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Integrated liver proteomics and metabolomics identify metabolic pathways affected by pantothenic acid deficiency in Pekin ducks

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Animal Nutrition 2022年第4期11卷 1-14页

作者： Jing Tang Yongbao Wu Bo Zhang suyun liang Zhanbao Guo Jian Hu Zhengkui Zhou Ming Xie Shuisheng Hou State Key Laboratory of Animal Nutrition Key Laboratory of Animal(Poultry)Genetics Breeding and ReproductionMinistry of Agriculture and Rural AffairsInstitute of Animal SciencesChinese Academy of Agricultural Sciences100193BeijingChina

Pantothenic acid deficiency(PAD)in animals causes growth depression,fasting hypoglycemia and impaired lipid and glucose ***,a systematic multi-omics analysis of effects of PAD on hepatic function has apparently not been *** investigated liver proteome and metabolome changes induced by PAD to explain its effects on growth and liver metabolic *** ducks(1-dold,n=128)were allocated into 2 groups,with 8 replicates and 8 birds per *** 16 d,all ducks had ad libitum access to either a PAD or a pantothenic acid adequate(control,CON)diet,formulated by supplementing a basal diet with 0 or 8 mg pantothenic acid/kg of diet,*** enlargement,elevated liver glycogen concentrations and decreased liver concentrations of triglyceride and unsaturated fatty acids were present in the PAD group compared to the CON *** on integrated liver proteomics and metabolomics,PAD mainly affected glycogen synthesis and degradation,glycolysis and gluconeogenesis,tricarboxylic acid(TCA)cycle,peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR)signaling pathway,fatty acid beta oxidation,and oxidative *** proteins were confirmed by Western *** of proteins and metabolites involved in glycogen synthesis and degradation,glycolysis and gluconeogenesis implied that these processes were impaired in PAD ducks,which could have contributed to fasting hypoglycemia,liver glycogen storage,insufficient ATP production,and growth *** contrast,PAD also upregulated proteins and metabolites involved in fatty acid beta oxidation,the TCA cycle,and oxidative phosphorylation processes in the liver;presumably compensatory responses to produce *** inferred that PAD decreased liver triglyceride and unsaturated fatty acids by activating fatty acid beta oxidation and impairing unsaturated fatty acid *** findings contributed to our understanding of the mechanisms of PAD-induced changes in hepatic metabol

关键词： Pantothenic acid Hepatic metabolism Proteomics Metabolomics Hypoglycemia

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北京鸭DHAV-3抗性与易感品系的脂质轮廓鉴定与分析

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中国畜牧兽医 2024年第6期51卷 2253-2260页

作者：常卓梁素芸王帅钦杨宇泽薛振华赵春颖林逍然路永强侯水生北京市畜牧总站北京100101 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所北京100193

【目的】试验旨在研究抗鸭甲肝病毒基因3型(Duck hepatitis A virus genotype 3,DHAV-3)的北京鸭专门化品系(即抗性品系Z7-R)与DHAV-3易感品系(Z7-S)的脂质代谢轮廓,并筛选品系间差异脂质标志物。【方法】选取2日龄Z7系DHAV-3抗性北京... 详细信息

【目的】试验旨在研究抗鸭甲肝病毒基因3型(Duck hepatitis A virus genotype 3,DHAV-3)的北京鸭专门化品系(即抗性品系Z7-R)与DHAV-3易感品系(Z7-S)的脂质代谢轮廓,并筛选品系间差异脂质标志物。【方法】选取2日龄Z7系DHAV-3抗性北京鸭和易感北京鸭各6只,采集血液与肝脏组织,进行血液生化指标测定与基于液相色谱-质谱联用技术(LC-MS)的非靶向肝脏脂质组检测。采用t检验、偏最小二乘分析(PLS-DA)和差异倍数(FC)综合筛选品系间显著差异脂质。【结果】Z7-R系北京鸭血浆总胆固醇、低密度脂蛋白和磷脂含量均显著高于Z7-S系(P<0.05)。脂质组分析共鉴定到1 532个脂质代谢物,涵盖了脂肪酰(FA)、甘油酯(GL)、甘油磷脂(GP)、鞘脂(SP)、固醇脂(ST)5个大类。共筛选到84个显著差异脂质,其中甘油酯类主要为甘油三酯(TG),且Z7-R系含量均高于Z7-S系(P<0.05);甘油磷脂类主要为溶血磷脂酰胆碱(LPC)、溶血磷脂酰乙醇胺(LPE)和游离脂肪酸(FFAs),且Z7-R系含量均低于Z7-S系(P<0.05)。共筛选到10个显著差异的脂质显著富集到鞘脂代谢、甘油磷脂代谢、甘油酯代谢、亚油酸代谢和α-亚麻酸代谢通路中。【结论】脂质组学技术可用于区分北京鸭Z7-R系与Z7-S系,筛选到的10个显著差异脂质物质可作为潜在的DHAV-3抗性与易感性状相关生物标志物。

