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Predicted methylation landscape of all CpG islands on the human genome

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Chinese Science Bulletin 2010年第22期55卷 2353-2358页

作者： fan shicai ZOU JianXiao XU HongBing ZHANG XueGong School of Automation Engineering University of Electronic Science and Technology of China Chengdu 610054 China MOE Key Laboratory of Bioinformatics and Bioinformatics Division TNLIST/ Department of Automation Tsinghua University Beijing 100084 China

CpG island methylation plays important role in various biological processes. To investigate methylation landscape of all CpG islands on the human genome, we develop a model for predicting the CpG island methylation status. This model outperforms other existing methods. We apply the model on the whole human genome and predict the landscape of DNA methylation of all CpG islands. Based on the methylation profile, we find that about 31% of CpG islands are methylation-prone and CpG islands located in promoter regions are seldom methylated. There is no significant difference in the CpG island methylation level between R and G bands among the chromosomes. The occupancy of RNA polymerase II is significantly higher in methylation-resistant promoter CpG islands, indicating that genes with such promoter CpG islands tend to be more active.

关键词： DNA甲基化人类基因组 CpG岛景观预测 RNA聚合酶基因启动子生物过程

The progress on the estimation of DNA methylation level and the detection of abnormal methylation

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Quantitative Biology 2022年第1期10卷 55-66页

作者： shicai fan Likun Wang Liang Liang Xiaohong Cao Jianxiong Tang Qi Tian Shenzhen Institute for Advanced Study University of Electronic Science and Technology of ChinaShenzhen 518110China School of Automation Engineering University of Electronic Science and Technology of ChinaChengdu 611731China Institute of Systems Biomedicine Beijing Key Laboratory of Tumor Systems BiologyDepartment of PathologySchool of Basic Medical SciencesPeking University Health Science CenterBeijing 100191China Cancer Center Sichuan Provincial People's HospitalUniversity of Electronic Science and Technology of ChinaChengdu 611731China Department of Geriatric Endocrinology Sichuan Provincial People’s HospitalUniversity of Electronic Science and Technology of ChinaChengdu 611731China

Background:DNA methylation is a key heritable epigenetic modification that plays a crucial role in transcriptional regulation and therefore a broad range of biological *** complex patterns of DNA methylation highlight the significance of the profiling the DNA methylation ***:In this review,the main high-throughput detection technologies are summarized,and then the three trends of computational estimation of DNA methylation levels were analyzed,especially the expanding of the methylation data with lower ***,the detection methods of differential methylation patterns for sequencing and array data were ***:More and more research indicated the great importance of DNA methylation changes across different diseases,such as *** a lot of enormous progress has been made in understanding the role of DNA methylation,only few methylated genes or functional elements serve as clinically relevant cancer *** bottleneck in DNA methylation advances has shifted from data generation to data ***,it is meaningful to develop machine learning models for computational estimation of methylation profiling and identify the potential biomarkers.

关键词： DNA methylation genome-wide profiling computational estimation single-cell methylome differential methylation detection

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髋臼骨折手术入路选择策略

中华创伤杂志 2021年第3期37卷 199-204页

作者：樊仕才南方医科大学第三附属医院骨科广州510630

髋臼骨折的损伤机制为股骨头撞击髋臼导致的髋臼骨性结构破坏,手术目的是重建髋关节的头臼匹配关系并维持稳定。由于髋关节的特殊解剖结构,股骨头的遮挡使其前后面不能相互照应,因此手术入路的选择关系到手术区域显露、骨折复位质量、... 详细信息

髋臼骨折的损伤机制为股骨头撞击髋臼导致的髋臼骨性结构破坏,手术目的是重建髋关节的头臼匹配关系并维持稳定。由于髋关节的特殊解剖结构,股骨头的遮挡使其前后面不能相互照应,因此手术入路的选择关系到手术区域显露、骨折复位质量、固定效果,直接影响手术疗效;合理的手术入路选择在手术时间、术中出血、手术创伤及手术并发症等方面均有较大优势。髋臼骨折的手术入路包括前方入路和后方入路,但由于髋关节的解剖复杂性及髋臼骨折的多样性,没有一种手术入路能完成所有类型的髋臼骨折手术。笔者阐述多种手术入路的解剖特点及适应证、手术入路选择策略,为临床医师处理髋臼骨折提供参考。

关键词：髋臼骨折手术入路骨折复位临床医师固定效果手术区域前方入路手术并发症

Investigation of pelvic symmetry:A systematic analysis using computer aided design software

