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赖氨酸基序(LysM)在植物–真菌相互作用中的研究进展

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植物生理学报 2022年第12期58卷 2263-2272页

作者：刘柳李兵郭顺星中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所北京100193

植物和真菌之间存在复杂的相互作用。真菌中含有的一些聚糖物质,如细胞壁中的几丁质,对激活植物免疫具有重要意义。赖氨酸基序(LysM)是一种广泛分布于原核生物和真核生物中的结构域,能够识别并结合这些聚糖物质,在植物–真菌相互作用中... 详细信息

植物和真菌之间存在复杂的相互作用。真菌中含有的一些聚糖物质,如细胞壁中的几丁质,对激活植物免疫具有重要意义。赖氨酸基序(LysM)是一种广泛分布于原核生物和真核生物中的结构域,能够识别并结合这些聚糖物质,在植物–真菌相互作用中起关键作用。植物LysM蛋白主要作为模式识别受体发挥作用,感知几丁质以诱导植物免疫。相反,真菌LysM能够保护细胞壁不被植物几丁质酶水解,阻断几丁质信号的感应或传导,从而抑制几丁质诱导的宿主免疫。本文对植物和真菌中LysM的研究现状以及LysM和植物–真菌相互作用的关系进行综述,以期为植物和真菌相互作用机制的深入研究提供参考。

关键词： LysM 几丁质植物免疫系统植物–真菌相互作用

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猪苓糖苷水解酶家族基因及其差异表达

菌物学报 2023年第10期42卷 2100-2110页

作者：李兵刘柳郭顺星中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所北京100193

猪苓与蜜环菌建立共生关系时,猪苓菌丝会反侵染并消解蜜环菌菌索,以获取营养物质,糖苷水解酶是参与这一过程的主要酶类之一。本研究从猪苓转录数据库中获得糖苷水解酶家族基因42类、309个;其编码的糖苷水解酶蛋白含各类结构域344个,以... 详细信息

猪苓与蜜环菌建立共生关系时,猪苓菌丝会反侵染并消解蜜环菌菌索,以获取营养物质,糖苷水解酶是参与这一过程的主要酶类之一。本研究从猪苓转录数据库中获得糖苷水解酶家族基因42类、309个;其编码的糖苷水解酶蛋白含各类结构域344个,以糖苷水解酶结构域glyco_hydro为主,共计35类173个。对猪苓糖苷水解酶进行的gene ontology(GO)功能注释结果表明,这些蛋白参与的生物学过程以物质代谢及分解过程为主,特别是多糖等大分子物质代谢;181个猪苓糖苷水解酶具有水解酶活性,这些水解酶活性呈多样性分布。与未被蜜环菌侵染的猪苓部位相比,43个糖苷水解酶基因在蜜环菌侵染的菌核部位中差异表达,编码包括glyco_hydro_48、cellulase和polysacc_deac_1等功能结构域,可能发挥水解几丁质、纤维素酶活性及免疫调节等活性,这为猪苓与蜜环菌互作关系的研究提供了候选基因及蛋白。

关键词：猪苓糖苷水解酶家族糖苷水解酶家族结构域

Effect of Ag addition on the thermal stability and glass-forming ability of Zr_(35)Ti_(30)Cu_(7.5)Be_(27.5) bulk metallic glass

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Chinese Science Bulletin 2012年第11期57卷 1219-1222页

作者： ZONG HaiTao ZHANG XinYu li liXin BIAN linYan liANG shunxing TAN Chunlin State Key Laboratory of Metastable Materials Science and Technology Yanshan UniversityQinhuangdao 066004China College of Physics and Chemistry Henan Polytechnic UniversityJiaozuo 454000China

The thermal stability and glass forming ability (GFA) of Zr35-xTi30Cu7.5Be27.5Agx (x = 0-10) alloys were studied by X-ray diffraction (XRD), differential scanning calorimetry (DSC) and ultrasonic techniques. We found that the addition of 1 at.% Ag can considerably enhance the GFA as indicated by an increase in the critical glass dimension from 15 mm in the Zr35Ti30Cu7.5Be27.5 alloy to 20 mm in the Zr34Ti30Cu7.5Be27.5Ag1 alloy. However, with the addition of more Ag the supercooled liquid region (△Tx) and y parameter (defined as Tx/(Tg+Tl)) drastically decreased from 155 K and 0.436 to 76 K and 0.363, respectively, resulting in a decrease in the GFA. Additionally, the elastic constant (the ratio of shear modulus to bulk modulus or Poisson's ratio) was also used as a gauge to evaluate the GFA in Zr35-xTi30Cu7.5Be27.5Agx alloys.