关键词：北京鸭鸭甲肝病毒基因3型脂质组代谢

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Effect of riboflavin deficiency on intestinal morphology,jejunum mucosa proteomics,and cecal microbiota of Pekin ducks

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Animal Nutrition 2023年第1期12卷 215-226页

作者： Yaxi Xu Bo Zhang Rui Zhao Kexin Gao suyun liang Yongbao Wu Yongsheng Hao Dapeng Liu Zhanbao Guo Jian Hu Zhengkui Zhou Ming Xie Jing Tang State Key Laboratory of Animal Nutrition Key Laboratory of Animal(Poultry)Genetics Breeding and ReproductionMinistry of Agriculture and Rural AffairsInstitute of Animal ScienceChinese Academy of Agricultural SciencesBeijing100193China

This study was to determine the effects of riboflavin deficiency(RD)on intestinal development,jejunum mucosa proteome,cecal short-chain fatty acids(SCFA)profiling,and cecal microbial diversity and community of starter Pekin *** white Pekin ducks(1 d old,n=240)were allocated into 2 groups,with 12 replicates and 10 birds per replicate in each *** 21 d,all ducks had ad libitum access to either an RD or a riboflavin adequate(control,CON)diet,formulated by supplementing a basal diet with 0 or 10 mg riboflavin per kg of diet,*** to the CON group,growth retardation,high mortality,and poor riboflavin status were observed in the RD ***,RD reduced the villus height and the ratio of villus height to crypt depth of jejunum and ileum(P<0.05),indicating morphological alterations of the small *** addition,dietary RD enhanced relative cecum weight and decreased cecal SCFA concentrations(P<0.05),including propionate,isobutyrate,butyrate,and *** jejunum mucosa proteomics showed that 208 proteins were upregulated and 229 proteins were downregulated in the RD group compared to those in the CON *** these,RD mainly suppressed intestinal absorption and energy generation processes such as glycolysis and gluconeogenesis,fatty acid beta oxidation,tricarboxylic acid cycle,and oxidative phosphorylation,leading to impaired ATP *** addition,RD decreased the community richness and diversity of the bacterial community in the cecum of ***,RD reduced the abundance of butyrate-producing bacteria in the cecum(P<0.05),such as Eubacterium coprostanoligenes,Prevotella and *** RD resulted in growth depression and intestinal hypofunction of Pekin ducks,which could be associated with impaired intestinal absorption and energy generation processes in intestinal mucosa,as well as gut microbiota *** findings contribute to our understanding of the mechanisms of intestinal hypofuncti

关键词： Riboflavin Deficiency Intestinal morphology Proteomics Cecal microbiota Short-chain fatty acids

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Prediction of petroleum exploration risk and subterranean spatial distribution of hydrocarbon accumulations

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Petroleum Science 2011年第1期8卷 17-23页

作者： Xie Hongbing Guo Qiulin Li Feng Li Jianzhong Wu Na Hu suyun liang Kun School of Energy Resources China University of GeosciencesBeijing 100083China Research Institute of Petroleum Exploration ＆ Development PetroChinaBeijing 100083China Science ＆ Technology Management Department China National Petroleum CorporationBeijing 100007China

