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In silico methods for linking genes and secondary metabolites: The way forward

Synthetic and Systems Biotechnology 2016年第2期1卷 80-88页

作者： shradha khater Swadha Anand Debasisa Mohanty Bioinformatics Center National Institute of ImmunologyAruna Asaf Ali MargNew Delhi 110067India

In silico methods for linking genomic space to chemical space have played a crucial role in genomics driven discovery of new natural products as well as biosynthesis of altered natural products by engineering of biosynthetic *** we give an overview of available computational tools and then briefly describe a novel computational framework,namely retro-biosynthetic enumeration of biosynthetic reactions,which can add to the repertoire of computational tools available for connecting natural products to their biosynthetic gene *** of the currently available bioinformatics tools for analysis of secondary metabolite biosynthetic gene clusters utilize the“Genes to Metabolites”*** contrast to the“Genes to Metabolites”approach,the“Metabolites to Genes”or retro-biosynthetic approach would involve enumerating the various biochemical transformations or enzymatic reactions which would generate the given chemical moiety starting from a set of precursor molecules and identifying enzymatic domains which can potentially catalyze the enumerated biochemical *** this article,we first give a brief overview of the presently available in silico tools and approaches for analysis of secondary metabolite biosynthetic *** also discuss our preliminary work on development of algorithms for retro-biosynthetic enumeration of biochemical transformations to formulate a novel computational method for identifying genes associated with biosynthesis of a given polyketide or nonribosomal peptide.

关键词： Secondary metabolite Polyketides Nonribosomal peptides Genes to metabolites Metabolites to genes Genome mining Retro-biosynthetic enumeration Biosynthetic gene cluster

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