关键词：玻璃形成能力热稳定性大块金属玻璃建筑面积银 X射线衍射仪差示扫描量热体积弹性模量

不平衡数据分类的类依赖属性加权朴素贝叶斯算法改进

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应用数学 2022年第2期35卷 463-468页

作者：樊顺星李楚进沈澳华中科技大学数学与统计学院湖北武汉430074 华盛顿大学文理学院华盛顿西雅图98195

朴素贝叶斯分类器(Naïve Bayes,NB)是一种简单而有效的分类器,特别适用于中小规模数据分类.但作为以整体分类正确率为指导的传统分类方法,它在不平衡数据分类中对少数类的分类能力较弱.针对此问题,本文采用属性加权的方法增强朴素贝叶... 详细信息

朴素贝叶斯分类器(Naïve Bayes,NB)是一种简单而有效的分类器,特别适用于中小规模数据分类.但作为以整体分类正确率为指导的传统分类方法,它在不平衡数据分类中对少数类的分类能力较弱.针对此问题,本文采用属性加权的方法增强朴素贝叶斯对于少数类的分类能力.类依赖属性加权朴素贝叶斯(class-specific attribute weighted naïve Bayes,CAWNB)是一种有效的属性加权朴素贝叶斯算法.本文通过在条件对数似然(conditional log-likelihood,CLL)和均方差(mean squared error,MSE)目标函数中引入平衡系数λ,提出了两个新的目标函数λ-CLL和λ-MSE,并进一步提出了通过最大化λ-CLL或最小化λ-MSE确定最优权重值的两个不平衡数据分类算法CAWNB^(λ-CCL)和和CAWNB^(λ-MSE).在不平衡的UCI数据集上的实验表明,这样的属性加权可以增强朴素贝叶斯对于少数类的分类能力,同时不会过分破坏其的总体分类能力.

关键词：不平衡数据分类朴素贝叶斯属性加权

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新疆准噶尔盆地发现世界最大的亚洲足迹

科学通报 2020年第18期65卷 1875-1887页

作者：李阳蒋顺兴汪筱林中国科学院古脊椎动物与古人类研究所脊椎动物演化与人类起源重点实验室北京100044 中国科学院生物演化与环境卓越创新中心北京100044 中国科学院大学地球与行星科学学院北京100049

在新疆准噶尔盆地西北缘乌尔禾地区下白垩统吐谷鲁群胜金口组,发现保存在灰绿色细砂岩层面上的13个恐龙足迹,形成3条行迹和4个孤立足迹.通过对足迹、行迹特征的详细观察研究,识别出两种足迹类型,其中大型三趾型足迹为一兽脚类足迹新种.... 详细信息

在新疆准噶尔盆地西北缘乌尔禾地区下白垩统吐谷鲁群胜金口组,发现保存在灰绿色细砂岩层面上的13个恐龙足迹,形成3条行迹和4个孤立足迹.通过对足迹、行迹特征的详细观察研究,识别出两种足迹类型,其中大型三趾型足迹为一兽脚类足迹新种.依据其尺寸大(长47.0~56.0 cm、宽31.0~42.0 cm)、趾行式、无拇趾印迹和尾迹、轴对称、V字形、蹠趾垫(脚跟)明显等特征,将其归入实雷龙足迹科(Eubrontidae)亚洲足迹属,并建立一个新种:Asianopodus niui ichnosp.nov.(牛氏亚洲足迹),这是目前发现的最大亚洲足迹.中型三趾型足迹相对较小(长21.0~27.0 cm、宽18.0~20.0 cm)、趾行式、无拇趾印迹和尾迹、轴对称、外侧趾间角为46.63°~51.40°、蹠趾垫印迹明显,归入跟垫亚洲足迹(Asianopodus pulvinicalx).相关分析表明,两种足迹类型的造迹恐龙都处于漫步状态,行走于滨浅湖环境.

关键词：亚洲足迹恐龙行迹下白垩统准噶尔盆地新疆乌尔禾

Efficient Reliability-Based Optimization Scheme for Piezoelectric Composite Beams with Delamination under Axial Compression

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Journal of Donghua University(English Edition) 2019年第3期36卷 239-246页

作者：毕仁贵李盈利张正吴顺兴 College of Physics Mechanical and Electrical EngineeringJishou UniversityJishou 416000China School of Traffic and Transportation Engineering Central South UniversityChangsha 410075China

An efficient computational framework for reliability analysis and reliability-based design optimization of piezoelectric composite beam with delamination is presented.In the proposed approach,the transverse shear deformation,delamination and piezoelectricity of the beam are taken into account.By introducing the Heaviside step function into the displacement components and using the Rayleigh-Ritz method,and the buckling governing equations for the piezoelectric composite beams is obtained.The reliability of the beams is obtained by integrating the support vector machine method and first order reliability method,further the reliability-based optimization is executed through employing genetic algorithm.The effects of ply style,delamination length and voltage are discussed in details.Numerical results indicate that the comprehensive computational scheme provides a unified numerical framework to analysis the nondeterministic buckling and reliability efficiently.