Investigation of spatial distribution of oil and gas resource and accurate prediction of the geographic location of its undiscovered resource is significant for reducing exploration risk and improving exploration benefit.A new method for predicting spatial distribution of oil resource is discussed in this *** consists of prediction of risk probability in petroleum exploration and simulation of hydrocarbon abundance. Exploration risk probability is predicted by multivariate statistics,fuzzy mathematics and information processing techniques.A spatial attribute database for sample wells was set up and the Mahalanobis distance and Fuzzy value of given samples were ***,the Bayesian formula was used to calculate the hydrocarbon-bearing probability at the area of exploration ***,a hydrocarbon probability template is formed and used to forecast the probability of the unknown area. The hydrocarbon abundance is simulated based on Fourier integrals,frequency spectrum synthesis and fractal ***,the fast Fourier transformation（FFT） is used to transform the known hydrocarbon abundance from the spatial domain to the frequency domain,then,frequency spectrum synthesis is used to produce the fractal frequency spectrum,and FFT is applied to get the phase information of hydrocarbon-bearing ***,the frequency spectrum simulation is used to calculate the renewed hydrocarbon abundance in the play. This method is used to predict the abundance and possible locations of the undiscovered petroleum accumulations in the Nanpu Sag of the Bohai Bay Basin,*** prediction results for the well-explored onshore area of the northern Nanpu Sag agree well with the actual *** the less-explored offshore areas in the southern Nanpu Sag,the prediction results suggest high hydrocarbon abundance in Nanpu-1 and Nanpu-2,providing a useful guiding for future exploration.

关键词： Hydrocarbon resources abundance risk forecast Nanpu sag frequency spectrum simulation fractal theory

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芦可替尼通过骨髓源性外泌体抑制原发性骨髓纤维化的血管新生

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海军军医大学学报 2024年第4期45卷 454-461页

作者：梁嘉怡李琼琼陆丽娜成志勇王素云深圳市龙华区中心医院血液内科深圳518000 保定市第一医院血液内科保定071000

目的探究芦可替尼能否在外泌体层面通过抑制血管新生减缓原发性骨髓纤维化(PMF)发展。方法采集3例初诊PMF患者治疗前(初诊组)和芦可替尼治疗3个月后(芦可替尼组)及3例原发免疫性血小板减少症患者(对照组)的骨髓液,提取外泌体。采用蛋白... 详细信息

目的探究芦可替尼能否在外泌体层面通过抑制血管新生减缓原发性骨髓纤维化(PMF)发展。方法采集3例初诊PMF患者治疗前(初诊组)和芦可替尼治疗3个月后(芦可替尼组)及3例原发免疫性血小板减少症患者(对照组)的骨髓液,提取外泌体。采用蛋白质印迹法检测外泌体中促血管新生相关因子的蛋白质表达水平。将外泌体与人脐静脉内皮细胞(HUVEC)共培养24 h后,采用CCK-8法检测HUVEC的增殖活力,采用流式细胞术检测HUVEC细胞周期分布,采用划痕实验和Transwell侵袭实验检测HUVEC的迁移和侵袭能力,采用qPCR和蛋白质印迹法检测HUVEC中侵袭增殖相关因子的mRNA和蛋白质表达水平。结果与对照组相比,初诊组外泌体中血管内皮生长因子(VEGF)、VEGF受体1(VEGFR1)、低氧诱导因子-1α(HIF-1α)、环氧合酶-2(COX-2)表达水平均增加(均P<0.01);芦可替尼组VEGF、VEGFR1、HIF-1α、COX-2表达水平均低于初诊组(均P<0.01)。与初诊组外泌体共培养的HUVEC增殖、迁移和侵袭能力相较于对照组均增强(均P<0.05),而与芦可替尼组外泌体共培养的HUVEC增殖、迁移和侵袭能力较初诊组下降(均P<0.05)。与初诊组外泌体共培养的HUVEC中S期细胞占比高于对照组,与芦可替尼组外泌体共培养的HUVEC中S期细胞占比低于初诊组。与对照组相比,与初诊组外泌体共培养的HUVEC中基质金属蛋白酶(MMP)-2、MMP-9、局部黏着斑激酶(FAK)、增殖细胞核抗原(PCNA)mRNA和蛋白质表达水平均较高(均P<0.01);与芦可替尼组外泌体共培养的HUVEC中MMP-2、MMP-9、FAK、PCNA mRNA和蛋白质表达水平均较初诊组下降(均P<0.01)。结论体外实验中,PMF初诊患者骨髓源性外泌体可通过血管新生机制促进PMF进展,芦可替尼能够在外泌体层面抑制血管新生从而发挥PMF治疗作用。

