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MicrobiotaProcess:A comprehensive R package for deep mining microbiome

The Innovation 2023年第2期4卷 48-58,47页

作者： Shuangbin Xu Li Zhan Wenli Tang Qianwen Wang Zehan Dai Lang Zhou tingze feng Meijun Chen Tianzhi Wu Erqiang Hu Guangchuang Yu Division of Laboratory Medicine Microbiome Medicine CenterZhujiang HospitalSouthern Medical UniversityGuangzhou 510515China Department of Bioinformatics School of Basic Medical SciencesSouthern Medical UniversityGuangzhou 510515China

The data output from microbiome research is growing at an accelerating rate,yet mining the data quickly and efficiently remains *** is still a lack of an effective data structure to represent and manage data,as well as flexible and composable analysis *** response to these two issues,we designed and developed the MicrobiotaProcess *** provides a comprehensive data structure,MPSE,to better integrate the primary and intermediate data,which improves the integration and exploration of the downstream *** this data structure,the downstream analysis tasks are decomposed and a set of functions are designed under a tidy *** functions independently perform simple tasks and can be combined to perform complex tasks.

关键词： methods. structure integrate

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clusterProfiler 4.0:A universal enrichment tool for interpreting omics data

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The Innovation 2021年第3期2卷 51-61页

作者： Tianzhi Wu Erqiang Hu Shuangbin Xu Meijun Chen Pingfan Guo Zehan Dai tingze feng Lang Zhou Wenli Tang Li Zhan Xiaocong Fu Shanshan Liu Xiaochen Bo Guangchuang Yu Department of Bioinformatics School of Basic Medical SciencesSouthern Medical UniversityGuangzhou 510515China Department of Biotechnology Beijing Institute of Radiation MedicineBeijing 100850China Guangdong Provincial Key Laboratory of Proteomics School of Basic Medical SciencesSouthern Medical UniversityGuangzhou 510515China Microbiome Medicine Center Department of Laboratory MedicineZhujiang HospitalSouthern Medical UniversityGuangzhou 510515China

Functional enrichment analysis is pivotal for interpreting highthroughput omics data in life *** is crucial for this type of tool to use the latest annotation databases for as many organisms as *** meet these requirements,we present here an updated version of our popular Bioconductor package,clusterProfiler *** package has been enhanced considerably compared with its original version published 9 years *** new version provides a universal interface for functional enrichment analysis in thousands of organisms based on internally supported ontologies and pathways as well as annotation data provided by users or derived from online *** also extends the dplyr and ggplot2 packages to offer tidy interfaces for data operation and *** new features include gene set enrichment analysis and comparison of enrichment results from multiple gene *** anticipate that clusterProfiler 4.0 will be applied to a wide range of scenarios across diverse organisms.

关键词： clusterProfiler biological knowledge mining functional analysis enrichment analysis visualization

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漏斗胸术后心功能远期随访

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中华小儿外科杂志 1999年第2期20卷 78-79页

作者：冯杰雄胡廷泽刘文英朱琦韦福康蒋小平唐耘熳华西医科大学附属第一医院小儿外科成都610041 华西医科大学附属第二医院超声心动图室

目的　探讨漏斗胸术后心脏功能的变化。方法　用超声心动图测定４１例漏斗胸患儿术前、术后的心脏功能，并选择年龄、性别、身高、体重相同的正常儿童作对照。结果　漏斗胸患儿术前射血分数（ＥＦ）与平均左心室周径缩短率（ＭＶＣ... 详细信息

目的　探讨漏斗胸术后心脏功能的变化。方法　用超声心动图测定４１例漏斗胸患儿术前、术后的心脏功能，并选择年龄、性别、身高、体重相同的正常儿童作对照。结果　漏斗胸患儿术前射血分数（ＥＦ）与平均左心室周径缩短率（ＭＶＣＦ）与对照组相比有降低（Ｐ＜０．０５），长期随访发现患儿术后ＥＦ、ＭＶＣＦ与每搏输出量较术前有上升（Ｐ＜０．０１），而且这些指标与对照组相比差异无显著性（Ｐ＞０．０５）。结论　漏斗胸术后患儿的心脏功能可恢复正常。

关键词：漏斗胸心功能随访外科手术术后儿童

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漏斗胸肋软骨基质的形态学与组织化学研究

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中华胸心血管外科杂志 2001年第3期17卷 159-161页

作者：冯杰雄胡廷泽刘文英华西医科大学附属第一医院小儿外科

目的　了解漏斗胸肋软骨基质形态学与组织化学特征。方法　对 19例漏斗胸和 14例同年龄儿童肋软骨基质的胶原进行电镜观察并对II型胶原进行免疫组化染色 ,对基质中蛋白多糖进行PAS和Safranin O染色。将所有染色结果进行图像分析。结果... 详细信息

目的　了解漏斗胸肋软骨基质形态学与组织化学特征。方法　对 19例漏斗胸和 14例同年龄儿童肋软骨基质的胶原进行电镜观察并对II型胶原进行免疫组化染色 ,对基质中蛋白多糖进行PAS和Safranin O染色。将所有染色结果进行图像分析。结果　与对照组相比 ,电镜下病变组肋软骨基质中胶原分布不均、排列紊乱 ;II型胶原免疫组化染色发现肋软骨深层II型胶原分布不均 ,但浅、深层II型胶原的染色强度没有明显改变 ;PAS和Safranin O染色发现基质中蛋白多糖的含量与分布均无明显改变。结论　漏斗胸肋软骨基质中蛋白多糖含量与分布及II型胶原的含量无明显改变 ,而基质中的胶原分布与排列异常。

关键词：漏斗胸肋软骨免疫组织化学形态学电镜

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改良胸骨上举术治疗漏斗胸

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中华小儿外科杂志 1999年第6期20卷 337-339页

作者：胡廷泽刘文英冯杰雄韦福康蒋小平罗启成刘敏华西医科大学附属第一医院小儿外科成都 610041

目的总结改良胸骨上举术治疗漏斗胸的经验。方法1986年10月～1998年10月用改良胸骨上举术治疗182例漏斗胸患儿。依据肋软骨再生是胸廓重塑的基础这一基本原理，对手术方法进行了4点改良：①钢板支架弯成拱型；②助软骨膜缝合成管状并悬... 详细信息

目的总结改良胸骨上举术治疗漏斗胸的经验。方法1986年10月～1998年10月用改良胸骨上举术治疗182例漏斗胸患儿。依据肋软骨再生是胸廓重塑的基础这一基本原理，对手术方法进行了4点改良：①钢板支架弯成拱型；②助软骨膜缝合成管状并悬吊于钢板支架之上；③适当时机拔除钢板；④坚持术后功能锻炼。所有患儿均进行了长期随访，随访资料包括：胸廓外形、X线胸片及心肺功能。结果除2例早期病例复发再手术外，其余患儿脑廓外形均恢复正常；术前患儿心肺功能均有一定程度的损害，术后心脏功能逐步恢复正常，但肺功能的恢复则比较缓慢。结论用改良胸骨上举术治疗漏斗胸可取得满意的远期疗效。

关键词：漏斗胸改良胸骨上举术儿童外科手术

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