关键词： piezoelectric composite beam delamination buckling reliability-based optimization support vector machine genetic algorithm

蜜环菌(Armillaria mellea)内参基因的筛选

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微生物学通报 2022年第2期49卷 473-482页

作者：李兵刘柳单婷婷邢咏梅郭顺星中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所北京100193

[背景]蜜环菌属(Armillaria)是一类营腐生或寄生生活的药食两用型真菌,研究其功能基因表达具有重要意义。[目的]筛选并获得蜜环菌(Armillaria mellea)最稳定的内参基因。[方法]以蜜环菌(A.mellea)541为研究对象,以马铃薯琼脂糖培养基培... 详细信息

[背景]蜜环菌属(Armillaria)是一类营腐生或寄生生活的药食两用型真菌,研究其功能基因表达具有重要意义。[目的]筛选并获得蜜环菌(Armillaria mellea)最稳定的内参基因。[方法]以蜜环菌(A.mellea)541为研究对象,以马铃薯琼脂糖培养基培养的菌丝和菌索为对照组,以添加还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(nicotinamide adenine dinucleotide phosphate,NADPH)氧化酶抑制剂氯化二亚苯基碘鎓(diphenyleneiodonium chloride,DPI)培养的菌丝和菌索为抑制剂组,以添加木屑培养的菌丝和菌索为诱导剂组,利用RT-qPCR技术和BestKeeper程序系统评估候选内参基因ACT-1、α-TUB、β-TUB 1、γ-TUB、UBQ、EF-lγ、18S rRNA biogenesis protein基因(18S rRNA BP)和GAPDH的表达量稳定性。[结果]内参基因EF-1γ在对照组、DPI抑制剂组和木屑诱导剂组中的表达量稳定性最好。[结论]EF-1γ为蜜环菌(A.mellea)的最佳内参基因,为蜜环菌属真菌功能基因表达研究提供了参考。

关键词：蜜环菌菌丝菌索内参基因实时荧光定量PCR

药用植物微生物组及其与药用植物次生代谢产物的关系

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微生物学通报 2022年第9期49卷 3989-4003页

作者：周冬宇李杨邢咏梅郭顺星陈娟中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所北京100193

药用植物是中药的原料,是中药产业的源头,其生长发育受遗传和环境等诸多因素的影响。以往研究强调植物基因型及生态因子对药用植物产量和品质的影响。近几年,随着人类微生物组研究的推进,植物微生物组作为植物整体的重要组成部分在药用... 详细信息

药用植物是中药的原料,是中药产业的源头,其生长发育受遗传和环境等诸多因素的影响。以往研究强调植物基因型及生态因子对药用植物产量和品质的影响。近几年,随着人类微生物组研究的推进,植物微生物组作为植物整体的重要组成部分在药用植物的生长发育、品质形成甚至药效等方面的作用也日益受到重视,有关植物微生物组的多样性,微生物组在植物生长发育中的作用已有较详细的综述,而有关药用植物微生物组及其与药用植物次生代谢产物间关系的综述较少。本文重点总结了自2010年以来药用植物微生物组的研究进展,包括药用植物微生物组物种组成、功能及其与药用植物次生代谢产物产生的关系等,并对其在药用植物提质增效及其生态种植中的潜在应用进行了展望。

关键词：药用植物微生物组次生代谢产物生态种植

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新疆阿魏内生真菌菌群多样性

微生物学报 2014年第8期54卷 936-942页

作者：孙丽朱军李晓瑾石书兵郭顺星新疆农业大学农学院新疆乌鲁木齐830052 新疆中药民族药研究所新疆乌鲁木齐830002 中国医学科学院中国协和医科大学药用植物研究所北京100094

【目的】探索新疆阿魏植物内生真菌的分离方法,了解其状况,为进一步深入研究其作用机理及应用价值提供基础。【方法】采用微生物学研究方法与技术,对新疆阿魏不同年份、不同部位的内生真菌进行了分离鉴定。通过分离率、分离频率、Shanno... 详细信息

【目的】探索新疆阿魏植物内生真菌的分离方法,了解其状况,为进一步深入研究其作用机理及应用价值提供基础。【方法】采用微生物学研究方法与技术,对新疆阿魏不同年份、不同部位的内生真菌进行了分离鉴定。通过分离率、分离频率、Shannon-Wiener多样性指数和Margalef丰富度指数等分析新疆阿魏内生真菌的分布、多样性及偏好性。【结果】本研究共分离得到内生真菌140株,经形态和分子生物学鉴定分别归属于18个属,其中,短梗霉属、链格孢属和叶点霉属为优势菌群,分别占总菌株数量的25.7%、16.4%和15.7%。不同年份的新疆阿魏中1-2年生新疆阿魏的Shannon-Wiener多样性指数(H’)和均匀度指数最高,分别为1.12和0.51,开花年份新疆阿魏的丰富度指数最高,为1.40;不同组织的新疆阿魏中,根的三项多样性指标最高,分别为1.27、1.26和0.55。此外,不同年份新疆阿魏中1-2年和3-4年生新疆阿魏中内生真菌菌群相似性系数最大,达到0.63;不同组织新疆阿魏中则以叶与茎中的相似性系数稍高,达到0.50。【结论】新疆阿魏不同年份及不同部位中的内生真菌分布及组成存在较大差异,具有一定的年份及组织的专一性。

关键词：新疆阿魏内生真菌相似性系数多样性指数