关键词：原发性骨髓纤维化外泌体血管新生芦可替尼

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基于测序技术的畜禽基因组学研究进展

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遗传 2017年第4期39卷 276-292页

作者：梁素芸周正奎侯水生中国农业科学院北京畜牧兽医研究所农业部动物遗传育种与繁殖(家禽)重点实验室北京100193

人类通过数千年的驯化和近代以来有计划性的育种,形成了当今多样化的畜禽品种,从而提供丰富的动物源性蛋白满足人类需求。在过去的100年里,数量遗传学应用于动物育种领域引发了畜禽育种技术的革命,但畜禽机体遗传发育体系相当复杂,一些... 详细信息

人类通过数千年的驯化和近代以来有计划性的育种,形成了当今多样化的畜禽品种,从而提供丰富的动物源性蛋白满足人类需求。在过去的100年里,数量遗传学应用于动物育种领域引发了畜禽育种技术的革命,但畜禽机体遗传发育体系相当复杂,一些性状仍然难以通过基于系谱的育种值进行高效选育,遗传潜能尚未充分发掘。人类基因组计划带来的理念和技术极大促进了畜禽基因组学的发展,使得人们可以从全基因组水平精准定位功能变异,挖掘功能元件的生物学意义,为畜禽分子设计育种提供重要的理论基础。本文对近10年来猪(Sus scrofa)、牛(Bos taurus)、牦牛(Bos grunniens)、山羊(Capra hircus)、绵羊(Ovis aries)、鸡(Gallus gallus)、鸭(Anas platyrhynchos)和鹅(Anser cygnoides)等主要畜禽的基因组学研究进展进行综述,分别从参考基因组构建和群体基因组学分析两个方面进行论述,并对畜禽基因组未来的研究工作进行了展望。

关键词：畜禽参考基因组重测序

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肿瘤间质比在口腔鳞状细胞癌患者预后评估中的价值分析

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口腔医学研究 2024年第3期40卷 242-247页

作者：房敏健刘亮邱若兰曹伟葛素云柴大敏蚌埠医学院第一附属医院口腔科安徽蚌埠233004 蚌埠医学院第一附属医院病理科安徽蚌埠233004

目的:分析肿瘤间质比(tumor-stroma ratio,TSR)在口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)患者预后中的价值。方法:收集2015年1月~2017年12月在蚌埠医学院第一附属医院接受根治性切除术的OSCC患者为研究对象,并收集临床及病... 详细信息

目的:分析肿瘤间质比(tumor-stroma ratio,TSR)在口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)患者预后中的价值。方法:收集2015年1月~2017年12月在蚌埠医学院第一附属医院接受根治性切除术的OSCC患者为研究对象,并收集临床及病理资料。TSR以50%为界限,将其分为高间质比组(≥50%)及低间质比组(<50%)。分析TSR和OSCC患者的无病生存期及总生存期之间的关系。结果:术后随访及临床资料完整的98例患者中,高间质比患者42例,低间质比患者56例。高间质比组OSCC患者的5年总生存率以及5年无病生存率分别为31.0%(13/42)、26.2%(11/42);低间质比组OSCC患者的5年总生存率以及5年无病生存率分别为73.2%(41/56)、67.9%(38/56)。肿瘤发病部位与患者的5年总生存率(χ^(2)=1.327,P=0.932)及5年无病生存率(χ^(2)=3.113,P=0.683)无关;肿瘤临床分期、TSR与患者的5年总生存率5年无病生存率显著相关(P<0.001)。单因素COX分析结果显示,年龄、肿瘤T分期、淋巴结转移、TSR与OSCC患者总体生存率以及无病生存率有关。而通过多因素COX研究显示,肿瘤T分期、淋巴结转移以及TSR是影响OSCC患者总生存率与无病生存率的独立危险因素(P<0.05)。结论:TSR可作为OSCC患者术后预后的影响因素,可为OSCC患者术后辅助治疗方法的选择提供参考依据。

关键词：肿瘤间质比口腔鳞状细胞癌预后生存率

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鸭掌相关性状研究进展与分析

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中国畜牧兽医 2023年第10期50卷 4106-4113页

作者：鲁美希梁素芸侯水生中国农业科学院北京畜牧兽医研究所北京100193

鸭掌作为具有重要经济价值的家禽副产品,其消费需求迅速增加。尺寸越大、重量越重的鸭掌越受消费者喜爱,品质育种是获得该优良性状的手段之一。国内外学者开展了关于鸭掌形态、重量、尺寸、肉质等性状的研究,但与鸭掌品质育种的相关研... 详细信息

