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DeepCBA:A deep learning framework for gene expression prediction in maize based on DNA sequences and chromatin interactions

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Plant Communications 2024年第9期5卷 38-53页

作者： Zhenye wang Yong Peng Jie Li Jiying Li Hao Yuan Shangpo Yang Xinru Ding Ao Xie Jiangling Zhang shouzhe wang Keqin Li Jiaqi Shi Guangjie Xing Weihan Shi Jianbing Yan Jianxiao Liu National Key Laboratory of Crop Genetic Improvement Huazhong Agricultural UniversityWuhan 430070China Hubei Key Laboratory of Agricultural Bioinformatics Huazhong Agricultural UniversityWuhan 430070China College of Informatics Huazhong Agricultural UniversityWuhan 430070China Hubei Hongshan Laboratory Wuhan 430070China Microsoft Corporation RedmondWA 98052USA WIMI Biotechnology Co. Ltd.Changzhou 213000China

Chromatin interactions create spatial proximity between distal regulatory elements and target genes in the genome,which has an important impact on gene expression,transcriptional regulation,and phenotypic *** date,several methods have been developed for predicting gene ***,existing methods do not take into consideration the effect of chromatin interactions on target gene expression,thus potentially reducing the accuracy of gene expression prediction and mining of important regulatory *** this study,we developed a highly accurate deep learning-based gene expression prediction model(DeepCBA)based on maize chromatin interaction *** with existing models,DeepCBA exhibits higher accuracy in expression classification and expression value *** average Pearson correlation coefficients(PCCs)for predicting gene expression using gene promoter proximal interactions,proximaldistal interactions,and both proximal and distal interactions were 0.818,0.625,and 0.929,respectively,representing an increase of 0.357,0.16,and 0.469 over the PCCs obtained with traditional methods that use only gene proximal *** important motifs were identified through DeepCBA;they were enriched in open chromatin regions and expression quantitative trait loci and showed clear tissue ***,experimental results for the maize flowering-related gene ZmRap2.7 and the tillering-related gene ZmTb1 demonstrated the feasibility of DeepCBA for exploration of regulatory elements that affect gene ***,promoter editing and verification of two reported genes(ZmCLE7 and ZmVTE4)demonstrated the utility of DeepCBA for the precise design of gene expression and even for future intelligent *** is available at http://***/or http://124.***.197.196/.

关键词： maize gene expression prediction chromatin interactions deep learning promoter editing regulatory elements and motifs

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服务航天器主动绕飞观测的建模与控制

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航天控制 2020年第3期38卷 39-46页

作者：王首喆张庆展上海宇航系统工程研究所上海201109

围绕服务航天器对目标任意方位绕飞观测操作,提出一种可灵活配置多种相对运动构型的绕飞建模方法。将绕飞分为过渡过程和绕飞过程2个阶段。通过对绕飞过渡过程采用S型速度曲线进行规划,使服务飞行器从任意初始方位平稳地进入绕飞平面。... 详细信息

围绕服务航天器对目标任意方位绕飞观测操作,提出一种可灵活配置多种相对运动构型的绕飞建模方法。将绕飞分为过渡过程和绕飞过程2个阶段。通过对绕飞过渡过程采用S型速度曲线进行规划,使服务飞行器从任意初始方位平稳地进入绕飞平面。定义轨迹规划坐标系和期望姿态坐标系,将三维绕飞观测转化为二维轨迹设计与期望姿态解算,实现了绕飞观测的降维设计。定义期望绕飞矢量,实现绕飞构型的灵活配置。建立了相对轨道误差动力学模型,将对绕飞轨迹的跟踪控制转化为对跟踪误差的调节器设计。综合考虑轨道、姿态与挠性附件振动间的耦合作用,设计了基于模态观测器的姿轨联合控制律。数学仿真结果表明了该方法的正确性。

关键词：绕飞观测 S型速度曲线期望绕飞矢量姿轨联合控制

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科学课教学中信息技术的合理运用探讨

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成才之路 2020年第30期 98-99页

作者：王守哲辽宁省大连市瓦房店九龙街道办事处中心小学辽宁瓦房店116300

科学课程是对学生思维进行开发的一门重要课程,能起到培养学生学习兴趣的重要作用。虽然信息技术能够对科学教学提供较大的帮助,但依旧具有较大的改进空间。教师应合理选择和科学使用信息技术,改进信息技术与科学课的结合方式,及时拓展... 详细信息

科学课程是对学生思维进行开发的一门重要课程,能起到培养学生学习兴趣的重要作用。虽然信息技术能够对科学教学提供较大的帮助,但依旧具有较大的改进空间。教师应合理选择和科学使用信息技术,改进信息技术与科学课的结合方式,及时拓展科学课的信息技术利用方法,通过信息技术培养学生良好的学习习惯。

