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Prediction a.d Va.ida.ion of Promoters Involved in the a.scisic a.id Response in Physcomitrella.pa.ens

Molecula. Pla.t 2011年第4期4卷 713-729页

作者： Gerrit Timmerha.s Seba.tia. T. Ha.ke Ka.l Buchta.stefan a. rensing Fa.ulty of Biology University of Freiburg Hauptstr. 1 79104 Freiburg Germany Present a.dress: Nofima.Ma.in Postboks 5010 1432/ks Norway Freiburg Initia.ive for Systems Biology (FRISYS) Faculty of Biology University of Freiburg Schanzlestr. 1 79104 Erelburg Germany Centre for Biologica. Signa.ling Studies (BIOSS) University of Freiburg Albertstr. 19 79104 Freiburg Germany

Detection of cis-regula.ory elements, such a. tra.scription fa.tor binding sites （TFBS）, through utiliza.ion of ortholog conserva.ion is possible only if genomic da.a.from closely rela.ed orga.isms a.e a.a.la.le. a. a.terna.ive a.proa.h is the detection of TFBS ba.ed on their overrepresenta.ion in promoters of co-regula.ed genes. However, this a.proa.h usua.ly suffers from a.high ra.e of fa.se-positive prediction. Here, we ha.e conducted a.ca.e study using promoters of genes known to be strongly induced by the phytohormone a.scisic a.id （a.a. in the model pla.t Physcomitrella.pa.ens, a.moss. Puta.ive TFBS were detected using three de novo motif detection tools in a.strict consensus a.proa.h. The resulting motifs were va.ida.ed using da.a.from microa.ra. expression profiling a.d were a.le to predict a.a.induced genes with high specificity （90.48%） a. mediocre sensitivity （33.33%）. In a.dition, 27 genes predicted to conta.n a.a.responsive TFBS were va.ida.ed using rea.-time PCR. Here, a.tota. of 37% of the genes could be shown to be induced upon a.a.trea.ment, while 70% were found to be regula.ed by a.a. We conclude tha. the consensus a.proa.h for motif detection using coregula.ion informa.ion ca. be used to identify genes tha. a.e regula.ed under a.given stimulus. In terms of evolution, we find tha. the a.a.response ha. a.pa.ently been conserved since the first la.d pla.ts on the level of fa.ilies involved in tra.scriptiona. regula.ion.

关键词： Hormone biology bioinforma.ics compa.a.ive genomics gene expression tra.scriptiona. control a.d tra.-scription fa.tors bryophytes.

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奶牛登记、产奶记录、数据处理及育种价值评估

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中国乳业 2006年第10期 13-14页

作者： stefan rensing 德国国家奶牛数据处理中心

在第四届中国国际奶业展览会及高层论坛上,韩国、日本、德国、荷兰奶业交流专场吸引了众多中外奶业界同仁。国外专家关于本国奶牛养殖业、乳品加工业的精彩报告,使与会代表对各国的奶业发展现状和趋势有了全面而深入地了解。本刊编辑部... 详细信息

在第四届中国国际奶业展览会及高层论坛上,韩国、日本、德国、荷兰奶业交流专场吸引了众多中外奶业界同仁。国外专家关于本国奶牛养殖业、乳品加工业的精彩报告,使与会代表对各国的奶业发展现状和趋势有了全面而深入地了解。本刊编辑部,对各位国外专家的发言进行了整理,现分韩国篇、日本篇、德国篇、荷兰篇四个部分予以刊登,以飨读者,希望对中国建设现代奶业有所借鉴。

关键词：育种工作价值评估数据处理奶牛产奶人工授精决定性

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