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Health Care Science

Health Care Science 2023年第1期2卷 36-44页

作者： Qiubao Zheng Kangshuai Xu Xiaorui Zhan Fuming Huang Liping Wang Sheqiang Chen Jiacheng Li Cheng Yang Yuhui Chen shicai fan The Third Affiliated Hospital of Southern Medical University GuangzhouChina Panyu Central Hospital GuangzhouChina Department of Orthopedics Jinhua Municipal Central HospitalJinhuaChina Huizhou First People's Hospital HuizhouChina Maoming People's Hospital MaomingChina University of South Australia AdelaideSouth AustraliaAustralia

Objectives:This study aimed to investigate the symmetry of the Chinese ***:Computed tomography scan images of each of 50 Chinese pelvises were converted to 3D models and the left sides of the pelvises were reflected on Mimics ***,the reflected left side model was aligned with the right side using the closest point algorithm function of Geomagic software to perform symmetry *** volume and surface area of either side of the pelvises were also *** mean standard deviation(SD),the mean percentage of permissible deviations within the±2mm range,the percentage differences in volume and surface area were measured to compare pelvic *** addition,the distribution of pelvic bilateral symmetry associated with both age and sex were ***:The mean SD was 1.15±0.16mm and the mean percentage of permissible deviations was 90.82%±4.67%.The deviation color maps showed that the specific areas of asymmetry were primarily localized to major muscle or ligament attachment sites and the sacroiliac joint *** was no significant difference between the bilateral sides of the pelvis in either volume or surface ***,no difference in any indexes was exhibited in relation to sex and age distribution.

关键词： 3D models deviation analysis pelvis surgical planning symmetry

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陈旧性骨盆骨折截骨矫形的研究进展

中华创伤骨科杂志 2023年第9期25卷 824-828页

作者：廖奕岚樊仕才南方医科大学第三附属医院骨科医学中心创伤骨科广州510630

骨盆骨折早期往往需要处理全身多发伤而错过手术时机,导致骨盆骨折陈旧化。陈旧性骨盆骨折常伴有慢性疼痛、骨盆环畸形、下肢短缩及步态不稳等并发症,常需截骨矫形方可解决。骨盆骨折畸形愈合截骨矫形并无统一的手术方式,其治疗尚存争... 详细信息

骨盆骨折早期往往需要处理全身多发伤而错过手术时机,导致骨盆骨折陈旧化。陈旧性骨盆骨折常伴有慢性疼痛、骨盆环畸形、下肢短缩及步态不稳等并发症,常需截骨矫形方可解决。骨盆骨折畸形愈合截骨矫形并无统一的手术方式,其治疗尚存争议。本文通过回顾相关文献,阐述陈旧性骨盆骨折截骨矫形的研究进展,以期为陈旧性骨盆骨折的治疗提供参考。

关键词：骨盆陈旧性骨折截骨术畸形愈合

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髋臼骨折手术入路选择的原则与复位固定技巧

中华骨科杂志 2021年第1期41卷 58-66页

作者：樊仕才刘涵黄复铭南方医科大学第三附属医院骨科广州510630 佛山市第一人民医院骨科 528200

髋臼骨折属于关节内骨折,其治疗原则也等同于关节内骨折的治疗原则,即关节面的解剖复位、坚强固定,因此手术入路的选择对髋臼骨折的手术显露、复位质量、固定效果等至关重要,直接影响手术疗效。合适的手术入路不仅显露清晰,便于手术操作... 详细信息

髋臼骨折属于关节内骨折,其治疗原则也等同于关节内骨折的治疗原则,即关节面的解剖复位、坚强固定,因此手术入路的选择对髋臼骨折的手术显露、复位质量、固定效果等至关重要,直接影响手术疗效。合适的手术入路不仅显露清晰,便于手术操作,可达到较理想的复位质量和固定效果,而且在缩短手术时间、减少术中出血、减小手术创伤及避免手术并发症等方面均有较大优势。髋臼骨折的手术入路选择与骨折的损伤机制、骨折分型、临床表现等密切相关,手术疗效取决于骨折复位质量、固定效果及手术创伤程度等,而这些均与手术入路的选择密切相关。目前可供选择的手术入路大致分为前方入路和后方入路;但由于髋臼骨折的复杂性,没有一种手术入路能解决所有的髋臼骨折,而且每种入路均有其各自的适应证、优势及不足。

关键词：髋臼骨折手术入路固定效果关节内骨折骨折复位关节面骨折分型前方入路

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人类基因组DNA甲基化数据分析的研究现状

中国科学：生命科学 2015年第5期45卷 450-459页

作者：凡时财李承哲裴云飞电子科技大学自动化工程学院成都611731 四川省大数据与智慧信息系统协同创新中心成都611731 清华大学自动化系北京100084

作为人类基因组最为典型的表观遗传现象,DNA甲基化在多种关键生理活动中扮演重要角色.系统分析基因组尺度的DNA甲基化概况意义重大.从Cp G岛等基本定义出发,阐述了高通量DNA甲基化的检测技术以及针对芯片技术与下一代测序技术的低水平... 详细信息