关键词：科学课信息技术科学运用学习习惯

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带挠性附件航天器在轨质量特性辨识

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航天控制 2017年第5期35卷 9-14,36页

作者：王首喆张庆展靳永强盛英华上海宇航系统工程研究所上海201109

考虑挠性附件的振动,研究了航天器在轨质量特性辨识问题。利用推力器产生激励,采用陀螺仪、加速度计和振动信号传感器作为敏感器,设计了模态滤波器提取各阶模态响应。通过交互迭代,设计了转动惯量和质心位置的辨识算法;根据加速度计原理... 详细信息

考虑挠性附件的振动,研究了航天器在轨质量特性辨识问题。利用推力器产生激励,采用陀螺仪、加速度计和振动信号传感器作为敏感器,设计了模态滤波器提取各阶模态响应。通过交互迭代,设计了转动惯量和质心位置的辨识算法;根据加速度计原理,设计了质量的辨识算法。采用批量最小二乘法对算法进行求解。该算法适用于模态参数已知、任意初始状态航天器的质量特性辨识。仿真结果表明算法收敛速度快、辨识精度高。

关键词：质量特性挠性附件交互迭代模态滤波器最小二乘法

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挠性充液航天器超近程逼近段动力学建模与控制

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中国空间科学技术 2017年第4期37卷 1-9页

作者：王首喆刘华清张庆展靳永强盛英华上海宇航系统工程研究所上海201109 上海卫星工程研究所上海201109

超近程逼近过程中,服务航天器为刚柔液耦合的复杂系统,单摆等液体晃动模型不再适用,对这种工况下的航天器进行了动力学建模与控制的研究。采用虚功率原理推导了一种新的适用于三轴推力作用下的液体晃动等效模型,通过引入相对位置导引矢... 详细信息

超近程逼近过程中,服务航天器为刚柔液耦合的复杂系统,单摆等液体晃动模型不再适用,对这种工况下的航天器进行了动力学建模与控制的研究。采用虚功率原理推导了一种新的适用于三轴推力作用下的液体晃动等效模型,通过引入相对位置导引矢量与相对位置误差矢量,建立了相对轨道误差动力学模型,结合相对姿态动力学模型,得到超近程逼近段的刚柔液耦合的相对轨道姿态动力学模型。针对模型存在的不确定性和未知干扰,设计了基于滑模估计器的相对姿轨耦合控制律。通过数学仿真验证了控制律的有效性,仿真中的晃动结果与Flow-3D结果能够吻合,验证了晃动模型的合理性。

关键词：在轨服务超近程逼近轨迹导引刚柔液耦合相对姿轨耦合滑模估计器

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论APOS视角下的概念性变式教学

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长春大学学报 2016年第6期26卷 94-97页

作者：艾尔肯.吾买尔王守哲喀什大学教育科学学院新疆喀什844008

APOS理论是个体进行概念学习时的核心学习理论。它由活动、过程、对象和图式四个连续的辩证阶段构成,其本身具有完整性、活动性、发展性、和特殊性四大特征。概念性变式教学着眼于概念形成以后的深度学习,使学生通过对概念多角度、全方... 详细信息

APOS理论是个体进行概念学习时的核心学习理论。它由活动、过程、对象和图式四个连续的辩证阶段构成,其本身具有完整性、活动性、发展性、和特殊性四大特征。概念性变式教学着眼于概念形成以后的深度学习,使学生通过对概念多角度、全方面、广层次的理解,从而深层把握概念的本质。APOS理论与概念性变式教学之间的适恰融合,在充分借助其自身理论优势的条件下,则能有效促进学生对数学概念性变式的掌握。

关键词： APOS理论数学概念概念性变式教学

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Optical emission spectroscopy diagnosis of energetic Ar ions in synthesis of SiC polytypes by DC arc discharge plasma

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Nano Research 2018年第3期11卷 1470-1481页

作者： Jian Gao Lei Zhou Jingshuang Liang Ziming wang Yue Wu Javid Muhammad Xinglong Dong shouzhe Li Hongtao yu Xie Quan Key Laboratory of Materials Modification by Laser Ion and Electron Beams (Ministry of Education) School of Materials Science and Engineering Dalian University of Technology Dalian 116024 China School of Physics Dalian University of Technology Dalian 116024 China Key Laboratory of Industrial Ecology and Environmental Engineering (Ministry of Education) School of Environmental Science and Technology Dalian University of Technology Dalian 116024 China

Silicon carbides are basilic ceramics with proper bandgaps （2.4-3.3 eV） and unique optical properties. SiC@C monocrystal nanocapsules with different morphologies, sizes, and crystal types were synthesized via the fast and facile direct current （DC） arc discharge plasma method. The influence of Ar atmosphere on the formation of nanocrystal SiC polytypes was investigated by optical emission spectroscopy （OES） diagnoses on the arc discharge plasma. Boltzmann＇s plot was used to estimate the temperatures of plasma containing different Ar concentrations as 10,582 K （in 2 × 10^4 Pa of Ar partial pressure） and 14,523 K （in 4 × 10^4 Pa of Ar partial pressure）. It was found that higher energy state of plasma favors the ionization of carbon atoms and promotes the formation of α-SiC, while β-SiC is generally coexistent. Heat-treatment in air was applied to remove the carbon species in as-prepared SiC nanopowders. Thus, the intrinsic characters of SiC polytypes reappeared in the ultraviolet-visible （UV-vis） light absorbance. It was experimentally revealed that the direct bandgap of SiC is 5.72 eV, the indirect bandgap of β-SiC （3C） is 3.13 eV, and the indirect bandgap of α-SiC （6H） is 3.32 eV; visible quantum confinement effect is predicted for these polytypic SiC nanocrystals.