鸭掌作为具有重要经济价值的家禽副产品,其消费需求迅速增加。尺寸越大、重量越重的鸭掌越受消费者喜爱,品质育种是获得该优良性状的手段之一。国内外学者开展了关于鸭掌形态、重量、尺寸、肉质等性状的研究,但与鸭掌品质育种的相关研究未见报道。全面理解鸭掌生长发育的调控机制,筛选与之相关的遗传标记,是开展鸭掌品质育种的重要理论基础,可为肉鸭品种改良工作提供重要的遗传资源。因此,作者就有关鸭掌各性状的研究进展进行综述,介绍了鸭掌的基本构造及鸭掌外观形态、重量、尺寸、肉质的测量指标和方法,简述了鸭掌在鸭胚胎时期的发育过程,重点讨论了影响鸭掌的尺寸、重量、外观形态和肉质的因素,从遗传角度分析了对鸭掌进行品质育种的可行性,整理了在前期研究中发现的与鸭掌有关的基因和遗传标记,分析了鸭掌肉品质研究的现代技术和应用前景。最后,对未来鸭掌的育种方向提出了展望,主张利用现代技术对鸭掌进行准确评估,并且通过筛选与跖骨和趾骨相关的分子遗传标记,培育出拥有尺寸更大、重量更重的鸭掌的肉鸭品系,不仅有更高的经济价值,还有利于鸭的健康,进一步提高生产性能,为肉鸭遗传改良和相关行业的发展奠定基础。

关键词：鸭掌鸭育种性状

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Efficient protocols for heavy hitter identification with local differential privacy

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Frontiers of Computer Science 2022年第5期16卷 193-203页

作者： Dan ZHAO suyun ZHAO Hong CHEN Ruixuan LIU Cuiping LI Wenjuan liang Key Laboratory of Data Engineering and Knowledge Engineering of Ministry of Education Renmin University of ChinaBeijing 100872China School of Information Renmin University of ChinaBeijing 100872China

Local differential privacy(LDP),which is a technique that employs unbiased statistical estimations instead of real data,is usually adopted in data collection,as it can protect every user’s privacy and prevent the leakage of sensitive *** segment pairs method(SPM),multiple-channel method(MCM)and prefix extending method(PEM)are three known LDP protocols for heavy hitter identification as well as the frequency oracle(FO)problem with large ***,the low scalability of these three LDP algorithms often limits their ***,communication and computation strongly affect their ***,excessive grouping or sharing of privacy budgets makes the results *** address the abovementioned problems,this study proposes independent channel(IC)and mixed independent channel(MIC),which are efficient LDP protocols for FO with a large *** design a flexible method for splitting a large domain to reduce the number of ***,we employ the false positive rate with interaction to obtain an accurate *** experiments demonstrate that IC outperforms all the existing solutions under the same privacy guarantee while MIC performs well under a small privacy budget with the lowest communication cost.

关键词： local differential privacy frequency oracle heavy hitter

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菇渣复合基质对黄瓜幼苗生长的影响

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长江蔬菜 2023年第16期 51-55页

作者：梁倩玉黄美玲廖竞金黄秋霞梁素筠钟丽华百色学院广西533000

为探究合理利用菇渣,减少资源浪费,本研究以黄瓜作为试验试材,将腐熟的菇渣与草炭、蛭石及珍珠岩配制成不同的配方基质,从基质理化性质和黄瓜幼苗生长指标等方面研究了不同配比的菇渣配方基质对黄瓜幼苗生长的影响,从而筛选出适合黄瓜... 详细信息

为探究合理利用菇渣,减少资源浪费,本研究以黄瓜作为试验试材,将腐熟的菇渣与草炭、蛭石及珍珠岩配制成不同的配方基质,从基质理化性质和黄瓜幼苗生长指标等方面研究了不同配比的菇渣配方基质对黄瓜幼苗生长的影响,从而筛选出适合黄瓜基质育苗的菇渣复合基质配比。结果表明,T1处理(草炭∶菇渣∶蛭石∶珍珠岩=2∶1∶1∶1)基质的理化性质优良,黄瓜幼苗的出苗率和叶片叶绿素含量均显著优于对照(草炭∶菇渣∶蛭石∶珍珠岩=3∶0∶1∶1),而生物量、株高、茎粗等生长指标以及壮苗指数均与对照无显著差异,可作为黄瓜育苗的优良基质,有利于培育黄瓜壮苗。

关键词：菇渣草炭黄瓜基质

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