湖南中医药大学第一附属医院长沙410007 湖南中医药大学国家重点学科中医诊断学湖南省重点实验室长沙410208

目的:探讨古今名医论治胸痹心痛的用药规律,为临床用药提供借鉴。方法:整理《古今名医临证金鉴·胸痹心痛卷》中历代名医论治胸痹心痛的有效经验方,将复方录入Excel2010建立数据库,采用古今医案云平台(V2.3)进行频次分析、关联规则和聚... 详细信息

目的:探讨古今名医论治胸痹心痛的用药规律,为临床用药提供借鉴。方法:整理《古今名医临证金鉴·胸痹心痛卷》中历代名医论治胸痹心痛的有效经验方,将复方录入Excel2010建立数据库,采用古今医案云平台(V2.3)进行频次分析、关联规则和聚类分析,采用SPSS Modeler18.0进行因子分析。结果:共纳入74位医家的333首经验方,涉及中药289味,以甘草、丹参、茯苓、半夏、当归、郁金、桂枝、薤白、麦冬、瓜蒌、红花、五味子、党参、白芍、陈皮为核心中药。药性以温、平为主,药味以甘、辛、苦为主。归经以心经为主,与肺、肝、脾、胃经密切相关。功效以燥湿化痰和活血化瘀为主,辅以补脾益气,养阴生津。关联规则获得茯苓-甘草、五味子-麦冬、瓜蒌-薤白、半夏-茯苓、等17个核心药对。因子分析将药物分为6个公因子,涵盖生脉散、瓜蒌薤白半夏汤、橘红汤、桂枝汤、等方,累计贡献度64.68%。聚类分析将药物分为4个组合,共奏豁痰宽胸、健脾利湿、活血化瘀、益气养阴、气血阴阳并调之效。结论:本研究通过数据挖掘总结了历代名医论治胸痹心痛的临证经验,为临床用药提供借鉴。

关键词：胸痹心痛用药规律关联规则聚类分析因子分析

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