关键词： SiC polytype nanostructures direct current (DC) arcdischarge plasma optical emission spectroscopy(OES)

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大气压微波等离子体炬的开发和发射光谱诊断

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高电压技术 2019年第11期45卷 3730-3735页

作者：李寿哲大连理工大学物理学院三束材料改性教育部重点实验室

大气压微波等离子体炬在开放的常压条件下能够产生温和的热等离子体。文中介绍了大功率(几千瓦级别)微波等离子体炬的开发情况和技术特点,并展示了分别以氮气和氧气为载气时产生的等离子体炬的诊断结果。文中采用波导内单模驻波激发,以... 详细信息

大气压微波等离子体炬在开放的常压条件下能够产生温和的热等离子体。文中介绍了大功率(几千瓦级别)微波等离子体炬的开发情况和技术特点,并展示了分别以氮气和氧气为载气时产生的等离子体炬的诊断结果。文中采用波导内单模驻波激发,以及涡旋气流增强放电管内约化电场强度的措施,有效地控制等离子体的放电稳定性以及等离子体炬的形态,并获得了较大体积的等离子体及其后放电余辉作用区。对于等离子体的诊断,采用发射光谱诊断技术对其等离子体激发区的电子密度和气体温度的变化规律以及等离子体余辉区的气体温度的空间分布做了测量,并对等离子体炬内发生的与放电机制有关的物理化学过程给予了讨论。

关键词：微波大气压等离子体发射光谱电子温度等离子体气体温度

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大气压微波等离子体炬驱动Boudouard反应实现CO_(2)转化的研究

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高电压技术 2024年第1期50卷 414-422页

作者：李寿哲王兴昌吴悦大连理工大学物理学院三束材料改性教育部重点实验室大连116024

利用大气压CO_(2)微波等离子体放电的余辉和固态碳源相互作用进行布多阿尔反应,把CO_(2)转化为CO实现温室气体的资源化利用。通过发射光谱测量观察到微波等离子体炬驱动的布多阿尔反应中化学荧光复合过程的发生,测量了采用实心石墨棒时... 详细信息

利用大气压CO_(2)微波等离子体放电的余辉和固态碳源相互作用进行布多阿尔反应,把CO_(2)转化为CO实现温室气体的资源化利用。通过发射光谱测量观察到微波等离子体炬驱动的布多阿尔反应中化学荧光复合过程的发生,测量了采用实心石墨棒时布多阿尔反应中CO_(2)转化效果随着功率的变化规律,进一步提出了以空心石墨棒作为布多阿尔反应的碳源,发现转化效果得到明显提高,并获得了随着功率、气体流量、石墨棒尺寸和组分变化的规律。另外,讨论了以不同种类的碳源作为反应物进行布多阿尔反应的实际对比效果及其相应的物理原因。实验结果表明CO_(2)等离子体余辉喷射到石墨棒表面发生的布多阿尔反应是实现CO_(2)到CO转化的重要过程;随着所使用的空心石墨棒内孔直径增加,生成的CO浓度也随之增大;在CO_(2)载气中以一定比例分别添加Ar或N2会增加CO的生成量。

关键词：微波等离子体布多阿尔反应二氧化碳一氧化碳转化率

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论中国现代经济理论的核心范畴

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福建论坛（人文社会科学版） 2010年第8期 4-9页

作者：王毅武陈首哲海南大学三亚学院中国现代经济理论研究所海南三亚572022 海南大学中国现代经济理论研究所海南海口570228

实现现代化是近现代以来中华民族梦寐以求的理想与追求,是百多年来中国人民的深切期望与抱负。考察中国现代经济理论的建立与发展,确立"现代化"这一核心范畴,对于科学把握中国现代经济理论的历史分期、逻辑架构、概念链条、基本理论,践... 详细信息

实现现代化是近现代以来中华民族梦寐以求的理想与追求,是百多年来中国人民的深切期望与抱负。考察中国现代经济理论的建立与发展,确立"现代化"这一核心范畴,对于科学把握中国现代经济理论的历史分期、逻辑架构、概念链条、基本理论,践行科学发展观,推进再改革与完成新使命,具有重要的时代、理论与现实意义。

关键词：中国现代经济理论核心范畴现代化再改革

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