作为人类基因组最为典型的表观遗传现象,DNA甲基化在多种关键生理活动中扮演重要角色.系统分析基因组尺度的DNA甲基化概况意义重大.从Cp G岛等基本定义出发,阐述了高通量DNA甲基化的检测技术以及针对芯片技术与下一代测序技术的低水平数据处理方法;重点对比了基于机器学习理论对Cp G位点及Cp G岛甲基化水平的预测算法,以及所利用的特征对预测效果的影响与发展趋势;并对DNA差异甲基化在组织特异性、癌症等多种疾病中的计算分析进行了全面的综述.

关键词： DNA甲基化检测技术预测方法差异甲基化 CpG岛

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骨盆骨折合并神经损伤的治疗策略

中华骨科杂志 2021年第19期41卷 1373-1379页

作者：樊仕才郑秋宝侯志勇张英泽河北医科大学第三医院创伤急救中心石家庄050051 南方医科大学第三附属医院骨科医学中心创伤骨科广州510630

骨盆骨折多为高能量损伤,有较高的神经损伤率,包括腰骶丛损伤和马尾损伤。由于骨盆骨折合并神经损伤后无论手术与否,均有50%的神经功能可自行恢复,所以是否早期手术探查存在较大争议。另外,从前路探查还是后路探查意见也不一致。骨盆骨... 详细信息

骨盆骨折多为高能量损伤,有较高的神经损伤率,包括腰骶丛损伤和马尾损伤。由于骨盆骨折合并神经损伤后无论手术与否,均有50%的神经功能可自行恢复,所以是否早期手术探查存在较大争议。另外,从前路探查还是后路探查意见也不一致。骨盆骨折合并神经损伤既需明确其损伤机制、神经损伤的性质,又需清晰认识神经损伤的定位和定性诊断。因此,患者入院后需进行详细查体,同时结合骨盆X线、CT及磁共振神经成像(magnetic resonance neurography,MRN)等影像学表现,明确判断神经损伤的性质,以制定出针对性治疗方案。一般来讲,马尾损伤多见于骶骨的"H"形骨折,骶管形成压迫占位,需采用后入路复位骶骨骨折,减压骶管;而对于骶前压迫造成的腰骶丛损伤需从前路进行骨折复位、神经减压处理,以达到理想的治疗效果。

关键词：骨盆骨折合并神经损伤针对性治疗马尾损伤神经减压骶管骶骨骨折骨折复位

快速康复管理路径在3D打印辅助手术治疗骨盆或髋臼骨折中的应用

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中华创伤骨科杂志 2020年第12期22卷 1089-1093页

作者：肖杏玲曾先彩陈小芳樊仕才周俊南方医科大学第三附属医院骨科广州510630

目的探讨快速康复管理路径在3D打印辅助手术治疗骨盆、髋臼骨折中的应用效果。方法回顾性分析2017年7月至2019年7月期间南方医科大学第三附属医院骨科应用3D打印技术辅助腹直肌外侧入路治疗的98例骨盆、髋臼骨折患者资料。根据是否采用... 详细信息

目的探讨快速康复管理路径在3D打印辅助手术治疗骨盆、髋臼骨折中的应用效果。方法回顾性分析2017年7月至2019年7月期间南方医科大学第三附属医院骨科应用3D打印技术辅助腹直肌外侧入路治疗的98例骨盆、髋臼骨折患者资料。根据是否采用快速康复管理路径分为两组:观察组49例,男29例,女20例;年龄为(38.9±10.2)岁,采用快速康复管理路径实施围手术期管理。对照组49例,男33例,女16例;年龄为(37.9±9.9)岁,采用常规围手术期护理。比较两组患者的术后疼痛视觉模拟评分(VAS)、住院时间、并发症发生率、末次随访时患髋功能及满意度等。结果两组患者术前一般资料的比较差异均无统计学意义(P>0.05),具有可比性。观察组患者的并发症发生率(8.2%,4/49)显著低于对照组患者(46.9%,23/49),差异有统计学意义(P0.05)。观察组患者的满意度(99.7%,635/637)高于对照组患者(84.6%,539/637),差异有统计学意义(P<0.05)。结论快速康复管理路径应用于3D打印辅助手术治疗骨盆、髋臼骨折患者的围手术期管理可取得良好疗效。

关键词：骨盆髋臼骨折 3D打印技术快速康复管理路径